AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons018_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246405 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0031 108 H. pylori predicted coding region HP0031 #1 HP0032 30 conserved hypothetical protein #2 HP0038 126 H. pylori predicted coding region HP0038 #3 HP0042 62 trbI protein #4 HP0043 69 mannose-6-phosphate isomerase (pmi) or (algA) #5 HP0044 41 GDP-D-mannose dehydratase (rfbD) #6 HP0102 30 conserved hypothetical protein #7 HP0103 205 methyl-accepting chemotaxis protein (tlpB) #8 HP0104 154 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase (cpdB) #9 HP0105 37 conserved hypothetical protein #10 HP0106 24 cystathionine gamma-synthase (metB) #11 HP0107 38 cysteine synthetase (cysK) #12 HP0180 257 apolipoprotein N-acyltransferase (cute) #13 HP0359 300 H. pylori predicted coding region HP0359 #14 HP0360 216 UDP-glucose 4-epimerase #15 HP0367 92 H. pylori predicted coding region HP0367 #16 HP0368 145 H. pylori predicted coding region HP0368 #17 HP0369 225 H. pylori predicted coding region HP0369 #18 HP0371 123 biotin carboxyl carrier protein (fabE) #19 HP0640 62 poly(A) polymerase (papS) #20 HP0643 164 glutamyl-tRNA synthetase (gltX) #21 HP0836 300 H. pylori predicted coding region HP0836 #22 HP0866 40 transcription elongation factor GreA (greA) #23 HP0869 58 hydrogenase expression/formation protein (hypA) #24 HP0870 207 flagellar hook (flgE) #25 HP0871 300 CDP-diglyceride hydrolase (cdh) Motif 1 CCTGAGCTATAAGCCCTTAAAAGCCAATAAA 14 96 1 TGATCGCTTAAAACCCTTAAACTATGCTTAA 17 25 0 GTTATACCAAAAACCCTAAAAATTTAAGCTC 13 42 1 TTTTCTTAAAAAATCCTTAAATAATAAATGG 14 146 1 CAAAATTCCTTAAAAATTCTAAAA 19 3 1 AAAGCCTTTAAAGTTTGTTAAT 18 1 1 AACGCTATAATAACCCTAAAAAACAAAAGAG 4 30 1 TGCTTAAAAGAATCCTTAAAAC 17 1 0 GCTTGAGCGATAACCTTTAAAAAGCGTTATG 24 28 1 AAGCAAACTCTATTCCTAAAAACACTTTATT 15 33 0 GCCAAGTGCTAATCTCTTAAATGATGCCTAT 20 57 1 CATTAAAATAAAATCTTAAAACGATAAAATC 21 90 1 TAAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCAATCT 12 171 1 TTTAGAAGCTAAACTCTAAAATTAGGGTTTG 7 158 1 ACTAAACCTTAATCTTTAAATTAGCCCCTA 23 38 0 