AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons030_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246810
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0557	22	acetyl-coenzyme A carboxylase (accA)
#1	HP0558	300	beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase II (fabF)
#2	HP0940	67	amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein (yckK)
#3	HP0942	40	D-alanine glycine permease (dagA)
#4	HP0943	21	D-amino acid dehydrogenase (dadA)
#5	HP0944	300	conserved hypothetical protein
#6	HP0950	77	acetyl-CoA carboxylase beta subunit (accD)
#7	HP1169	212	glutamine ABC transporter, permease protein (glnP)
#8	HP1172	48	glutamine ABC transporter, periplasmic glutamine-binding protein (glnH)

Motif 1
TTTTTGACTAAAACCTGGAGACAAACGCTCCAAG	1	12	0
TTTTAGTCAAAAATTTGGCTTTAGCTAAAATCTA	1	33	1
TATTCAAGCTAAAAGAGGTTAAAATAGTCTTTTT	1	136	1
TGTTTGAAAAAATTCAGGNTTAAAATATAAA   	2	46	1
ACTCCTTAATAAACTAGGGTTTAAAAAAGAAATT	3	12	0
CATTGCCACTAAAAGAGGGCAAAGCCGCAATCTG	5	11	0
GAGTGTCTGTAAAAATGCTCAAAAGCATTTTCTA	5	44	1
AAGCCATAATAAAAGGGCTTGCAAGCGAGTGGTA	5	82	1
AATTGATGACAACAAAGCCTAAAACTCAAACAAA	5	123	1
AAGAATTTCTAAATATGGGTAAAAAATATACAAT	5	165	1
AAGAAATAAAAAATGAGCGCAAAACGCCATGAAT	5	218	0
ATAATAAACAAAATTAGCTTAAGAGTA       	6	3	0
ATTATAAGCAAAACTTGGATACAATCCTAACAAA	6	32	1
AACAATGATTAAACAATCATTAAATGGAGAGGAC	7	10	0
TTATAATAAAAAAACTGGCTGAAATTAACAACAA	7	39	0
GAATAGTGGCAAAACGGCTCATAAACTTCCCATA	7	87	1
CTTAAAAATTAATGACGCTTTAAAGCACCATGTT	7	178	0
        ATAAAGTTTGCTAAAAAGATGATTCT	8	2	1
          ***   ** *****
MAP Score: 21.1889

Motif 2
         TTTTACAAAGTTAGGATTTTGA       	0	1	1
AAACTAGATTTTAGCTAAAGCCAAATTTTTGACTAAAA	1	33	0
TTTCGTGCTGTTGGGATAAAACTAGATTTTAGCTAAAG	1	51	0
CCATGCAGACTTTAAAGAACAAAGCCTTTCGTGTTAGC	1	184	1
AGGAAGCTCCTTGCTTTAAGCAAGGGGTGGTTTCACTG	1	243	1
AAGGGGTGGTTTCACTGAATTAAAGTTTTGAAATGAGG	1	264	1
GTTAGAATGTTTGAAAAAATTCAGGNTTAAAATATAAA	2	39	1
  GGAATTTCTTTTTTAAACCCTAGTTTATTAAGGAGT	3	8	1
CTTTTGAGCATTTTTACAGACACTCATTGCCACTAAAA	5	31	0
TTATTATGGCTTATTATAGAAAATGCTTTTGAGCATTT	5	56	0
AAGCCTAAAACTCAAACAAAACCCGTTTAAGAATTTCT	5	137	1
CTAATTTTGTTTATTATAAGCAAAACTTGGATACAATC	6	20	1
GCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAAATTTCTTTGAATA	7	54	1
GCTCATAAACTTCCCATAATAAGGGCTTGGGTTTTCCA	7	103	1
    ATAAAGTTTGCTAAAAAGATGATTCTAATTTCAA	8	6	1
ATGATTCTAATTTCAAAAAAAGGTGTTTTT        	8	28	1
          **   * ** **  * **
MAP Score: 10.1421

Motif 3
    TTTTACAAAGTTAGGATTTTGA    	0	6	1
AGCTAAAGCCAAATTTTTGACTAAAACCTG	1	29	0
TTTGTTCTTTAAAGTCTGCATGGATATTTC	1	177	0
TCACTGAATTAAAGTTTTGAAATGAGGAGC	1	275	1
CACAAAATAAAAATTTTGCATGGTTTGATT	2	10	0
 GTTTTTCCTTAATTTTGCAGTTTTGTTAG	6	58	0
CTATTCAAAGAAATTTTGGATTATAATAAA	7	63	0
CCAATTGTTAGAAGTTTGGAAAACCCAAGC	7	127	0
        ATAAAGTTTGCTAAAAAGATGA	8	2	1
          **********
MAP Score: 10.0833

