AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons018_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246394 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0038 126 H. pylori predicted coding region HP0038 #1 HP0042 62 trbI protein #2 HP0043 69 mannose-6-phosphate isomerase (pmi) or (algA) #3 HP0044 41 GDP-D-mannose dehydratase (rfbD) #4 HP0102 30 conserved hypothetical protein #5 HP0103 205 methyl-accepting chemotaxis protein (tlpB) #6 HP0180 257 apolipoprotein N-acyltransferase (cute) #7 HP0360 216 UDP-glucose 4-epimerase #8 HP0367 92 H. pylori predicted coding region HP0367 #9 HP0368 145 H. pylori predicted coding region HP0368 #10 HP0643 164 glutamyl-tRNA synthetase (gltX) #11 HP0836 300 H. pylori predicted coding region HP0836 #12 HP0866 40 transcription elongation factor GreA (greA) #13 HP0869 58 hydrogenase expression/formation protein (hypA) #14 HP0870 207 flagellar hook (flgE) Motif 1 AAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCAATCT 6 172 1 TTGAGCGATAACCTTTAAAAAGCGTTATGG 14 30 1 CGCTATAATAACCCTAAAAAACAAAAGAGA 2 32 1 TGAGCTATAAGCCCTTAAAAGCCAATAAAG 7 98 1 TTTCCTTAAAATGAGTTCATC 11 289 0 TTCTTAAAAAATCCTTAAATAATAAATGGG 7 148 1 TTTTTCAATAATTTTTAAAAAAGTTTGTTC 9 18 0 TTCAAACAAGGCCCTAAAAATTACGAAGAA 1 27 1 CTAAACCTTAATCTTTAAATTAGCCCCTAT 13 37 0 TGATTAACAAAACTTTAAAATCCGCAACCA 14 109 1 GCAAACTCTATTCCTAAAAACACTTTATTC 8 32 0 GCAACCAATCATTCTAAAAAGCTATTTAGG 14 132 1 TAGATTAAATTTTCTTAAAAAATCCTTAAA 7 137 1 AACACCCATTACTCTTAAATCATGCCAATT 6 100 1 TCAATCTAAAATTCTTAAATTAAAATATAG 6 195 1 AATGAGTTTTATCATTAAAATAAAATCTTA 11 78 1 ATTAAAATAAAATCTTAAAACGATAAAATC 11 91 1 TTGGTGAAGAGTTTTTAAAAAGC 9 132 1 TTAAAATCCCTTTTTTAAAAAATTGAGTGA 11 127 1 CTTTAAGCCTAACTTAAAAAAGGGTGTTCT 5 34 1 ATAATAACACAACTTAAAAAAAACTACCCT 6 157 1 TTAAAAATCAAACTTAAAAAATGAGTTTTA 11 59 1 TAGATTGAATTTCTTTAAATTAAAGGATAA 14 185 1 ATCAAAAACTATTTTTAAATAAAGGGTTTT 10 143 1 TTTAAGTTTGATTTTTAAATTCATTTTCTT 11 47 0 TAGAAGCTAAACTCTAAAATTAGGGTTTGA 5 160 1 TTGATAACCAACCATAAAAAGCTTGGCGTT 10 26 1 ATAAAATCAAGCCATTAAAATCCCTTTTTT 11 113 1 CAAGTGCTAATCTCTTAAATGATGCCTATT 10 59 1 ATTAGGGTTTGACTTAAAAATGATTTATAG 