AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons020_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246488
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0296	241	ribosomal protein L21 (rpl21)
#1	HP0298	116	dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein (dppA)
#2	HP0329	248	NH(3)-dependent NAD+ synthetase (nadE)
#3	HP0570	47	aminopeptidase a/i (pepA)
#4	HP0572	57	adenine phosphoribosyltransferase (apt)
#5	HP0573	51	H. pylori predicted coding region HP0573
#6	HP0577	73	methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase (folD)
#7	HP0584	81	flagellar switch protein (fliN)
#8	HP0585	228	endonuclease III (nth)
#9	HP1338	262	conserved hypothetical protein

Motif 1
AATCCACATTAAAAGAATTTTTTATTCAAAATAACC	0	127	0
AATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAG	0	192	1
CGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTAAGGAA	0	210	1
CTAGCGTGTTTAAGCAAGTATTTATTTTACCATAAT	2	21	1
CCATTTCTTAATATTCTGCATGTTTTTAAACATTAT	2	64	0
GTTTAAGTGAAAAATTAGCTTTTCTTGCTATAATCA	2	193	0
TTTTTCACTTAAACGATGCGTTTTTTCTATTATAAT	2	215	1
GATTGGTTGTAGAATTTTGATTTATTATAGCGTTT 	4	9	0
         CAAACTAGGTTTTTATTCCATTAAACG	6	1	1
ATTGTAGCAAAAATCATGCGTTTAATGGAATAAAAA	6	19	0
TTTTGCTACAATAATAGGATTTTAATTATATAAAGG	6	43	1
ATTTATAGTAAAATTAAGATTTTATAATCAAAGTCA	7	29	1
ACGATTTCATAAACTTTGTCTTTAATGGCTTCATTG	8	19	0
ATACCAAAAGAGAGAAAGCGTTTTTTAAGGGCTTCA	8	73	0
ATTTTAACCGAAAGCGTGGCTTTTTTCATGGAATAA	8	139	0
CCAACCATTTAAATCCAGTTTGTATTATAATTGTTC	9	163	1
       TTGAGAAAAATCCTTTTTTGGCATGAGTT	9	243	0
          ***    *  ******
MAP Score: 19.0185

Motif 2
AATTGCGAGTGGTTTGAGTGGGACAATGCGGGTTAAT	0	73	1
GGGTTAAATGGGGTTATTTTGAATAAAAAATTCTTTT	0	116	1
AAAATTGAACGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTAT	0	202	0
TGAAAAATTAGCTTTTCTTGCTATAATCATCGTTTCA	2	185	0
TAAACGATGCGTTTTTTCTATTATAATTTAAGGC   	2	224	1
   CAAACTAGGTTTTTATTCCATTAAACGCATGATT	6	7	1
TAAACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGGATTTTAA	6	31	1
ACAATAATAGGATTTTAATTATATAAAGGACAA    	6	50	1
        TGGCTTTATTTGTTATAAAATTTATAGTA	7	2	1
TTTCAAGAATGATTTGACTTTGATTATAAAATCTTAA	7	42	0
GGGGTTCAATGCATTCTTTTGCATTATTCCATGAAAA	8	116	1
TCTTTAAGAAGCATTCGTTCGCATAAATGCTCCAAAA	9	27	1
AGAGCGTTTGGATTTGATTGTAATTATTAGCTTAATC	9	121	0
          * ***   *   *****
MAP Score: 18.3205

