AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons032_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246873
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0832	91	spermidine synthase (speE)
#1	HP0833	76	H. pylori predicted coding region HP0833
#2	HP0906	259	H. pylori predicted coding region HP0906
#3	HP0907	50	hook assembly protein, flagella (flgD)
#4	HP0909	51	H. pylori predicted coding region HP0909
#5	HP1022	255	H. pylori predicted coding region HP1022
#6	HP1470	67	DNA polymerase I (polA)
#7	HP1471	65	type IIS restriction enzyme R protein (BCGIB)
#8	HP1472	30	type IIS restriction enzyme M protein (mod)
#9	HP1483	26	gerC2 protein (gerC2)
#10	HP1490	103	conserved hypothetical protein
#11	HP1553	248	helicase

Motif 1
ATGGATATTGTTAAAAAGTAAGCTAAGGAGT	0	66	1
TTCGCTACAATTAAATAAAAACGATAATTTT	2	22	0
GTTATTCGCGCTTAATGAGAACAGAGGTTTT	2	86	0
AACCCCATTTTTTAAAAATAAAAGTTGTCGT	2	115	0
TAAAGGTGTTTTTAAAACGAAAAACCCCATT	2	137	0
AAAGAGTTGTTTTAAAAAGGATAACC     	2	243	1
ATAAGACATCTTTAAGAAGGAAGAGATC   	3	32	1
     AAGGCTGAAATAAGAAGTATGGTAAA	4	5	1
AAATATCCTTTTTAATAAGGATATTTA    	4	34	1
ATTTAGCGTATTTAATGAGAATAGAGCTAAT	5	119	1
AATAAGTTATTTTAATAATAATTAGCTCTAT	5	139	0
GTTTAACTTTTGAAAAGAGAAATTCAACTTA	5	194	1
GGGTATCCTTTTAAAAAATAAAATTATAAC 	8	9	0
AGACAAGCCATGAAAAAAGAAAAGTC     	9	10	1
TAAGCCTAACTTTAAAAATCAAGCCTTCAAA	10	14	0
CCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC     	11	5	0
TTTCTATCATTTTAATAGGAACAAGGCAAAG	11	119	0
          ***** *****
MAP Score: 22.7218

Motif 2
AATTTAGATTTTTTAGCTAGCATGTTAGCAATT	0	24	1
     CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAA	1	5	1
TAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAAT	1	50	0
CTCTCTAAAATTATCGTTTTTATTTAATTGTAG	2	16	1
CTATGGTTTCGTTTAGGTTTAATTAAATTTCGC	2	48	0
TAACGACAACTTTTATTTTTAAAAAATGGGGTT	2	113	1
AAAATGGGGTTTTTCGTTTTAAAAACACCTTTA	2	135	1
CCTTTAGCATTTTTAGATTTGATCACGCGTCTT	2	162	1
TTTTATTTCTTTATATTTTACATGGTGGGAGTT	2	213	0
   GTTATAATTTTATTTTTTAAAAGGATACCC	8	7	1
AGGCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTGAGATT	10	38	1
TTCTGAGATTTTATATATTTTATATTTATCGTT	10	61	1
TATCGTTAGGTTTTAGGTTTAAAGTT       	10	87	1
GATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCT	11	179	1
TAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAA	11	201	1
AAAATTAGAATTTTAGGATAGATCTCA      	11	231	1
          ****** **  **
MAP Score: 22.2415

Motif 3
TGCTAGCTAAAAAATCTAAATTATTGTAACAAA	0	13	0
TCGCTTCAATTTAATCAAAATTAGATTACAATA	1	18	1
TATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTAGC	1	52	1
TCGCTACAATTAAATAAAAACGATAATTTTAGA	2	19	0
GAAATTTAATTAAACCTAAACGAAACCATAGTT	2	50	1
CCCCATTTTTTAAAAATAAAAGTTGTCGTTATT	2	111	0
ATGGTGGGAGTTAAGCAAAAAGAGTTCCTTAAG	2	192	0
TCCCACCATGTAAAATATAAAGAAATAAAAGAG	2	216	1
ATAAGTTATTTTAATAATAATTAGCTCTATTCT	5	136	0
TTCTCTTTTCAAAAGTTAAACTATTATAGTAAA	5	182	0
TGTGTTACAATAAACTTAAAATTCGCTTGATTG	6	33	1
TATCCTTTTAAAAAATAAAATTATAAC      	8	4	0
ACAAGCCATGAAAAAAGAAAAGTC         	9	12	1
ACATAAAAGATTAAGCCTAACTTTAAAAATCAA	10	23	0
TCTCAGAATTTTAACATAAAAGATTAAGCCTAA	10	36	0
AACCTAACGATAAATATAAAATATATAAAATCT	10	66	0
ACTTTAAACCTAAAACCTAACGATAAATATAAA	10	79	0
GAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC  	11	8	0
CGATTATAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTT	11	165	1
TAGGTTATAATAAAGACAAAATTAGAATTTTAG	11	214	1
          **** * *** **
MAP Score: 21.0333