AATCAATCTAAAATTCTTAAATTAAAATATA 12 193 1 CGATAAAATCAAGCCATTAAAATCCCTTTTT 21 111 1 GCTTTTTACTCTTAAAATTTCTTTGTG 19 45 0 AATATAATTCAAACCCTAAACCCAAACCTTT 12 25 1 CTTTACTATAAAACCATAAAACTTAATGCTG 17 64 0 CGTTTTCTCCTTAAATTTTTTCTTT 13 285 0 AATAAGTTAAAATTCATTAAAATAATCATAA 25 197 1 CACTTCATTTTATTTCTTAAAGATAAGATAA 15 62 0 TTGATTAACAAAACTTTAAAATCCGCAACCA 24 108 1 CATAGATTGAATTTCTTTAAATTAAAGGATA 24 183 1 TTTAGGGGTAATTTCTTTAAACAAGGTTTGC 17 104 0 GGGATCACTCAATTTTTTAAAAAAGGGATTT 21 130 0 AAGCTAAAAGAATTTTTTAAAAAATTAAATA 25 88 0 CTTGGTTGAGAAATCCTAAACGATTGGATCG 13 241 0 TTAAAGAAATTACCCCTAAACGCTATGTCAA 17 115 1 TTTTTTCAATAATTTTTAAAAAAGTTTGTTC 16 18 0 TTTCCTTAAAATGAGTTCATC 21 289 0 CTTTCAAACAAGGCCCTAAAAATTACGAAGA 3 25 1 TATAGATTAAATTTTCTTAAAAAATCCTTAA 14 135 1 CAAACACCCATTACTCTTAAATCATGCCAAT 12 98 1 TTTAGTAACCTATTTTTAAAAAGAGATTTTT 25 159 0 TGTTTGTGGCATATTTTAAAATAATATAAGG 18 91 1 ACAAAAAAAATTCTCATTAAATTCCTATTTA 2 11 0 AAAATGAGTTTTATCATTAAAATAAAATCTT 21 76 1 TATTGAATTTTATTTATTAAATTTTCTTTA 5 9 0 ** ******** MAP Score: 47.5385 Motif 2 TGATAACATTAAAAAAGCTAAAAGAATTTTTTA 25 100 0 ACAAAAGAACAAACAAGCTGAAATTATAGAACA 7 58 0 AAGAACCAACCTTAAATGAAGTTTTG 0 92 0 TGAATTTAAAAATCAAACTTAAAAAATGAGTTT 21 54 1 CCCTTAAAAAAATCAATCTAAAATTCTTAAATT 12 183 1 CAAAGCAAATAAAAAATCTCAATCCAATTTAAT 13 159 1 AATTTTCTTAAAAAATCCTTAAATAATAAATGG 14 144 1 CTATGCTTAAAAGAATCCTTAAAAC 17 2 0 AAAATTCCTTAAAAATTCTAAAAAGATATAATA 19 11 1 AGTGGCACAAAACAAAATTAAAACCCGGTTGTT 7 101 0 CATAATTATTAACAAACTTTAAAGGCTTT 18 6 0 TAATACACTAAAACAATCTCAAGGTTTCAAAAT 12 228 1 ATCCGCAACCAATCATTCTAAAAAGCTATTTAG 24 128 1 ATGTTATACCAAAAACCCTAAAAATTTAAGCTC 13 40 1 AAAACGCTATAATAACCCTAAAAAACAAAAGAG 4 28 1 TAATAACACAAAGAAATTTTAAGAGTAAAAAGC 19 39 1 ATTATACCTAAAGAATACTTAATTGTGTTGTGG 20 112 0 TACTAACTAGAAAAAAATTAAATTGATAACATT 25 123 0 AGGATTTTTTAAGAAAATTTAATCTATAATTTC 14 130 0 AAATTTAATAAATAAAATTCAATAAAGGAAAAA 5 16 1 TATAACAAACAATAAAATTCAATTTTGCGATT 11 9 0 TAAAGAAAATTTAATAAATAAAATT 5 2 1 CTTTTTGATTAACAAAACTTTAAAATCCGCAAC 24 104 1 TGTTTTTTTCAATAATTTTTAAAAAAGTTTGTT 16 19 0 AAGATAAAATAATAAAAATAAAAAATT 7 4 0 CTTAAAAGCCAATAAAGATGAAATTATAGATTA 14 111 1 AAATTATTGAAAAAAACATGAAGAATTGAATTT 