Motif 3
AAAACCAATAAGGATTTGATC         	0	1	0
CAAATCCTTATTGGTTTTTTAACAAACAAG	0	13	1
GCGGGTTAAATGGGGTTATTTTGAATAAAA	0	114	1
CCACATTAAAAGAATTTTTTATTCAAAATA	0	130	0
TCTTTTAATGTGGATTTAATCTCAATTTAA	0	147	1
CACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAG	0	198	1
TTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTAAGGAA	0	216	1
AATATTTTATTGCGTTTATAGGTGTTTCAC	1	47	0
TATCCTTTATAGAATTTGTTGTGGAGACTG	1	92	1
ACTTAAACGATGCGTTTTTTCTATTATAAT	2	221	1
    TTTGATTTCCTTTAATATAACGGATT	4	41	0
GCAAAAATCATGCGTTTAATGGAATAAAAA	6	19	0
          TGGCTTTATTTGTTATAAAA	7	0	1
AAGAATGATTTGACTTTGATTATAAAATCT	7	45	0
TTGTCTTTAATGGCTTCATTGAGCGTCATT	8	10	0
AAAGAGAGAAAGCGTTTTTTAAGGGCTTCA	8	73	0
AGGGGTTCAATGCATTCTTTTGCATTATTC	8	115	1
ACCGAAAGCGTGGCTTTTTTCATGGAATAA	8	139	0
GCCACTTGAATGCGGTTGATTTTAACCGAA	8	163	0
CTCTTTAAGAAGCATTCGTTCGCATAAATG	9	26	1
TAAAGGAATGTTGGTTTGTTGATTATATTG	9	67	1
TAAGAGCGTTTGGATTTGATTGTAATTATT	9	130	0
TTTTTTGGCATGAGTTCGTTAAAAGCCGCT	9	229	0
 TTGAGAAAAATCCTTTTTTGGCATGAGTT	9	243	0
          **********
MAP Score: 15.5774

Motif 4
       TTCTATTCCTTAAAAATTGAACGCTC	0	225	0
TTTTGGCATGAGTTCGTTAAAAGCCGCTCATGC	9	224	0
TCATCGTTTCACTTCTTTAAAAGTGCTCGTAGC	2	163	0
CTAGGTTTTTATTCCATTAAACGCATGATTTTT	6	14	1
AGTGCAATACAATTCTTGAAAGATATGAAATTA	3	10	1
      TTTGATTTCCTTTAATATAACGGATTG	4	40	0
ACGCTCAATGAAGCCATTAAAGACAAAGTTTAT	8	14	1
AACTGCGATGAAGCCCTTAAAAAACGCTTTCTC	8	65	1
CTTTTGCATTATTCCATGAAAAAAGCCACGCTT	8	131	1
TAAAATAAATACTTGCTTAAACACGCTAGGAGA	2	17	0
TTGAATAAAAAATTCTTTTAATGTGGATTTAAT	0	134	1
         TTGTCCTTTATATAATTAAAATCC	6	59	0
TTTAGATCTCTATCCTTTATAGAATTTGTTGTG	1	82	1
ACTTTTAGCTTGTTTGTTAAAAAACCAATAAGG	0	18	0
AATATTCTGCATGTTTTTAAACATTATCGCTCC	2	58	0
GTATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCAAT	9	184	1
AACCTTTAGGTGTTTGTGAAACACCTATAAACG	1	32	1
TTGTTGATTATATTGTTTTAATAATAACAAGTC	9	82	1
    TGGCTTTATTTGTTATAAAATTTATAGTA	7	6	1
AAAGTCAAATCATTCTTGAAAGAGTAGAGTTTT	7	58	1
          * *** ***** *
MAP Score: 15.4267

