AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons027_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246726 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0282 50 H. pylori predicted coding region HP0282 #1 HP0289 66 toxin-like outer membrane protein #2 HP0290 47 diaminopimelate decarboxylase (dap decarboxylase) (lysA) #3 HP0294 192 aliphatic amidase (aimE) #4 HP0296 241 ribosomal protein L21 (rpl21) #5 HP0298 116 dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein (dppA) #6 HP0304 41 H. pylori predicted coding region HP0304 #7 HP0305 243 H. pylori predicted coding region HP0305 #8 HP0309 83 conserved hypothetical protein #9 HP0349 259 CTP synthetase (pyrG) #10 HP0745 300 conserved hypothetical protein #11 HP0751 92 polar flagellin (flaG) #12 HP0753 71 flagellar protein (fliS) #13 HP0755 92 molybdopterin biosynthesis protein (moeB) #14 HP0961 131 glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD(P)+ dependent #15 HP0966 220 conserved hypothetical protein #16 HP0967 285 virulence associated protein D (vapD) #17 HP0971 49 H. pylori predicted coding region HP0971 #18 HP0972 111 glycyl-tRNA synthetase, beta subunit (glyS) #19 HP1234 300 conserved hypothetical integral membrane protein #20 HP1236 78 H. pylori predicted coding region HP1236 #21 HP1238 165 aliphatic amidase (aimE) #22 HP1526 179 exodeoxyribonuclease (lexA) Motif 1 AATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGT 0 34 1 CGGCTAAAACCTCATTTTTAGAAATAGGTTA 3 24 1 AAATCCTTATTGGTTTTTTAACAAACAAGCT 4 14 1 ATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTC 4 202 1 AAAAGAGCGTTCAATTTTTAAGGAATAGAA 4 221 1 AACGCTATTTTTAAAATAATCCATT 6 4 1 TACAATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGT 7 103 0 TAATCCTCTTTTAATTTTTAATCCTATACAA 8 38 1 TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGTTCATTC 9 10 1 TATACGCCAACGAATTTTAAAATTGCTCTTA 9 52 1 TTGTTTTTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTTAA 9 159 1 TAATTTTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAAC 9 187 1 TGATTGGTTTTTCTTTTTTAATGGCTTCGCG 10 20 1 GTGGCTCAAATCATTTTTAAAAGGGGTTTTA 10 161 0 AATAAAAACATGATTTTTAAGGTTTTGAGTA 10 243 1 AGTAAAATAATGGTTTTTAAAAAAGCAAAAA 10 270 1 CAGAGAGTTATCAATTTTAAAGGATAAAGGA 12 45 1 CGCTTTTTAATTTTAAAATATTATTTA 14 6 1 AGAGAGAAAGCGAATTTTTAAGAATAATCAT 15 57 0 ATTTTAGTTTTTAATTTTAAAGGATTG 15 203 1 CGCTTCTTCGCTGCTTTTAAGCCAAAAAGAG 16 55 1 TAAATTCAAGCTTTTTTTAAGCGAGGAAGTC 16 111 1 AGAAGCGAACTGATTTTTTAAAGCTTTTGCT 16 153 0 AAAAACAAAATCACTTTTAAGACTAAATCAT 18 73 0 AAAAGTGATTTTGTTTTTTAGGGAGAATTGA 18 86 1 TATTAGAAAACTCTTTTTAAGCTTTTTAAAT 19 13 0 