AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons022_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246548
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0243	205	neutrophil activating protein (napA) (bacterioferritin)
#1	HP0246_HP0247	188	HP0246: flagellar basal-body P-ring protein (flgI), HP0247: ATP-dependent RNA helicase, DEAD-box family (deaD)
#2	HP0252	300	outer membrane protein (omp7)
#3	HP0255	99	adenylosuccinate synthetase (purA)
#4	HP0350	259	H. pylori predicted coding region HP0350
#5	HP0351	43	flagellar basal-body M-ring protein (fliF)
#6	HP0382	182	zinc-metallo protease (YJR117W)
#7	HP0925	155	recombinational DNA repair protein (recR)
#8	HP1430	37	conserved hypothetical ATP-binding protein
#9	HP1431	253	16S rRNA (adenosine-N6,N6-)-dimethyltransferase (ksgA)

Motif 1
AAAAGTCCTTTTTTTAAAATTGTTTTAGGCTTTTATT	0	177	0
GTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAAAATTCGTTG	4	183	1
ATCGCTTTAATTTTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAA	4	62	0
AAAGAGACTATTTTTGAGCGTTTTTAATCCTAAAAAG	6	48	0
CATTAAGCGCTTTTTCATATTATTTAATTAAACCCCC	7	62	1
AGAATGAAAATTTTATCAAGGTTTTAATA        	5	24	1
AGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACCTAATTGA	1	124	0
CTTTTATTCCTTTATTTCAATTTTTTAAAAAGGCA  	8	8	0
CGAAAAAGATTTTAATACTAATTTTTAATACGAGCGT	9	92	1
ATTTAATCTTTTTAAAATTTTGTTTTATAGTAAAACT	0	37	0
ATAAAAAATTTTTTTGATCTTATTTTTGTCAAATATT	0	99	0
GCTTTTTACTTTTTTTTTGGTATTCTAACAAGCTTTT	3	34	1
AATTTTATGGTTTTATGGTAAATTTTTGAAAAATTGT	6	103	1
TTTTTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTTAATTTTTGCCC	4	80	0
TCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAATT	4	43	0
TAATTTTAGCCTTTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTCA	1	35	0
GCTCGCTTAATTTTATTTGGGGTGTTAGCTCAGCTGG	2	133	0
AATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATGCTCGC	2	164	0
TTCCTACACTTTTATTGGTAAATTTAATGGAGAAAGG	6	145	1
TTTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTTTAATTAAATAATA	7	79	0
AATTTGATGCTTTTTTGAAACGCTTAATAGCAAATTA	2	197	1
AATAGTCTCTTTTTTCTACCATATTTATTTAATTTTA	6	73	1
AAAAAGGGGATTTGTCTTTCCTTTTTAATGCAACTTC	9	191	0
  GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAAATTCTAGCTC	9	8	1
TCCTTTTTGCTTTGATAAGTGATTTTACTTAATCCAT	2	268	0
       AAGTTATTGCGTTCCTTTAATTTTTGCTTC	4	3	1
ATGCAACTTCTTTATTATAGCTTTTTTCATTCAAAGA	9	164	0
        TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGTTCAT	4	240	0
ATATGAGGAATTTTAGAAGCGTTTCTT          	9	236	1
CATACCTCAATTTAATTTGAAACTTTATAAAAAGCTA	1	18	1
TCAAAAAAATTTTTTATTAACTCTTTTGGTGTAGGAT	0	119	1
AACTATCCCCCTTAAAAATGAGTTTTACTATAAAACA	0	17	1
CTTATAAACTTTAAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCT	1	60	0
AAACCCTTTCTTATTCCCTAAATTCTAATTATTTTAG	1	159	0
TTTTTAGGGCTTATAAAGAGGCTTTTTACTTTTTTTT	3	14	1
TAATGAAGCGTTTAAATGGAAGTGTTATAATGTGCTA	7	30	0
TTGAGCGTATTTTTATGCTATACTCAAAAATCTTATA	1	91	0
AATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCAAGTCAAGTTAA	7	110	1
ATTATTACGCTTATTCTCTTTCTTTATGGATCAAACC	2	40	0
TATCTTAAAATTAGAAAGTTTCTTTTATGGATTAAGT	2	242	1
          *****       *****
MAP Score: 46.7492

