AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons025_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246630
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0251	300	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppC)
#1	HP0298	116	dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein (dppA)
#2	HP0305	243	H. pylori predicted coding region HP0305
#3	HP0309	83	conserved hypothetical protein
#4	HP0311	45	H. pylori predicted coding region HP0311
#5	HP1253	31	tryptophanyl-tRNA synthetase (trpS)
#6	HP1254	116	biotin synthesis protein (bioC)

Motif 1
AATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTTTCTT	0	13	0
AACACCCCAAATAAAATTAAGCGAGCATTA	0	105	0
ATTCCTGAGATTATAATTAATTATGGGTAA	0	255	0
AATAAAATATTTATAATTTAGATCTCTATC	1	66	1
CAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTA	2	104	1
TGTATAGGATTAAAAATTAAAAGAGGATTA	3	38	0
AATTAAAATATTAAAATTAG          	5	21	1
CCTTAAATGCCTAAAATTTAGAAAAAATCA	6	15	1
TTGATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAATAC	6	48	1
TAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTT	6	69	1
CGCACCACGCTTGAAATTAAAACTAAATTT	6	82	0
          **********
MAP Score: 12.8578

Motif 2
CATTATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAAT	0	79	0
TAATTAAACCTTTAGGTGTTTGTGAAACACC	1	26	1
         ATTTTTCTGTATCCAAGGTTAG	2	1	1
CGCTTTAACCTTTTGATGAATGGTTCAGAAA	2	49	1
AATGAATCGTTTTAGTTGTAAGCGTGCTTAT	2	171	1
ACGCTTATTATTTTAGTGTAAATAAGCACGC	2	192	0
TTTAATCCTCTTTTAATTTTTAATCCTATAC	3	36	1
CCATTTTTGTTTTTATTGTATAGGATTAAAA	3	53	0
GCCAAAAATCTTTTGGCGTTATCG       	4	3	0
GCCAAAAGATTTTTGGCGTTTGATTAAAAGG	4	17	1
AATTTTAATATTTTAATTTATCTTAGTTT  	5	8	0
TAAAACTAAATTTTAGTGTATTCTTAGCAAA	6	64	0
TACACTAAAATTTAGTTTTAATTTCAAGCGT	6	75	1
          ***** *****
MAP Score: 12.4628

Motif 3
CTGAACCATTCATCAAAAGGTTAAAGCGCA	2	47	0
     GGTAACCTTTAAAGGTTAATTAAAC	1	5	1
TTTGGCGTTTGATTAAAAGGTTGGAAG   	4	28	1
ATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATTTG	0	76	0
GATAAGACCACATTAAAGGATAATGA    	2	227	1
ATTAAAAGAGGATTAAAGGGGTTAAAATCC	3	23	0
AAATTTTAGGCATTTAAGGAATCA      	6	4	0
GTTTCACAAACACCTAAAGGTTTAATTAAC	1	24	0
TAGGATTAAAAATTAAAAGAGGATTAAAGG	3	34	0
AATCATTTGCACTCTAAAGACGACTCAAGA	2	136	0
AATTGTTTTTCATCAAGGGAGTTTGAGC  	0	282	1
TCCAAGGTTAGCCTTAAGGATGGCCATGCG	2	21	1
    CGATAACGCCAAAAGATTTTTGGCGT	4	6	1
CAAGCGTGGTGCGTTAAAGGCGGTGGT   	6	99	1
AGATCTCTATCCTTTATAGAATTTGTTGTG	1	85	1
TCTAAAGACGACTCAAGAGATACAATTGCG	2	124	0
TATTTTATTGCGTTTATAGGTGTTTCACAA	1	45	0
          **********
MAP Score: 10.3786

Motif 4
         TAAAAGAAACTTTCTAATTTTAAGATAATCAT	0	1	1
AGCAAAATGTTATAATGCTCGCTTAATTTTATTTGGGGTGT	0	93	1
ACACTCCACCATTATTACGCTTATTCTCTTTCTTTATGGAT	0	192	1
ATAATTAATTATAATCTCAGGAATTGTTTTTCATCAAGGGA	0	261	1
TAAACGCAATTGTATCTCTTGAGTCGTCTTTAGAGTGCAAA	2	120	1
TGTGGTCTTATCAATAACGCTTATTATTTTAGTGTAAATAA	2	198	0
CACATGGATTTTAACCCCTTTAATCCTCTTTTAATTTTTAA	3	18	1
        GATCCACTCCCATTTTTGTTTTTATTGTATAGG	3	60	0
TAAAATTTAGAAAAAATCACGCTTGATCTTATCTAAAATTT	6	26	1
          *  *   *  *  *  *****
MAP Score: 4.33341

Motif 5
TTAATTTGCTATTAAGCGTTTCAAAAAAGCA	0	44	1
AAAGATGTCAATTTGATGCTTTTTTGAAACG	0	60	0
TAAGCGAGCATTATAACATTTTGCTTAAAAG	0	87	0
   GGTAACCTTTAAAGGTTAATTAAACCTT	1	7	1
TAATTAAACCTTTAGGTGTTTGTGAAACACC	1	26	1
TATAAACGCAATAAAATATTTATAATTTAGA	1	57	1
ATATTTATAATTTAGATCTCTATCCTTTATA	1	72	1
TGGCCATGCGCTTTAACCTTTTGATGAATGG	2	41	1
TTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGTAAATA	2	98	0
CTCACATGGATTTTAACCCCTTTAATCCTCT	3	16	1
TTTAATCCTCTTTTAATTTTTAATCCTATAC	3	36	1
GCCAAAAGATTTTTGGCGTTTGATTAAAAGG	4	17	1
      CTAATTTTAATATTTTAATTTATCT	5	16	0
TTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAGGAATCA 	6	9	0
          ******* ***
MAP Score: 0.604472