AACTCCTAGACCCTTTTTAAAGGGTTTGAAT 19 49 0 AAAACACGAATCCTTTTTGAAAATAAACTCC 19 74 0 TTAGATAAAACGCTTTTTAAAGAATTAAT 20 8 0 GTGTATTTTATCGTTTTTTAGATAAAACGCT 20 25 0 GCATATTTTATTTATTTTTAGAGTGTATTTT 20 47 0 AGATTTAAATCTATTTTTAAAGCGCTTTTCA 21 38 0 AAAATAAAGCTTAATTTTTAAAAAAATGACT 22 119 1 TAATCCTTGTTTAATTTTGAATGAATTATAT 22 156 0 ** ******** MAP Score: 42.1585 Motif 2 CATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACG 7 95 1 TAAAAAAGCAAAAAAGAGTTTGG 10 287 1 TTAATTCTTTAAAAAGCGTTTTATCTAAAAA 20 11 1 AAAATCCCCAAAAAAGGGTTTATATGGGTTT 15 147 0 GAACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA 9 6 0 TAAAAAGCTTAAAAAGAGTTTTCTAATAGTG 19 16 1 AATCATTTTTAAAAGGGGTTTTATAATGGAA 10 153 0 ATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTA 9 204 0 TCATATTTCTATAAGGAGTTTGAAATGCTGA 19 112 1 TTTAAACACATAAAAGCTTTTCATTTTAATC 9 103 1 TAGACCCTTTTTAAAGGGTTTGAATGCCACT 19 43 0 AAAAGAGGATTAAAGGGGTTAAAATCCATGT 8 19 0 CACAAACCAATAAAGGAGTTAAA 16 272 1 CATTTTACCCATAAAGATTTTAGGGTAGTTT 19 278 0 ATTTTTTGATAAAAAGATTTAAATCTATTTT 21 52 0 TACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAA 4 194 1 TAATTAAGACTTAAAGTTTTTAAGCTTTAAA 19 234 0 TTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTT 9 193 1 AACTGATTTTTTAAAGCTTTTGCTAGAGGTA 16 146 0 AAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAA 9 71 1 TTATTGCGTTTATAGGTGTTTCACAAACACC 5 40 0 ACACTAAAATAATAAGCGTTATTGATAAGAC 7 204 1 AAAAGGCTTTGATGATTTTTT 16 0 1 TAATTAAACCTTTAGGTGTTTGTGAAACACC 5 26 1 TAACTCCTTCTAAAAGTTTTGTCGCAATAAC 21 142 0 AAATCCACATTAAAAGAATTTTTTATTCAAA 4 133 0 AAACATGATTTTTAAGGTTTTGAGTAAAATA 10 248 1 TAAAAAACCAATAAGGATTTGATC 4 3 0 AGCGGCGGCTAAAAAGAATTAAAAACAGAGA 12 20 1 TTTTTTAAAAATTAAGCTTTATTTTACCTTT 22 113 0 ****** **** MAP Score: 40.9851 Motif 3 TTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTA 9 192 1 TAAAAATAGATTTAAATCTTTTTATCAAAAAATC 21 50 1 ACTCTCTGTTTTTAATTCTTTTTAGCCGCCGCTT 12 19 0 GAAAACTCTTTTTAAGCTTTTTAAATCCC 19 5 0 TTAAGCTTTATTTTACCTTTTTTATGTAATAATT 22 99 0 AAAACATGATTTTTAAGGTTTTGAGTAAAATAAT 10 247 1 TAGAGTGTATTTTATCGTTTTTTAGATAAAACGC 20 26 0 TCTCGCATATTTTATTTATTTTTAGAGTGTATTT 20 48 0 TCATGATTGGTTTTTCTTTTTTAATGGCTTCGCG 10 17 1 CCAAACTCTTTTTTGCTTTTTTAAAAACCATTA 10 277 0 GAAATTGTTTTTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTTA 9 155 1 AGGATTCGTGTTTTTATGTTTTCATATTTCTATA 19 91 1 CTAATTAAGACTTAAAGTTTTTAAGCTTTAAACG 19 232 0 ACTTCATTGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTT 9 70 0 TGGCCATGCGCTTTAACCTTTTGATGAATGGTTC 7 41 1 CTAGACCCTTTTTAAAGGGTTTGAATGCCACTAT 19 41 0 CTTTAATCCTCTTTTAATTTTTAATCCTATACAA 8 35 1 CGCTTTTTAATTTTAAAATATTATTT 14 2 1 AATGAAAAGCTTTTATGTGTTTAAACTTCATTGT 