AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons030_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246826
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0557	22	acetyl-coenzyme A carboxylase (accA)
#1	HP0558	300	beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase II (fabF)
#2	HP0940	67	amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein (yckK)
#3	HP0942	40	D-alanine glycine permease (dagA)
#4	HP0943	21	D-amino acid dehydrogenase (dadA)
#5	HP0944	300	conserved hypothetical protein
#6	HP0950	77	acetyl-CoA carboxylase beta subunit (accD)
#7	HP1169	212	glutamine ABC transporter, permease protein (glnP)
#8	HP1172	48	glutamine ABC transporter, periplasmic glutamine-binding protein (glnH)

Motif 1
TTTTTGACTAAAACCTGGAGACAAACGCTCCAAG	1	12	0
TTTTAGTCAAAAATTTGGCTTTAGCTAAAATCTA	1	33	1
TATTCAAGCTAAAAGAGGTTAAAATAGTCTTTTT	1	136	1
TGTTTGAAAAAATTCAGGNTTAAAATATAAA   	2	46	1
CTCCTTAATAAACTAGGGTTTAAAAAAGAAATTC	3	11	0
CATTGCCACTAAAAGAGGGCAAAGCCGCAATCTG	5	11	0
GAGTGTCTGTAAAAATGCTCAAAAGCATTTTCTA	5	44	1
AAGCCATAATAAAAGGGCTTGCAAGCGAGTGGTA	5	82	1
AATTGATGACAACAAAGCCTAAAACTCAAACAAA	5	123	1
AAGAATTTCTAAATATGGGTAAAAAATATACAAT	5	165	1
AAGAAATAAAAAATGAGCGCAAAACGCCATGAAT	5	218	0
ATAATAAACAAAATTAGCTTAAGAGTA       	6	3	0
ATTATAAGCAAAACTTGGATACAATCCTAACAAA	6	32	1
AACAATGATTAAACAATCATTAAATGGAGAGGAC	7	10	0
TTATAATAAAAAAACTGGCTGAAATTAACAACAA	7	39	0
GAATAGTGGCAAAACGGCTCATAAACTTCCCATA	7	87	1
CTTAAAAATTAATGACGCTTTAAAGCACCATGTT	7	178	0
        ATAAAGTTTGCTAAAAAGATGATTCT	8	2	1
          ***   ** *****
MAP Score: 20.8646

Motif 2
CTCTACCTAAAGGATAGGAGTTTTTCGTGCTGTT	1	77	0
CCCTTGCTTAAAGCAAGGAGCTTCCTAACTAAAG	1	235	0
TAAAGTTTTGAAATGAGGAGCTATTG        	1	284	1
AACCCTAGTTTATTAAGGAGTTTTT         	3	25	1
         ACAGATTGCGGCTTTGCCCTCTTTT	5	1	1
TTAAACGGGTTTTGTTTGAGTTTTAGGCTTTGTT	5	133	0
TAAGATGAAAATTCATGGCGTTTTGCGCTCATTT	5	208	1
ATAACACATCATCATAGGAGTTTCAATC      	5	282	1
GTTTTTCCTTAATTTTGCAGTTTTGTTAGGATTG	6	53	0
TATGGGAAGTTTATGAGCCGTTTTGCCACTATTC	7	87	0
TCCCATAATAAGGGCTTGGGTTTTCCAAACTTCT	7	114	1
ATTGGGGTGAATAAGAGCTGTTTTTAAACATGGT	7	152	1
AGCTGTTTTTAAACATGGTGCTTTAAAGCGTCAT	7	167	1
TACCTTAAAAATTAATGACGCTTTAAAGCACCAT	7	181	0
TCTAATTTCAAAAAAAGGTGTTTTT         	8	33	1
          **   *** *****
MAP Score: 14.3104

Motif 3
CACGAAAGGCTTTGTTCTTTAAAGTCTGCAT	1	186	0
CCATGCAAAATTTTTATTTTGTGTTAGAATG	2	17	1
          TTTATATTTTAANCCTGAATT	2	56	0
      GGAATTTCTTTTTTAAACCCTAGTT	3	4	1
TCAAAAGCATTTTCTATAATAAGCCATAATA	5	62	1
TAAGGTATTGTATATTTTTTACCCATATTTA	5	174	0
TCATTTTTTATTTCTTTATTAATTTGATTGC	5	236	1
TTAAGCTAATTTTGTTTATTATAAGCAAAAC	6	15	1
TTTCAGCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAAA	7	49	1
          *** *******
MAP Score: 9.15842

Motif 4
TAGATTTTAGCTAAAGCCAAATTTTTGACTAAAACCTGGAG	1	26	0
TGGCTTTAGCTAAAATCTAGTTTTATCCCAACAGCACGAAA	1	48	1
TTAGGCTATATTCAAGCTAAAAGAGGTTAAAATAGTCTTTT	1	128	1
ACTTTAAAGAACAAAGCCTTTCGTGTTAGCATTCAATGGAA	1	192	1
CACCCCTTGCTTAAAGCAAGGAGCTTCCTAACTAAAGCATT	1	231	0
AGCTCCTTGCTTTAAGCAAGGGGTGGTTTCACTGAATTAAA	1	247	1
TAAAAGGGCTTGCAAGCGAGTGGTAGCTTTAAAATTGATGA	5	91	1
      TACTCTTAAGCTAATTTTGTTTATTATAAGCAAAA	6	4	1
TTTTGTTTATTATAAGCAAAACTTGGATACAATCCTAACAA	6	24	1
TTGTTGTTAATTTCAGCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAAA	7	39	1
GTTTGGAAAACCCAAGCCCTTATTATGGGAAGTTTATGAGC	7	103	0
TAATGACGCTTTAAAGCACCATGTTTAAAAACAGCTCTTAT	7	162	0
ACATGGTGCTTTAAAGCGTCATTAATTTTTAAGGTATAGCG	7	179	1
          *  **** *   ** *    *
MAP Score: 8.22059