16 34 1 AGCTTTTTGGAAGCATTTTAAAGCCACACTAGG 17 201 0 ATCTCCTATAAATCATTTTTAAGTCAAACCCTA 7 180 0 AAGATAAGATAAGCAAACTCTATTCCTAAAAAC 15 41 0 TATCATTAAAATAAAATCTTAAAACGATAAAAT 21 87 1 AATGAGATGAAAGAAAATTCTAGTAATGTTCTA 17 150 1 AAAAACCCTTTATTTAAAAATAG 20 151 0 CTCTATTCCTAAAAACACTTTATTCCACCCAAT 15 24 0 ** *** ** *** MAP Score: 45.5931 Motif 3 AAAAACCCTTTATTTAAAAA 20 154 0 GCTTTTTAAAAACTCTTCACCAATCTG 16 128 0 AATTTTCTTAAAAAATCCTTAAATAATAAA 14 144 1 TCAAGCCATTAAAATCCCTTTTTTAAAAAA 21 119 1 ATTTTTTGCTAAAAACGCTTATGGCTAGTA 18 53 1 TAATTTTTTAAAAAATTCTTTTAGCTTTTT 25 92 1 TATATTGCGCAAAATCTCTTTTGCTTTATA 13 124 0 TTAGTATTCAAAAATCTCTTTTTAAAAATA 25 150 1 CAAAATTCCTTAAAAATTCTA 19 1 1 GAGGGTTTGCAAAAACTCTCATTAAAAACA 25 267 1 ATGTTATACCAAAAACCCTAAAAATTTAAG 13 40 1 TCTGATCGCTTAAAACCCTTAAACTATGCT 17 28 0 TTTTACTCTTAAAATTTCTTTGTGTTATTA 19 39 0 TAATAACAAAAAAAATTCTCATTAAATTCC 2 17 0 AGGTATAATCAAAAACTATTTTTAAATAAA 20 136 1 ATAGGGGGGTAAAAATCATTCCCCAAACCA 8 11 0 ATCCCCAATTAAAAACGCTATAATAACCCT 4 17 1 AAGTATTTTGAAAATTCCTCCCTACA 21 6 0 AAAATTCCTTAAAAATTCTAAAAAGATATA 19 11 1 AAAACCCCTTTTAAAATGAA 14 206 0 TGAGATGAAAAAAAGCCCTTGCACATTGTT 2 84 1 AAACTTTTTTAAAAATTATTGAAAAAAACA 16 22 1 GTTTTTAGCAAAAAATTATTGTTATAATAA 18 39 0 TTATAAAACGCTTTATTTTGACA 25 3 1 AATTCCAATCAAAAACCATCGTATCGGTGT 8 82 1 AAAATCAATCTAAAATTCTTAAATTAAAAT 12 191 1 CGTTGGCTTCAAAATCTCTAATTTTTGAAA 16 90 0 CTCTATTCCTAAAAACACTTTATTCCACCC 15 27 0 CTAATAAGTTAAAATTCATTAAAATAATCA 25 195 1 GGTTTGACTTAAAAATGATTTATAGGAGAT 7 183 1 AGTGTGGCTTTAAAATGCTTCCAAAAAGCT 17 204 1 TCGCATGGTGAAAAATTATCGCCTGCTTAG 25 51 1 AATCATTCTAAAAAGCTATTTAGGAACAAC 24 138 1 AAATCCCTTCAAAAATGATATAATAGACTT 21 259 1 AAATTCTCATTAAATTCCTATTTAT 2 5 0 TTTTAATGATAAAACTCATTTTTTAAGTTT 21 68 0 GTTTGATTTTTAAATTCATTTTCTTAAGGA 21 42 0 AACTTTACTATAAAACCATAAAACTTAATG 17 67 0 ********** MAP Score: 43.1479 Motif 4 TAATAACAAAAAAAATTCTCATTAAATTCCTATTTA 2 11 0 ACCAAAAAACACAAGTCCCATAATAACAAAAAAAAT 2 31 0 CTCAAAAATCCCCAATTAAAAACGCTATA 4 3 1 TAAAAACGCTATAATAACCCTAAAAAACAAAAGAGA 4 26 1 TAAAGAAAATTTAATAAATAAAATTCAATAA 5 5 1 TAAAGATAAAATAATAAAAATAAAAAATT 7 3 0 ATGAGTGGCACAAAACAAAATTAAAACCCGGTTGTT 7 101 0 