AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons019_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246434
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0281	50	tRNA-guanine transglycosylase (tgt)
#1	HP0717	68	DNA polymerase III gamma and tau subunits (dnaX)
#2	HP0718	207	conserved hypothetical integral membrane protein
#3	HP0877	130	Holliday junction endodeoxyribonuclease (ruvC)
#4	HP0883	25	Holliday junction DNA helicase (ruvA)
#5	HP0884	167	H. pylori predicted coding region HP0884
#6	HP0925	155	recombinational DNA repair protein (recR)
#7	HP1024	167	co-chaperone-curved DNA binding protein A (CbpA)
#8	HP1058	148	3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase (panB)
#9	HP1060	67	H. pylori predicted coding region HP1060

Motif 1
TATTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAA	6	79	1
TAATGCAGATTTTAAACCCGTTTCAGCGCAATT	7	60	0
          TTTTATCCCTTTTTTATTTCTTG	4	12	0
TGGGTAAAAATTTTACTCCATTTTAACCGGTCA	8	73	0
AACAATCTACTTTTACACCCTTTAAAATTTTAT	9	44	0
AATATTTTAGTTAAAATTCCTTTTAATTGCGCT	7	36	1
ATTGTAATCCTTAAAACTCATTTAGGAGTATTG	1	41	0
TTAAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTT	6	101	1
CCTAAAATTTTAAAATACCATTTTTGAATGATT	2	129	1
AAGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTGCATTACAA	1	11	1
CAAATTCTTATATTATACCATTTAAGGATTAAA	5	142	1
ATTTTTATTTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAA	2	101	1
AAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCATA	5	53	1
  GGATCACCTTTAAAATAGTTTTATTAGAATA	7	146	0
GCGAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCTC	2	42	0
TAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTATAATTG	8	50	0
TAAACGCTTCATTAAGCGCTTTTTCATATTATT	6	53	1
TGGTTGTATTTATTACCTAATTTTCAGTGTTTT	5	87	1
          *****  ** ***
MAP Score: 29.1044

Motif 2
TTGTAATGCAAAATGACTTAAAACTAGCCCCTT	1	11	0
CAATACTCCTAAATGAGTTTTAAGGATTACAAT	1	41	1
TTAGCGCTCTTAGTGGCGTTTAAGAATAAGTTA	2	18	0
GCGCTAAAAAATGGGGTTTTTAAATTTTCGCGC	2	44	1
TTTATTTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAAT	2	104	1
ATCATTCAAAAATGGTATTTTAAAATTTTAGGG	2	128	0
TGGTAGTTTTTAGCTTATTTTGAGTGAAAGGAT	2	176	1
ATTTATACGCTAAATTTTTTAAAATTCTTAATG	3	23	1
GATATAATAATAGCGTTTTTTAAACCTTGCAAT	3	88	1
TATGCTAAAAAAAATATTTTTAACCAACAGCTT	5	53	0
ACGCTTCATTAAGCGCTTTTTCATATTATTTAA	6	56	1
TGTTTTTTAAAAGGGGGTTTAATTAAATAATAT	6	78	0
AAAGGGCTTTTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTTT	6	91	0
AAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCAAGTCAAGTTAA	6	114	1
TTAACTAAAATATTGAGTTTAAATCCACGATGA	7	17	0
AGCGCAATTAAAAGGAATTTTAACTAAAATATT	7	36	0
AATTGCGCTGAAACGGGTTTAAAATCTGCATTA	7	60	1
AGTTTATTGATAATGCTTTTAGATAATGCAGAT	7	83	0
TATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC  	7	146	1
AAATCCCTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTT	8	17	1
TGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATACTAAA	8	30	1
GATAAAATTTTAAAGGGTGTAAAAGTAGATTGT	9	43	1
          *** *  ******
MAP Score: 21.6847

