AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons022_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246532
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0243	205	neutrophil activating protein (napA) (bacterioferritin)
#1	HP0247	188	ATP-dependent RNA helicase, DEAD-box family (deaD)
#2	HP0252	300	outer membrane protein (omp7)
#3	HP0255	99	adenylosuccinate synthetase (purA)
#4	HP0350	259	H. pylori predicted coding region HP0350
#5	HP0351	43	flagellar basal-body M-ring protein (fliF)
#6	HP0382	182	zinc-metallo protease (YJR117W)
#7	HP0925	155	recombinational DNA repair protein (recR)
#8	HP1430	37	conserved hypothetical ATP-binding protein
#9	HP1431	253	16S rRNA (adenosine-N6,N6-)-dimethyltransferase (ksgA)

Motif 1
GTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAAAATTCGTTG	4	183	1
AAAAGTCCTTTTTTTAAAATTGTTTTAGGCTTTTATT	0	177	0
AGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACCTAATTGA	1	47	1
AGAATGAAAATTTTATCAAGGTTTTAATA        	5	24	1
ATCGCTTTAATTTTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAA	4	62	0
AAAGAGACTATTTTTGAGCGTTTTTAATCCTAAAAAG	6	48	0
CATTAAGCGCTTTTTCATATTATTTAATTAAACCCCC	7	62	1
AATTTTATGGTTTTATGGTAAATTTTTGAAAAATTGT	6	103	1
ACGAAAAAGATTTTAATACTAATTTTTAATACGAGCG	9	91	1
ATAAAAAATTTTTTTGATCTTATTTTTGTCAAATATT	0	99	0
TTTTTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTTAATTTTTGCCC	4	80	0
GCTTTTTACTTTTTTTTTGGTATTCTAACAAGCTTTT	3	34	1
TCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAATT	4	43	0
TAATTTTAGCCTTTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTCA	1	136	1
AATTTGATGCTTTTTTGAAACGCTTAATAGCAAATTA	2	197	1
ATTTAATCTTTTTAAAATTTTGTTTTATAGTAAAACT	0	37	0
ATTCCTACACTTTTATTGGTAAATTTAATGGAGAAAG	6	144	1
CTTTTATTCCTTTATTTCAATTTTTTAAAAAGGCA  	8	8	0
AATAGTCTCTTTTTTCTACCATATTTATTTAATTTTA	6	73	1
  GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAAATTCTAGCTC	9	8	1
ACTAAAAGGGCTTTTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTTT	7	91	0
       AAGTTATTGCGTTCCTTTAATTTTTGCTTC	4	3	1
TCAAAAAAATTTTTTATTAACTCTTTTGGTGTAGGAT	0	119	1
AATGCAACTTCTTTATTATAGCTTTTTTCATTCAAAG	9	165	0
ATATGAGGAATTTTAGAAGCGTTTCTT          	9	236	1
        TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGTTCAT	4	240	0
TTTTTAGGGCTTATAAAGAGGCTTTTTACTTTTTTTT	3	14	1
CATACCTCAATTTAATTTGAAACTTTATAAAAAGCTA	1	153	0
TTGAGCGTATTTTTATGCTATACTCAAAAATCTTATA	1	80	1
AACTATCCCCCTTAAAAATGAGTTTTACTATAAAACA	0	17	1
AAACCCTTTCTTATTCCCTAAATTCTAATTATTTTAG	1	12	1
TCCTTTTTGCTTTGATAAGTGATTTTACTTAATCCAT	2	268	0
AATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCAAGTCAAGTTAA	7	110	1
ATTATTACGCTTATTCTCTTTCTTTATGGATCAAACC	2	40	0
AAAAAGGGGATTTGTCTTTCCTTTTTAATGCAACTTC	9	191	0
AAGCAAAATGTTATAATGCTCGCTTAATTTTATTTGG	2	150	0
CTTATAAACTTTAAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCT	1	111	1
GCTCGCTTAATTTTATTTGGGGTGTTAGCTCAGCTGG	2	133	0
TGAAAAAGCGCTTAATGAAGCGTTTAAATGGAAGTGT	7	42	0
          *****       *****
MAP Score: 44.1528

