AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons028_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246774
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0640	62	poly(A) polymerase (papS)
#1	HP0643	164	glutamyl-tRNA synthetase (gltX)
#2	HP0649	57	aspartate ammonia-lyase (aspA)
#3	HP1108	259	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, gamma subunit
#4	HP1112	109	adenylosuccinate lyase (purB)
#5	HP1218	119	glycinamide ribonucleotide synthetase (purD)
#6	HP1325	174	fumarase (fumC)
#7	HP1435	70	protease IV (PspA)

Motif 1
CCCATTTTGATTTTAAGGATTGTCG     	4	94	1
ACTTCAAATGTTTTAAGGATTAAATC    	7	6	0
TTTTTAGAATTTTTAAGGAATTTTG     	0	5	0
TAACAATATCTTTTTAGGAATTTTTATAGG	3	158	0
TTATTATATCTTTTTAGAATTTTTAAGGAA	0	15	0
AACGCTTGTCTTTTTAGAATAAATGGCCAT	3	91	1
CACAAAGAAATTTTAAGAGTAAAAAGC   	0	45	1
TATGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAATCAA	6	138	1
TTTAAAGGGGTTTAAAGAATCAAGGGGAAA	4	53	0
TTTATGTTACTTTAAAGGGGTTTAAAGAAT	4	63	0
TTTAGGAATTTTTATAGGAAAATGGGGGCA	3	146	0
AAAATCAAATTTCAAAGGATTAGC      	6	160	1
TTTTATACGATATTAAGGAGACATATTACC	3	239	1
AAATTAGGGTTTTTAAGTAGAAGGTATAAG	6	104	1
TAGGAGGATTTTCTTAGGGGCAGATTTAAA	5	12	0
AACGCCAAGCTTTTTATGGTTGGTTATCAA	1	26	0
          **********
MAP Score: 21.4217

Motif 2
TCCTTTGAAATTTGATTTTAAAACCTTAAAAA	6	147	0
ATGGGATTTATGTTACTTTAAAGGGGTTTAAA	4	67	0
TTAAAAACCCTAATTTTTTAAACACCATTTCC	6	88	0
TTTTTCCCCTTGATTCTTTAAACCCCTTTAAA	4	51	1
GAGTTTATGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAAT	6	133	1
TAAATCCCATTTTGATTTTAAGGATTGTCG  	4	89	1
TGTGTTATTATATCTTTTTAGAATTTTTAAGG	0	17	0
TAAGAACGCTTGTCTTTTTAGAATAAATGGCC	3	87	1
       GATTTAATCCTTAAAACATTTGAAG	7	3	1
TAAAATCAAATCACACCTTAAATAATAACAAA	3	27	1
ATAATCAAAAACTATTTTTAAATAAAGGGTTT	1	140	1
AACCACTAATATTTATTTTAAACTTTGTTATT	3	50	0
CTTATAACAATATCTTTTTAGGAATTTTTATA	3	160	0
   GGTAATATGTCTCCTTAATATCGTATAAA	3	240	0
AGAATTTTCTTGTTATCTTAATGTAAAGGTCA	6	15	0
TAAGGTGTGATTTGATTTTAGTCTGTATGGGG	3	15	0
        CAAAATTCCTTAAAAATTCTAAAA	0	2	1
AATAACACAAAGAAATTTTAAGAGTAAAAAGC	0	40	1
TAAGAGTGTATTATACTTCAAATGTTTTAAGG	7	18	0
CTGCAATGTGGTTGTTTTTAAACCCAGATGAC	5	90	0
          * * ********
MAP Score: 15.5631