GCTTATGGGCAAAATGGGTAAAATAATGGGTAAGGG 8 42 0 CAATTTATGAATAAAGGAGTTAAAAAC 9 20 1 TTCTCCTATAACAAACAATAAAATTCAATTTTG 11 15 0 TTTGAAAATAATAACACAACTTAAAAAAAACTACCC 12 150 1 CAACTTAAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCAATCT 12 166 1 AAATCAATCTAAAATTCTTAAATTAAAATATAGCTA 12 192 1 AAATGTTATACCAAAAACCCTAAAAATTTAAGCTCC 13 38 1 AATATAAAGAACAAAGCAAATAAAAAATCTCAATCC 13 148 1 ACGACTGATAAAAAGAAAAAATTTAAGGAGAAAACG 13 274 1 GCTAATTCCCCAAAGATTGTAAAAATGGTGGGCTT 14 9 1 ATTTTTTAAGAAAATTTAATCTATAATTTCATCTTT 14 124 0 AATTTTCTTAAAAAATCCTTAAATAATAAATGGGAT 14 144 1 AAATGAAAAAATAACAACTATTATAACATCTTAATC 14 177 0 AAAACCCCTTTTAAAATGAAAAAATA 14 200 0 TTTATTCCACCCAATTCTATCTAAAAATA 15 3 0 TGGACTTAGAACAAACTTTTTTAAAAATTATTGAAA 16 10 1 AACTATGCTTAAAAGAATCCTTAAAAC 17 1 0 AAGCGATCAGAAAAAGTCAGCATTAAGTTTTATGGT 17 47 1 TTTGCATGAAAAAACTTTACTATAAAACCATAAAAC 17 73 0 GTGTGGCTTTAAAATGCTTCCAAAAAGCTT 17 205 1 TTTTTAGCAAAAAATTATTGTTATAATAACATAATT 18 32 0 CAAAATTCCTTAAAAATTCTAAAAAG 19 0 1 TAGCTTTTTGATAACCAACCATAAAAAGCTTGGCGT 20 19 1 AGGTATAATCAAAAACTATTTTTAAATAAAGGGTTT 20 136 1 TTTCCTTAAGAAAATGAATTTAAAAATCAAACTTAA 21 40 1 TTTTAATGATAAAACTCATTTTTTAAGTTTGATTTT 21 62 0 TTTTATCATTAAAATAAAATCTTAAAACGATAAAAT 21 84 1 TCAATTTTTTAAAAAAGGGATTTTAATGGCTTGATT 21 117 0 AAATCCGCAACCAATCATTCTAAAAAGCTATTTAGG 24 126 1 ACTTGTCAAAATAAAGCGTTTTATAA 25 0 0 TAAAAAAGCTAAAAGAATTTTTTAAAAAATTAAATA 25 88 0 GTTAGTATTCAAAAATCTCTTTTTAAAAATAGGTTA 25 149 1 TTATTTTTCTACAATAGTGGTTAAAATCTTTAATCA 25 228 0 AGGGTTTGCAAAAACTCTCATTAAAAACAAGGAGCA 25 268 1 **** ****** MAP Score: 40.726 Motif 5 TAATAACAAAAAAAATTCTCATTAAATTCCTATTTAT 2 10 0 CACCCCTTTCAAACAAGGCCCTAAAAATTACGAAGAA 3 20 1 CTCAAAAATCCCCAATTAAAAACGCTATAAT 4 4 1 TAAAGAAAATTTAATAAATAAAATTCAATAAAG 5 6 1 CTTAAAGATAAAATAATAAAAATAAAAAATT 7 4 0 TAATGTTATGAATCTCTTGTATTAAAAGGACTTCA 8 129 1 ATTTGAAAATAATAACACAACTTAAAAAAAACTACCC 12 149 1 CAACTTAAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCAATCTA 12 166 1 AATCAATCTAAAATTCTTAAATTAAAATATAGCTATA 12 193 1 TGCCAGTGAGAAATGTTATACCAAAAACCCTAAAAAT 13 28 1 CAATATAAAGAACAAAGCAAATAAAAAATCTCAATCC 13 147 1 TAAGATAAGCAAACTCTATTCCTAAAAACACTTTATT 15 33 0 