AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons019_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246452
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0281	50	tRNA-guanine transglycosylase (tgt)
#1	HP0717	68	DNA polymerase III gamma and tau subunits (dnaX)
#2	HP0718	207	conserved hypothetical integral membrane protein
#3	HP0877	130	Holliday junction endodeoxyribonuclease (ruvC)
#4	HP0883	25	Holliday junction DNA helicase (ruvA)
#5	HP0884	167	H. pylori predicted coding region HP0884
#6	HP0925	155	recombinational DNA repair protein (recR)
#7	HP1024	167	co-chaperone-curved DNA binding protein A (CbpA)
#8	HP1058	148	3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase (panB)
#9	HP1060	67	H. pylori predicted coding region HP1060

Motif 1
AAGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTGCATTACAAT	1	11	1
          TTTTATCCCTTTTTTATTTCTTGT	4	11	0
TGGGTAAAAATTTTACTCCATTTTAACCGGTCAT	8	72	0
TATTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAAT	6	79	1
AATATTTTAGTTAAAATTCCTTTTAATTGCGCTG	7	36	1
AACAATCTACTTTTACACCCTTTAAAATTTTATC	9	43	0
TAAACGCTTCATTAAGCGCTTTTTCATATTATTT	6	53	1
ATTGTAATCCTTAAAACTCATTTAGGAGTATTGT	1	40	0
ATTTTTATTTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAA	2	101	1
TTAAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTC	6	101	1
  GGATCACCTTTAAAATAGTTTTATTAGAATAC	7	145	0
CCTAAAATTTTAAAATACCATTTTTGAATGATTG	2	129	1
TAATGCAGATTTTAAACCCGTTTCAGCGCAATTA	7	59	0
CAAATTCTTATATTATACCATTTAAGGATTAAAA	5	142	1
AAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCATAC	5	53	1
ACATGGATATAATAATAGCGTTTTTTAAACCTTG	3	83	1
TGTTGGTAGTTTTTAGCTTATTTTGAGTGAAAGG	2	173	1
TAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTATAATTGA	8	49	0
GCATTAAGAATTTTAAAAAATTTAGCGTATAAAT	3	23	0
GCGAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCTCT	2	41	0
TGGTTGTATTTATTACCTAATTTTCAGTGTTTTT	5	87	1
ATGCTCTAGGATTTTTGGCTTTTTACGGGATTTG	5	10	0
          *****   * ****
MAP Score: 31.6747

Motif 2
TCTACTTTTACACCCTTTAAAATTTTATCGT	9	41	0
TTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAATAA	6	84	1
AATTTTTACCCACCCTAATAAAGTCATGCTA	8	94	1
 ATTGATTGTAATCCTTAAAACTCATTTAGG	1	48	0
       GTTATTCCTTAAAATTGAGATAGC	6	3	1
     TTTTTAATCCTTAAATGGTATAATAT	5	151	0
TTTAGTTAAAATTCCTTTTAATTGCGCTGAA	7	41	1
GGTCGTTTTAAACCCTAAAATTTTAAAATAC	2	116	1
 AATCGCCAAATCCCTTGAATTGTTTGTTAA	8	9	1
         ACTTCCTAAAAAATGATTACGC	0	1	1
AAAATGATTACGCCATTATATCCAAGATTAA	0	19	1
AAAAATTTTACTCCATTTTAACCGGTCATTT	8	70	0
    TTATTGCTCCCTTATTTATACGCTAAA	3	6	1
AAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCAA	6	106	1
       CAAATCCCGTAAAAAGCCAAAAAT	5	3	1
      TTTTATCCCTTTTTTATTTCTTGTT	4	10	0
      GGATCACCTTTAAAATAGTTTTATT	7	152	0
     CAACCATTCCTATTATTTAATTGCAA	3	114	0
CATTGTGTATCATCATTTAATTTTTATTTAT	2	82	1
AATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTA	2	39	0
          * *********
MAP Score: 16.8818

Motif 3
AAGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTGCATTACAAT	1	11	1
TAACTTATTCTTAAACGCCACTAAGAGCGCTAAA	2	18	1
TGTATCATCATTTAATTTTTATTTATAAAGGTCG	2	87	1
AAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAATTTTAAAATAC	2	113	1
CCCTAAAATTTTAAAATACCATTTTTGAATGATT	2	128	1
GCTCCCTTATTTATACGCTAAATTTTTTAAAATT	3	15	1
GCTAAATTTTTTAAAATTCTTAATGCAATCTTGT	3	31	1
ATAGCGTTTTTTAAACCTTGCAATTAAATAATAG	3	97	1
AAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCATAC	5	53	1
  GTTATTCCTTAAAATTGAGATAGCACATTATA	6	8	1
ACACTTCCATTTAAACGCTTCATTAAGCGCTTTT	6	42	1
TATTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAAT	6	79	1
TTAAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTC	6	101	1
CATCGTGGATTTAAACTCAATATTTTAGTTAAAA	7	18	1
AATATTTTAGTTAAAATTCCTTTTAATTGCGCTG	7	36	1
TGAAACGGGTTTAAAATCTGCATTATCTAAAAGC	7	68	1
 GGATCACCTTTAAAATAGTTTTATTAGAATACT	7	144	0
GAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATACT	8	26	1
          ****** *   ***
MAP Score: 13.2617