Motif 3
TTTTAGAATTTTTAAGGAATTTTG      	0	4	0
TATTATATCTTTTTAGAATTTTTAAGGAAT	0	14	0
GCTTTTTACTCTTAAAATTTCTTTGTGTTA	0	42	0
ACGCCAAGCTTTTTATGGTTGGTTATCAAA	1	25	0
ATAGGCATCATTTAAGAGATTAGCACTTGG	1	58	0
ATTAAGTATTCTTTAGGTATAATCAAAAAC	1	122	1
TTTGTTATTATTTAAGGTGTGATTTGATTT	3	29	0
AACGCTTGTCTTTTTAGAATAAATGGCCAT	3	91	1
GCCATAATTCTTGTAGGTATGCCCCCATTT	3	127	1
AACAATATCTTTTTAGGAATTTTTATAGGA	3	157	0
TTTAAAGGGGTTTAAAGAATCAAGGGGAAA	4	53	0
TTTAAACCCCTTTAAAGTAACATAAATCCC	4	67	1
CCCATTTTGATTTTAAGGATTGTCG     	4	94	1
GGAAATGGTGTTTAAAAAATTAGGGTTTTT	6	88	1
GGTTTTTAAGTAGAAGGTATAAGAGTTTAT	6	111	1
ATGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAATCAAA	6	139	1
  GCTAATCCTTTGAAATTTGATTTTAAAA	6	156	0
CTTCAAATGTTTTAAGGATTAAATC     	7	5	0
CCTTAAAACATTTGAAGTATAATACACTCT	7	18	1
TATGGTCAAATATTAAGTTTAGGAAAAGCT	7	48	1
          **********
MAP Score: 9.206

Motif 4
CTTAAAAATTCTAAAAAGATATAATAACACA	0	18	1
GCCTATTCATGTTTGATAAAAACAGAACTAC	1	82	1
TATTCTTTAGGTATAATCAAAAACTATTTTT	1	128	1
CAAAAACTATTTTTAAATAAAGGGTTTTT  	1	145	1
CCCATACAGACTAAAATCAAATCACACCTTA	3	16	1
CAAATCACACCTTAAATAATAACAAAGTTTA	3	33	1
AATAACAAAGTTTAAAATAAATATTAGTGGT	3	50	1
GCCATTTATTCTAAAAAGACAAGCGTTCTTA	3	87	0
ATAAAAATTCCTAAAAAGATATTGTTATAAG	3	161	1
CTTAATATCGTATAAAATAAATTGAATTCAG	3	225	0
        CCCTTTAATTAAATCAAGGGGCT	4	2	1
CTTTAAAGGGGTTTAAAGAATCAAGGGGAAA	4	53	0
 CGACAATCCTTAAAATCAAAATGGGATTTA	4	89	0
GTCATCTGGGTTTAAAAACAACCACATTGCA	5	90	1
GACCTTTACATTAAGATAACAAGAAAATTCT	6	16	1
TGGAAATGGTGTTTAAAAAATTAGGGTTTTT	6	87	1
ATTTTAAAACCTTAAAAAAATAGCATAAACT	6	134	0
TTTTAAGGTTTTAAAATCAAATTTCAAAGGA	6	148	1
 GATTTAATCCTTAAAACATTTGAAGTATAA	7	9	1
          ******* ***
MAP Score: 6.89185

Motif 5
TATGGCTATTTTATGGCCATTTATTCTAAAA	3	102	0
CCTACAAGAATTATGGCTATTTTATGGCCAT	3	113	0
CCTTGTGCGATTTTTCCCCTTGATTCTTTAA	4	41	1
TTGAAAAATATTCTAGCTATTGTAACCAAAT	2	16	0
CAAGGGGCTTTTTTGCGCCTTGTGCGATTTT	4	24	1
ATCTCTTAAATGATGCCTATTCATGTTTGAT	1	68	1
        GCTTTTTACTCTTAAAATTTCTT	0	49	0
CCTTGATTCTTTAAACCCCTTTAAAGTAACA	4	58	1
        CGTTTTGACCTTTACATTAAGAT	6	2	1
GGTATAAGAGTTTATGCTATTTTTTTAAGGT	6	126	1
    AAACGCTGTTAGCTTTTTGATAACCAA	1	6	1
          ** ********
MAP Score: 2.12087