AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons031_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246855
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP1125	66	peptidoglycan associated lipoprotein precursor (omp18)
#1	HP1129	52	biopolymer transport protein (exbD)
#2	HP1132	22	ATP synthase F1, subunit beta (atpD)
#3	HP1137	110	ATP synthase F0, subunit b' (atpF')
#4	HP1141	23	methionyl-tRNA formyltransferase (fmt)
#5	HP1142	39	H. pylori predicted coding region HP1142
#6	HP1143	243	H. pylori predicted coding region HP1143
#7	HP1339	262	biopolymer transport protein (exbB)
#8	HP1441	120	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B, cyclosporin-type rotamase (ppi)

Motif 1
ATTTACACTTATTAAAATTTGATTCTTGGAGAATTTA	0	37	1
TATTCTCAAATTTTAAGCGATTTTTTGTTAAGATAGA	3	18	1
TGTGGTGTGCTTTGAGATGATATTGTGAATTAGGA  	5	14	1
CGTTATCTCAATTTCTTCATTTTTTTTATTTATAATG	6	61	1
ATTTTTTTTATTTATAATGTAGTTTTTATGCGAAGGG	6	79	1
TTTTTGCCTTTTTTATTTTTTGTTGTTTGTATTTAAA	6	119	1
TAAAATCCCTATTTTACTGAACTTATTGGATAAAACC	6	152	1
  GATTTTCCTTTAAGATTTGATTTTTTATATTTTAT	6	218	0
AAAATCCTTTTTTGGCATGAGTTCGTTAAAAGCCGCT	7	16	1
TTAAATCCAGTTTGTATTATAATTGTTCATTTTAAAT	7	74	0
GAGCGTTTGGATTTGATTGTAATTATTAGCTTAATCA	7	125	1
CTTAATCATTATTGACTTGTTATTATTAAAACAATAT	7	154	1
ACAAACCAACATTCCTTTATCATTTTGGAGCATTTAT	7	196	1
ACAAATGGTATTTTAGCCGATAGTGTTGTAGGATACT	8	37	0
CTAAAATACCATTTGTTTTAATTTGTTGCTATAATAG	8	58	1
     AAACCTTTGCGATAAGCTTTTGTCATTCAAAT	8	98	0
          ***    ***  ** **
MAP Score: 18.1307

Motif 2
ATTTTTTGTTGTTTGTATTTAAAATCCCTATTT	6	133	1
TTTAAATCCAGTTTGTATTATAATTGTTCATTT	7	79	0
AATACCATTTGTTTTAATTTGTTGCTATAATAG	8	62	1
GCGAATGTGAGTTAATATTTACACTTATTAAAA	0	21	1
GTTATTCCTTGTTTTTAATTCAA          	4	0	0
TTTCTTCATTTTTTTTATTTATAATGTAGTTTT	6	72	1
AGATTTGATTTTTTATATTTTATAATAGAATGA	6	208	0
ATTTTTTGCCTTTTTTATTTTTTGTTGTTTGTA	6	117	1
CCAACTTACCGCTTAAATTTCAAAAGTATCCTA	8	13	1
TCATAAGAGCGTTTGGATTTGATTGTAATTATT	7	119	1
TTATTGACTTGTTATTATTAAAACAATATAATC	7	162	1
TTAAGATAGAGTTAATGTTTTTATAACAAATGC	3	45	1
ACAAATGCGAGTTTCAAATATTTTGTAGGATTT	3	70	1
TAATTGTTCATTTTAAATTAATTCAATCATACT	7	59	0
ACAAAAAATCGCTTAAAATTTGAGAATATTCAA	3	13	0
TAATGATTAAGCTAATAATTACAATCAAATCCA	7	132	0
TTTTAAGCGATTTTTTGTTAAGATAGAGTTAAT	3	28	1
  GATTTTCCTTTAAGATTTGATTTTTTATATT	6	222	0
GATAAAACCTGCTTAAGTTAAATTGATCTCATT	6	180	1
          **** *****  *
MAP Score: 14.0167

Motif 3
 TATAAATTCTCCAAGAATCAAATTTTAATAAGTGTAAATAT	0	35	0
AAAACTACATTATAAATAAAAAAAATGAAGAAATTGAGATAA	6	63	0
ATTGATCTCATTCTATTATAAAATATAAAAAATCAAATCTTA	6	201	1
AAATGCTCTATTATAGCAACAAATTAAAACAAATGGTATTTT	8	60	0
GGATTTTAAATACAAACAACAAAAAATAAAAAAGGCAAAAAA	6	118	0
          TTGAATTAAAAACAAGGAATAAC         	4	0	1
ATTATTGACTTGTTATTATTAAAACAATATAATCAACAAACC	7	161	1
ATTAACTCTATCTTAACAAAAAATCGCTTAAAATTTGAGAAT	3	19	0
AAATGAACAATTATAATACAAACTGGATTTAAATGGTTGGTC	7	79	1
          *   *  *  ***    ** **
MAP Score: 12.243

Motif 4
    GGTTAAATTAAGCGAATGTGAGTTAA	0	6	1
TAATGTAGTTTTTATGCGAAGGGTATTTTT	6	93	1
ATTCTCAAATTTTAAGCGATTTTTTGTTAA	3	19	1
TTTTGGAGCATTTATGCGAACGAATGCTTC	7	218	1
      AGCTTTTAAGGGGATTTTATAAAT	1	4	1
ACTTTTGAAATTTAAGCGGTAAGTTGGATA	8	10	0
AAAGCACAAGTTTTAGAGAACCATACG   	6	7	0
ACAAATGGTATTTTAGCCGATAGTGTTGTA	8	44	0
CATGAGCGGCTTTTAACGAACTCATGCCAA	7	27	0
GTCAATAATGATTAAGCTAATAATTACAAT	7	140	0
TTTTGTAGGATTTTAGGAAAGAAATAGGTT	3	90	1
TAACTCCCTATTTAAGATATTTATAAAATC	1	22	0
          **********
MAP Score: 10.1155

Motif 5
      AAATTATATTAATCAAGGAGCG    	2	4	1
TTAACTCTATCTTAACAAAAAATCGCTTAAAA	3	28	0
GAGTTAATGTTTTTATAACAAATGCGAGTTTC	3	53	1
       TTGAATTAAAAACAAGGAATAAC  	4	3	1
TATAAATAAAAAAAATGAAGAAATTGAGATAA	6	63	0
ATAAAAACTACATTATAAATAAAAAAAATGAA	6	76	0
ACAAACAACAAAAAATAAAAAAGGCAAAAAAT	6	117	0
TAGGGATTTTAAATACAAACAACAAAAAATAA	6	131	0
TTCTATTATAAAATATAAAAAATCAAATCTTA	6	211	1
GATTGAATTAATTTAAAATGAACAATTATAAT	7	64	1
TAAAATGAACAATTATAATACAAACTGGATTT	7	77	1
TTAAGCTAATAATTACAATCAAATCCAAACGC	7	127	0
ATAACAAGTCAATAATGATTAAGCTAATAATT	7	145	0
TATATTGTTTTAATAATAACAAGTCAATAATG	7	160	0
ATTATTAAAACAATATAATCAACAAACCAACA	7	175	1
ATAAATGCTCCAAAATGATAAAGGAATGTTGG	7	201	0
TATAGCAACAAATTAAAACAAATGGTATTTTA	8	59	0
          ********  **
MAP Score: 6.65217