Motif 3
TAATAGCGTTTTTTAAACCTTGCAATTAAAT	3	95	1
         TTTTTAATCCTTAAATGGTATA	5	155	0
AAAATGGGGTTTTTAAATTTTCGCGCAAAGC	2	51	1
ATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAATTTTAA	2	111	1
AACACTTCCATTTAAACGCTTCATTAAGCGC	6	41	1
          TTTTATCCCTTTTTTATTTCT	4	14	0
         CGTTTAAGCCTTAATCTTGGAT	0	38	0
TTTATCCCTTTTTTATTTCTTGTT       	4	3	0
AAAATGGTATTTTAAAATTTTAGGGTTTAAA	2	122	0
TTTTACACCCTTTAAAATTTTATCGTTATTG	9	36	0
CCTAAATGAGTTTTAAGGATTACAATCAAT 	1	48	1
TAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTATAAT	8	52	0
AAGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTGCATTAC	1	11	1
CTAAAAGGGCTTTTATTGTTTTTTAAAAGGG	6	96	0
CGCTAAATTTTTTAAAATTCTTAATGCAATC	3	30	1
TAATGCAGATTTTAAACCCGTTTCAGCGCAA	7	62	0
AGCTTAGGGATTTTATGCTCTAGGATTTTTG	5	27	0
TGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTA	8	25	1
GTGTATCATCATTTAATTTTTATTTATAAAG	2	86	1
GCTATCTCAATTTTAAGGAATAAC       	6	3	0
  GGATCACCTTTAAAATAGTTTTATTAGAA	7	148	0
          ****** ****
MAP Score: 20.1825

Motif 4
AAACCCTAAAATTTTAAAATACCATTTTTGAATGATTGGTT	2	125	1
GAGATAGCACATTATAACACTTCCATTTAAACGCTTCATTA	6	26	1
TTATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC 	7	137	1
TAAAAATATTTTTTTTAGCATACTGGTTGTATTTATTACCT	5	64	1
ATGGAGTAAAATTTTTACCCACCCTAATAAAGTCATGCTAC	8	85	1
ATACGCTAAATTTTTTAAAATTCTTAATGCAATCTTGTATT	3	27	1
TTGCGCGAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTAG	2	38	0
TTTAATTTTTATTTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAATT	2	97	1
CCTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATACTAAA	8	22	1
ATTTTACTCCATTTTAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTA	8	56	0
TTGATAATGCTTTTAGATAATGCAGATTTTAAACCCGTTTC	7	69	0
CTTTTTTCAAATTCTTATATTATACCATTTAAGGATTAAAA	5	135	1
TAAAAAAAATATTTTTAACCAACAGCTTAGGGATTTTATGC	5	40	0
TTCATATTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAATAAA	6	75	1
AATAATAGCGTTTTTTAAACCTTGCAATTAAATAATAGGAA	3	93	1
ATCTAAAAGCATTATCAATAAACTTGATTGACTAACACTAA	7	92	1
TCAGTGTTTTTTTGTTAGCATATTTCTTTTTTCAAATTCTT	5	110	1
ACTCAATATTTTAGTTAAAATTCCTTTTAATTGCGCTGAAA	7	32	1
          *** * * *   *   **  *
MAP Score: 17.978

Motif 5
TGCGCGAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCTCTT	2	40	0
AGCCATTGTGTATCATCATTTAATTTTTATTTATAAAG	2	79	1
TTTAATTTTTATTTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAA	2	97	1
AACCCTAAAATTTTAAAATACCATTTTTGAATGATTGG	2	126	1
GAAACATGGATATAATAATAGCGTTTTTTAAACCTTGC	3	80	1
CCCTAAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCATAC	5	49	1
TACTGGTTGTATTTATTACCTAATTTTCAGTGTTTTTT	5	84	1
ATTTAAACGCTTCATTAAGCGCTTTTTCATATTATTTA	6	50	1
TTCATATTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAAT	6	75	1
CCTTTTAAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTC	6	97	1
ACTCAATATTTTAGTTAAAATTCCTTTTAATTGCGCTG	7	32	1
GATAATGCTTTTAGATAATGCAGATTTTAAACCCGTTT	7	70	0
TATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATC	7	138	1
CTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATACTA	8	23	1
          **  ****      ****
MAP Score: 10.2464

