AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons020_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246464 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0296 241 ribosomal protein L21 (rpl21) #1 HP0298 116 dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein (dppA) #2 HP0329 248 NH(3)-dependent NAD+ synthetase (nadE) #3 HP0570 47 aminopeptidase a/i (pepA) #4 HP0572 57 adenine phosphoribosyltransferase (apt) #5 HP0573 51 H. pylori predicted coding region HP0573 #6 HP0577 73 methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase (folD) #7 HP0584 81 flagellar switch protein (fliN) #8 HP0585 228 endonuclease III (nth) #9 HP1338 262 conserved hypothetical protein Motif 1 TTTAGCTTGTTTGTTAAAAAACCAATAAGGATTTGAT 0 11 0 TAAAAGAATTTTTTATTCAAAATAACCCCATTTAACC 0 117 0 TAACTTTAAATTGAGATTAAATCCACATTAAAAGAAT 0 145 0 ATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTT 0 202 1 TTCTATTCCTTAAAAATTGAACGCTCTTTTTA 0 219 0 ATCGCTCCCATTATGGTAAAATAAATACTTGCTTAAA 2 29 0 CTACGAGCACTTTTAAAGAAGTGAAACGATGATTATA 2 164 1 AAAGCTAATTTTTCACTTAAACGATGCGTTTTTTCTA 2 207 1 AACCAATCCGTTATATTAAAGGAAATCAAA 4 37 1 AATTACATCGTTTCGCTAAAAAGGATATTTTAACAGA 5 24 1 TACTATAAATTTTATAACAAATAAAGCCA 7 2 0 GTTATAAAATTTATAGTAAAATTAAGATTTTATAATC 7 21 1 AATTAAGATTTTATAATCAAAGTCAAATCATTCTTGA 7 40 1 AAAGCCACGCTTTCGGTTAAAATCAACCGCATTCAAG 8 152 1 GCACAATACCTTGTCATCAAAGAAAGCGT 8 209 1 TATTGACTTGTTATTATTAAAACAATATAATCAACAA 9 82 0 AAGCTAATAATTACAATCAAATCCAAACGCTCTTATG 9 125 1 TATGATTGAATTAATTTAAAATGAACAATTATAATAC 9 184 0 ** * * *** ** * MAP Score: 21.7152 Motif 2 AATTGCGAGTGGTTTGAGTGGGACAATGCGGGTTAAT 0 73 1 GGGTTAAATGGGGTTATTTTGAATAAAAAATTCTTTT 0 116 1 AAAATTGAACGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTAT 0 202 0 TGAAAAATTAGCTTTTCTTGCTATAATCATCGTTTCA 2 185 0 TAAACGATGCGTTTTTTCTATTATAATTTAAGGC 2 224 1 CAAACTAGGTTTTTATTCCATTAAACGCATGATT 6 7 1 TAAACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGGATTTTAA 6 31 1 ACAATAATAGGATTTTAATTATATAAAGGACAA 6 50 1 TGGCTTTATTTGTTATAAAATTTATAGTA 7 2 1 TTTCAAGAATGATTTGACTTTGATTATAAAATCTTAA 7 42 0 GGGGTTCAATGCATTCTTTTGCATTATTCCATGAAAA 8 116 1 TCTTTAAGAAGCATTCGTTCGCATAAATGCTCCAAAA 9 27 1 AGAGCGTTTGGATTTGATTGTAATTATTAGCTTAATC 9 121 0 * *** * ***** MAP Score: 18.3205 Motif 3 TAAAGTTACATTTTAGCAAATACTCACTAT 