Motif 4
CACGAAAGGCTTTGTTCTTTAAAGTCTGCAT	1	186	0
CCATGCAAAATTTTTATTTTGTGTTAGAATG	2	17	1
          TTTATATTTTAANCCTGAATT	2	56	0
      GGAATTTCTTTTTTAAACCCTAGTT	3	4	1
TCAAAAGCATTTTCTATAATAAGCCATAATA	5	62	1
TAAGGTATTGTATATTTTTTACCCATATTTA	5	174	0
TCATTTTTTATTTCTTTATTAATTTGATTGC	5	236	1
TTAAGCTAATTTTGTTTATTATAAGCAAAAC	6	15	1
TTTCAGCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAAA	7	49	1
          *** *******
MAP Score: 9.15842

Motif 5
CCATGCAAAATTTTTATTTTGTGTTAGAATGTTTGAAAA	2	17	1
AAGACTATTTTAACCTCTTTTAGCTTGAATATAGCCTAA	1	128	0
TAGCATTCAATGGAATGCTTTAGTTAGGAAGCTCCTTGC	1	218	1
TTTTCCTTAATTTTGCAGTTTTGTTAGGATTGTATCCAA	6	46	0
GAGGTTAAAATAGTCTTTTTGGGGTAGGAAATATCCATG	1	150	1
TAGGAGTTTTTCGTGCTGTTGGGATAAAACTAGATTTTA	1	58	0
CACGAAAAACTCCTATCCTTTAGGTAGAGATATAAGTGC	1	82	1
TAGAAATTCTTAAACGGGTTTTGTTTGAGTTTTAGGCTT	5	137	0
GTTAGGATTGTATCCAAGTTTTGCTTATAATAAACAAAA	6	24	0
TTTAGTCAAAAATTTGGCTTTAGCTAAAATCTAGTTTTA	1	34	1
CGTTTAAGAATTTCTAAATATGGGTAAAAAATATACAAT	5	160	1
AAAAACTCCTTAATAAACTAGGGTTTAAAAAAGAAATTC	3	11	0
GCCACTATTCAAAGAAATTTTGGATTATAATAAAAAAAC	7	58	0
ACAGCTCTTATTCACCCCAATTGTTAGAAGTTTGGAAAA	7	134	0
TTGCTTATAATAAACAAAATTAGCTTAAGAGTA      	6	4	0
          *       *** * *****
MAP Score: 8.33005

Motif 6
          TTTTACAAAGTTAGGATTTTGA	0	0	1
GATTTTAGCTAAAGCCAAATTTTTGACTAAAA	1	33	0
AAAAGACTATTTTAACCTCTTTTAGCTTGAAT	1	137	0
TAGCTCCTCATTTCAAAACTTTAATTCAGTGA	1	275	0
TCAAACATTCTAACACAAAATAAAAATTTTGC	2	21	0
ANCCTGAATTTTTTCAAACATTCTAACACAAA	2	34	0
ATTTCTTTTTTAAACCCTAGTTTATTAAGGAG	3	13	1
AGATTGCGGCTTTGCCCTCTTTTAGTGGCAAT	5	12	1
TTTTCTATAATAAGCCATAATAAAAGGGCTTG	5	71	1
TGTATATTTTTTACCCATATTTAGAAATTCTT	5	165	0
TTGCTTATAATAAACAAAATTAGCTTAAGAGT	6	11	0
TTGTTTATTATAAGCAAAACTTGGATACAATC	6	26	1
CAACAATGATTAAACAATCATTAAATGGAGAG	7	13	0
TTTTTTATTATAATCCAAAATTTCTTTGAATA	7	60	1
AGGGCTTGGGTTTTCCAAACTTCTAACAATTG	7	124	1
AATCATCTTTTTAGCAAACTTTAT        	8	2	0
          *** ***** **
MAP Score: 6.97558

Motif 7
AAACTAGATTTTAGCTAAAGCCAAATTTTTGACTAAA	1	34	0
AGGAAGCTCCTTGCTTTAAGCAAGGGGTGGTTTCACT	1	243	1
          TTTATTAAAGGGACTATCAGC      	4	0	1
GTTTTAGGCTTTGTTGTCATCAATTTTAAAGCTACCA	5	111	0
AATTTTCATCTTATTATAAGGTATTGTATATTTTTTA	5	184	0
ATGATGATGTGTTATGTCAGCTATTATTATGCAATCA	5	260	0
          TACTCTTAAGCTAATTTTGTTTATTAT	6	0	1
CTAATTTTGTTTATTATAAGCAAAACTTGGATACAAT	6	20	1
ATCATTGTTGTTAATTTCAGCCAGTTTTTTTATTATA	7	35	1
GCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAAATTTCTTTGAAT	7	54	1
          **  * ***** *   *
MAP Score: 5.50213