5 178 1 CACCCAATTCTATCTAAAAATA 8 2 0 TCAGGGGGAGTTTATTAAAAAAGGGTTGGA 4 10 1 TAATCCCCTAGATCTTAAATTAAAACCCAC 11 194 1 TTGAATTTTATTTATTAAATTTTCTTTA 3 8 0 ********** MAP Score: 36.1049 Motif 2 GGGCCTTGTTTGAAAGGGGTGATGCGAGCGG 1 10 0 GGAGTTTATTAAAAAAGGGTTGGA 4 16 1 AGCCTAACTTAAAAAAGGGTGTTCTATAATT 5 39 1 CCCCCCCCCGAAAAATGAGTGGCACAAAACA 5 120 0 GGTTTGACTTAAAAATGATTTATAGGAGATA 5 183 1 GATATATGAGAGAAAGGTTTGGGTTTAGGGT 6 37 0 ATGATTTAAGAGTAATGGGTGTTTGTTTTAA 6 92 0 ATTTCAAGTCTAAAGAGTGTGAATTGGCATG 6 120 0 TTTTTCATTTTAAAAGGGGTTTT 7 203 1 ATTTTTAGATAGAATTGGGTGGAATAAAGTG 8 11 1 AATTGGGTGGAATAAAGTGTTTTTAGGAATA 8 23 1 TGTTTTTAGGAATAGAGTTTGCTTATCTTAT 8 40 1 AATAATTTTTAAAAAAGTTTGTTCTAAGTCC 9 11 0 AATTTTTGAAAAAATAGCGTTGTAATCTTGT 9 70 0 GGCAGATTGGTGAAGAGTTTTTAAAAAGC 9 126 1 TAACCAACCATAAAAAGCTTGGCGTTAGCCA 10 30 1 CCTTTATTTAAAAATAGTTTTTGATTATACC 10 137 0 ACTATTTTTAAATAAAGGGTTTTT 10 150 1 ATCAAACTTAAAAAATGAGTTTTATCATTAA 11 65 1 AATTTTTTAAAAAAGGGATTTTAATGGCTTG 11 120 0 CCTTTTTTAAAAAATTGAGTGATCCCTATTA 11 135 1 ATATCATTTTTGAAGGGATTTGTCATGCGGA 11 249 0 TTTCCTTAAAATGAGTTCATCAAGTCT 11 283 0 CGATAACCTTTAAAAAGCGTTATGGGGTGGT 14 35 1 TTCATAAGAAAATAGGGGGTTTTGCAACACC 14 63 0 AAGTTGTTCCTAAATAGCTTTTTAGAATGAT 14 139 0 ******* *** MAP Score: 29.5507 Motif 3 CTCTTTTGTTTTTTAGGGTTATTATAGCGTTTTTA 2 26 0 GATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTAAGTTG 6 166 0 AATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGTA 6 181 0 AAACTCATTTTTTAAGTTTGATTTTTAAATTCATT 11 52 0 TGTTCTATAATTTCAGCTTGTTTGTTCTTTTGTTT 5 58 1 GGTAGTTTTTTTTAAGTTGTGTTATTATTTTCAAA 6 150 0 ATTTTTTCATTTTAAAAGGGGTTTT 7 201 1 TTATATCATTTTTGAAGGGATTTGTCATGCGGATA 11 247 0 AACAACCGGGTTTTAATTTTGTTTTGTGCCACTCA 5 101 1 CGCCAAGCTTTTTATGGTTGGTTATCAAAAAGCTA 10 19 0 TGGTTGCGGATTTTAAAGTTTTGTTAATCAAAAAG 14 104 0 AATTTTTTATTTTTATTATTTTATCTTTA 5 4 1 TAGGGCCTTGTTTGAAAGGGGTGATGCGAGCGG 1 8 0 AAAAAAGGGATTTTAATGGCTTGATTTTATCGTTT 11 108 0 AAAATCAGGTTTTCTTCGTAATTTTTAGGGCCTTG 1 33 0 TAATGAGAATTTTTTTTGTTATTATGGGACTTGTG 0 23 1 TTAGGAACAACTTTTGCTTTATTTTGCATAGATTG 14 157 1 CTTGTTTGTTCTTTTGTTTCGTTTTCAAACAACCG 5 74 1 ATTTTATCGTTTTAAGATTTTATTTTAATGATAAA 