0 174 1 AAAATATCCTTTTTAGCGAAACGATGTAAT 5 25 0 GAAACGATGATTATAGCAAGAAAAGCTAAT 2 186 1 CTTATTGGTTTTTTAACAAACAAGCTAAAA 0 19 1 CATGAGCGGCTTTTAACGAACTCATGCCAA 9 225 1 ACTATAAATTTTATAACAAATAAAGCCA 7 8 0 GTTATAAAATTTATAGTAAAATTAAGATTT 7 21 1 TCCTAGCGTGTTTAAGCAAGTATTTATTTT 2 19 1 AAACGCATCGTTTAAGTGAAAAATTAGCTT 2 208 0 AATCCTATTATTGTAGCAAAAATCATGCGT 6 34 0 ATCCGTTATATTAAAGGAAATCAAA 4 42 1 TAAACGCTTATTATAGTGAGTATTTGCTAA 0 186 0 AGCGTTCAATTTTTAAGGAATAGAA 0 226 1 AACGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTAT 0 202 0 TTGAATTAATTTAAAATGAACAATTATAAT 9 186 0 TACGAGCACTTTTAAAGAAGTGAAACGATG 2 165 1 TGCGGTTGATTTTAACCGAAAGCGTGGCTT 8 153 0 TTTTGGAGCATTTATGCGAACGAATGCTTC 9 34 0 ********** MAP Score: 15.5632 Motif 4 AAAGTATTCCAAAATAAGCTTAATAACAATT 0 46 1 TATTTTGAATAAAAAATTCTTTTAATGTGGA 0 130 1 CTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTATAGTGA 0 197 0 CGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTA 0 210 1 CACTTCTTTAAAAGTGCTCGTAGCTCAGCTG 2 156 0 ATTATAATAGAAAAAACGCATCGTTTAAGTG 2 220 0 TGAAGCCCTTAAAAAACGCTTTCTCTCTTTT 8 73 1 GAATAATGCAAAAGAATGCATTGAACCCCTT 8 114 0 GTTGATTTTAACCGAAAGCGTGGCTTTTTTC 8 148 0 CCTTGTCATCAAAGAAAGCGT 8 217 1 AATGCTTCTTAAAGAGTGCATGCTCTTAGAG 9 11 0 CATTTATGCGAACGAATGCTTCTTAAAGAGT 9 25 0 AGCGGCTTTTAACGAACTCATGCCAAAAAAG 9 229 1 ********* * MAP Score: 13.9249 Motif 5 ATGGGGTTATTTTGAATAAAAAATTCTTTTAATGTGGATT 0 123 1 TTTAGCAAATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAA 0 185 1 GCACTTTTAAAGAAGTGAAACGATGATTATAGCAAGAAAA 2 170 1 ACGCATCGTTTAAGTGAAAAATTAGCTTTTCTTGCTATAA 2 196 0 AAGCTAATTTTTCACTTAAACGATGCGTTTTTTCTATTAT 2 208 1 TGCAATACAATTCTTGAAAGATATGAAATTAAAAAAGGAG 3 12 1 GAAAGATATGAAATTAAAAAAGGAGACTTT 3 27 1 AAATATCCTTTTTAGCGAAACGATGTAATTATACTACATT 5 14 0 ATTACATCGTTTCGCTAAAAAGGATATTTTAACAGA 5 25 1 CATGCGTTTAATGGAATAAAAACCTAGTTTG 6 1 0 TAGGTTTTTATTCCATTAAACGCATGATTTTTGCTACAAT 6 15 1 GCATGATTTTTGCTACAATAATAGGATTTTAATTATATAA 6 36 1 GATTTGACTTTGATTATAAAATCTTAATTTTACTATAAAT 7 29 0 AGTCAAATCATTCTTGAAAGAGTAGAGTTTT 7 60 1 GATTTCTACGATTTCATAAACTTTGTCTTTAATGGCTTCA 8 22 0 ATGGATACCAAAAGAGAGAAAGCGTTTTTTAAGGGCTTCA 8 73 0 TTTTCATGGAATAATGCAAAAGAATGCATTGAACCCCTTC 8 113 0 CGGTTGATTTTAACCGAAAGCGTGGCTTTTTTCATGGAAT 8 141 0 TAAATCCAGTTTGTATTATAATTGTTCATTTTAAATTAAT 9 172 1 