AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons026_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246670
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0588	184	ferrodoxin-like protein
#1	HP1108	259	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, gamma subunit

Motif 1
GAATTGAGTAAAAAGTGTTTAGTATCTTCTCATTT	0	40	1
AATAAATTCTAAAATGCTTTAATAGTAGGAACTTA	0	81	0
CTAGCAATCAAAATTTGCCTAAAATTGTAGCAAGC	0	123	0
  ACTTGCCCCATACAGACTAAAATCAAATCACAC	1	8	1
CTTAAATAATAACAAAGTTTAAAATAAATATTAGT	1	43	1
CGTTCTTAATAAAAACCACTAATATTTATTTTAAA	1	60	0
TTTTTAGAATAAATGGCCATAAAATAGCCATAATT	1	101	1
TTTTCCTATAAAAATTCCTAAAAAGATATTGTTAT	1	154	1
ATATTGTTATAAGACACATTAATAGTTTTTCTTGT	1	179	1
AAATAAATTGAATTCAGCCTAGAATTATACAAGAA	1	207	0
ATGTCTCCTTAATATCGTATAAAATAAATTGAATT	1	228	0
          ** *  *  ******
MAP Score: 16.2459

Motif 2
AATGGGGCGTTTTTTCTTTTGAATTGAGTAAAA	0	20	1
GTATCTTCTCATTTTAATTTTAAGTTCCTACTA	0	61	1
CTATTAAAGCATTTTAGAATTTATTAAAAAAGG	0	91	1
GTGTGATTTGATTTTAGTCTGTATGGGGCAAGT	1	10	0
ATTTTAAACTTTGTTATTATTTAAGGTGTGATT	1	35	0
AAACCACTAATATTTATTTTAAACTTTGTTATT	1	50	0
ATATTAGTGGTTTTTATTAAGAACGCTTGTCTT	1	70	1
AACGCTTGTCTTTTTAGAATAAATGGCCATAAA	1	91	1
GTATGCCCCCATTTTCCTATAAAAATTCCTAAA	1	143	1
ACATTAATAGTTTTTCTTGTATAATTCTAGGCT	1	194	1
GGCTGAATTCAATTTATTTTATACGATATTAAG	1	223	1
          ****** * * **
MAP Score: 14.7437