Motif 5
TTTGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTTGG	1	21	1
TCAAAAATTTGGCTTTAGCTAAAATCTAGT	1	39	1
ATAGCTGTTAGGCTATATTCAAGCTAAAAG	1	121	1
TAACACGAAAGGCTTTGTTCTTTAAAGTCT	1	190	0
TTCAATGGAATGCTTTAGTTAGGAAGCTCC	1	223	1
 ACAGATTGCGGCTTTGCCCTCTTTTAGTG	5	9	1
TTGAGTTTTAGGCTTTGTTGTCATCAATTT	5	122	0
TTCTTAAACGGGTTTTGTTTGAGTTTTAGG	5	140	0
CCATAATAAGGGCTTGGGTTTTCCAAACTT	7	116	1
          **********
MAP Score: 6.4893

Motif 6
AAAATTAATGACGCTTTAAAGCACCATGTTTAA	7	175	0
AGGAAGCTCCTTGCTTTAAGCAAGGGGTGGTTT	1	243	1
GTCAAAAATTTGGCTTTAGCTAAAATCTAGTTT	1	38	1
ATTCAATGGAATGCTTTAGTTAGGAAGCTCCTT	1	222	1
GTTTGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTTGGCT	1	20	1
ATATCCATGCAGACTTTAAAGAACAAAGCCTTT	1	180	1
TTAATAAACTAGGGTTTAAAAAAGAAATTCC  	3	8	0
ATTATAGAAAATGCTTTTGAGCATTTTTACAGA	5	49	0
CCTCATTTCAAAACTTTAATTCAGTGAAACCAC	1	269	0
  GCTGATAGTCCCTTTAATAAA          	4	0	0
AAAAACTCCTATCCTTTAGGTAGAGATATAAGT	1	86	1
TTGTGTTAGAATGTTTGAAAAAATTCAGGNTTA	2	35	1
TTAAAGCACCATGTTTAAAAACAGCTCTTATTC	7	160	0
AATTAGAATCATCTTTTTAGCAAACTTTAT   	8	7	0
TATCCAAGTTTTGCTTATAATAAACAAAATTAG	6	20	0
          * *******  **
MAP Score: 6.17976

Motif 7
       TCAAAATCCTAACTTTGTAAAA      	0	4	0
AGATTTTAGCTAAAGCCAAATTTTTGACTAAAACC	1	31	0
GCTGTTGGGATAAAACTAGATTTTAGCTAAAGCCA	1	48	0
AAAAGACTATTTTAACCTCTTTTAGCTTGAATATA	1	134	0
 TTTATATTTTAANCCTGAATTTTTTCAAACATTC	2	43	0
ATTTCTTTTTTAAACCCTAGTTTATTAAGGAGTTT	3	13	1
TTAGAAATTCTTAAACGGGTTTTGTTTGAGTTTTA	5	142	0
     TACTCTTAAGCTAATTTTGTTTATTATAAG	6	5	1
TAATGATTGTTTAATCATTGTTGTTAATTTCAGCC	7	22	1
TGTTGTTAATTTCAGCCAGTTTTTTTATTATAATC	7	40	1
TTTTTTATTATAATCCAAAATTTCTTTGAATAGTG	7	60	1
ACAGCTCTTATTCACCCCAATTGTTAGAAGTTTGG	7	138	0
AATGACGCTTTAAAGCACCATGTTTAAAAACAGCT	7	167	0
GAATCATCTTTTTAGCAAACTTTAT          	8	0	0
         AAAAACACCTTTTTTTGAAATTAGAA	8	32	0
          ******    *** *
MAP Score: 1.10857

Motif 8
ACTTGGAGCGTTTGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAAT	1	11	1
TCTCTACCTAAAGGATAGGAGTTTTTCGTGCTGTTG	1	76	0
AAAAAGACTATTTTAACCTCTTTTAGCTTGAATATA	1	134	0
ACAAAATAAAAATTTTGCATGGTTTGATT       	2	3	0
AATTTCTTTTTTAAACCCTAGTTTATTAAGGAGTTT	3	12	1
ATTTAGAAATTCTTAAACGGGTTTTGTTTGAGTTTT	5	143	0
ATTGTATATTTTTTACCCATATTTAGAAATTCTTAA	5	163	0
ATAAGATGAAAATTCATGGCGTTTTGCGCTCATTTT	5	207	1
       TACTCTTAAGCTAATTTTGTTTATTATAA	6	3	1
TTTGTTAGGATTGTATCCAAGTTTTGCTTATAATAA	6	30	0
 GTTTTTCCTTAATTTTGCAGTTTTGTTAGGATTGT	6	52	0
ATTGTTGTTAATTTCAGCCAGTTTTTTTATTATAAT	7	38	1
TTATGGGAAGTTTATGAGCCGTTTTGCCACTATTCA	7	86	0
AATTGGGGTGAATAAGAGCTGTTTTTAAACATGGTG	7	151	1
          * **   *  ******
MAP Score: 0.72642