AATTCAATCATACTAGCATGAGCGGCTTTTAACGAACTCA 9 209 1 TTTAACGAACTCATGCCAAAAAAGGATTTTTCTCAA 9 236 1 * ***** * *** MAP Score: 13.6977 Motif 6 TAAATCCACATTAAAAGAATTTTTTATTCAAAATAACCCCA 0 124 0 TTAATCTCAATTTAAAGTTACATTTTAGCAAATACTCACTA 0 162 1 TCCTTAAAAATTGAACGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATT 0 204 0 TCCTAGCGTGTTTAAGCAAGTATTTATTTTACCATAATGGG 2 19 1 AATTTTTCACTTAAACGATGCGTTTTTTCTATTATAATTTA 2 213 1 GTCTCCTTTTTTAATTTCATATCTTTCAAGAATTGTATTGC 3 13 0 TCTGTTAAAATATCCTTTTTAGCGAAACGATGTAA 5 26 0 TTTTATTCCATTAAACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGG 6 20 1 AAATCTTAATTTTACTATAAATTTTATAACAAATAAAGCCA 7 10 0 AATGAAGCCATTAAAGACAAAGTTTATGAAATCGTAGAAAT 8 20 1 CATGAAGGGGTTCAATGCATTCTTTTGCATTATTCCATGAA 8 110 1 TGTTGGTTTGTTGATTATATTGTTTTAATAATAACAAGTCA 9 75 1 GCGTTTGGATTTGATTGTAATTATTAGCTTAATCATTATTG 9 114 0 TTGAATTAATTTAAAATGAACAATTATAATACAAACTGGAT 9 175 0 ** ** * **** * MAP Score: 12.5392 Motif 7 GATCAAATCCTTATTGGTTTTTTAA 0 2 1 TTGAGAAAAATCCTTTTTTGGCATGAGT 9 244 0 GACCAACCATTTAAATCCAGTTTGTATTATAAT 9 161 1 TAAATTGAGATTAAATCCACATTAAAAGAATTT 0 143 0 TCTTTTTAAAATAAACGCTTATTATAGTGAGTA 0 194 0 ATAATCAAAGTCAAATCATTCTTGAAAGAGTAG 7 52 1 TTTAATGGAATAAAAACCTAGTTTG 6 2 0 TTTAAAGAAGTGAAACGATGATTATAGCAAGAA 2 175 1 ACTTTGATTATAAAATCTTAATTTTACTATAAA 7 30 0 AAACGCTATAATAAATCAAAATTCTACAACCAA 4 10 1 TCCTTAAAAATTGAACGCTCTTTTTAAAATAAA 0 212 0 TTTATATAATTAAAATCCTATTATTGTAGCAAA 6 44 0 AATATAATCAACAAACCAACATTCCTTTATCAT 9 63 0 ATTTATGCGAACGAATGCTTCTTAAAGAGTGCA 9 22 0 GATTATAGCAAGAAAAGCTAATTTTTCACTTAA 2 194 1 GAGTATTTGCTAAAATGTAACTTTAAATTGAGA 0 166 0 TCTGTTAAAATATCCTTTTTAGCGAAACGA 5 31 0 ACAATCAAATCCAAACGCTCTTATGACCAACCA 9 137 1 * ******* ** MAP Score: 12.3381 Motif 8 GTTTGTTAAAAAACCAATAAGGATTTGATC 0 7 0 TGAGATTAAATCCACATTAAAAGAATTTTTTAT 0 138 0 TTCTATTCCTTAAAAATTGAACGCTC 0 225 0 GGTAACCTTTAAAGGTTAATTAAAC 1 2 1 TGTTTGTGAAACACCTATAAACGCAATAAAATA 1 42 1 CTCCACAACAAATTCTATAAAGGATAGAGATCT 1 85 0 TCATCGTTTCACTTCTTTAAAAGTGCTCGTAGC 2 163 0 AGTGCAATACAATTCTTGAAAGATATGAAATTA 3 10 1 CTAGGTTTTTATTCCATTAAACGCATGATTTTT 6 14 1 ACGCTCAATGAAGCCATTAAAGACAAAGTTTAT 8 14 1 AACTGCGATGAAGCCCTTAAAAAACGCTTTCTC 8 65 1 TCTCTTTTGGTATCCATGAAGGGGTTCAATGCA 8 96 1 CTTTTGCATTATTCCATGAAAAAAGCCACGCTT 8 131 1 TGGCTTTAAGATCCCATGAAGCACAATACCTTG 8 189 1 TTTTGGCATGAGTTCGTTAAAAGCCGCTCATGC 