AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons029_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246785
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0096	72	phosphoglycerate dehydrogenase
#1	HP0106	24	cystathionine gamma-synthase (metB)
#2	HP0107	38	cysteine synthetase (cysK)
#3	HP0395	22	conserved hypothetical protein
#4	HP0398	28	H. pylori predicted coding region HP0398
#5	HP0399	120	ribosomal protein S1 (rps1)
#6	HP0407	103	biotin sulfoxide reductase (bisC)
#7	HP1210	300	serine acetyltransferase (cysE)

Motif 1
AAAATCCTTTTTTAAAAGAAACTAAGC    	0	6	0
CTAGATTTAATTTTAAAGTTATATAATTAAA	0	41	0
GTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT        	1	2	0
CAAAATTGAATTTTATTGTTTGTTATAGGAG	2	15	1
  AGAGTGATTTTAAAAGCATGAGAATGGC 	4	8	1
TTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAA	5	14	0
AATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCC	5	43	1
CCCTTAAGGATTTTATATTTATTTTATAGTA	5	90	1
TTTATATTTATTTTATAGTAAGGCAGTCA  	5	101	1
          TTTTAAATTAACGCCCATGCT	6	0	1
TTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAAGCTTGA	6	73	1
AATAAAACTATTTTAATGAAAAAATAAAAAT	7	40	0
ATTAAAATAGTTTTATTCCAAATAAATGCCG	7	54	1
TTTTAAGCCTTTTTAAAGGATTGTTTAAGCG	7	107	1
ACGCTCTCTCTTTTAATCCTTTCAAATTCGC	7	135	0
AGAGAGAGCGTTTTACTCTATTAATTTTTTA	7	155	1
TCTATTAATTTTTTACTCCATTTAAAGGAGT	7	171	1
TTGCATCAAGTTTTATTGGAATGGGTGAGAA	7	231	1
          ******** **
MAP Score: 30.4736

Motif 2
AAACCGCTAATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCCAA	5	35	1
CTAACAATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAATGT	5	11	0
TATACTCCTAGATTTAATTTTAAAGTTATATAATTAAACCA	0	38	0
       GCTTAGTTTCTTTTAAAAAAGGATTTTGTGGTTT	0	3	1
ATAGTTAATAGTAATCTTTTTCAATCTGCATTTTTATTTTT	7	11	1
        GGTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT         	1	1	0
GTCTCCGGTTGGAATATATTTGAATCAACATGAGCAGATTT	7	263	0
TATTAATTTTTTACTCCATTTAAAGGAGTGTGAGTTTAGGT	7	173	1
TACAATACCCTTAAGGATTTTATATTTATTTTATAGTAAGG	5	83	1
AATGATAGACTAGTGAGTTTTTAAGCCTTTTTAAAGGATTG	7	89	1
CATTTATTCGGCATTTATTTGGAATAAAACTATTTTAATGA	7	52	0
GCTCTCTCTTTTAATCCTTTCAAATTCGCTTAAACAATCCT	7	123	0
TATGTTAGAATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAAGCTTGA	6	63	1
          *   *  **** **   *  *
MAP Score: 11.3455

Motif 3
          GGTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT       	1	3	0
TCGCAAAATTGAATTTTATTGTTTGTTATAGGAGAA     	2	12	1
     AGAGTGATTTTAAAAGCATGAGAATGGC        	4	5	1
CTAATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCCAAAAAAGG	5	41	1
TACCCTTAAGGATTTTATATTTATTTTATAGTAAGGCAGTC	5	88	1
ATCTATGTTAGAATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAAGCT	6	60	1
TTTTCAATCTGCATTTTTATTTTTTCATTAAAATAGTTTTA	7	28	1
ATAGACTAGTGAGTTTTTAAGCCTTTTTAAAGGATTGTTTA	7	93	1
TTTTAAAGGATTGTTTAAGCGAATTTGAAAGGATTAAAAGA	7	117	1
ATTTGCATCAAGTTTTATTGGAATGGGTGAGAAAAAATCTG	7	229	1
          *  ***    *  **  * **
MAP Score: 9.9143