AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons024_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246618
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP1422	24	isoleucyl-tRNA synthetase (ileS)
#1	HP1423	101	conserved hypothetical protein
#2	HP1468	51	branched-chain-amino-acid aminotransferase (ilvE)
#3	HP1469	114	outer membrane protein (omp31)
#4	HP1470	67	DNA polymerase I (polA)
#5	HP1471	65	type IIS restriction enzyme R protein (BCGIB)
#6	HP1472	30	type IIS restriction enzyme M protein (mod)
#7	HP1483	26	gerC2 protein (gerC2)
#8	HP1490	103	conserved hypothetical protein
#9	HP1491	138	phosphate permease
#10	HP1572	87	regulatory protein DniR
#11	HP1573	74	conserved hypothetical protein

Motif 1
GTTTTTATCCATAACTTATAAGGGTTTTAGTT	1	54	0
AACTTAAAGAATAGGGTAAAATAAACGC    	1	83	1
    CCCCTTTTTAGATACAATCACGCCTGAA	2	6	1
TTAATTGAGTTTAAGAAAAAATATATTATTAT	3	14	1
CTATATTATATTAGCTTAAAATGGCTAAGTAT	3	59	0
TATAGAGCGATTATCAAAAAATAAAGGGAAAA	3	86	1
GCGCGCTAGCTTGTGTTACAATAAACTTAAAA	4	22	1
GCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTGAGATTT	8	40	1
TCGTTAGGTTTTAGGTTTAAAGTT        	8	89	1
ATATGGTATCTTAAAGTAAAATTTTAAAGAGA	9	20	0
TTACTTTAAGATACCATATAATGAGCCATTTT	9	33	1
TCAAGGGCTAATTGGATAGAATAAGACCACTA	9	92	1
GTTATTCAAGTTTAGTTATAATCAAAGCTATT	10	31	1
GTTATTCTCCTTATGTTAGAATGTTTGATTAT	11	18	1
GTTTTATTTAGTATGTTACAATAATCAAACAT	11	38	0
AAATAAAACCATAGGATAAAAGC         	11	61	1
          *** **** ***
MAP Score: 18.1689

Motif 2
ATTCAGCCACCACTCTTTTTAAGGAATTTGT 	1	9	0
CTAAAACTAAAACCCTTATAAGTTATGGATAA	1	50	1
TTTTTTCTTAAACTCAATTAAAAAA       	3	3	0
AGTAATACTTAGCCATTTTAAGCTAATATAAT	3	55	1
TATAATATAGAGCGATTATCAAAAAATAAAGG	3	81	1
AACACAAGCTAGCGCGCTTAAAACCCCTT   	4	7	0
TCTTCAATCAAGCGAATTTTAAGTTTATTGTA	4	38	0
        TCAACCCTCTTCAATCAAGCGAAT	4	53	0
TAGCCAACTCAACGCTATTAAGTGGGGCGAGT	5	20	1
   TTTTTAAAACTCTCTTTAAAATTTTACTT	9	7	1
CCATATAATGAGCCATTTTTATCAAACAACGC	9	46	1
TTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCA	9	63	1
TGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAGTTAT	10	18	1
TTATAATCAAAGCTATTTTAAAAGCTGAATAG	10	46	1
          ****** ** **
MAP Score: 17.0459

Motif 3
GCCATTTTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCAA	9	57	1
CAATCACGCCTGAAACTATCCATTTAAAGGTGTGAAA  	2	24	1
ATATGGTATCTTAAAGTAAAATTTTAAAGAGAGTTTTAA	9	13	0
AGTTTAGTTATAATCAAAGCTATTTTAAAAGCTGAATAG	10	39	1
AAGACCACTATTAGAACAAGGTTTTTATGACGAT     	9	114	1
CTTTATAAGTAATACTTAGCCATTTTAAGCTAATATAAT	3	48	1
ATATTTATCGTTAGGTTTTAGGTTTAAAGTT        	8	82	1
    GGTTTTTGAAGGCTTGATTTTTAAAGTTAGGCTTA	8	6	1
ATTTTTAAAGTTAGGCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCT	8	26	1
TCTTTAAGTTTTTATCCATAACTTATAAGGGTTTTAGTT	1	54	0
        GTTATAATTTTATTTTTTAAAAGGATACCC 	6	2	1
          TTTTTTAATTGAGTTTAAGAAAAAATATA	3	0	1
GTTAGCATTCAGCCACCACTCTTTTTAAGGAATTTGT  	1	8	0
TAAAATTCTGAGATTTTATATATTTTATATTTATCGTTA	8	56	1
GAAAAAATATATTATTATTTCTTTATAAGTAATACTTAG	3	28	1
          * *    *    *******
MAP Score: 10.0949

Motif 4
TATAAGGGTTTTAGTTTTAGCATGTTAGCATTCAGCCACCA	1	29	0
CTTTAAGTTTTTATCCATAACTTATAAGGGTTTTAGTTTTA	1	51	0
  GCGTTTATTTTACCCTATTCTTTAAGTTTTTATCCATAA	1	72	0
         TTTTTTAATTGAGTTTAAGAAAAAATATATTA	3	1	1
AAAAAATATATTATTATTTCTTTATAAGTAATACTTAGCCA	3	29	1
ACTTAGCCATTTTAAGCTAATATAATATAGAGCGATTATCA	3	61	1
   TCAGTCTTTTCCCTTTATTTTTTGATAATCGCTCTATA	3	86	0
ATCAAGCGAATTTTAAGTTTATTGTAACACAAGCTAGCGCG	4	23	0
         GTTATAATTTTATTTTTTAAAAGGATACCC  	6	1	1
ATTTTTAAAGTTAGGCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTGA	8	26	1
AATTCTGAGATTTTATATATTTTATATTTATCGTTAGGTTT	8	59	1
TATTTTATATTTATCGTTAGGTTTTAGGTTTAAAGTT    	8	76	1
        TTTTTAAAACTCTCTTTAAAATTTTACTTTAAG	9	2	1
AAAATTTTACTTTAAGATACCATATAATGAGCCATTTTTAT	9	27	1
GAAAGCGTTATTCAAGTTTAGTTATAATCAAAGCTATTTTA	10	25	1
TTGATTGTTATTCTCCTTATGTTAGAATGTTTGATTATTGT	11	12	1
TATCCTATGGTTTTATTTAGTATGTTACAATAATCAAACAT	11	38	0
          ***    **   * ***   *
MAP Score: 7.1906