AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons023_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246571
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0109	29	chaperone and heat shock protein 70 (dnaK)
#1	HP0111	300	H. pylori predicted coding region HP0111
#2	HP1024	167	co-chaperone-curved DNA binding protein A (CbpA)
#3	HP1226	73	oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase (hemN)
#4	HP1332	124	co-chaperone and heat shock protein (dnaJ)
#5	HP1373	42	rod shape-determining protein (mreB)
#6	HP1376	171	(3R)-hydroxymyristoyl-(acyl carrier protein) dehydratase (fabZ)

Motif 1
CTATCCCCTTAAGAGAATGAGTTTCATTATAAAA	1	75	1
TTCATTATAAAACAAAAAGGATTATCCATATTTA	1	97	1
TTACTAGCATTAAATTAGGATTTTTTATAGAGTT	1	156	0
TAAACTTTAAAGAAAAATCGGGTAATTTTTATCA	1	210	1
TTTCAGCGCAATTAAAAGGAATTTTAACTAAAAT	2	39	0
TTGATTGACTAACACTAAAGATTTATGATAGTAT	2	115	1
  GGATCACCTTTAAAATAGTTTTATTAGAATAC	2	145	0
GGTTATCTTTATTACTATGGTTTTATCGTGTTAT	4	12	1
CAAAACACGCAAAATTATCGCTTTTAAGATAAAA	4	69	1
CTTTTAAGATAAAATAAGCGTTTTGATGCCATTT	4	89	1
TATCGTTAAATTTATAAGCGTGTTCC        	5	2	0
TATAAATTTAACGATAAAGGATTAGAAAGGGC  	5	20	1
          TGCATAAGCGGTTTCTATGCAAAG	6	0	1
GCCATAAGCTTCAAGAAACGCTTTGCATAGAAAC	6	20	0
TTTCTTATGGTATAATAGCGGTTATTTTTTTAGA	6	92	1
AACCAACGCTAAAAATAGCGCTTTAATTGAATCC	6	128	1
AATTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT     	6	152	1
          *  * ***** ***
MAP Score: 17.7827

Motif 2
TTATCCTTTCTTTTAAAATAAATGTT     	0	5	0
AAATTATCGCTTTTAAGATAAAATAAGCGTT	4	80	1
TTTATCACTTTTTTAAAACAAGTGATAGATT	1	237	1
TAGACTAAACTTTAAAGAAAAATCGGGTAAT	1	205	1
GCGGTTATTTTTTTAGAATAACCAACGCTAA	6	109	1
TATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAA	2	138	1
CGCTTATAAATTTAACGATAAAGGATTAGAA	5	16	1
ATGAGTTTCATTATAAAACAAAAAGGATTAT	1	91	1
TAAAAGGAATTTTAACTAAAATATTGAGTTT	2	30	0
ATAACCGCTATTATACCATAAGAAAACCGCT	6	86	0
     TTCATTTTAAGCAAAACTTAAACTTG	3	57	0
TAGTGGGGTATTTTGAAATAACTCTCCCCCT	1	47	0
AACCCTCGCATTATAGCATAAAAAGTTAATA	1	267	0
TCATCGTGGATTTAAACTCAATATTTTAGTT	2	17	1
AATTGTATCATTTTAAGATCATTTTGATAAG	3	25	0
          ****** ****
MAP Score: 15.8715

Motif 3
TCTTGGGTTAGGGGGATTTTAAGGGGGGTT	1	15	1
AGGGGATAGTGGGGTATTTTGAAATAACTC	1	54	0
AAGAAAAATCGGGTAATTTTTATCACTTTT	1	219	1
         GGGGTTATCTTTATTACTATG	4	1	1
TGGTTTTATCGTGTTATTTTATCTAAGTTT	4	29	1
ATCTTAAAAGCGATAATTTTGCGTGTTTTG	4	69	0
GGCATCAAAACGCTTATTTTATCTTAAAAG	4	89	0
CGCAATGCATCGGTGTTTTTGCAAATACAA	6	53	1
TACAAGCGAGCGGTTTTCTTATGGTATAAT	6	78	1
GGTATAATAGCGGTTATTTTTTTAGAATAA	6	100	1
TCAATTAAAGCGCTATTTTTAGCGTTGGTT	6	128	0
          **********
MAP Score: 15.1843

