AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons025_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246645
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0251	300	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppC)
#1	HP0296	241	ribosomal protein L21 (rpl21)
#2	HP0298	116	dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein (dppA)
#3	HP0304	41	H. pylori predicted coding region HP0304
#4	HP0305	243	H. pylori predicted coding region HP0305
#5	HP0309	83	conserved hypothetical protein
#6	HP0311	45	H. pylori predicted coding region HP0311
#7	HP1253	31	tryptophanyl-tRNA synthetase (trpS)
#8	HP1254	116	biotin synthesis protein (bioC)

Motif 1
    TAAAAGAAACTTTCTAATTTTAAGATAATCATT	0	6	1
ATTTTAAGATAATCATTCTTAATTTGCTATTAAGCGT	0	26	1
CATTTTGCTTAAAAGATGTCAATTTGATGCTTTTTTG	0	65	0
AAATGTTATAATGCTCGCTTAATTTTATTTGGGGTGT	0	97	1
TCGCAATTGTTATTAAGCTTATTTTGGAATACTTTTA	1	44	0
ATGGCGGGTTAAATGGGGTTATTTTGAATAAAAAATT	1	111	1
TTTAATGTGGATTTAATCTCAATTTAAAGTTACATTT	1	150	1
ACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTT	1	195	1
TTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTAAGGAATAGA	1	213	1
   GGTAACCTTTAAAGGTTAATTAAACCTTTAGGTG	2	7	1
AACGCAATAAAATATTTATAATTTAGATCTCTATCCT	2	61	1
CGCCTTTATTTTAATGGATTATTTTAAAAATAGCGTT	3	10	0
CAAGAGATACAATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTG	4	104	0
GCTTACAACTAAAACGATTCATTTTGATAATCATTTG	4	157	0
TTTTAGTTGTAAGCGTGCTTATTTACACTAAAATAAT	4	180	1
TCTTATCAATAACGCTTATTATTTTAGTGTAAATAAG	4	197	0
AACCCCTTTAATCCTCTTTTAATTTTTAATCCTATAC	5	30	1
         AAACTAAGATAAATTAAAATATTAAAAT	7	1	1
ATCAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAG	8	16	0
ATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTCAAGCGTGGTGC	8	74	1
          **    * * ***** *
MAP Score: 22.6739

Motif 2
AATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTTTCTT	0	13	0
AACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATTTGAT	0	74	0
AACACCCCAAATAAAATTAAGCGAGCATTA	0	105	0
AACAAACAAGCTAAAAGTATTCCAAAATAA	1	33	1
TAAAAGTATTCCAAAATAAGCTTAATAACA	1	44	1
TAAATCCACATTAAAAGAATTTTTTATTCA	1	135	0
TGAGTATTTGCTAAAATGTAACTTTAAATT	1	170	0
AACGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTAT	1	202	0
TATAAACGCAATAAAATATTTATAATTTAG	2	57	1
AACGCTATTTTTAAAATAATCCATTAAAAT	3	10	1
AAATAATCCATTAAAATAAAGGCGAGGA  	3	23	1
GAACCATTCATCAAAAGGTTAAAGCGCATG	4	45	0
CAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTA	4	104	1
CAAATGATTATCAAAATGAATCGTTTTAGT	4	157	1
CTTATTTACACTAAAATAATAAGCGTTATT	4	197	1
  CGATAACGCCAAAAGATTTTTGGCGTTT	6	8	1
TGGCGTTTGATTAAAAGGTTGGAAG     	6	30	1
CTAAGATAAATTAAAATATTAAAATTAG  	7	13	1
CCTTAAATGCCTAAAATTTAGAAAAAATCA	8	15	1
TTGATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAATAC	8	48	1
TAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTT	8	69	1
          **********
MAP Score: 20.5207

Motif 3
GCTTTTTTGAAACGCTTAATAGCAAATTAA	0	44	0
      CGATAACGCCAAAAGATTTTTGGC	6	4	1
CTTTTAATCAAACGCCAAAAATCTTTTGGC	6	17	0
TTTAACGCACCACGCTTGAAATTAAAACTA	8	87	0
TTTTAAAATAAACGCTTATTATAGTGAGTA	1	194	0
TCTTATCAATAACGCTTATTATTTTAGTGT	4	204	0
TAGAAAAAATCACGCTTGATCTTATCTAAA	8	33	1
TGTAAATAAGCACGCTTACAACTAAAACGA	4	177	0
CCACCATTATTACGCTTATTCTCTTTCTTT	0	197	1
GTGTTTCACAAACACCTAAAGGTTTAATTA	2	26	0
TGTTATAATGCTCGCTTAATTTTATTTGGG	0	100	1
TTTTAACAAACAAGCTAAAAGTATTCCAAA	1	29	1
TTGCTAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTA	8	65	1
CGTGCTTATTTACACTAAAATAATAAGCGT	4	193	1
GTGTTTGTGAAACACCTATAAACGCAATAA	2	41	1
TATTCCAAAATAAGCTTAATAACAATTGCG	1	50	1
GCTGAGCTAACACCCCAAATAAAATTAAGC	0	113	0
TGATTCCTTAAATGCCTAAAATTTAGAAAA	8	10	1
          **********
MAP Score: 14.6355