Motif 2
TTTATGAAAATAAAAGCCTAAAACAATTTTAAA	0	169	1
AAAAAGCTAATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTT	1	129	0
ACGAACGGCTTAAAAGAATGAAAATTTTATCAA	5	10	1
AAGCGTTTCAAAAAAGCATCAAATTGACATCTT	2	189	0
ATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAA	4	44	1
AACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAATATTAAA	0	50	1
  TGCCTTTTTAAAAAATTGAAATAAAGGAATA	8	8	1
AAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACCTAATTGAG	1	52	1
ATTATTAACGAAAAAGATTTTAATACTAATTTT	9	84	1
AAATTTACCATAAAACCATAAAATTAAATAAAT	6	95	0
AGAATACCAAAAAAAAAGTAAAAAGCCTCTTTA	3	27	0
TTTTAGGATTAAAAACGCTCAAAAATAGTCTCT	6	50	1
CCCCCTTTTAAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAG	7	94	1
AAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAGT	4	175	0
TTGGATTATTTAAAAGCTTGTTAGAATACCAAA	3	49	0
TCTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAAAGAAGTT	9	164	1
GAACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA      	4	242	1
AAAATTGAAATAAAGGAATAAAAGTT       	8	21	1
       TATTAAAACCTTGATAAAATTTTCAT	5	27	0
TTAGCTTTTTATAAAGTTTCAAATTAAATTGAG	1	152	1
AATCTTTGATTTAAAGTTTATAAGATTTTTGAG	1	102	0
TTTAAACACATAAAAGCTTTTCATTTTAATCAA	4	143	0
AAAGTTTTTATAAAAGGCTTATGCTAAAATAAT	1	39	0
AAACTTTAAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCTT	1	116	1
AATAAGATCAAAAAAATTTTTTATTAACTCTTT	0	112	1
          ******  * ***
MAP Score: 39.0271

Motif 3
GAACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA    	4	242	1
TTATCAAAGCAAAAAGGATATTT        	2	287	1
TAGGGCTTATAAAGAGGCTTTTTACTTTTTT	3	18	1
ATTATTAACGAAAAAGATTTTAATACTAATT	9	84	1
ATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTA	4	44	1
TACTAGCAAGAAAACGGGTTTGATCCATAAA	2	24	1
GAAAGCCACTAAAAGGGCTTTTATTGTTTTT	7	104	0
ATGGTAGAAAAAAGAGACTATTTTTGAGCGT	6	64	0
TAGTTCATTCAAAACGGATATTATACGCCAA	4	217	0
TATACCTTAAAAAGGGGATTTGTCTTTCCTT	9	205	0
TTGTTTTTTAAAAGGGGGTTTAATTAAATAA	7	81	0
CAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG        	0	192	1
ACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAATATTAA	0	51	1
ATCCATAAAGAAAGAGAATAAGCGTAATAAT	2	46	1
TCTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAAAGAAG	9	164	1
CGCTATAAACAAAAAGGTTTGTC        	6	2	0
AAATAAGATCAAAAAAATTTTTTATTAACTC	0	111	1
TTAGGGAATAAGAAAGGGTTTGA        	1	2	0
TTAATCCATAAAAGAAACTTTCTAATTTTAA	2	246	0
AAGTTTTTATAAAAGGCTTATGCTAAAATAA	1	40	0
AAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGTTTCTTA	4	102	1
ATCCCCCTTAAAAATGAGTTTTACTATAAAA	0	21	1
ATAAAAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGA	0	178	1
AGAATACCAAAAAAAAAGTAAAAAGCCTCTT	3	29	0
          ******* ***
MAP Score: 30.618