Motif 4
     GGTCTTCTTGGGTTAGGGGGATTTTAAGGGGGGTTG	1	5	1
CTCATTCTCTTAAGGGGATAGTGGGGTATTTTGAAATAACT	1	55	0
GACTAAACTTTAAAGAAAAATCGGGTAATTTTTATCACTTT	1	207	1
TTATCACTTTTTTAAAACAAGTGATAGATTATTAACTTTTT	1	238	1
          TAAAAACTCATCGTGGATTTAAACTCAATAT	2	0	1
TCTTTATTACTATGGTTTTATCGTGTTATTTTATCTAAGTT	4	17	1
ACGCTTATTTTATCTTAAAAGCGATAATTTTGCGTGTTTTG	4	69	0
  GCCCTTTCTAATCCTTTATCGTTAAATTTATAAGCGTGT	5	13	0
ATAAGCGGTTTCTATGCAAAGCGTTTCTTGAAGCTTATGGC	6	13	1
GAAGCTTATGGCGCAATGCATCGGTGTTTTTGCAAATACAA	6	42	1
CGGTGTTTTTGCAAATACAAGCGAGCGGTTTTCTTATGGTA	6	63	1
GGTTTTCTTATGGTATAATAGCGGTTATTTTTTTAGAATAA	6	89	1
TTGTTTTGGATTCAATTAAAGCGCTATTTTTAGCGTTGGTT	6	128	0
          *        **** *  ****
MAP Score: 12.8831

Motif 5
TCTACTTATCAAAATGATCTTAAAATGATACAATTACA	3	21	1
         AACATTTATTTTAAAAGAAAGGATAACGC	0	1	1
TTACAAGTTTAAGTTTTGCTTAAAATGAA         	3	54	1
GGTAATTTTTATCACTTTTTTAAAACAAGTGATAGATT	1	230	1
GATTTATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGT	2	134	1
TAAGAGAATGAGTTTCATTATAAAACAAAAAGGATTAT	1	84	1
GGCGCATGCCAAAACTTAGATAAAATAACACGATAAAA	4	32	0
CAAAATTATCGCTTTTAAGATAAAATAAGCGTTTTGAT	4	78	1
TTTAACTAAAATATTGAGTTTAAATCCACGATGAGTTT	2	13	0
ACACGATAAAACCATAGTAATAAAGATAACCCC     	4	5	0
AAATGAGATCAGATCTAAATTAAATCAACTCTATAAAA	1	130	1
        GGAACACGCTTATAAATTTAACGATAAAGG	5	2	1
TAATTGCGCTGAAACGGGTTTAAAATCTGCATTATCTA	2	59	1
TATAATAGCGGTTATTTTTTTAGAATAACCAACGCTAA	6	102	1
AAAATTACCCGATTTTTCTTTAAAGTTTAGTCTATATC	1	201	0
AAAATACCCCACTATCCCCTTAAGAGAATGAGTTTCAT	1	64	1
          *  **    ******  *
MAP Score: 10.985

Motif 6
         AACATTTATTTTAAAAGAAAGGATAAC	0	1	1
GTAGGGGGAGAGTTATTTCAAAATACCCCACTATCC	1	45	1
TAAGAGAATGAGTTTCATTATAAAACAAAAAGGATT	1	84	1
TATAGACTAAACTTTAAAGAAAAATCGGGTAATTTT	1	203	1
AATTTTTATCACTTTTTTAAAACAAGTGATAGATTA	1	233	1
GAACCCTCGCATTATAGCATAAAAAGTTAATAATCT	1	263	0
TTTAACTAAAATATTGAGTTTAAATCCACGATGAGT	2	15	0
TAGTCAATCAAGTTTATTGATAATGCTTTTAGATAA	2	90	0
GATTTATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAG	2	134	1
CTACTTATCAAAATGATCTTAAAATGATACAATTAC	3	22	1
TACAAGTTTAAGTTTTGCTTAAAATGAA        	3	55	1
CAAAACGCTTATTTTATCTTAAAAGCGATAATTTTG	4	78	0
CACGCTTATAAATTTAACGATAAAGGATTAGAAAGG	5	14	1
          * ***    ***** *
MAP Score: 4.78849