Motif 4
      ACTTCCTAAAAAATGATTACGCCA	0	4	1
ATGCAAAATGACTTAAAACTAGCCCCTTT 	1	9	0
TGATTGTAATCCTTAAAACTCATTTAGGAG	1	46	0
CACTAAGAGCGCTAAAAAATGGGGTTTTTA	2	36	1
AAAAAATGGGGTTTTTAAATTTTCGCGCAA	2	49	1
TTAAAACGACCTTTATAAATAAAAATTAAA	2	97	0
AAATTTTAGGGTTTAAAACGACCTTTATAA	2	109	0
AAAAATGGTATTTTAAAATTTTAGGGTTTA	2	124	0
CTCAAAATAAGCTAAAAACTACCAACACCA	2	170	0
AAAAATTTAGCGTATAAATAAGGGAGCAAT	3	12	0
CATTAAGAATTTTAAAAAATTTAGCGTATA	3	26	0
TAATTGCAAGGTTTAAAAAACGCTATTATT	3	93	0
    CAAATCCCGTAAAAAGCCAAAAATCC	5	6	1
CTAAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTA	5	51	1
CAACCAGTATGCTAAAAAAAATATTTTTAA	5	63	0
CTGAAAATTAGGTAATAAATACAACCAGTA	5	84	0
    GTTATTCCTTAAAATTGAGATAGCAC	6	6	1
CTTAATGAAGCGTTTAAATGGAAGTGTTAT	6	39	0
ATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAATAAAAG	6	88	1
TCAATATTTTAGTTAAAATTCCTTTTAATT	7	34	1
AGTTAAAATTCCTTTTAATTGCGCTGAAAC	7	44	1
CGCTGAAACGGGTTTAAAATCTGCATTATC	7	65	1
   GGATCACCTTTAAAATAGTTTTATTAG	7	150	0
TAAAATGACCGGTTAAAATGGAGTAAAATT	8	68	1
TATTAGGGTGGGTAAAAATTTTACTCCATT	8	84	0
CTTTTACACCCTTTAAAATTTTATCGTTAT	9	38	0
          **********
MAP Score: 11.5873

Motif 5
     CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAATC	0	24	0
TTAGGAGTATTGTAATGCAAAATGACTTAAAACTAGCCCCT	1	12	0
        GTTAATCTTAACTTATTCTTAAACGCCACTAAG	2	2	1
ATTTAATTTTTATTTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAAT	2	96	1
CAAACCAATCATTCAAAAATGGTATTTTAAAATTTTAGGGT	2	127	0
GCTTAATCCTTTCACTCAAAATAAGCTAAAAACTACCAACA	2	173	0
CATTAAGAATTTTAAAAAATTTAGCGTATAAATAAGGGAGC	3	15	0
CTTGTTAGAATAAAATACAAGATTGCATTAAGAATTTTAAA	3	40	0
TATTTTATTCTAACAAGAAACATGGATATAATAATAGCGTT	3	64	1
ATTTAATTGCAAGGTTTAAAAAACGCTATTATTATATCCAT	3	85	0
CCTAAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCATACTGGT	5	50	1
AGCATATTTCTTTTTTCAAATTCTTATATTATACCATTTAA	5	126	1
TTATAACACTTCCATTTAAACGCTTCATTAAGCGCTTTTTC	6	37	1
AAAAGGGGGTTTAATTAAATAATATGAAAAAGCGCTTAATG	6	62	0
TAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAG	6	86	1
AAACTTAACTTGACTTGAAAGCCACTAAAAGGGCTTTTATT	6	110	0
AACTCAATATTTTAGTTAAAATTCCTTTTAATTGCGCTGAA	7	31	1
TCCTTTTAATTGCGCTGAAACGGGTTTAAAATCTGCATTAT	7	53	1
TAAAATAGTTTTATTAGAATACTATCATAAATCTTTAGTGT	7	126	0
AATCGCCAAATCCCTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTC	8	10	1
TTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATACTAAAATAATTAAAAT	8	33	1
TATACTAAAATAATTAAAATGACCGGTTAAAATGGAGTAAA	8	54	1
GAAAGAAAATTACACTACAATAACGATAAAATTTTAAAGGG	9	19	1
          *    * ***      *****
MAP Score: 6.06131

Motif 6
ATTGTAATGCAAAATGACTTAAAACTAGCCC	1	14	0
GTAATCCTTAAAACTCATTTAGGAGTATTGT	1	40	0
CGAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCT	2	43	0
ATGATGATACACAATGGCTTTGCGCGAAAAT	2	67	0
TTAGGGTTTAAAACGACCTTTATAAATAAAA	2	103	0
CTAAAATTTTAAAATACCATTTTTGAATGAT	2	130	1
CAAGGTTTAAAAAACGCTATTATTATATCCA	3	86	0
TATGCTAAAAAAAATATTTTTAACCAACAGC	5	55	0
AATAATATGAAAAAGCGCTTAATGAAGCGTT	6	55	0
TTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAA	6	81	1
AAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTT	6	103	1
TATTTTAGTTAAAATTCCTTTTAATTGCGCT	7	38	1
AATTGCGCTGAAACGGGTTTAAAATCTGCAT	7	60	1
ACGGGTTTAAAATCTGCATTATCTAAAAGCA	7	72	1
AAGTTTATTGATAATGCTTTTAGATAATGCA	7	86	0
GATCACCTTTAAAATAGTTTTATTAGAATAC	7	145	0
       AACAATCTACTTTTACACCCTTTA	9	53	0
          ***** *****
MAP Score: 3.78687