Motif 4
TAAAAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG 	0	179	1
TTGGTATTCTAACAAGCTTTTAAATAATCCAATCTAC	3	50	1
GGCAAAAATTAAAGCGATTTCAAAAAAAAAAAAAAAC	4	81	1
TATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAATAAAAGC	7	82	1
TTTACTATAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAAT	0	40	1
AAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAAAATT	4	54	1
TCAAAACTACTAACATCTTTGAATGAAAAAAGCTATA	9	149	1
TCAAAAATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATTTTAAT	1	103	1
TGGCGTATAATATCCGTTTTGAATGAACTACTAAAAA	4	218	1
AATAAGATCAAAAAAATTTTTTATTAACTCTTTTGGT	0	112	1
GTTTTAAGACAATGAAGTTTAAACACATAAAAGCTTT	4	156	0
ATGAGCTAGAATTTAAATTTCAATTAAAGGAGTCATC	9	10	0
ATAATGTGCTATCTCAATTTTAAGGAATAAC      	7	4	0
TGCAAAATCTAACCAATTATTAACGAAAAAGATTTTA	9	69	1
TGTGTTATCCAACCCGCTATAAACAAAAAGGTTTGTC	6	10	0
TTTAGCCTTTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTCAAATT	1	140	1
   TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGTTCATTCAAA	4	235	0
TATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACCT	1	41	1
TAGGAATTATAACAATTTTTCAAAAATTTACCATAAA	6	114	0
TAGGATAGCGATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCC	0	150	1
AAGATTTTAATACTAATTTTTAATACGAGCGTTAATT	9	97	1
ATTCCTTTATTTCAATTTTTTAAAAAGGCA       	8	3	0
GATTAAGTAAAATCACTTATCAAAGCAAAAAGGATAT	2	271	1
ATTATACGCCAACGAATTTTAAAATTGCTCTTAAAAG	4	192	0
          **  *  *** **  **
MAP Score: 30.2419

Motif 5
TAAAACTCATTTTTAAGGGGGATAGTTATCC	0	13	0
TAAAATTTTGTTTTATAGTAAAACTCATTTT	0	31	0
TATTTAATCTTTTTAAAATTTTGTTTTATAG	0	44	0
CGATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCCTA	0	158	1
TTTAAAATTGTTTTAGGCTTTTATTTTCATA	0	171	0
AAAGTCCTTTTTTTAAAATTGTTTTAGGCTT	0	182	0
AATAATTAGAATTTAGGGAATAAGAAAGGGT	1	14	0
ATTCTAATTATTTTAGCATAAGCCTTTTATA	1	33	1
AGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACCT	1	47	1
GATTTAAAGTTTATAAGATTTTTGAGTATAG	1	97	0
TAAGCGAGCATTATAACATTTTGCTTAAAAG	2	161	1
AATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAAT	2	170	0
AACTTTCTAATTTTAAGATAATCATTCTTAA	2	231	0
AGAAAGTTTCTTTTATGGATTAAGTAAAATC	2	254	1
     GCTCTTTTTAGGGCTTATAAAGAGGC	3	5	1
GATTGGATTATTTAAAAGCTTGTTAGAATAC	3	53	0
ATCTACTTTGTTTTAAGGATAATATTTT   	3	81	1
TTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTAC	4	47	0
TTTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTT	4	57	0
GTTTTTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTTAATT	4	87	0
AAGCTTTTCATTTTAATCAAACCTAGCTAAT	4	132	0
GACAATGAAGTTTAAACACATAAAAGCTTTT	4	155	0
CTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAGTTTAA	4	171	0
CGCCAACGAATTTTAAAATTGCTCTTAAAAG	4	192	0
TTTTCATTCTTTTAAGCCGTTCGT       	5	3	0
ATAACACAGCTTTTTAGGATTAAAAACGCTC	6	39	1
ATTTATTTAATTTTATGGTTTTATGGTAAAT	6	95	1
ATTCCTACACTTTTATTGGTAAATTTAATGG	6	144	1
TATTGGTAAATTTAATGGAGAAAGGAGTTTG	6	157	1
CTATCTCAATTTTAAGGAATAAC        	7	2	0
TTTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTTTAATTAA	7	85	0
CTAAAAGGGCTTTTATTGTTTTTTAAAAGGG	7	96	0
     TGCCTTTTTAAAAAATTGAAATAAAG	8	5	1
TAATACTAATTTTTAATACGAGCGTTAATTG	9	104	1
TGTCTTTCCTTTTTAATGCAACTTCTTTATT	9	185	0
CAAATCCCCTTTTTAAGGTATAATATGAGGA	9	214	1
          ******** **
MAP Score: 1.31559