Motif 2
AAAAGCTAATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATTTAAA	1	47	1
AGCGTTTCAAAAAAGCATCAAATTGACATCTTTTAAGCAAA	2	180	0
GAATACCAAAAAAAAAGTAAAAAGCCTCTTTATAAGCCCTA	3	18	0
ACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAATATTAAATTGAATGGG	0	51	1
CGAACGGCTTAAAAGAATGAAAATTTTATCAAGGTTTTAAT	5	11	1
CCCCTTTTAAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCA	7	95	1
AGCCTTTTATAAAAACTTTAAACCTAATTGAGCGTATTTTT	1	114	0
TTATGAAAATAAAAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACT	0	170	1
TTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAA	4	45	1
AAGCGATTTCAAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGTTTCTTA	4	92	1
TTATTAACGAAAAAGATTTTAATACTAATTTTTAATACGAG	9	85	1
TCATTGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAAAATTCGTT	4	178	1
ATTTGACAAAAATAAGATCAAAAAAATTTTTTATTAACTCT	0	102	1
 TGCCTTTTTAAAAAATTGAAATAAAGGAATAAAAGTT   	8	9	1
TAGCTTTTTATAAAGTTTCAAATTAAATTGAGGTATGAATC	1	14	0
ATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTTTCTTTTATGGATTAAG	2	237	1
AATTTACCATAAAACCATAAAATTAAATAAATATGGTAGAA	6	86	0
GGTTTAATTAAATAATATGAAAAAGCGCTTAATGAAGCGTT	7	55	0
GTTATTCCTTAAAATTGAGATAGCACATTATAACACTTCCA	7	10	1
CAATGAAGTTTAAACACATAAAAGCTTTTCATTTTAATCAA	4	143	0
ATTTTTGTCAAATATTGATAAACCCCATTCAATTTAATATT	0	74	0
GCTATACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATTTT	1	71	0
CTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAAAGAAGTTGCATTAAAA	9	165	1
TATTATCCTTAAAACAAAGTAGATTGGATTATTTAAAAGCT	3	64	0
TTCCTCATATTATACCTTAAAAAGGGGATTTGTCTTTCCTT	9	205	0
AAGTTTTTATAAAAGGCTTATGCTAAAATAATTAGAATTTA	1	137	1
TAACACCCCAAATAAAATTAAGCGAGCATTATAACATTTTG	2	143	1
AAATTTTTGAAAAATTGTTATAATTCCTACACTTTTATTGG	6	122	1
          ****   * ***      * *
MAP Score: 37.9997

Motif 3
ACTATCCCCCTTAAAAATGAGTTTTACTATAAAACA	0	18	1
TTTAATCTTTTTAAAATTTTGTTTTATAGTAAAACT	0	37	0
AAAGAGTTAATAAAAAATTTTTTTGATCTTATTTTT	0	109	0
AGTCCTTTTTTTAAAATTGTTTTAGGCTTTTATTTT	0	175	0
TTTTAGCCTTTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTCAAA	1	33	0
TATAAACTTTAAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCTT	1	59	0
TGATTTAAAGTTTATAAGATTTTTGAGTATAGCATA	1	79	1
CATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACCTAATTGAG	1	123	0
AATTTAGGGAATAAGAAAGGGTTTGA          	1	172	1
AAAAGCATCAAATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTT	2	175	0
ATTGGATTATTTAAAAGCTTGTTAGAATACCAAAAA	3	47	0
CTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAATT	4	43	0
TCGCTTTAATTTTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAA	4	62	0
AAGTTTAAACACATAAAAGCTTTTCATTTTAATCAA	4	143	0
CTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAAAATTCGTTGG	4	185	1
TCGTTGGCGTATAATATCCGTTTTGAATGAACTACT	4	214	1
ATGAACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA       	4	240	1
CTTGATAAAATTTTCATTCTTTTAAGCCGTTCGT  	5	8	0
GAATGAAAATTTTATCAAGGTTTTAATA        	5	25	1
AGCGGGTTGGATAACACAGCTTTTTAGGATTAAAAA	6	29	1
AAGAGACTATTTTTGAGCGTTTTTAATCCTAAAAAG	6	48	0
AGTGTAGGAATTATAACAATTTTTCAAAAATTTACC	6	119	0
AAAAAGCGCTTAATGAAGCGTTTAAATGGAAGTGTT	7	41	0
TTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTTTAATTAAATAATA	7	79	0
TTAAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCAA	7	101	1
TTATTCCTTTATTTCAATTTTTTAAAAAGGCA    	8	6	0
ATCTTTTTCGTTAATAATTGGTTAGATTTTGCATTA	9	66	0
GAAAAAGATTTTAATACTAATTTTTAATACGAGCGT	9	93	1
CAACTTCTTTATTATAGCTTTTTTCATTCAAAGATG	9	162	0
TTAAGGTATAATATGAGGAATTTTAGAAGCGTTTCT	9	226	1
          **** *    **** *
MAP Score: 32.2977

