AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons021_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246517 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0153 98 recombinase (recA) #1 HP0262 157 H. pylori predicted coding region HP0262 #2 HP0263 111 adenine specific DNA methyltransferase (hpaim) #3 HP0264 72 ATP-dependent protease binding subunit (clpB) #4 HP0265 53 cytochrome c biogenesis protein (ccdA) #5 HP0268 60 H. pylori predicted coding region HP0268 #6 HP0270 204 H. pylori predicted coding region HP0270 #7 HP0275 36 ATP-dependent nuclease (addB) #8 HP0282 50 H. pylori predicted coding region HP0282 #9 HP0404 80 protein kinase C inhibitor (SP:P16436) #10 HP0736_HP0737 146 HP0736: phosphoserine aminotransferase (serC), HP0737: conserved hypothetical integral membrane protein #11 HP0738 77 D-alanine:D-alanine ligase A (ddlA) #12 HP0760 102 conserved hypothetical protein #13 HP0761 169 H. pylori predicted coding region HP0761 Motif 1 TGAAGCGCTTTTTAAAGTGGCTTGCCCT 12 5 0 TAAGTCTAAAATTTAAGGGTTATAACCATTAAA 13 71 1 TTTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAA 9 53 0 ATTGCAATCGTTTTTAGGGAGTTTGATC 11 59 1 ATTAAAACGATTTTTAGAGATTTTTGTAAAGAA 13 98 1 TCCTGAAAAATTTTAAGCTCAATTCTCGCCTTT 6 38 0 TTTTAAGAAAATTCAAAAGCCTT 11 0 1 TAAGGCTTAATTTTAAGCACGTTTTAGTATGAT 10 85 1 AATGCCATGATTTAAAAAGAATTTAAGGCAATG 10 11 0 TATTAGAAGATTTAAAAAGGCTTTT 2 96 1 TATGCTCTTGATTTTAGAGCTTTGATCAAAATG 2 56 0 TTTTGAGAGAATTTAAAAGTTATCATACTAAAA 10 106 0 CCTTTTTGAGTTTTAAAATCTTTACTATTTTAC 3 42 0 TTAGCAATACTTTTAAGCAGAATATCTAAAATT 1 66 1 ATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTT 9 21 1 TGGGACAACCTTTAAAACGATATTTTTCCTGAA 6 64 0 GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGGTTAA 3 3 1 TAGATTTCTCATTTTAACGCATTCTGTCTTTAA 5 16 0 CAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAATATAGATAGAC 11 23 1 TTTTATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAAC 10 50 1 TTATAGTATAATTTTAGGTTATTAGTTACCATT 13 36 0 AATATCTAAAATTTAAATTTCATTTTTATTATA 1 86 1 TTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTT 9 35 0 TCTCTCAAAAATTAAAGGTTAATTTTA 10 129 1 ATTGATGGAGTTTCAAGCGAAATCTTTTGTGGA 12 49 1 AAATAGCGGTTTTTACAAGTTTTATGCAACAAC 6 120 0 AAATCATGGCATTTTAGCATTTTATTTGCATTA 10 31 1 ATCTTTACTATTTTACACTATTTTAACCCTCAA 3 25 0 AAGTCCTTTTATTATAATAGATTTTAGGCTAGG 0 34 1 TTAAACCCGCTTTTTCATTGGTTATTTTTA 6 7 0 ******* * ** MAP Score: 37.3085 Motif 2 AAAAGCCTTTTTAAATCTTCTAAT 2 97 0 ATTTAGCCAAAAACCATTTTGATCAAAGCTCT 2 42 1 TTGGTTGGTTTAGCCCTTTTCAAGCGTTCTTT 13 125 0 GAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAATAT 11 16 1 AAATCTCTAAAAATCGTTTTAATGGTTATAAC 13 89 0 TATCAATCCTTTTTGAGTTTTAAAAT 3 56 0 TCAATCCTTTTTCAAAAATAACCA 4 39 0 GTGATAGGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGAT 0 24 1 GCTTTAGCTGAAGCGCTTTTTAAAGTGGCTTG 12 14 0 CATTGCCTTAAATTCTTTTTAAATCATGGCAT 10 11 1 AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGTAA 0 4 1 TTCAGGAAAAATATCGTTTTAAAGGTTGTCCC 6 64 1 AAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATA 9 22 0 TAACCATTTCTTGTCTTTTTTAGGATAACAAA 4 13 0 AGCTAAAAAATAGCGGTTTTTACAAGTTTTAT 6 128 0 TTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAATAA 10 56 1 TAAAATTTAAATTTCATTTTTATTATAAGCTT 1 92 1 TATAATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGT 8 31 1 TTTAACCCTCAAAGGTTTTTAAAACGC 3 5 0 AGGTTATTAGTTACCATTTTATTATTCTTAAG 13 22 0 GCTTACAATAAAGGGTTTTTCTTTTAAATTTT 