AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons027_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246689
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0294	192	aliphatic amidase (aimE)
#1	HP0305	243	H. pylori predicted coding region HP0305
#2	HP0309	83	conserved hypothetical protein
#3	HP0349	259	CTP synthetase (pyrG)
#4	HP0745	300	conserved hypothetical protein
#5	HP0751	92	polar flagellin (flaG)
#6	HP0753	71	flagellar protein (fliS)
#7	HP0755	92	molybdopterin biosynthesis protein (moeB)
#8	HP0961	131	glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD(P)+ dependent
#9	HP1238	165	aliphatic amidase (aimE)
#10	HP1526	179	exodeoxyribonuclease (lexA)

Motif 1
AAATCTATTTTTAAAGCGCTTTTCAGTCTCTAT	9	30	0
TTTCAGTCTCTATAAGCGCTGTTTTAAAAACCC	9	10	0
TTTTCCATTATAAAACCCCTTTTAAAAATGATT	4	151	1
       TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGTT	3	3	1
TTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAAT	3	202	1
          TGTAATCCTTGTTTAATTTTGAA	10	166	0
CAACGAATTTTAAAATTGCTCTTAAAAGTTTTA	3	59	1
AATAAGAAACTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTTT	3	144	1
TACGATACAATAAAAGCACTATTTTTATTGAAG	7	22	1
TGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGTAAATAATG	1	95	0
ATTGTGTGGCTCAAATCATTTTTAAAAGGGGTT	4	164	0
          ACAAATCGTTTTTATTGCCGATA	5	0	1
ACTCTCTGTTTTTAATTCTTTTTAGCCGCCGCT	6	20	0
TAAAAATAGATTTAAATCTTTTTATCAAAAAAT	9	50	1
ACACTAAAATAATAAGCGTTATTGATAAGACCA	1	204	1
TCGTTTTAGTTGTAAGCGTGCTTATTTACACTA	1	177	1
CTTTTTAATTTTAAAATATTATTTAATATGTAT	8	12	1
TTTTTTATGTAATAATTGCTTTTTGCTTGGCTT	10	83	0
ATTCTCTCGCAATAATTGTTATTGTTATTGCGA	9	119	1
GCGTTTTGAATGTAAGGGCTATTTTAAACTTAT	8	63	1
TTGCTTTTTTAAAAACCATTATTTTACTCAAAA	4	265	0
AATTAATAAATAAAAACATGATTTTTAAGGTTT	4	235	1
TCATATTCATTATAAATCCGTTTACACAATTAT	0	111	1
TTTTTTTTTTTGAAATCGCTTTAATTTTTGCCC	3	166	1
TCACATGGATTTTAACCCCTTTAATCCTCTTTT	2	17	1
GCCCTTACATTCAAAACGCTGTCTTTGATTGAA	8	49	0
          * *** **** **
MAP Score: 35.3881

Motif 2
TGAAAAGCGCTTTAAAAATAGATTTAAATCTTTTTATC	9	38	1
GCCAACGAATTTTAAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGA	3	57	1
CAATAATAAGTTTAAAATAGCCCTTACATTCAAAACGC	8	63	0
     GGGTTTTTAAAACAGCGCTTATAGAGACTGAAA	9	5	1
TCAAATCATTTTTAAAAGGGGTTTTATAATGGAAAACA	4	149	0
ACTCAAAACCTTAAAAATCATGTTTTTATTTATTAATT	4	235	0
TTTTGCTTTTTTAAAAACCATTATTTTACTCAAAACCT	4	262	0
GTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAAAATTAAAGCGAT	3	180	0
CGCGAAGCCATTAAAAAAGAAAAACCAATCATGAATAT	4	13	0
TAGTAGTTCATTCAAAACGGATATTATACGCCAACGAA	3	28	1
CGCTTTTTAATTTTAAAATATTATTTAATATGTATATG	8	10	1
      GATTTTTTAAACTACGATACAATAAAAGCACT	7	4	1
ATATAATTCATTCAAAATTAAACAAGGATTACA     	10	156	1
TTAAAGCGATTTCAAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGT	3	152	0
GTCAGCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCA	1	90	1
ATCCTATACAATAAAAACAAAAATGGGAGTGGATC   	2	58	1
TTAGCCTTCAATAAAAATAGTGCTTTTATTGTATCGTA	7	22	0
AAAGCTTAATTTTTAAAAAAATGACTAAAAAGATATAA	10	124	1
GCTAAAAAGAATTAAAAACAGAGAGTTATCAATTTTAA	6	27	1
GAGTTATCAATTTTAAAGGATAAAGGAACATT      	6	49	1
TTGTATAGGATTAAAAATTAAAAGAGGATTAAAGGGGT	2	31	0
        TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGTTCATT	3	2	1
GTAACCTATTTCTAAAAATGAGGTTTTAGCCGCTCTGT	0	18	0
CAATTATTACATAAAAAAGGTAAAATAAAGCTTAATTT	10	98	1
TGTAAACGGATTTATAATGAATATGAAAACTTTAATCA	0	99	0
TACTTGAATTTATAAAATAATTGTGTAAACGGATTTAT	0	122	0
TAAATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAG	3	200	0
          *******  *   *   *
MAP Score: 30.1149