9 94 0 TCAATGCAACTTTTATGCGTTTAAAGCTTAAAAA 19 215 1 GAACTGATTTTTTAAAGCTTTTGCTAGAGGTAAA 16 144 0 GTGGGCGAGTTTTAACTTTTTTGCTCCATTGGGT 3 54 0 AAAACAGAGAGTTATCAATTTTAAAGGATAAAGG 12 41 1 TTAGATTTTAGTTTTTAATTTTAAAGGATTG 15 199 1 ATATGAAAACTTTAATCATTATGATTATTGTGGG 3 83 0 TCACATGGATTTTAACCCCTTTAATCCTCTTTTA 8 17 1 GTAAGGGCTATTTTAAACTTATTATTGTAAAATG 14 74 1 TTTTGAATGAATTATATCTTTTTAGTCATTTTTT 22 139 0 ***** **** * MAP Score: 39.2676 Motif 4 AACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA 9 2 0 ATAATTGTGTAAACGGATTTATAATGAATATGAA 3 110 0 TTTTTAGATAAAACGCTTTTTAAAGAATTAAT 20 8 0 ATAGAGACTGAAAAGCGCTTTAAAAATAGATTTA 21 30 1 AATCATTTTTAAAAGGGGTTTTATAATGGAAAAC 10 150 0 AAATCCCCAAAAAAGGGTTTATATGGGTTTATAT 15 143 0 ATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAAT 7 96 1 AACTTGCGCAAAACGCCATTCAATTTCTCATGAT 10 109 1 ATGGGTTATCAAACGAAATTCTAAGTAAAAACAT 16 231 1 AGTTTAAAATAAACGCAATTGTATCTCTTGAGTC 7 111 1 AAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAAA 9 191 0 AGCGGCGGCTAAAAAGAATTAAAAACAGAGAGTT 12 20 1 AAAAGCTTAAAAAGAGTTTTCTAATAGTGGCATT 19 18 1 TAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAAAATTCGTTGG 9 58 0 CAGTCTCTATAAGCGCTGTTTTAAAAACCC 21 6 0 TTTTGAATGTAAGGGCTATTTTAAACTTATTATT 14 66 1 TTGAGTAAAATAATGGTTTTTAAAAAAGCAAAAA 10 267 1 AAAAGAGGATTAAAGGGGTTAAAATCCATGTGAG 8 16 0 TTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTAAGGAA 4 212 1 ATTTTTTGATAAAAAGATTTAAATCTATTTTTAA 21 49 0 GAGAGAGAGAAAGCGAATTTTTAAGAATAATCAT 15 57 0 AAGCCAAGCAAAAAGCAATTATTACATAAAAAAG 22 83 1 ATGGCGGGTTAAATGGGGTTATTTTGAATAAAAA 4 111 1 TATACATATTAAATAATATTTTAAAATTAAAAAG 14 12 0 AGACCCTTTTTAAAGGGTTTGAATGCCACTATTA 19 39 0 TTAAACACATAAAAGCTTTTCATTTTAATCAAAC 9 104 1 AATCCACATTAAAAGAATTTTTTATTCAAAATAA 4 129 0 CATATTTCTATAAGGAGTTTGAAATGCTGAAGCT 19 113 1 TCCTCGCTTAAAAAAAGCTTGAATTTAGCGTATC 16 104 0 AGTTTTAAGACAATGAAGTTTAAACACATAAAAG 9 85 1 GATGGGAAAGAAGGAGGATTGAATATGGAAAAAT 10 53 0 GCTTCTAAAGAAATGAAATTGTTTTATTCTCAAA 16 178 1 TTACCTCTAGCAAAAGCTTTAAAAAATCAGTTCG 16 145 1 AAGTATTCCAAAATAAGCTTAATAACAATTGCGA 4 47 1 TTAGTCTTAAAAGTGATTTTGTTTTTTAGGGAGA 18 78 1 CCCAATGGAGCAAAAAAGTTAAAACTCGCCCACA 3 55 1 *** ** ** *** MAP Score: 32.4616 Motif 5 TCACCTGCTCTTTTTGGCTTAAAAGCAGCGAAG 16 60 0 CTTATTTAGATTTTAGTTTTTAATTTTAAAGGA 15 194 1 ATGAAAAGCTTTTATGTGTTTAAACTTCATTGT 9 94 0 CAATGCAACTTTTATGCGTTTAAAGCTTAAAAA 19 216 1 TCCACTCCCATTTTTGTTTTTATTGTATAGGAT 8 58 0 CGCTTTTTAATTTTAAAATATTATTT 14 3 1 TTTTAACCCTTTTTAGACTACAATTTAAGAAGC 9 211 1 TTTAATCCTCTTTTAATTTTTAATCCTATACAA 8 36 1 ACACGAATCCTTTTTGAAAATAAACTCCTAGAC 19 69 0 CCCTAAAATCTTTATGGGTAAAATGC 19 284 1 AATGCGAGATTTTTTGATAAAAAGATTTAAATC 