AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons031_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246844
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP1125	66	peptidoglycan associated lipoprotein precursor (omp18)
#1	HP1129	52	biopolymer transport protein (exbD)
#2	HP1132	22	ATP synthase F1, subunit beta (atpD)
#3	HP1137	110	ATP synthase F0, subunit b' (atpF')
#4	HP1339	262	biopolymer transport protein (exbB)
#5	HP1441	120	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B, cyclosporin-type rotamase (ppi)

Motif 1
ATTTTAATAAGTGTAAATATTAACTCACATT	0	24	0
ATATTTACACTTATTAAAATTTGATTCTTGG	0	35	1
AACTCCCTATTTAAGATATTTATAAAATCCC	1	20	0
CGCTCCTTGATTAATATAATTT         	2	1	0
CGCTTAAAATTTGAGAATATTCAAGCG    	3	6	0
          TTGAGAAAAATCCTTTTTTGG	4	0	1
GCTAGTATGATTGAATTAATTTAAAATGAAC	4	56	1
AATCCAGTTTGTATTATAATTGTTCATTTTA	4	77	0
TTGGATTTGATTGTAATTATTAGCTTAATCA	4	131	1
CATTATTGACTTGTTATTATTAAAACAATAT	4	160	1
TGTTGGTTTGTTGATTATATTGTTTTAATAA	4	176	0
AAAATACCATTTGTTTTAATTTGTTGCTATA	5	60	1
          **** ******
MAP Score: 10.9521

Motif 2
  CGCTCCTTGATTAATATAATTT         	2	1	0
ACAAATGCGAGTTTCAAATATTTTGTAGGATTT	3	70	1
ATGCTAGTATGATTGAATTAATTTAAAATGAAC	4	54	1
ATCCAGTTTGTATTATAATTGTTCATTTTAAAT	4	74	0
ATACAAACTGGATTTAAATGGTTGGTCATAAGA	4	94	1
GTTTGGATTTGATTGTAATTATTAGCTTAATCA	4	129	1
TTGGTTTGTTGATTATATTGTTTTAATAATAAC	4	172	0
AATACCATTTGTTTTAATTTGTTGCTATAATAG	5	62	1
          **** ****  **
MAP Score: 10.7898

Motif 3
       AGCTTTTAAGGGGATTTTATAAATATCTTAAAT	1	3	1
ATATTCTCAAATTTTAAGCGATTTTTTGTTAAGATAGAGT	3	17	1
TACAAAATATTTGAAACTCGCATTTGTTATAAAAACATTA	3	57	0
AGTTTCAAATATTTTGTAGGATTTTAGGAAAGAAATAGGT	3	79	1
CATGAGCGGCTTTTAACGAACTCATGCCAAAAAAGGATTT	4	17	0
TCCAGTTTGTATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCAA	4	66	0
TACAAACTGGATTTAAATGGTTGGTCATAAGAGCGTTTGG	4	95	1
CATAAGAGCGTTTGGATTTGATTGTAATTATTAGCTTAAT	4	120	1
GCTTAATCATTATTGACTTGTTATTATTAAAACAATATAA	4	153	1
TCCTTTATCATTTTGGAGCATTTATGCGAACGAATGCTTC	4	208	1
TACTTTTGAAATTTAAGCGGTAAGTTGGATA         	5	1	0
AACAAATGGTATTTTAGCCGATAGTGTTGTAGGATACTTT	5	35	0
ATACCATTTGTTTTAATTTGTTGCTATAATAGAGCATTTG	5	63	1
GAGCATTTGAATGACAAAAGCTTATCGCAAAGGTTT    	5	94	1
          **** *   * *  *   **
MAP Score: 6.12041

Motif 4
        GGTTAAATTAAGCGAATGTGAGTTAATAT	0	2	1
ATATTTACACTTATTAAAATTTGATTCTTGGAGAATT	0	35	1
ATTCTCAAATTTTAAGCGATTTTTTGTTAAGATAGAG	3	19	1
GATTTTTTGTTAAGATAGAGTTAATGTTTTTATAACA	3	36	1
CATGAGCGGCTTTTAACGAACTCATGCCAAAAAAGGA	4	20	0
CTCATGCTAGTATGATTGAATTAATTTAAAATGAACA	4	51	1
TGAACAATTATAATACAAACTGGATTTAAATGGTTGG	4	82	1
TGGTTGGTCATAAGAGCGTTTGGATTTGATTGTAATT	4	112	1
TTTTGGAGCATTTATGCGAACGAATGCTTCTTAAAGA	4	218	1
AACGAATGCTTCTTAAAGAGTGCATGCTCTTAGAGT 	4	236	1
AGCAACAAATTAAAACAAATGGTATTTTAGCCGATAG	5	51	0
          * * *  **  * ****
MAP Score: 5.08749

Motif 5
 GGTTAAATTAAGCGAATGTGAGTTAATATTTACA	0	9	1
AATGTTTTTATAACAAATGCGAGTTTCAAATATTT	3	58	1
TACAAACTGGATTTAAATGGTTGGTCATAAGAGCG	4	95	1
TTACAATCAAATCCAAACGCTCTTATGACCAACCA	4	112	0
CCAAAATGATAAAGGAATGTTGGTTTGTTGATTAT	4	189	0
TGGAGCATTTATGCGAACGAATGCTTCTTAAAGAG	4	221	1
CAACAAATTAAAACAAATGGTATTTTAGCCGATAG	5	51	0
AGCTTTTGTCATTCAAATGCTCTATTATAGCAACA	5	81	0
          ** ******   * *
MAP Score: 2.55922

Motif 6
TAAGCGATTTTTTGTTAAGATAGAGTTAATGTTTTTA	3	31	1
GAAACTCGCATTTGTTATAAAAACATTAACTCTATCT	3	48	0
TTGTAGGATTTTAGGAAAGAAATAGGTT         	3	92	1
AAAATCCTTTTTTGGCATGAGTTCGTTAAAAGCCGCT	4	16	1
TAATTGTTCATTTTAAATTAATTCAATCATACTAGCA	4	55	0
ATTTAAATGGTTGGTCATAAGAGCGTTTGGATTTGAT	4	105	1
TTATTGACTTGTTATTATTAAAACAATATAATCAACA	4	162	1
GTAGGATACTTTTGAAATTTAAGCGGTAAGTTGGATA	5	10	0
GTTTTAATTTGTTGCTATAATAGAGCATTTGAATGAC	5	72	1
GCGATAAGCTTTTGTCATTCAAATGCTCTATTATAGC	5	85	0
          ****  ** * *  * *
MAP Score: 1.51107