Motif 5
AATCCACATTAAAAGAATTTTTTATTCAAAATAACCCCATTTAACCC	0	116	0
TCCATGAAAAAAGCCACGCTTTCGGTTAAAATCAACCGCATTCAAGT	8	143	1
TGGTTTGTTGATTATATTGTTTTAATAATAACAAGTCAATAATGATT	9	78	1
AAAATTCTACAACCAATCCGTTATATTAAAGGAAATCAAA       	4	27	1
ATAATGATTAAGCTAATAATTACAATCAAATCCAAACGCTCTTATGA	9	116	1
TATTTGCTAAAATGTAACTTTAAATTGAGATTAAATCCACATTAAAA	0	149	0
TTTCACAAACACCTAAAGGTTTAATTAACCTTTAAAGGTTACC    	1	6	0
TAGCGTGTTTAAGCAAGTATTTATTTTACCATAATGGGAGCGATAAT	2	22	1
ATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTT	0	193	1
   GATCAAATCCTTATTGGTTTTTTAACAAACAAGCTAAAAGTATT	0	7	1
TCTTAATTTTACTATAAATTTTATAACAAATAAAGCCA         	7	1	0
TAATAGAAAAAACGCATCGTTTAAGTGAAAAATTAGCTTTTCTTGCT	2	200	0
TTTTGCTACAATAATAGGATTTTAATTATATAAAGGACAA       	6	43	1
ATGTAGTATAATTACATCGTTTCGCTAAAAAGGATATTTTAACAGA 	5	15	1
ATTGTAGCAAAAATCATGCGTTTAATGGAATAAAAACCTAGTTTG  	6	8	0
CCAGTTTGTATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCAATCATACTA	9	177	1
AAATCCTTTTTTGGCATGAGTTCGTTAAAAGCCGCTCATGCTAGTAT	9	218	0
          *    *   ***   * * *   *  *
MAP Score: 13.913

Motif 6
ATGGGGTTATTTTGAATAAAAAATTCTTTTAATGTGGATTT	0	123	1
TAATCTCAATTTAAAGTTACATTTTAGCAAATACTCACTAT	0	163	1
AACGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTATAGTGAGTATTT	0	191	0
TCCTAGCGTGTTTAAGCAAGTATTTATTTTACCATAATGGG	2	19	1
AAACGCATCGTTTAAGTGAAAAATTAGCTTTTCTTGCTATA	2	197	0
ATCAAAATTCTACAACCAATCCGTTATATTAAAGGAAATCA	4	24	1
TTTTATTCCATTAAACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGG	6	20	1
  TGGCTTTATTTGTTATAAAATTTATAGTAAAATTAAGAT	7	8	1
AATGAAGCCATTAAAGACAAAGTTTATGAAATCGTAGAAAT	8	20	1
CATGAAGGGGTTCAATGCATTCTTTTGCATTATTCCATGAA	8	110	1
TGCGGTTGATTTTAACCGAAAGCGTGGCTTTTTTCATGGAA	8	142	0
ATGCACTCTTTAAGAAGCATTCGTTCGCATAAATGCTCCAA	9	21	1
GCGTTTGGATTTGATTGTAATTATTAGCTTAATCATTATTG	9	114	0
TTGAATTAATTTAAAATGAACAATTATAATACAAACTGGAT	9	175	0
          ** **   *    ** *  **
MAP Score: 11.9634

Motif 7
GTTATTTTGAATAAAAAATTCTTTTAATGTGGATT	0	128	1
TAATCTCAATTTAAAGTTACATTTTAGCAAATACT	0	163	1
TCTTTTTAAAATAAACGCTTATTATAGTGAGTATT	0	192	0
  GGTAACCTTTAAAGGTTAATTAAACCTTTAGGT	1	8	1
ATAAACGCAATAAAATATTTATAATTTAGATCTCT	1	58	1
TTTAAAGAAGTGAAACGATGATTATAGCAAGAAAA	2	175	1
GATTATAGCAAGAAAAGCTAATTTTTCACTTAAAC	2	194	1
AATTTTTCACTTAAACGATGCGTTTTTTCTATTAT	2	213	1
ATCGTTTCGCTAAAAAGGATATTTTAACAGA    	5	30	1
AAATTTATAGTAAAATTAAGATTTTATAATCAAAG	7	27	1
ATAATCAAAGTCAAATCATTCTTGAAAGAGTAGAG	7	52	1
AATGAAGCCATTAAAGACAAAGTTTATGAAATCGT	8	20	1
ATGAAGGGGTTCAATGCATTCTTTTGCATTATTCC	8	111	1
CTTGTTATTATTAAAACAATATAATCAACAAACCA	9	78	0
AGTTTGTATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTC	9	179	1
          * ***   * *****
MAP Score: 1.3936