AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons021_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246509
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0153	98	recombinase (recA)
#1	HP0263	111	adenine specific DNA methyltransferase (hpaim)
#2	HP0264	72	ATP-dependent protease binding subunit (clpB)
#3	HP0265	53	cytochrome c biogenesis protein (ccdA)
#4	HP0268	60	H. pylori predicted coding region HP0268
#5	HP0270	204	H. pylori predicted coding region HP0270
#6	HP0275	36	ATP-dependent nuclease (addB)
#7	HP0282	50	H. pylori predicted coding region HP0282
#8	HP0404	80	protein kinase C inhibitor (SP:P16436)
#9	HP0736_HP0737	146	HP0736: phosphoserine aminotransferase (serC), HP0737: conserved hypothetical integral membrane protein
#10	HP0738	77	D-alanine:D-alanine ligase A (ddlA)
#11	HP0760	102	conserved hypothetical protein

Motif 1
       AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGT	0	3	1
AATCAAATTCAATAAGGTAATTTA       	0	84	1
TTATTTAGCCAAAAACCATTTTGATCAAAGC	1	40	1
TAGAAGATTTAAAAAGGCTTTT         	1	99	1
   GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGGTTAAAA	2	7	1
TTTAAAACTCAAAAAGGATTGATA       	2	58	1
CTTTTTCAAAAATAACCATTTCTTGTCTTTT	3	26	0
GTTATTTTTGAAAAAGGATTGA         	3	41	1
      TAAAAATAACCAATGAAAAAGCGGG	5	4	1
TTTCAGGAAAAATATCGTTTTAAAGGTTGTC	5	63	1
TAAAACTTGTAAAAACCGCTATTTTTTAGCT	5	129	1
AATTTAAAAGAAAAACCCTTTATTGTAAGCT	5	163	1
CAGTGATACAAAAAAGGAAATAAAATA    	6	19	1
TTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTT	8	24	1
TTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAA	8	53	1
GCCATGATTTAAAAAGAATTTAAGGCAATGA	9	10	0
ATAAAATGCTAAAATGCCATGATTTAAAAAG	9	25	0
TATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACA	9	53	1
TTTCTTAAACAATAAGGCTTAATTTTAAGCA	9	73	1
ATTTACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATTTTCT	10	15	0
CAAACTCCCTAAAAACGATTGCAATAAAGTC	10	53	0
AAGCCACTTTAAAAAGCGCTTCAGCTAAAGC	11	15	1
          ******* ***
MAP Score: 36.2689

Motif 2
TCATACTAAAACGTGCTTAAAATTAAGCCTTA	9	85	0
TAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAAAA	8	54	1
          ACTTCCTAAAAAATGATTACGC	7	38	0
    GATCAAACTCCCTAAAAACGATTGCAAT	10	59	0
AATTTATTAGAAGATTTAAAAAGGCTTTT   	1	92	1
TAAAATAGTAAAGATTTTAAAACTCAAAAAGG	2	43	1
TAACCCTCAAAGGTTTTTAAAACGC       	2	3	0
CTAAAATGCCATGATTTAAAAAGAATTTAAGG	9	16	0
AGGCTTTTGAATTTTCTTAAAA          	10	0	0
ATTTTGATCAAAGCTCTAAAATCAAGAGCATA	1	57	1
AAGGCGAGAATTGAGCTTAAAATTTTTCAGGA	5	39	1
CTTTTAAATTTTGAGCTAAAAAATAGCGGTTT	5	141	0
   GGTTTTGTTATCCTAAAAAAGACAAGAAA	3	7	1
TCTATCTATATTTACCTAAAAAAAGGCTTTTG	10	23	0
        TCATTGCCTTAAATTCTTTTTAAA	9	2	1
TTAACGCATTCTGTCTTTAAAACAAA      	4	4	0
TCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATA	8	16	1
TAAAGACAGAATGCGTTAAAATGAGAAATCTA	4	17	1
TTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAATAAGGCTT	9	61	1
AATGCAAATAAAATGCTAAAATGCCATGATTT	9	31	0
AGCTCAATTCTCGCCTTTAAACCCGCTTTTTC	5	24	0
AAGCGTGGGACAACCTTTAAAACGATATTTTT	5	70	0
CTATCAAATCCTAGCCTAAAATCTATTATAAT	0	44	0
  AGGGCAAGCCACTTTAAAAAGCGCTTCAGC	11	8	1
TTTAGTATGATAACTTTTAAATTCTCTCAAAA	9	107	1
ATAAAGGGTTTTTCTTTTAAATTTTGAGCTAA	5	154	0
TATCCAAGATTAAGGCTTAAACG         	7	1	0
          * * ********
MAP Score: 26.7312

