AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons026_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246680
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0588	184	ferrodoxin-like protein
#1	HP1108	259	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, gamma subunit

Motif 1
AATGGGGCGTTTTTTCTTTTGAATTGAGTAAAA	0	20	1
GTATCTTCTCATTTTAATTTTAAGTTCCTACTA	0	61	1
CTATTAAAGCATTTTAGAATTTATTAAAAAAGG	0	91	1
GTGTGATTTGATTTTAGTCTGTATGGGGCAAGT	1	10	0
ATTTTAAACTTTGTTATTATTTAAGGTGTGATT	1	35	0
AAACCACTAATATTTATTTTAAACTTTGTTATT	1	50	0
ATATTAGTGGTTTTTATTAAGAACGCTTGTCTT	1	70	1
AACGCTTGTCTTTTTAGAATAAATGGCCATAAA	1	91	1
GTATGCCCCCATTTTCCTATAAAAATTCCTAAA	1	143	1
ACATTAATAGTTTTTCTTGTATAATTCTAGGCT	1	194	1
GGCTGAATTCAATTTATTTTATACGATATTAAG	1	223	1
          ****** * * **
MAP Score: 14.7437

Motif 2
GTGTTTAGTATCTTCTCATTTTAATTTTAAGTTCCTACTATT	0	54	1
GTTCCTACTATTAAAGCATTTTAGAATTTATTAAAAAAGGCT	0	84	1
AAAAAAGGCTTGCTACAATTTTAGGCAAATTTTGATTGCTAG	0	116	1
AAAATAAATATTAGTGGTTTTTATTAAGAACGCTTGTCTTTT	1	63	1
CTACAAGAATTATGGCTATTTTATGGCCATTTATTCTAAAAA	1	101	0
CAATATCTTTTTAGGAATTTTTATAGGAAAATGGGGGCATAC	1	143	0
ATAGTTTTTCTTGTATAATTCTAGGCTGAATTCAATTTATTT	1	200	1
          *      ******     ** *
MAP Score: 1.43108

Motif 3
TAGTATCTTCTCATTTTAATTTTAAGTTCC	0	59	1
TACTATTAAAGCATTTTAGAATTTATTAAA	0	89	1
CATTTTAGAATTTATTAAAAAAGGCTTGCT	0	100	1
GCTAAAAGCTGCATTTAAAGCCCTAGCAAT	0	150	0
AACTTTGTTATTATTTAAGGTGTGATTTGA	1	32	0
CCACTAATATTTATTTTAAACTTTGTTATT	1	50	0
ACAAGCGTTCTTAATAAAAACCACTAATAT	1	70	0
AGAACGCTTGTCTTTTTAGAATAAATGGCC	1	89	1
ATAGCCATAATTCTTGTAGGTATGCCCCCA	1	124	1
TATAACAATATCTTTTTAGGAATTTTTATA	1	160	0
TGAATTCAATTTATTTTATACGATATTAAG	1	226	1
          **********
MAP Score: 0.0348686