9 224 0 TAACGAACTCATGCCAAAAAAGGATTTTTCTCA 9 238 1 * ** ******* MAP Score: 12.0679 Motif 9 CAAAATAACCCCATTTAACCCGCCATTATTA 0 106 0 CGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTATAGT 0 199 0 TATTCCTTAAAAATTGAACGCTCTTTTTAAA 0 217 0 GTTTAATTAACCTTTAAAGGTTACC 1 4 0 TTGTGAAACACCTATAAACGCAATAAAATAT 1 45 1 CACAACAAATTCTATAAAGGATAGAGATCTA 1 84 0 GCTAATTTTTCACTTAAACGATGCGTTTTTT 2 210 1 TTTTCTATTATAATTTAAGGC 2 237 1 GGTTTTTATTCCATTAAACGCATGATTTTTG 6 17 1 GGATTTTAATTATATAAAGGACAA 6 59 1 AATTTTATAACAAATAAAGCCA 7 1 0 AATGACGCTCAATGAAGCCATTAAAGACA 8 8 1 ATCGCTAACTGCGATGAAGCCCTTAAAAAAC 8 59 1 GCAAAAGAATGCATTGAACCCCTTCATGGAT 8 107 0 ATCTTAAAGCCACTTGAATGCGGTTGATTTT 8 170 0 GCTTTAAGATCCCATGAAGCACAATACCTTG 8 191 1 TATGACCAACCATTTAAATCCAGTTTGTATT 9 158 1 AGCATGAGCGGCTTTTAACGAACTCATGCCA 9 223 1 ** ******** MAP Score: 6.54873 Motif 10 TAATGGCGGGTTAAATGGGGTTATTTTGAATAAAAAATTCTTT 0 109 1 AATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAA 0 192 1 CTAGCGTGTTTAAGCAAGTATTTATTTTACCATAATGGGAGCG 2 21 1 TTTAAAGAAGTGAAACGATGATTATAGCAAGAAAAGCTAATTT 2 175 1 TTTTTCACTTAAACGATGCGTTTTTTCTATTATAATTTAAGGC 2 215 1 AAACGCTATAATAAATCAAAATTCTACAACCAATCCGTTATAT 4 10 1 CAAACTAGGTTTTTATTCCATTAAACGCATGATT 6 1 1 CTTTATATAATTAAAATCCTATTATTGTAGCAAAAATCATGCG 6 35 0 AAATTTATAGTAAAATTAAGATTTTATAATCAAAGTCAAATCA 7 27 1 ATTTTAACCGAAAGCGTGGCTTTTTTCATGGAATAATGCAAAA 8 132 0 GTTGGTTTGTTGATTATATTGTTTTAATAATAACAAGTCAATA 9 76 1 GACCAACCATTTAAATCCAGTTTGTATTATAATTGTTCATTTT 9 161 1 TTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCAATCATACTAGCATGA 9 187 1 * * * ** ** * ** MAP Score: 1.46316 Motif 11 TGTTTGTTAAAAAACCAATAAGGATTTGATC 0 7 0 TTTTTTAACAAACAAGCTAAAAGTATTCCAAAAT 0 27 1 TAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATT 0 203 1 AAGGTTTAATTAACCTTTAAAGGTTACC 1 4 0 GGTGTTTCACAAACACCTAAAGGTTTAATTAACC 1 23 0 CTCCACAACAAATTCTATAAAGGATAGAGATCTA 1 84 0 GCCTTAAATTATAATAGAAAAAACGCAT 2 230 0 GAAAGATATGAAATTAAAAAAGGAGACTTT 3 27 1 TTTGATTTCCTTTAATATAACGGATTGGTTGTAG 4 33 0 ATTACATCGTTTCGCTAAAAAGGATATTTTAACA 5 25 1 AGCAAAAATCATGCGTTTAATGGAATAAAAACCT 6 16 0 ATAGGATTTTAATTATATAAAGGACAA 6 56 1 ATGCGAACGAATGCTTCTTAAAGAGTGCATGCTC 9 17 0 TAAATGCTCCAAAATGATAAAGGAATGTTGGTTT 9 50 1 TAACGAACTCATGCCAAAAAAGGATTTTTCTCAA 9 238 1 ** ******** MAP Score: 0.357165