Motif 3
    AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGTAAGT	0	6	1
      TAAATTACCTTATTGAATTTGATTTG	0	82	0
ATTTAGCCAAAAACCATTTTGATCAAAGCTCT	1	42	1
      TATCAATCCTTTTTGAGTTTTAAAAT	2	56	0
        TCAATCCTTTTTCAAAAATAACCA	3	39	0
   TGACTCTTTCCTTAATTGATTTAGATTTC	4	41	0
TAAAAGAAAAACCCTTTATTGTAAGCTGTTGG	5	167	1
CTTTTTTGTATCACTGAAGTGAATT       	6	3	0
  TATTTTATTTCCTTTTTTGTATCACTGAAG	6	16	0
GCTTAAAATTAAGCCTTATTGTTTAAGAAAAT	9	71	0
AAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAATATA	10	17	1
AAATATAGATAGACTTTATTGCAATCGTTTTT	10	42	1
GCTTCAGCTAAAGCCAAATTGATGGAGTTTCA	11	32	1
          *  *********
MAP Score: 4.90647

Motif 4
       AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGTA	0	3	1
TGTGATAGGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGA	0	23	1
ATCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAAAGGA	0	37	0
GCATGAATGAGATGGCCTTTATTTAGCCAAAA	1	22	1
TTATTTAGCCAAAAACCATTTTGATCAAAGCT	1	40	1
         AAAAGCCTTTTTAAATCTTCTAA	1	98	0
   GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGGTTAAAAT	2	7	1
TTTGAGTTTTAAAATCTTTACTATTTTACACT	2	39	0
          TCAATCCTTTTTCAAAAATAAC	3	41	0
GAATTGAGCTTAAAATTTTTCAGGAAAAATAT	5	46	1
CAAGCGTGGGACAACCTTTAAAACGATATTTT	5	71	0
GGTTGTTGCATAAAACTTGTAAAAACCGCTAT	5	119	1
AATTTAAAAGAAAAACCCTTTATTGTAAGCTG	5	163	1
       CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATA	7	3	1
ATATAATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGT  	7	30	1
TTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAAA	8	53	1
GTTTTAGTATGATAACTTTTAAATTCTCTCAA	9	105	1
      TAAAATTAACCTTTAATTTTTGAGAG	9	130	0
AAGAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAAT	10	14	1
GGTAAATATAGATAGACTTTATTGCAATCGTT	10	39	1
AGTTTCAAGCGAAATCTTTTGTGGAAGCTGAA	11	57	1
          **** ***** *
MAP Score: 3.30901

Motif 5
GATGGCCTTTATTTAGCCAAAAACCATTTTGAT	1	32	1
ACCATTTTGATCAAAGCTCTAAAATCAAGAGCA	1	54	1
AAAATTTATTAGAAGATTTAAAAAGGCTTTT  	1	90	1
TTTAAAAACCTTTGAGGGTTAAAATAGTGTAAA	2	14	1
ATCAATCCTTTTTGAGTTTTAAAATCTTTACTA	2	48	0
TGCGTTAAAATGAGAAATCTAAATCAATTAAGG	4	28	1
AAAGGCGAGAATTGAGCTTAAAATTTTTCAGGA	5	38	1
TCTTTTAAATTTTGAGCTAAAAAATAGCGGTTT	5	141	0
TAGCTCAAAATTTAAAAGAAAAACCCTTTATTG	5	155	1
TATATCCAAGATTAAGGCTTAAACG        	7	2	0
GCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA  	8	8	0
TTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTTAA	8	24	1
ATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGG	8	45	1
AAAAACCTTAAAAGGGAGCAAAAAAGC      	8	63	1
TTTAATGCAAATAAAATGCTAAAATGCCATGAT	9	33	0
TTTCTTAAACAATAAGGCTTAATTTTAAGCACG	9	73	1
TTAATTTTTGAGAGAATTTAAAAGTTATCATAC	9	111	0
TCTCTCAAAAATTAAAGGTTAATTTTA      	9	129	1
     TTTTAAGAAAATTCAAAAGCCTTTTTTT	10	5	1
          * **** * ****
MAP Score: 1.81889