11 85 0 TTATCCTCCACTTCATTTTATTTCTTAAAGATAAG 8 66 0 CAAACCCTAATTTTAGAGTTTAGCTTCTAAATGCA 5 154 0 TCTTTATTGGCTTTTAAGGGCTTATAGCTCAGGTG 7 94 0 TATTATGGGACTTGTGTTTTTTGGTTGCACCAGTA 0 42 1 TTATAGCGTTTTTAATTGGGGATTTTTGAG 2 5 0 *** ** ** ** * MAP Score: 26.2204 Motif 4 TAATAACAAAAAAAATTCTCATTAAATTCCTATTTAT 0 10 0 ACAAGGCCCTAAAAATTACGAAGAAAACCTGATTTTC 1 32 1 CTCAAAAATCCCCAATTAAAAACGCTATAA 2 3 1 TAAAGAAAATTTAATAAATAAAATTCAATAAA 3 5 1 TTAAAGATAAAATAATAAAAATAAAAAATT 5 3 0 AATGAGTGGCACAAAACAAAATTAAAACCCGGTTGTT 5 101 0 GCTAAATCAATATAATTCAAACCCTAAACCCAAACCT 6 17 1 ATTTGAAAATAATAACACAACTTAAAAAAAACTACCC 6 149 1 CAACTTAAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCAATCTA 6 166 1 AAAATCAATCTAAAATTCTTAAATTAAAATATAGCTA 6 191 1 AAATTTTCTTAAAAAATCCTTAAATAATAAATGGGAT 7 143 1 AAACTTTTTTAAAAATTATTGAAAAAAACATGAAGAA 9 22 1 AAAATGAATTTAAAAATCAAACTTAAAAAATGAGTTT 11 50 1 GTTTTATCATTAAAATAAAATCTTAAAACGATAAAAT 11 83 1 ATCAAGCCATTAAAATCCCTTTTTTAAAAAATTGAGT 11 118 1 TATCCGCATGACAAATCCCTTCAAAAATGATATAATA 11 247 1 AACAAAACTTTAAAATCCGCAACCAATCATTCTAAAA 14 114 1 ****** * *** MAP Score: 2.90245 Motif 5 TTAATGAGAATTTTTTTTGTTATTATGGGACTT 0 22 1 TCTCTTTTGTTTTTTAGGGTTATTATAGCGTTT 2 29 0 TATTTTTCCTTTATTGAATTTTA 3 28 0 AATTTTTTATTTTTATTATTTTA 5 0 1 ACCCTTTTTTAAGTTAGGCTTAAAGATAAAATA 5 26 0 TAATTTCAGCTTGTTTGTTCTTTTGTTTCGTTT 5 65 1 TCAAACAACCGGGTTTTAATTTTGTTTTGTGCC 5 98 1 TCTAAAATTAGGGTTTGACTTAAAAATGATTTA 5 172 1 TTTGGGTTTAGGGTTTGAATTATATTGATTTAG 6 18 0 TATGAGAGAAAGGTTTGGGTTTAGGGTTTGAAT 6 31 0 AGAGTAATGGGTGTTTGTTTTAAGACGCTATGA 6 82 0 TTTTTAAGTTGTGTTATTATTTTCAAATTTCAA 6 144 0 TTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTAAGTTGTGTTAT 6 160 0 CCCATTTATTATTTAAGGATTTTTTAAGAAAAT 7 145 0 AATAGTTGTTATTTTTTCATTTTAAAAGGGGTT 7 191 1 ATTTAAAAATAGTTTTTGATTATACCTAAAGAA 10 130 0 CATTTTTTAAGTTTGATTTTTAAATTCATTTTC 11 49 0 TAAAAAATGAGTTTTATCATTAAAATAAAATCT 11 73 1 TAATGGCTTGATTTTATCGTTTTAAGATTTTAT 11 97 0 TAAGGCTAGTGGGTTTTAATTTAAGATCTAGGG 11 199 0 TATTGTATTAGAGTAATCTTTTAGC 13 2 0 ATTTGGTCGATCTTTTTGATTAACAAAACTTTA 14 93 1 TTTAGGAACAACTTTTGCTTTATTTTGCATAGA 14 156 1 * ***** **** MAP Score: 2.64841