AACTTTTTTAAAAATTATTGAAAAAAACATGAAGAAT 16 23 1 TTTGCATGAAAAAACTTTACTATAAAACCATAAAACT 17 72 0 TAACACAAAGAAATTTTAAGAGTAAAAAGC 19 42 1 AAAAACCCTTTATTTAAAAATAGTTTTTG 20 145 0 AAATGAATTTAAAAATCAAACTTAAAAAATGAGTTTT 21 51 1 TTTTATCATTAAAATAAAATCTTAAAACGATAAAATC 21 84 1 TAAAACGATAAAATCAAGCCATTAAAATCCCTTTTTT 21 106 1 TAAAAAAGCTAAAAGAATTTTTTAAAAAATTAAATAG 25 87 0 AAAAAAATTAAATTGATAACATTAAAAAAGCTAAAAG 25 109 0 TTAGTATTCAAAAATCTCTTTTTAAAAATAGGTTACT 25 150 1 GAGGGTTTGCAAAAACTCTCATTAAAAACAAGGAGCA 25 267 1 *** ******* MAP Score: 24.0452 Motif 6 CTTACTGGTGCAACCAAAAAACACAAGTCC 2 49 0 CAAAAATCCCCAATTAAAAACGCTATAATA 4 12 1 ACGCTATAATAACCCTAAAAAACAAAAGAG 4 31 1 CAGGGGGAGTTTATTAAAAAAGGGTTGGA 6 11 1 TCTTTAAGCCTAACTTAAAAAAGGGTGTTC 7 33 1 TTAGAAGCTAAACTCTAAAATTAGGGTTTG 7 159 1 CGTTAAATTCCAATCAAAAACCATCGTATC 8 77 1 AATAATAACACAACTTAAAAAAAACTACCC 12 156 1 AAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCAATCTA 12 173 1 GAGAAATGTTATACCAAAAACCCTAAAAAT 13 35 1 TTCCCCAAAGATTGTAAAAATGGTGGGCTT 14 15 1 AGATTAAATTTTCTTAAAAAATCCTTAAAT 14 138 1 ACCCCTTTTAAAATGAAAAAATAACAACTA 14 193 0 CACCCAATTCTATCTAAAAATA 15 2 0 GCAAACTCTATTCCTAAAAACACTTTATTC 15 32 0 TAGAACAAACTTTTTTAAAAATTATTGAAA 16 16 1 TTTTAAAAATTATTGAAAAAAACATGAAGA 16 28 1 ACAACGCTATTTTTTCAAAAATTAGAGATT 16 78 1 GCTTTTTAAAAACTCTTCACCA 16 133 0 GCTTAAAAGAATCCTTAAAAC 17 1 0 CTTTAAAATGCTTCCAAAAAGCTT 17 211 1 ATAAGCGTTTTTAGCAAAAAATTATTGTTA 18 45 0 TTCCTTATATTATTTTAAAATATGCCACAA 18 94 0 CAAAATTCCTTAAAAATTCTAAAAA 19 5 1 TTCCTTAAAAATTCTAAAAAGATATAATAA 19 15 1 TTATGGTTGGTTATCAAAAAGCTAACAGCG 20 13 0 TCTTTAGGTATAATCAAAAACTATTTTTAA 20 131 1 AAAAACCCTTTATTTAAAAATAGTTTTTGA 20 144 0 TAAGAAAATGAATTTAAAAATCAAACTTAA 21 46 1 TTTAAAAATCAAACTTAAAAAATGAGTTTT 21 58 1 ATTAAAATAAAATCTTAAAACGATAAAATC 21 91 1 TTAAAATCCCTTTTTTAAAAAATTGAGTGA 21 127 1 TGAGTGATCCCTATTAAAAATTTAGGAAAG 21 150 1 TTTCCTTAAAATGAGTTCATC 21 289 0 TGAGCGATAACCTTTAAAAAGCGTTATGGG 24 31 1 AAAGTTTTGTTAATCAAAAAGATCGACCAA 24 95 0 TGATTAACAAAACTTTAAAATCCGCAACCA 24 109 1 CGCAACCAATCATTCTAAAAAGCTATTTAG 24 131 1 AGCTATTTAATTTTTTAAAAAATTCTTTTA 25 85 1 TAAATTGATAACATTAAAAAAGCTAAAAGA 25 108 0 TTCTAGTTAGTATTCAAAAATCTCTTTTTA 