Motif 3
AGTTCATTCAAAACGGATATTATACGCCAACGAA	3	32	1
ATCATTTTTAAAAGGGGTTTTATAATGGAAAACA	4	149	0
ACGAATTTTAAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGA	3	61	1
AACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA        	3	2	0
AAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAAA	3	191	0
TAGAGACTGAAAAGCGCTTTAAAAATAGATTTAA	9	31	1
 GGGTTTTTAAAACAGCGCTTATAGAGACTGAAA	9	9	1
CATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAA	1	95	1
        ACAAATCGTTTTTATTGCCGATATTG	5	2	1
GGCAAAAATTAAAGCGATTTCAAAAAAAAAAAAA	3	164	0
AAAAATGACTAAAAAGATATAATTCATTCAAAAT	10	140	1
ATTTTTTGATAAAAAGATTTAAATCTATTTTTAA	9	49	0
ATAATTGTGTAAACGGATTTATAATGAATATGAA	0	110	0
CCTATTTCTAAAAATGAGGTTTTAGCCGCTCTGT	0	18	0
CCTTCAATAAAAATAGTGCTTTTATTGTATCGTA	7	22	0
TAAGAAACTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTTTGAA	3	146	1
TTGAGTAAAATAATGGTTTTTAAAAAAGCAAAAA	4	267	1
AGCGGCGGCTAAAAAGAATTAAAAACAGAGAGTT	6	20	1
CAAGCCAAGCAAAAAGCAATTATTACATAAAAAA	10	82	1
AAAAGAGGATTAAAGGGGTTAAAATCCATGTGAG	2	16	0
GTTTTGAATGTAAGGGCTATTTTAAACTTATTAT	8	65	1
CCTTACATTCAAAACGCTGTCTTTGATTGAAACA	8	46	0
GTTTTAGTTGTAAGCGTGCTTATTTACACTAAAA	1	179	1
TTATTACATAAAAAAGGTAAAATAAAGCTTAATT	10	101	1
TTTGCTTCTTAAATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAA	3	213	0
          ***  * * *****
MAP Score: 29.8357

Motif 4
        TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGT	3	2	1
TAAATCTATTTTTAAAGCGCTTTTCAGTCTCTA	9	31	0
TAAGAGCAATTTTAAAATTCGTTGGCGTATAAT	3	50	0
CTTTTATGTGTTTAAACTTCATTGTCTTAAAAC	3	86	0
TTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTT	3	192	1
TAAAAATAGATTTAAATCTTTTTATCAAAAAAT	9	50	1
TTTTAACCCCTTTAATCCTCTTTTAATTTTTAA	2	26	1
ATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGTAAATAA	1	97	0
ACTCTCTGTTTTTAATTCTTTTTAGCCGCCGCT	6	20	0
TGTTTTCCATTATAAAACCCCTTTTAAAAATGA	4	149	1
     GATTTTTTAAACTACGATACAATAAAAG	7	5	1
TTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTTAATTTTTGCC	3	165	1
TATTAGTTGGTTTAATACGCTATAATCTGTGTG	4	202	0
GTAAGGGCTATTTTAAACTTATTATTGTAAAAT	8	74	1
TTTTTGCTTTTTTAAAAACCATTATTTTACTCA	4	268	0
GCTTTTTAATTTTAAAATATTATTTAATATGTA	8	11	1
TTTTTCCATATTCAATCCTCCTTCTTTCCCATC	4	54	1
TGTGGGCGAGTTTTAACTTTTTTGCTCCATTGG	0	56	0
TTCGTTGGCGTATAATATCCGTTTTGAATGAAC	3	33	0
          ****** * * **
MAP Score: 27.7996