Motif 4
TTAATAGCAAATTAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAAAGT	0	18	0
AAAGCATCAAATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATG	0	69	1
AATCCACATTAAAAGAATTTTTTATTCAAAATAACCCCATT	1	122	0
ATCTCAATTTAAAGTTACATTTTAGCAAATACTCACTATAA	1	165	1
AATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTC	1	192	1
TTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTAAGGAATAGAA       	1	217	1
TATAATTTAGATCTCTATCCTTTATAGAATTTGTTGTGGAG	2	77	1
CCTCGCCTTTATTTTAATGGATTATTTTAAAAATAGCGTT 	3	9	0
AGCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTA	4	93	1
TCGTCTTTAGAGTGCAAATGATTATCAAAATGAATCGTTTT	4	143	1
TTTAGTTGTAAGCGTGCTTATTTACACTAAAATAATAAGCG	4	181	1
        AAACTAAGATAAATTAAAATATTAAAATTAG  	7	2	1
GATTCCTTAAATGCCTAAAATTTAGAAAAAATCACGCTTGA	8	11	1
GCTTGAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTATTCTTAGCAAAT	8	63	0
          *     *   ****   ****
MAP Score: 13.3718

Motif 5
TTGTTTTTCATCAAGGGAGTTTGAGC        	0	284	1
ATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGA	1	193	1
TTTATTGCGTTTATAGGTGTTTCACAAACACCTA	2	38	0
GCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCA	4	94	1
CTTAATTTGCTATTAAGCGTTTCAAAAAAGCATC	0	43	1
TAAATCCACATTAAAAGAATTTTTTATTCAAAAT	1	131	0
TAAAAGAGGATTAAAGGGGTTAAAATCCATGTGA	5	17	0
GGGTTAAAATCCATGTGAGTTTGTG         	5	1	0
TACACTAAAATAATAAGCGTTATTGATAAGACCA	4	203	1
CGCCAAAAGATTTTTGGCGTTTGATTAAAAGGTT	6	16	1
AATGGTGGAGTGTAGGGGGTTCGAACCCCTGACC	0	171	0
TTTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAGGAATCA   	8	7	0
AATGGCGGGTTAAATGGGGTTATTTTGAATAAAA	1	110	1
GTTAAAAAACCAATAAGGATTTGATC        	1	2	0
ATCTCTATCCTTTATAGAATTTGTTGTGGAGACT	2	87	1
TTGAGTGGGACAATGCGGGTTAATAATGGCGGGT	1	86	1
TTAGATAAGATCAAGCGTGATTTTTTCTAAATTT	8	28	0
TCGCCTTTATTTTAATGGATTATTTTAAAAATAG	3	14	0
AAAACTAAATTTTAGTGTATTCTTAGCAAATTTT	8	60	0
AACAAACAAGCTAAAAGTATTCCAAAATAAGCTT	1	33	1
AATGTAACTTTAAATTGAGATTAAATCCACATTA	1	152	0
TTGTTTTTATTGTATAGGATTAAAAATTAAAAGA	5	44	0
          * *** * **** *
MAP Score: 12.1238

Motif 6
ATAGCAAATTAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTTTCTT	0	13	0
CTAGCAAGAAAACGGGTTTGATCCATAAAGAAAGAGAATAAGC	0	210	0
TGCTAGTATTACCCATAATTAATTATAATCTCAGGAATTGTTT	0	247	1
GATCAAATCCTTATTGGTTTTTTAACAAACAAGCTAAAAGTAT	1	10	1
AAGTATTCCAAAATAAGCTTAATAACAATTGCGAGTGGTTTGA	1	47	1
ATGGCGGGTTAAATGGGGTTATTTTGAATAAAAAATTCTTTTA	1	111	1
AATTCTTTTAATGTGGATTTAATCTCAATTTAAAGTTACATTT	1	144	1
CGCTTATTATAGTGAGTATTTGCTAAAATGTAACTTTAAATTG	1	169	0
TACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATT	1	194	1
CGCCTTTATTTTAATGGATTATTTTAAAAATAGCGTT      	3	4	0
ATTTTTCTGTATCCAAGGTTAGCCTTAAGGATGGCCATGCGCT	4	10	1
AGTTTGTTTCAGTCAGCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATA	4	79	1
TCGTCTTTAGAGTGCAAATGATTATCAAAATGAATCGTTTTAG	4	143	1
ACACTAAAATAATAAGCGTTATTGATAAGACCACATTAAAGGA	4	204	1
GATAAGATCAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAG	8	16	0
ATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTCAAGCGTGGTGCGTTAAA	8	74	1
          *    *  *** * * **    *
MAP Score: 11.5844

Motif 7
CTTTTTTGAAACGCTTAATAGCAAATTAAG	0	43	0
TGTCAATTTGATGCTTTTTTGAAACGCTTA	0	56	0
GTTATAATGCTCGCTTAATTTTATTTGGGG	0	101	1
CACCATTATTACGCTTATTCTCTTTCTTTA	0	198	1
AATTGTTATTAAGCTTATTTTGGAATACTT	1	47	0
CATTTAACCCGCCATTATTAACCCGCATTG	1	96	0
GCTTATTATAGTGAGTATTTGCTAAAATGT	1	181	0
TTTAAAATAAACGCTTATTATAGTGAGTAT	1	193	0
TAAAAATTGAACGCTCTTTTTAAAATAAAC	1	211	0
TTAGATCTCTATCCTTTATAGAATTTGTTG	2	83	1
         AACGCTATTTTTAAAATAATC	3	1	1
     TCCTCGCCTTTATTTTAATGGATTA	3	26	0
AAGGATGGCCATGCGCTTTAACCTTTTGAT	4	36	1
GTTTGTTTCAGTCAGCATTATTTACAAAAA	4	80	1
AGATACAATTGCGTTTATTTTAAACTCTTT	4	107	0
AGTTGTAAGCGTGCTTATTTACACTAAAAT	4	184	1
CTTATCAATAACGCTTATTATTTTAGTGTA	4	203	0
AACCCCTTTAATCCTCTTTTAATTTTTAAT	5	30	1
AAGATCAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTA	8	26	0
          **********
MAP Score: 1.78643