25 144 1 TAGTAACCTATTTTTAAAAAGAGATTTTTG 25 158 0 AACAAGAGGGTTTGCAAAAACTCTCATTAA 25 262 1 GCAAAAACTCTCATTAAAAACAAGGAGCAA 25 275 1 ********** MAP Score: 12.7579 Motif 7 TCAGCGGGTCATTAGGGTTTATTTGGTATAA 0 58 1 TCTTTTGTTTTTTAGGGTTATTATAGCGTTT 4 29 0 CCTAACTTAAAAAAGGGTGTTCTATAATTTC 7 41 1 AAACTCTAAAATTAGGGTTTGACTTAAAAAT 7 168 1 CAATTTATGAATAAAGGAGTTAAAAAC 9 20 1 AAGGTTTGGGTTTAGGGTTTGAATTATATTG 12 24 0 AGCTTAAATTTTTAGGGTTTTTGGTATAACA 13 41 0 AAAGAAAAAATTTAAGGAGAAAACG 13 285 1 TTATTGGCTTTTAAGGGCTTATAGCTCAGGT 14 95 0 TTTTCATTTTAAAAGGGGTTTT 14 204 1 ATTGGGTGGAATAAAGTGTTTTTAGGAATAG 15 24 1 TGTTTTTAGGAATAGAGTTTGCTTATCTTAT 15 40 1 TTTTTCAAAAATTAGAGATTTTGAAGCCAAC 16 88 1 TTAAGCATAGTTTAAGGGTTTTAAGCGATCA 17 25 1 AGCATTAAGTTTTATGGTTTTATAGTAAAGT 17 65 1 TGACATAGCGTTTAGGGGTAATTTCTTTAAA 17 114 0 TTAACAAACTTTAAAGGCTTT 18 0 0 CTTACTAGCCATAAGCGTTTTTAGCAAAAAA 18 54 0 TTTAGAATTTTTAAGGAATTTTG 19 2 0 CTATTTTTAAATAAAGGGTTTTT 20 151 1 AATTTTTTAAAAAAGGGATTTTAATGGCTTG 21 120 0 ATAACGCTTTTTAAAGGTTATCGCTCAAGCT 24 27 0 TCATAAGAAAATAGGGGGTTTTGCAACACCA 24 62 0 TTTCTTTAAATTAAAGGATAACC 24 194 1 TTATAAAACGCTTTATTTTGACAA 25 3 1 ******* *** MAP Score: 2.47679 Motif 8 ATTTGGTATAATACCAAAACTTCATTTAAGGTTGGTTCTT 0 78 1 ATTTTTTATTTTTATTATTTTATCTTTAAGCCTAACTTAA 7 11 1 GAAATTTGAAAATAATAACACAACTTAAAAAAAACTACCC 12 146 1 ACACGACTGATAAAAAGAAAAAATTTAAGGAGAAAACG 13 272 1 GATGAAATTATAGATTAAATTTTCTTAAAAAATCCTTAAA 14 127 1 AAAATCCTTAAATAATAAATGGGATTAAGATGTTATAATA 14 155 1 TAGAATTGGGTGGAATAAAGTGTTTTTAGGAATAGAGTTT 15 20 1 TGGACTTAGAACAAACTTTTTTAAAAATTATTGAAA 16 6 1 ATAGGGCAGATTGGTGAAGAGTTTTTAAAAAGC 16 122 1 TTTTAAGGATTCTTTTAAGCATAGTTTAAGGGTTTTAAGC 17 11 1 AAAGATATAATAACACAAAGAAATTTTAAGAGTAAAAAGC 19 32 1 CTTTAGGTATAATCAAAAACTATTTTTAAATAAAGGGTTT 20 132 1 TCCTATTTCCTTAAGAAAATGAATTTAAAAATCAAACTTA 21 35 1 TATAATAGACTTGATGAACTCATTTTAAGGAAA 21 277 1 GTCGATCTTTTTGATTAACAAAACTTTAAAATCCGCAACC 24 98 1 GCAACCAATCATTCTAAAAAGCTATTTAGGAACAACTTTT 24 132 1 CTAGTTAGTATTCAAAAATCTCTTTTTAAAAATAGGTTAC 25 146 1 AAGTTACTAATAAGTTAAAATTCATTAAAATAATCATAAT 25 189 1 CAAGAGGGTTTGCAAAAACTCTCATTAAAAACAAGGAGCA 25 264 1 * * ** ****** MAP Score: 1.35162