Motif 6
TTAACTTATTCTTAAACGCCACTAAGAGCGCTAA	2	17	1
CGCGAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCTC	2	42	0
TAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAATTTTAAAATA	2	112	1
TGCTCCCTTATTTATACGCTAAATTTTTTAAAAT	3	14	1
GCTAAATTTTTTAAAATTCTTAATGCAATCTTGT	3	31	1
AATAGCGTTTTTTAAACCTTGCAATTAAATAATA	3	96	1
TATTTCTTTTTTCAAATTCTTATATTATACCATT	5	130	1
AACACTTCCATTTAAACGCTTCATTAAGCGCTTT	6	41	1
ATATTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAA	6	78	1
TCATCGTGGATTTAAACTCAATATTTTAGTTAAA	7	17	1
AATATTTTAGTTAAAATTCCTTTTAATTGCGCTG	7	36	1
CTGAAACGGGTTTAAAATCTGCATTATCTAAAAG	7	67	1
ACAATCTACTTTTACACCCTTTAAAATTTTATCG	9	42	0
          ** **** **  **
MAP Score: 3.70692

Motif 7
          ACTTCCTAAAAAATGATTACGCCATTAT	0	0	1
  ATTGATTGTAATCCTTAAAACTCATTTAGGAGTATT	1	42	0
AAGGTCGTTTTAAACCCTAAAATTTTAAAATACCATTT	2	114	1
TTATACGCTAAATTTTTTAAAATTCTTAATGCAATCTT	3	25	1
ATCCCTAAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCAT	5	47	1
TTAGCATATTTCTTTTTTCAAATTCTTATATTATACCA	5	124	1
        GTTATTCCTTAAAATTGAGATAGCACATTA	6	2	1
CCCCTTTTAAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTT	6	95	1
TTAAAAGGAATTTTAACTAAAATATTGAGTTTAAATCC	7	24	0
TTATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGAT	7	137	1
TCCCTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATA	8	20	1
GTTTCTTTCAATTATACTAAAATAATTAAAATGACCGG	8	42	1
GACCGGTTAAAATGGAGTAAAATTTTTACCCACCCTAA	8	74	1
TTACACTACAATAACGATAAAATTTTAAAGGGTGTAAA	9	28	1
          * *    ***** * * *
MAP Score: 3.03244

Motif 8
        CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATA	0	35	0
CTAAATGAGTTTTAAGGATTACAATCAAT    	1	49	1
CTTAGTGGCGTTTAAGAATAAGTTAAGATTAAC	2	10	0
AAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTAGTGGCGTTT	2	30	0
TATTTTAAAATTTTAGGGTTTAAAACGACCTTT	2	113	0
AACCCTAAAATTTTAAAATACCATTTTTGAATG	2	126	1
TGTTGGTAGTTTTTAGCTTATTTTGAGTGAAAG	2	173	1
ATTTTAAAAAATTTAGCGTATAAATAAGGGAGC	3	15	0
ACGCTAAATTTTTTAAAATTCTTAATGCAATCT	3	29	1
CCATGTTTCTTGTTAGAATAAAATACAAGATTG	3	56	0
GGATTTTATGCTCTAGGATTTTTGGCTTTTTAC	5	18	0
AAAATATTTTTTTTAGCATACTGGTTGTATTTA	5	66	1
ATTACCTAATTTTCAGTGTTTTTTTGTTAGCAT	5	98	1
AGTGTTTTTTTGTTAGCATATTTCTTTTTTCAA	5	112	1
        TTTTTAATCCTTAAATGGTATAATA	5	152	0
AGCGTTTAAATGGAAGTGTTATAATGTGCTATC	6	28	0
CTAAAAGGGCTTTTATTGTTTTTTAAAAGGGGG	6	94	0
        TCTGTTAGTATATCAAACTTAACTT	6	140	0
TTTAAACCCGTTTCAGCGCAATTAAAAGGAATT	7	50	0
TATCATAAATCTTTAGTGTTAGTCAATCAAGTT	7	112	0
AAAATAGTTTTATTAGAATACTATCATAAATCT	7	133	0
   GGATCACCTTTAAAATAGTTTTATTAGAAT	7	147	0
ATTTTAATTATTTTAGTATAATTGAAAGAAACT	8	41	0
TTTATCGTTATTGTAGTGTAATTTTCTTTCTAA	9	16	0
TTTTACACCCTTTAAAATTTTATCGTTATTGTA	9	34	0
TTTTAAAGGGTGTAAAAGTAGATTGTT      	9	50	1
          ****** ***  *
MAP Score: 0.622851