AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons024_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246608
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP1422	24	isoleucyl-tRNA synthetase (ileS)
#1	HP1423	101	conserved hypothetical protein
#2	HP1468	51	branched-chain-amino-acid aminotransferase (ilvE)
#3	HP1469	114	outer membrane protein (omp31)
#4	HP1483	26	gerC2 protein (gerC2)
#5	HP1490	103	conserved hypothetical protein
#6	HP1572	87	regulatory protein DniR
#7	HP1573	74	conserved hypothetical protein

Motif 1
TATATTATATTAGCTTAAAATGGCTAAGTAT	3	59	0
CTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTGAGATTT	5	41	1
GGCGTGATTGTATCTAAAAAGGGG       	2	3	0
CGTTAGGTTTTAGGTTTAAAGTT        	5	90	1
AATAAAACCATAGGATAAAAGC         	7	62	1
ACTTAAAGAATAGGGTAAAATAAACGC    	1	84	1
TAATTGAGTTTAAGAAAAAATATATTATTAT	3	15	1
ATAGAGCGATTATCAAAAAATAAAGGGAAAA	3	87	1
TTTTATTTAGTATGTTACAATAATCAAACAT	7	38	0
TAATCAAAGCTATTTTAAAAGCTGAATAGCT	6	49	1
TTATTCTCCTTATGTTAGAATGTTTGATTAT	7	19	1
     TTTCACACCTTTAAATGGATAGTTTC	2	35	0
ACCTAAAACCTAACGATAAATATAAAATATA	5	74	0
TTTTTATCCATAACTTATAAGGGTTTTAGTT	1	54	0
  AGACAAGCCATGAAAAAAGAAAAGTC   	4	8	1
GGCTAAGTATTACTTATAAAGAAATAATAAT	3	38	0
AGATTAAGCCTAACTTTAAAAATCAAGCCTT	5	18	0
ATAAGGAGAATAACAATCAATT         	7	1	0
GACAAAAGACTAAGGATTAATCA        	0	11	1
          ** ********
MAP Score: 21.796

Motif 2
TTATAAGGGTTTTAGTTTTAGCATGTTAGC	1	41	0
ACCCTATTCTTTAAGTTTTTATCCATAACT	1	70	0
       GCGTTTATTTTACCCTATTCTTT	1	88	0
  TTTTTTAATTGAGTTTAAGAAAAAATAT	3	8	1
GAAATAATAATATATTTTTTCTTAAACTCA	3	19	0
TATATTATTATTTCTTTATAAGTAATACTT	3	35	1
GTCTTTTCCCTTTATTTTTTGATAATCGCT	3	91	0
      GACTTTTCTTTTTTCATGGCTTGT	4	12	0
TTTTGAAGGCTTGATTTTTAAAGTTAGGCT	5	13	1
GGCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTGAGA	5	39	1
ATTCTGAGATTTTATATATTTTATATTTAT	5	60	1
TTATATATTTTATATTTATCGTTAGGTTTT	5	71	1
ATCGTTAGGTTTTAGGTTTAAAGTT     	5	88	1
GTTATTCAAGTTTAGTTATAATCAAAGCTA	6	31	1
GCTGAATAGCTATAGTTATTAGGATGCG  	6	69	1
        AATTGATTGTTATTCTCCTTAT	7	2	1
ATCCTATGGTTTTATTTAGTATGTTACAAT	7	48	0
          **********
MAP Score: 12.9087

Motif 3
CCACCACTCTTTTTAAGGAATTTGT          	1	0	0
CTTATAAGGGTTTTAGTTTTAGCATGTTAGCATTC	1	37	0
ACTAAAACCCTTATAAGTTATGGATAAAAACTTAA	1	55	1
TTTCACACCTTTAAATGGATAGTTTCAGGCGTGAT	2	26	0
TATTATTTCTTTATAAGTAATACTTAGCCATTTTA	3	40	1
ACTTTTCTTTTTTCATGGCTTGTCT          	4	0	0
      GGTTTTTGAAGGCTTGATTTTTAAAGTTA	5	4	1
AGGCTTGATTTTTAAAGTTAGGCTTAATCTTTTAT	5	19	1
AGGCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTGAGATTTT	5	38	1
TATCGTTAGGTTTTAGGTTTAAAGTT         	5	87	1
TCTCCTTATGTTAGAATGTTTGATTATTGTAACAT	7	23	1
          *** * ** ***  *
MAP Score: 9.8949

Motif 4
    ACAAATTCCTTAAAAAGAGTGGTGGC	1	6	1
AAAACTAAAACCCTTATAAGTTATGGATAA	1	52	1
         CCCCTTTTTAGATACAATCAC	2	1	1
CTGAAACTATCCATTTAAAGGTGTGAAA  	2	33	1
TATTATTATTTCTTTATAAGTAATACTTAG	3	37	1
TAATACTTAGCCATTTTAAGCTAATATAAT	3	57	1
   AGACAAGCCATGAAAAAAGAAAAGTC 	4	7	1
AAAAATCAAGCCTTCAAAAACC        	5	2	0
TGAAGGCTTGATTTTTAAAGTTAGGCTTAA	5	16	1
ATAATCAAAGCTATTTTAAAAGCTGAATAG	6	48	1
          **********
MAP Score: 2.3497