Motif 4
      GCTTTTGTTACAATAATTTAGATTTT	0	4	1
AAGGCATGGATATTGTTAAAAAGTAAGCTAAG	0	61	1
TACAATATTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAA	1	44	1
AACGAAACCATAGTTTTAAAAACCTCTGTTCT	2	68	1
TAACGACAACTTTTATTTTTAAAAAATGGGGT	2	113	1
ATGGGGTTTTTCGTTTTAAAAACACCTTTAGC	2	138	1
AATAAAAGAGTTGTTTTAAAAAGGATAACC  	2	239	1
    TAAATATCCTTATTAAAAAGGATATTTT	4	33	0
ATAGAGCTAATTATTATTAAAATAACTTATTA	5	139	1
ATTTGCTATATATTTACTATAATAGTTTAACT	5	170	1
GTTGAATTTCTCTTTTCAAAAGTTAAACTATT	5	190	0
GTTATAATTTTATTTTTTAAAAGGATACCC  	8	10	1
TTTGAAGGCTTGATTTTTAAAGTTAGGCTTAA	10	14	1
TTTGATTCTTAATTTTCTTAAGAACACCTAAT	11	55	1
CGTTTTTCTATCATTTTAATAGGAACAAGGCA	11	122	0
CTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAACC	11	185	0
AAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAATT	11	205	1
          *  *********
MAP Score: 6.5944

Motif 5
    GCTTTTGTTACAATAATTTAGATTTT	0	6	1
CTTAGCTTACTTTTTAACAATATCCATGCC	0	63	0
GTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTAGCG	1	56	1
CGAAACCATAGTTTTAAAAACCTCTGTTCT	2	70	1
ACCCCATTTTTTAAAAATAAAAGTTGTCGT	2	115	0
GGGGTTTTTCGTTTTAAAAACACCTTTAGC	2	140	1
GGTTATCCTTTTTAAAACAACTCTTTTATT	2	239	0
GCAAGTTTGCTCTATAATAAGACATCTTTA	3	16	1
TAAAATATCCTTTTTAATAAGGATATTTA 	4	32	1
ATAAGTTATTTTAATAATAATTAGCTCTAT	5	139	0
GCTAGCTTGTGTTACAATAAACTTAAAATT	6	26	1
 GGGTATCCTTTTAAAAAATAAAATTATAA	8	11	0
ATCTCAGAATTTTAACATAAAAGATTAAGC	10	40	0
AGGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAATT	11	207	1
          **********
MAP Score: 3.80809

Motif 6
TTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCT	1	51	1
AAAATTATCGTTTTTATTTAATTGTAGCGAA	2	22	1
TTTTATTTAATTGTAGCGAAATTTAATTAAA	2	33	1
TATGGTTTCGTTTAGGTTTAATTAAATTTCG	2	49	0
ACGACAACTTTTATTTTTAAAAAATGGGGTT	2	115	1
AATGGGGTTTTTCGTTTTAAAAACACCTTTA	2	137	1
TAAGGAACTCTTTTTGCTTAACTCCCACCAT	2	194	1
AATAAAAGAGTTGTTTTAAAAAGGATAACC 	2	239	1
ATAGAGCTAATTATTATTAAAATAACTTATT	5	139	1
AATAACTTATTATTTGCTATATATTTACTAT	5	159	1
 GTTATAATTTTATTTTTTAAAAGGATACCC	8	9	1
TTTTGAAGGCTTGATTTTTAAAGTTAGGCTT	10	13	1
GGCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTGAGAT	10	39	1
ATCGTTAGGTTTTAGGTTTAAAGTT      	10	88	1
CCATGCTCATTTGATTCTTAATTTTCTTAAG	11	46	1
AACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTT	11	158	1
GATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGG	11	179	1
AAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAA	11	202	1
          ** ********
MAP Score: 1.57861

Motif 7
AAAATCTAAATTATTGTAACAAAAGC        	0	2	0
ATTAAGGCATGGATATTGTTAAAAAGTAAGCTAA	0	58	1
TTTATCGCTTCAATTTAATCAAAATTAGATTACA	1	14	1
GATTACAATATTATAGTTATTTAAAGCTTAAATA	1	41	1
         GCCAATCTCTCTAAAATTATCGTTT	2	1	1
AATTTCGCTACAATTAAATAAAAACGATAATTTT	2	22	0
TAATTGTAGCGAAATTTAATTAAACCTAAACGAA	2	40	1
CTAAACGAAACCATAGTTTTAAAAACCTCTGTTC	2	65	1
ATAACGACAACTTTTATTTTTAAAAAATGGGGTT	2	112	1
GTGATCAAATCTAAAAATGCTAAAGGTGTTTTTA	2	154	0
TCATAAATTGCAAGAATGCCAAAAGCATTTTTGC	5	49	1
TTTTTGCAATCAAAAGAGCTAAAACAAGCGGTGA	5	76	1
AGAATAGAGCTAATTATTATTAAAATAACTTATT	5	136	1
GCTTGTGTTACAATAAACTTAAAATTCGCTTGAT	6	30	1
TAGGCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTGAGATT	10	37	1
        GAGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGG	11	2	1
CAAAACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTT	11	155	1
TTTTAGGTTATAATAAAGACAAAATTAGAATTTT	11	211	1
          * *** *  *****
MAP Score: 1.15986