AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons023_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246586
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0109	29	chaperone and heat shock protein 70 (dnaK)
#1	HP0111	300	H. pylori predicted coding region HP0111
#2	HP1024	167	co-chaperone-curved DNA binding protein A (CbpA)
#3	HP1226	73	oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase (hemN)
#4	HP1332	124	co-chaperone and heat shock protein (dnaJ)
#5	HP1373	42	rod shape-determining protein (mreB)
#6	HP1376	171	(3R)-hydroxymyristoyl-(acyl carrier protein) dehydratase (fabZ)
#7	HP1377	300	H. pylori predicted coding region HP1377

Motif 1
          AACATTTATTTTAAAAGAAAGG	0	0	1
     GCGTTATCCTTTCTTTTAAAATAAATG	0	12	0
TAAGGGGATAGTGGGGTATTTTGAAATAACTC	1	54	0
TTAAAGAAAAATCGGGTAATTTTTATCACTTT	1	216	1
TTAATAATCTATCACTTGTTTTAAAAAAGTGA	1	241	0
CTATGGTTTTATCGTGTTATTTTATCTAAGTT	4	26	1
TTATCTTAAAAGCGATAATTTTGCGTGTTTTG	4	69	0
ATGGCATCAAAACGCTTATTTTATCTTAAAAG	4	89	0
CTAATCCTTTATCGTTAAATTTATAAGCGTGT	5	13	0
GGCGCAATGCATCGGTGTTTTTGCAAATACAA	6	51	1
AATACAAGCGAGCGGTTTTCTTATGGTATAAT	6	76	1
ATGGTATAATAGCGGTTATTTTTTTAGAATAA	6	98	1
ATTCAATTAAAGCGCTATTTTTAGCGTTGGTT	6	128	0
ATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT         	6	158	1
TTGGTGCGGCTGGGCTTGATTTGGAGAAATGG	7	38	0
TTAGCGGTAGGTGGCGTCTTTTTGGTGCGGCT	7	59	0
TGAGATTTACTGGGATTATTTTTCTTGATTTG	7	93	1
TTCTTGATTTGTGGTTTTATTTTGCTCATTCC	7	114	1
AAAATCAATTTTCGCTAGTTTTGGATATAATC	7	207	0
GAAATCATTGAGCGCTGGTTTTAAGGCGGTCT	7	275	1
GCTGGTTTTAAGGCGGTCTTTT          	7	288	1
          **** ** ****
MAP Score: 20.8852

Motif 2
GAACCCTCGCATTATAGCATAAAAAGTTAATAA	1	266	0
AGTTATTGGGATTATATCCAAAACTAGCGAAAA	7	198	1
       TTCATTTTAAGCAAAACTTAAACTTG	3	57	0
AATAACCGCTATTATACCATAAGAAAACCGCTC	6	85	0
   AACATTTATTTTAAAAGAAAGGATAACGC 	0	7	1
AATGAGTTTCATTATAAAACAAAAAGGATTATC	1	90	1
AAAATTATCGCTTTTAAGATAAAATAAGCGTTT	4	79	1
ACGCTTATAAATTTAACGATAAAGGATTAGAAA	5	15	1
TAGCGCTTTAATTGAATCCAAAACAAGGAGTTT	6	143	1
GCGAAAATTGATTTTACCAAAATTGTTTGATAT	7	224	1
TTTTATTAGAATACTATCATAAATCTTTAGTGT	2	126	0
CGCTCAATGATTTCTAAGCTAAACTCTGTATTA	7	256	0
TAAACTCTGTATTATATCAAACAATTTTGGTAA	7	237	0
ATTAAAAGGAATTTTAACTAAAATATTGAGTTT	2	30	0
ATAGACTAAACTTTAAAGAAAAATCGGGTAATT	1	204	1
AGCGTTGGTTATTCTAAAAAAATAACCGCTATT	6	105	0
GCATAAGCGGTTTCTATGCAAAGCGTTTCTTGA	6	11	1
AATGAGCAAAATAAAACCACAAATCAAGAAAAA	7	111	0
TTTTATCACTTTTTTAAAACAAGTGATAGATTA	1	236	1
          *** ** ** ***
MAP Score: 18.9922

