AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons029_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246797
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0096	72	phosphoglycerate dehydrogenase
#1	HP0106	24	cystathionine gamma-synthase (metB)
#2	HP0107	38	cysteine synthetase (cysK)
#3	HP0395	22	conserved hypothetical protein
#4	HP0398	28	H. pylori predicted coding region HP0398
#5	HP0399	120	ribosomal protein S1 (rps1)
#6	HP0403_HP0404	80	HP0403: phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit (pheS), HP0404: protein kinase C inhibitor (SP:P16436)
#7	HP0406	25	H. pylori predicted coding region HP0406
#8	HP0407	103	biotin sulfoxide reductase (bisC)
#9	HP1210	300	serine acetyltransferase (cysE)

Motif 1
TTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAA	5	14	0
TTTTAAGCCTTTTTAAAGGATTGTTTAAGCG	9	107	1
AATAAAACTATTTTAATGAAAAAATAAAAAT	9	40	0
TTTATATTTATTTTATAGTAAGGCAGTCA  	5	101	1
GTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT        	1	2	0
TTGCATCAAGTTTTATTGGAATGGGTGAGAA	9	231	1
CTAAAACTATTTTTAAGGAAAAAT       	7	11	1
AATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCC	5	43	1
CTAGATTTAATTTTAAAGTTATATAATTAAA	0	41	0
AAAATCCTTTTTTAAAAGAAACTAAGC    	0	6	0
  AGAGTGATTTTAAAAGCATGAGAATGGC 	4	8	1
TTTAAGCGAATTTGAAAGGATTAAAAGAGAG	9	130	1
ATTAAAATAGTTTTATTCCAAATAAATGCCG	9	54	1
          TTTTAAATTAACGCCCATGCT	8	0	1
CAAAATTGAATTTTATTGTTTGTTATAGGAG	2	15	1
TTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAAGCTTGA	8	73	1
AGAGAGAGCGTTTTACTCTATTAATTTTTTA	9	155	1
TCTATTAATTTTTTACTCCATTTAAAGGAGT	9	171	1
TTTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATT	6	14	1
CCCTTAAGGATTTTATATTTATTTTATAGTA	5	90	1
GATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATA	6	55	0
          ******** **
MAP Score: 30.8122

Motif 2
TAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAG	6	44	1
TGTGGTTTAATTATATAACTTTAAAATTAAATCTAGGA	0	36	1
AAACCGCTAATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGC	5	35	1
      GCCATTCTCATGCTTTTAAAATCACTCT    	4	6	0
        GGTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT      	1	4	0
ACGCTCTCTCTTTTAATCCTTTCAAATTCGCTTAAACA	9	128	0
TCAATCTGCATTTTTATTTTTTCATTAAAATAGTTTTA	9	31	1
        GCTTAGTTTCTTTTAAAAAAGGATTTTGTG	0	2	1
ATGTTAGAATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAAGCTT	8	64	1
     GCTTTTTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTA	6	5	1
CTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGC	6	23	1
AGAGAGAGCGTTTTACTCTATTAATTTTTTACTCCATT	9	155	1
AATGATAGACTAGTGAGTTTTTAAGCCTTTTTAAAGGA	9	89	1
CTTAAGGATTTTATATTTATTTTATAGTAAGGCAGTCA	5	92	1
CTTAAGGGTATTGTATCCTTTTTTGGCTTACAAAATCG	5	60	0
     CACATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCT	5	5	1
          ** *    ******   *
MAP Score: 17.4263

Motif 3
CAAAATTGAATTTTATTGTTTGTTATAGGAGAA      	2	15	1
TAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAATGTG     	5	5	0
AATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCCAAAAAAGG	5	43	1
CCCTTAAGGATTTTATATTTATTTTATAGTAAGGCAGTC	5	90	1
       GCTTTTTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTT	6	3	1
ATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAA	6	42	1
GCTGAGGGCTTATTAGCGGTAATTTTAGGTGAATCTATG	8	28	1
CAATCTGCATTTTTATTTTTTCATTAAAATAGTTTTATT	9	32	1
AGACTAGTGAGTTTTTAAGCCTTTTTAAAGGATTGTTTA	9	95	1
TTAAAGGATTGTTTAAGCGAATTTGAAAGGATTAAAAGA	9	119	1
ACTCTATTAATTTTTTACTCCATTTAAAGGAGTGTGAGT	9	169	1
AGGAGTGTGAGTTTAGGTATAATGACAAGAAAAATTTGC	9	196	1
          *****       **  ***
MAP Score: 7.47981

Motif 4
CTAGATTTAATTTTAAAGTTATATAATTAAACCACA	0	36	0
   AGAGTGATTTTAAAAGCATGAGAATGGC     	4	7	1
     CACATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCG	5	5	1
TAATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCCAAAA	5	42	1
CCCTTAAGGATTTTATATTTATTTTATAGTAAGGCA	5	90	1
TATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTTA	6	44	0
GACTAGTGAGTTTTTAAGCCTTTTTAAAGGATTGTT	9	96	1
TTTAAGCGAATTTGAAAGGATTAAAAGAGAGAGCGT	9	130	1
TTTTTACTCCATTTAAAGGAGTGTGAGTTTAGGTAT	9	180	1
AGAGTCTCCGGTTGGAATATATTTGAATCAACATGA	9	271	0
          *******    * * *
MAP Score: 3.51119

Motif 5
TTCTTTTAAAAAAGGATTTTGTGGTTTAATTA	0	17	1
 AATCGCAAAATTGAATTTTATTGTTTGTTAT	2	9	1
AACTAACAATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAAT	5	22	0
GTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCCAAAAA	5	47	1
ACAATACCCTTAAGGATTTTATATTTATTTTA	5	84	1
TGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAG	6	17	1
TATGTTAGAATTTGGGGTGTTTTAACAGAATG	8	63	1
 AATAGTTAATAGTAATCTTTTTCAATCTGCA	9	9	1
AATGATAGACTAGTGAGTTTTTAAGCCTTTTT	9	89	1
AAGCCTTTTTAAAGGATTGTTTAAGCGAATTT	9	111	1
CGTTTTACTCTATTAATTTTTTACTCCATTTA	9	163	1
TACTCCATTTAAAGGAGTGTGAGTTTAGGTAT	9	184	1
          ** ******* *
MAP Score: 1.97755