Motif 5
CCAATGGAGCAAAAAAGTTAAAACTCGCCCACA	0	56	1
ATTATTACATAAAAAAGGTAAAATAAAGCTTAA	10	100	1
AATGGTTTTTAAAAAAGCAAAAAAGAGTTTGG 	4	278	1
TTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAA	3	201	0
GCGATTTCAAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGT	3	152	0
GCGGCGGCTAAAAAGAATTAAAAACAGAGAGTT	6	21	1
TTTATAATGGAAAACAACGAAAATCATGAGAAA	4	132	0
AATTTTTAAAAAAATGACTAAAAAGATATAATT	10	131	1
GCGAAGCCATTAAAAAAGAAAAACCAATCATGA	4	17	0
ATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAA	1	96	1
ATTTTTTGATAAAAAGATTTAAATCTATTTTTA	9	50	0
AAAAGAGGATTAAAGGGGTTAAAATCCATGTGA	2	17	0
AAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAAAATTAAAGCGA	3	181	0
GACTACAATTTAAGAAGCAAAAATTAAAGGAAC	3	226	1
ACTAATAAATTAATAAATAAAAACATGATTTTT	4	228	1
CAATGAAGTTTAAACACATAAAAGCTTTTCATT	3	95	1
AATCCTATACAATAAAAACAAAAATGGGAGTGG	2	57	1
GTTTTTATTGTATAGGATTAAAAATTAAAAGAG	2	43	0
CATTTTACAATAATAAGTTTAAAATAGCCCTTA	8	75	0
TAGAGACTGAAAAGCGCTTTAAAAATAGATTTA	9	31	1
          **** **  ****
MAP Score: 22.6235

Motif 6
CGCCAACGAATTTTAAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGACAA	3	56	1
AAATAATGGTTTTTAAAAAAGCAAAAAAGAGTTTGG      	4	274	1
GAGTTATCAATTTTAAAGGATAAAGGAACATT          	6	49	1
      GATTTTTTAAACTACGATACAATAAAAGCACTATTT	7	4	1
ATAATATCCGTTTTGAATGAACTACTAAAAAAAGGGTTTTAA	3	13	0
GCTCAAATCATTTTTAAAAGGGGTTTTATAATGGAAAACAAC	4	147	0
AAAAACATGATTTTTAAGGTTTTGAGTAAAATAATGGTTTTT	4	246	1
ATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGTAAATAATGCTGACTG	1	88	0
       GGGTTTTTAAAACAGCGCTTATAGAGACTGAAAAG	9	3	1
TAAAGCTTAATTTTTAAAAAAATGACTAAAAAGATATAATTC	10	123	1
       CGCTTTTTAATTTTAAAATATTATTTAATATGTAT	8	3	1
CCTCTTTTAATTTTTAATCCTATACAATAAAAACAAAAATGG	2	42	1
AACTCACCATTTTACAATAATAAGTTTAAAATAGCCCTTACA	8	73	0
AATTAAAGCGATTTCAAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGTTT	3	150	0
TAATTTTTGCTTCTTAAATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAA	3	210	0
GTTCCTTGTTTTTTGATGAGAGTTCCTACAAACCCTCTACTT	0	155	0
          **** **         ** * *
MAP Score: 19.3122

Motif 7
CAGAGCGGCTAAAACCTCATTTTTAGAAATAGGTT	0	19	1
ATGAATATGAAAACTTTAATCATTATGATTATTGT	0	86	0
TCAAGAGATACAATTGCGTTTATTTTAAACTCTTT	1	107	0
ATGATTATCAAAATGAATCGTTTTAGTTGTAAGCG	1	160	1
GTGGTCTTATCAATAACGCTTATTATTTTAGTGTA	1	203	0
 GATCCACTCCCATTTTTGTTTTTATTGTATAGGA	2	59	0
     TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGTTCATT	3	5	1
TTAAACACATAAAAGCTTTTCATTTTAATCAAACC	3	104	1
TAAGAAACTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTTTGAAA	3	146	1
TTTCCATATTCAATCCTCCTTCTTTCCCATCAAGC	4	56	1
CAAAACCTTAAAAATCATGTTTTTATTTATTAATT	4	235	0
GTTTTGAGTAAAATAATGGTTTTTAAAAAAGCAAA	4	264	1
        ACAAATCGTTTTTATTGCCGATATTGG	5	2	1
TAAAATTGATAACTCTCTGTTTTTAATTCTTTTTA	6	29	0
CGATACAATAAAAGCACTATTTTTATTGAAGGCTA	7	24	1
TATTATTGTAAAATGGTGAGTTTTACAATCAATGA	8	93	1
TATTCTCTCGCAATAATTGTTATTGTTATTGCGAC	9	118	1
CAAGCCAAGCAAAAAGCAATTATTACATAAAAAAG	10	82	1
AAGGTAAAATAAAGCTTAATTTTTAAAAAAATGAC	10	114	1
          ***   *  ******
MAP Score: 8.32423