Motif 3
TAGTCTATATCACTAAATCTATTTACTAGCAT	1	180	0
CTTTTAATTGCGCTGAAACGGGTTTAAAATCT	2	55	1
TAAAATAACACGATAAAACCATAGTAATAAAG	4	18	0
TTTTGGCATGCGCCAAAACACGCAAAATTATC	4	56	1
     GATCGCTCCAAAAATGGCATCAAAACG	4	107	0
GAATAACCAACGCTAAAAATAGCGCTTTAATT	6	124	1
CTTTAATTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTT	6	148	1
TTCTTATTCCCACCAAATAATGTCAGCACCAT	7	10	1
AGCACCATTTCTCCAAATCAAGCCCAGCCGCA	7	34	1
AGCCCAGCCGCACCAAAAAGACGCCACCTACC	7	54	1
CGCCACCTACCGCTAAAATGAGATTTACTGGG	7	75	1
CAAAATAAAACCACAAATCAAGAAAAATAATC	7	106	0
TTGGGATTATATCCAAAACTAGCGAAAATTGA	7	203	1
 AAAAGACCGCCTTAAAACCAGCGCTCAATGA	7	279	0
          * ******* **
MAP Score: 12.8301

Motif 4
AACCCCCCTTAAAATCCCCCTAACCCAAGAA	1	14	0
TCTCCCCCTACAACCCCCCTTAAAATCCCCC	1	25	0
TTTTATAATGAAACTCATTCTCTTAAGGGGA	1	78	0
TTAAATATGGATAATCCTTTTTGTTTTATAA	1	101	0
AACTCTATAAAAAATCCTAATTTAATGCTAG	1	156	1
       TAAAAACTCATCGTGGATTTAAAC	2	3	1
TCGTGGATTTAAACTCAATATTTTAGTTAAA	2	20	1
TATTTTAGTTAAAATTCCTTTTAATTGCGCT	2	38	1
AAGTTTATTGATAATGCTTTTAGATAATGCA	2	86	0
GTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATC	2	145	1
TCTACTTATCAAAATGATCTTAAAATGATAC	3	21	1
ATAACACGATAAAACCATAGTAATAAAGATA	4	15	0
AAATGGCATCAAAACGCTTATTTTATCTTAA	4	92	0
CTTTGCATAGAAACCGCTTATGCA       	6	3	0
     AAAATAAACTCCTTGTTTTGGATTCA	6	155	0
ATCAAGAAAAATAATCCCAGTAAATCTCATT	7	91	0
GCTCATTCCTCAACTCCTTATTATATTTTAT	7	137	1
AGTTTTGGATATAATCCCAATAACTTAACCA	7	192	0
CAATTTTGGTAAAATCAATTTTCGCTAGTTT	7	218	0
          ********* *
MAP Score: 12.1234

Motif 5
TTAAATATGGATAATCCTTTTTGTTTTATAA	1	101	0
ACTTTAAAGAAAAATCGGGTAATTTTTATCA	1	213	1
TTTTAACTAAAATATTGAGTTTAAATCCACG	2	21	0
TATTTTAGTTAAAATTCCTTTTAATTGCGCT	2	38	1
GATCACCTTTAAAATAGTTTTATTAGAATAC	2	145	0
AACACGCAAAATTATCGCTTTTAAGATAAAA	4	72	1
TTAAGATAAAATAAGCGTTTTGATGCCATTT	4	92	1
CGTTAAATTTATAAGCGTGTTCC        	5	2	0
       TGCATAAGCGGTTTCTATGCAAAG	6	3	1
CTTATGGTATAATAGCGGTTATTTTTTTAGA	6	95	1
CAACGCTAAAAATAGCGCTTTAATTGAATCC	6	131	1
AAAACTAGCGAAAATTGATTTTACCAAAATT	7	217	1
TGATTTTACCAAAATTGTTTGATATAATACA	7	232	1
          ******* ***
MAP Score: 9.35465

Motif 6
AACTCATTCTCTTAAGGGGATAGTGGGGTA	1	68	0
TTAGGATTTTTTATAGAGTTGATTTAATTT	1	146	0
TTTAAACCCGTTTCAGCGCAATTAAAAGGA	2	53	0
ATTTTGCGTGTTTTGGCGCATGCCAAAACT	4	54	0
        TGCATAAGCGGTTTCTATGCAA	6	2	1
TTCTTGAAGCTTATGGCGCAATGCATCGGT	6	37	1
TCTTATGGTATAATAGCGGTTATTTTTTTA	6	94	1
AAAGCGCTATTTTTAGCGTTGGTTATTCTA	6	122	0
TTGGATTCAATTAAAGCGCTATTTTTAGCG	6	134	0
GTAAATCTCATTTTAGCGGTAGGTGGCGTC	7	73	0
AGCGCTGGTTTTAAGGCGGTCTTTT     	7	285	1
          **********
MAP Score: 2.93849