6 161 0 GTCTAGCCCTTTGATTAAATTCTTT 1 3 1 GACTTTATTGCAATCGTTTTTAGGGAGTTTGA 11 53 1 TATTTTATTTCCTTTTTTGTATCACTGA 7 18 0 TCATGGCATTTTAGCATTTTATTTGCATTAAA 10 34 1 TGTCCCACGCTTGGCGTTTGGAGTCCTTTGGT 6 90 1 GCTTAAAATTAAGCCTTATTGTTTAAGAAAAT 10 71 0 TGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAG 9 51 0 ***** **** * MAP Score: 35.1494 Motif 3 AGGCGAGAATTGAGCTTAAAATTTTTCAGGA 6 40 1 TTTTAGATATTCTGCTTAAAAGTATTGCTAA 1 66 0 CTATCTATATTTACCTAAAAAAAGGCTTTTG 11 23 0 GGTTTTGTTATCCTAAAAAAGACAAGAAA 4 8 1 TAACGCATTCTGTCTTTAAAACAAA 5 4 0 CATACTAAAACGTGCTTAAAATTAAGCCTTA 10 85 0 TTTTAAATTTTGAGCTAAAAAATAGCGGTTT 6 141 0 AGGGCAAGCCACTTTAAAAAGCGCTTCAG 12 8 1 ACTTCCTAAAAAATGATTACGC 8 38 0 TTAATGGTTATAACCCTTAAATTTTAGACTT 13 72 0 CTATCAAATCCTAGCCTAAAATCTATTATAA 0 45 0 TGGCCTTTATTTAGCCAAAAACCATTTTGAT 2 34 1 GGCTTTTGAATTTTCTTAAAA 11 0 0 TACTATAATGTAAGTCTAAAATTTAAGGGTT 13 61 1 AATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAAAA 9 55 1 ACTTTTAAATTCTCTCAAAAATTAAAGGTTA 10 119 1 AAGCGTGGGACAACCTTTAAAACGATATTTT 6 71 0 TTTAGTATGATAACTTTTAAATTCTCTCAAA 10 107 1 ATAAAGGGTTTTTCTTTTAAATTTTGAGCTA 6 155 0 GATCAAACTCCCTAAAAACGATTGCAA 11 60 0 CCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATA 9 17 1 CAATCCTTTTTGAGTTTTAAAATCTTTACTA 3 48 0 TACACTATTTTAACCCTCAAAGGTTTTTAAA 3 14 0 TCTTTACAAAAATCTCTAAAAATCGTTTTAA 13 99 0 TAAAATGCCATGATTTAAAAAGAATTTAAGG 10 16 0 AGCTCAATTCTCGCCTTTAAACCCGCTTTTT 6 25 0 TCAATCCTTTTTCAAAAATAACCATTTC 4 35 0 GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGG 3 1 1 TCATTGCCTTAAATTCTTTTTAA 10 2 1 AAACGATATTTTTCCTGAAAAATTTTAAGCT 6 52 0 TTATTATAAGCTTGTTTCAAACACCAGCCAT 1 111 1 * ********* MAP Score: 30.0801 Motif 4 AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGTA 0 3 1 TGTGATAGGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGA 0 23 1 TCTAAAATTTAAATTTCATTTTTATTATAAGC 1 90 1 TTATTTAGCCAAAAACCATTTTGATCAAAGCT 2 40 1 GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGGTTAAAAT 3 7 1 TTCTCGCCTTTAAACCCGCTTTTTCATTGGTT 6 17 0 TTTTCAGGAAAAATATCGTTTTAAAGGTTGTC 6 62 1 TGAGCTAAAAAATAGCGGTTTTTACAAGTTTT 6 130 0 AATTTAAAAGAAAAACCCTTTATTGTAAGCTG 6 163 1 TCATTGCCTTAAATTCTTTTTAAATCATGGCA 10 10 1 ATTGTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAAT 10 54 0 GCTTAATTTTAAGCACGTTTTAGTATGATAAC 10 89 1 AAGAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAAT 11 14 1 AGCCACTTTAAAAAGCGCTTCAGCTAAAGCCA 12 16 1 AAAATCTCTAAAAATCGTTTTAATGGTTATAA 13 90 0 GATTTTTGTAAAGAACGCTTGAAAAGGGCTAA 13 116 1 **** ** **** MAP Score: 7.30363 Motif 5 TTTTTGGCTAAATAAAGGCCATCTCATTCA 2 25 0 ATCCTTTTTCAAAAATAACCATTTCTTGTC 4 30 0 TAAAAATAACCAATGAAAAAG 6 1 1 AAAATAACCAATGAAAAAGCGGGTTTAAAG 6 12 1 TTTTGAGCTAAAAAATAGCGGTTTTTACAA 6 135 0 CAAAATTTAAAAGAAAAACCCTTTATTGTA 6 160 1 CTTCAGTGATACAAAAAAGGAAATAAAATA 7 16 1 ACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGA 9 50 1 TTTTAATGCAAATAAAATGCTAAAATGCCA 10 37 0 TTTTATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTA 10 50 1 ATTTTCTTAAACAATAAGGCTTAATTTTAA 10 71 1 TAAAATTAACCTTTAATTTTT 10 135 0 ATATTTACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATTT 11 18 0 AGAGATACGCATGAAAAGCCAAGA 12 88 1 CCTTAAGAATAATAAAATGGTAACTAATAA 13 21 1 AAACCAACCAAAGATAAAGCAGTCAGGGAT 13 146 1 ********** MAP Score: 7.25434 Motif 6 TATTAGAAGATTTAAAAAGGCTTTT 2 96 1 GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGGTT 3 4 1 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