21 58 0 CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTCA 2 2 1 GATTCGTGTTTTTATGTTTTCATATTTCTATAA 19 93 1 TTTTAAACTCTTTTTGTAAATAATGCTGACTGA 7 87 0 TTGAACGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTAT 4 202 0 ACACAATTATTTTATAAATTCAAGTAGAGGGTT 3 134 1 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATA 0 2 1 GCTTAAAAACTTTAAGTCTTAATTAGAGATTTT 19 240 1 TTAGTCATTTTTTTAAAAATTAAGCTTTATTTT 22 119 0 ATTTTATCGTTTTTTAGATAAAACGCTTTTTAA 20 19 0 TTATAGCATGTTTTTACTTAGAATTTCGTTTGA 16 239 0 GGCTAAAGAATTTATGCAAACAAATAAATCATT 11 35 1 TTTTACCTTTTTTATGTAATAATTGCTTTTTGC 22 90 0 ACGCTTATTATTTTAGTGTAAATAAGCACGCTT 7 190 0 TAAAACGCTTTTTAAAGAATTAAT 20 1 0 AGTTATCAATTTTAAAGGATAAAGGAACATT 12 50 1 AACGCTATTTTTAAAATAATCCATTAAAAT 6 7 1 AGAAAGCGAATTTTTAAGAATAATCATCATTAC 15 51 0 CAAAATCACTTTTAAGACTAAATCATGTTAGAA 18 66 0 ATAAAACCCCTTTTAAAAATGATTTGAGCCACA 10 160 1 GGTAACCTTTAAAGGTTAATTAAACCTTTA 5 7 1 CTTATTGGTTTTTTAACAAACAAGCTAAAAGTA 4 19 1 TTAATCTCAATTTAAAGTTACATTTTAGCAAAT 4 162 1 TGAAAAGCGCTTTAAAAATAGATTTAAATCTTT 21 38 1 ****** ** ** MAP Score: 32.2613 Motif 6 CTATAAAAACAGAGCGGCTAAA 3 1 1 CTTGAATTTATAAAATAATTGTGTAAACGGA 3 127 0 AGCTTGTTTGTTAAAAAACCAATAAGGATTT 4 14 0 AAATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAA 4 191 1 AAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTT 4 207 1 TGGATTATTTTAAAAATAGCGTT 6 2 0 AAATAATCCATTAAAATAAAGGCGAGGA 6 23 1 CAGCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAA 7 92 1 AAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTATC 7 105 1 GGATTAAAAATTAAAAGAGGATTAAAGGGGT 8 31 0 AATGAACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA 9 9 0 TTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAAAATTAA 9 186 0 TAGACTACAATTTAAGAAGCAAAAATTAAAG 9 224 1 CGCGAAGCCATTAAAAAAGAAAAACCAATCA 10 20 0 TAAAACCCCTTTTAAAAATGATTTGAGCCAC 10 161 1 AATTAATAAATAAAAACATGATTTTTAAGGT 10 235 1 AGGTTTTGAGTAAAATAATGGTTTTTAAAAA 10 262 1 ATAATGGTTTTTAAAAAAGCAAAAAAGAGTT 10 276 1 TAAAAAGAATTAAAAACAGAGAGTTATCAAT 12 29 1 TAAACTACGATACAATAAAAGCACTATTTTT 13 17 1 TAGCCTTCAATAAAAATAGTGCTTTTATTGT 13 28 0 AATTGAGTATAATGAGAGCCATTAAATG 15 7 1 CATTCCACATAAAAAAAATCATCAAAGCCTT 16 12 0 CTTTTTGGCTTAAAAGCAGCGAAGAAGCGGC 16 53 0 CTTCCTCGCTTAAAAAAAGCTTGAATTTAGC 16 109 0 AGCAAAAGCTTTAAAAAATCAGTTCGCTTCT 16 153 1 GGGATTTAAAAAGCTTAAAAAGAGT 19 4 1 ATTCAAACCCTTTAAAAAGGGTCTAGGAGTT 19 49 1 GGAGTTTATTTTCAAAAAGGATTCGTGTTTT 19 74 1 AAAACGCTTTTTAAAGAATTAAT 20 2 0 GGGTTTTTAAAACAGCGCTTATAGAGA 21 6 1 TGAAAAGCGCTTTAAAAATAGATTTAAATCT 21 38 1 TAGTCATTTTTTTAAAAATTAAGCTTTATTT 22 120 0 TCATTCAAAATTAAACAAGGATTACA 22 163 1 ********* * MAP Score: 1.40137