AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons028_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246760
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0643	164	glutamyl-tRNA synthetase (gltX)
#1	HP0649	57	aspartate ammonia-lyase (aspA)
#2	HP1112	109	adenylosuccinate lyase (purB)
#3	HP1218	119	glycinamide ribonucleotide synthetase (purD)
#4	HP1325	174	fumarase (fumC)
#5	HP1435	70	protease IV (PspA)

Motif 1
ATAGGCATCATTTAAGAGATTAGCACTTGGCT	0	56	0
ATTAAGTATTCTTTAGGTATAATCAAAAACTA	0	122	1
CAAAAACTATTTTTAAATAAAGGGTTTTT   	0	145	1
CTAGAATATTTTTCAATTATTACATAAGGAGC	1	31	1
TTTAAAGGGGTTTAAAGAATCAAGGGGAAAAA	2	51	0
TTTAAACCCCTTTAAAGTAACATAAATCCCAT	2	67	1
CCCATTTTGATTTTAAGGATTGTCG       	2	94	1
GGAAATGGTGTTTAAAAAATTAGGGTTTTTAA	4	88	1
AAATTAGGGTTTTTAAGTAGAAGGTATAAGAG	4	104	1
ATGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAATCAAATT	4	139	1
  GCTAATCCTTTGAAATTTGATTTTAAAACC	4	154	0
ACTTCAAATGTTTTAAGGATTAAATC      	5	4	0
CCTTAAAACATTTGAAGTATAATACACTCTTA	5	18	1
          *** ****** *
MAP Score: 14.26

Motif 2
CGGTCATCTGGGTTTAAAAACAACCACATT	3	88	1
ACTTTAAAGGGGTTTAAAGAATCAAGGGGA	2	55	0
ATTTTTTTAAGGTTTTAAAATCAAATTTCA	4	144	1
GTGGAAATGGTGTTTAAAAAATTAGGGTTT	4	86	1
CTTAGGGGCAGATTTAAAAA          	3	0	0
ATACTTCAAATGTTTTAAGGATTAAATC  	5	8	0
ATCCCATTTTGATTTTAAGGATTGTCG   	2	92	1
AAAAACCCTTTATTTAAAAATAGTTTTTGA	0	144	0
AAAAAATTAGGGTTTTTAAGTAGAAGGTAT	4	101	1
AACCCTCTTTTGTGTAAAAATTGTGGAAAT	4	64	1
CCCCTTGATTTAATTAAAGGG         	2	1	0
          **********
MAP Score: 13.6881

Motif 3
CAAGGCGCAAAAAAGCCCCTTGATTTAATTA	2	15	0
TAAAGTAACATAAATCCCATTTTGATTTTAA	2	79	1
CGAACGGATAATAACCCTCTTTTGTGTAAAA	4	52	1
          AAAAACCCTTTATTTAAAAAT	0	153	0
CCTTGATTCTTTAAACCCCTTTAAAGTAACA	2	58	1
TGCCCCTAAGAAAATCCTCCTAGCCTTATTA	3	20	1
          AAAAGCTCCTTATGTAATAAT	1	46	0
CCTAATTTTTTAAACACCATTTCCACAATTT	4	81	0
CTTCTACTTAAAAACCCTAATTTTTTAAACA	4	96	0
TTTGAAGTATAATACACTCTTATGGTCAAAT	5	28	1
TAGGTATAATCAAAAACTATTTTTAAATAAA	0	135	1
AAAAAAATAGCATAAACTCTTATACCTTCTA	4	121	0
          **** ******
MAP Score: 10.8894

Motif 4
TGATGCCTATTCATGTTTGATAAAAACAGAACTAC	0	78	1
TAATCAAAAACTATTTTTAAATAAAGGGTTTTT  	0	141	1
CAAAAAAGCCCCTTGATTTAATTAAAGGG      	2	4	0
CGATTTTTCCCCTTGATTCTTTAAACCCCTTTAAA	2	48	1
AAAATGGGATTTATGTTACTTTAAAGGGGTTTAAA	2	67	0
AACATAAATCCCATTTTGATTTTAAGGATTGTCG 	2	85	1
TTTGTTGAACTTATGCGCATGTAAAAGTAGCGGTC	3	58	1
AAAGTAGCGGTCATCTGGGTTTAAAAACAACCACA	3	81	1
AATTTTCTTGTTATCTTAATGTAAAGGTCAAAACG	4	10	0
ATAATAACCCTCTTTTGTGTAAAAATTGTGGAAAT	4	59	1
TACTTAAAAACCCTAATTTTTTAAACACCATTTCC	4	88	0
TATGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAATCAAATTTC	4	138	1
     GCAGCTTTTCCTAAACTTAATATTTGACCA	5	50	0
          ****  *  * ****
MAP Score: 7.60438

Motif 5
CTATTTTTAAATAAAGGGTTTTT          	0	151	1
CAATTATTACATAAGGAGCTTTT          	1	44	1
TTTAATTAAATCAAGGGGCTTTTTTGCGCCTTG	2	13	1
CCTTGATTCTTTAAACCCCTTTAAAGTAACATA	2	58	1
TTAAAGTAACATAAATCCCATTTTGATTTTAAG	2	78	1
CGAACGGATAATAACCCTCTTTTGTGTAAAAAT	4	52	1
CCCTAATTTTTTAAACACCATTTCCACAATTTT	4	80	0
CATTTGAAGTATAATACACTCTTATGGTCAAAT	5	26	1
          ****  * *****
MAP Score: 2.10552