Motif 4
GAGTTTTACTATAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAA	0	36	1
TTTATCAATATTTGACAAAAATAAGATCAAAAAAATTTTT	0	93	1
TATGAAAATAAAAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACT	0	171	1
ATTAAAATCTTTGATTTAAAGTTTATAAGATTTTTGAGTA	1	68	1
TACGCTCAATTAGGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCTTATG	1	119	1
TATAAAAGGCTTATGCTAAAATAATTAGAATTTAGGGAAT	1	144	1
TGGGTAATACTAGCAAGAAAACGGGTTTGATCCATAAAGA	2	17	1
TTAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTTTCTTTTATG	2	231	1
CTTGTTAGAATACCAAAAAAAAAGTAAAAAGCCTCTTTAT	3	26	0
TCTTAAATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAA	4	38	1
AAAAGAGGGCAAAAATTAAAGCGATTTCAAAAAAAAAAAA	4	74	1
CGATTTCAAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGTTTCTTATT	4	95	1
ATTAGCTAGGTTTGATTAAAATGAAAAGCTTTTATGTGTT	4	132	1
TTAAACTTCATTGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAA	4	171	1
TTGAATGAACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA       	4	236	1
AACGGCTTAAAAGAATGAAAATTTTATCAAGGTTTTAATA	5	13	1
TTATGGTAAATTTTTGAAAAATTGTTATAATTCCTACACT	6	115	1
CCCTTTTAAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCA	7	96	1
      TGCCTTTTTAAAAAATTGAAATAAAGGAATAAAA	8	4	1
CTAACCAATTATTAACGAAAAAGATTTTAATACTAATTTT	9	77	1
GAAGCACTTCTATTGTCAAAACTACTAACATCTTTGAATG	9	134	1
ACTAACATCTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAAAGAAGTT	9	157	1
AATAAAGAAGTTGCATTAAAAAGGAAAGACAAATCCCCTT	9	185	1
          **     ****    ** **
MAP Score: 7.86518

Motif 5
CCCCCTTAAAAATGAGTTTTACTATAAAACAAA	0	23	1
AGGATAGCGATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAA	0	151	1
TTAAAATTGTTTTAGGCTTTTATTTTCATAAAA	0	168	0
        CAAAAGTCCTTTTTTTAAAATTGTT	0	190	0
TTAGCCTTTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTCAA	1	34	0
TCAATTAGGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCTTA	1	124	1
          TCAAACCCTTTCTTATTCCCTAA	1	175	0
TTTATGGATCAAACCCGTTTTCTTGCTAGTATT	2	22	0
TAGGGCTTATAAAGAGGCTTTTTACTTTTTTTT	3	18	1
TTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAATT	4	43	0
TTTTTTTTTGAAATCGCTTTAATTTTTGCCCTC	4	78	0
TAAGAAACTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTTTGA	4	100	0
TTTAAACACATAAAAGCTTTTCATTTTAATCAA	4	143	0
ACGAATTTTAAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAG	4	185	0
     TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGTTCA	4	241	0
GAAAATTTTATCAAGGTTTTAATA         	5	29	1
         GACAAACCTTTTTGTTTATAGCGG	6	1	1
GGGTTGGATAACACAGCTTTTTAGGATTAAAAA	6	32	1
ACGCTCAAAAATAGTCTCTTTTTTCTACCATAT	6	64	1
AAGCGCTTAATGAAGCGTTTAAATGGAAGTGTT	7	41	0
AACGCTTCATTAAGCGCTTTTTCATATTATTTA	7	55	1
TTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAATA	7	81	1
AAAGCCACTAAAAGGGCTTTTATTGTTTTTTAA	7	101	0
     AACTTTTATTCCTTTATTTCAATTTTTT	8	19	0
        GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAA	9	2	1
AAAATTAGTATTAAAATCTTTTTCGTTAATAAT	9	84	0
AACTTCTTTATTATAGCTTTTTTCATTCAAAGA	9	164	0
AGGGGATTTGTCTTTCCTTTTTAATGCAACTTC	9	191	0
AAGGAAAGACAAATCCCCTTTTTAAGGTATAAT	9	205	1
          * *  ********
MAP Score: 7.07836