AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons032_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246889
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0832	91	spermidine synthase (speE)
#1	HP0833	76	H. pylori predicted coding region HP0833
#2	HP0906	259	H. pylori predicted coding region HP0906
#3	HP0907	50	hook assembly protein, flagella (flgD)
#4	HP0909	51	H. pylori predicted coding region HP0909
#5	HP1010	300	polyphosphate kinase (ppk)
#6	HP1011	36	dihydroorotate dehydrogenase (pyrD)
#7	HP1015	111	H. pylori predicted coding region HP1015
#8	HP1017	97	amino acid permease (rocE)
#9	HP1018	47	H. pylori predicted coding region HP1018
#10	HP1020	21	conserved hypothetical protein
#11	HP1021	21	response regulator
#12	HP1022	255	H. pylori predicted coding region HP1022
#13	HP1470	67	DNA polymerase I (polA)
#14	HP1471	65	type IIS restriction enzyme R protein (BCGIB)
#15	HP1472	30	type IIS restriction enzyme M protein (mod)
#16	HP1483	26	gerC2 protein (gerC2)
#17	HP1490	103	conserved hypothetical protein
#18	HP1491	138	phosphate permease
#19	HP1553	248	helicase

Motif 1
ACAACTTTTATTTTTAAAAAATGGGGTTTT	2	118	1
CGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATG	5	211	1
   GGGTATCCTTTTAAAAAATAAAATTAT	15	13	0
TTTTTAGCGTTCTTTAAAAAAACCTTAAAA	8	24	1
TACTATTTAATCTTTAAAAA          	8	87	1
CGAAACCATAGTTTTAAAAACCTCTGTTCT	2	70	1
GGGGTTTTTCGTTTTAAAAACACCTTTAGC	2	140	1
TAAAAGAGTTGTTTTAAAAAGGATAACC  	2	241	1
TTTAAAGAGAGTTTTAAAAA          	18	0	0
CTAAAAACTTCTTTTAAAATA         	8	1	0
 TAAATATCCTTATTAAAAAGGATATTTTA	4	32	0
TTTAAAACTCTCTTTAAAATTTTACTTTAA	18	12	1
GCTTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTG	5	78	0
TAAATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTT	5	269	0
GAGTTGCAATTCATTAAAAAATGCTTGTTG	7	52	1
CCTTGAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTG	18	68	0
TTGAATTTCTCTTTTCAAAAGTTAAACTAT	12	191	0
GAGCTAATTATTATTAAAATAACTTATTAT	12	142	1
TGCCTTGTTCCTATTAAAATGATAGAAAAA	19	122	1
GAAGGCTTGATTTTTAAAGTTAGGCTTAAT	17	17	1
AAATGAAGTTTTATTCAAAAAATGAAGTTT	5	46	1
GGCATGGATATTGTTAAAAAGTAAGCTAAG	0	63	1
CATGGTTACTTCCTTAAAATTTGCTAAACT	9	27	0
AACCTTAAAACGCTTAAAAAACTATCGCTT	8	44	1
GATCTCTTCCTTCTTAAAGATGTCTTATTA	3	30	0
          **********
MAP Score: 35.6505

Motif 2
TATGGTTTCGTTTAGGTTTAATTAAATTTC	2	50	0
ATCGTTAGGTTTTAGGTTTAAAGTT     	17	88	1
TTTAAGCGTTTTAAGGTTTTTTTAAAGAAC	8	32	0
TAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAG	19	171	1
GTTACAATAATTTAGATTTTTTAGCTAGCA	0	16	1
TTAAAATTTTTTTAGCGTTT          	5	0	0
AGACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATA	1	52	0
TAAAAACACCTTTAGCATTTTTAGATTTGA	2	154	1
TAAGCGATCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTT	5	27	1
ACTATAATAGTTTAACTTTTGAAAAGAGAA	12	185	1
AAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGACA	19	202	1
TCAAGCGAATTTTAAGTTTATTGTAACACA	13	33	0
AAAACAGGGCTTAAGGATTTTCTG      	12	4	0
AAAGTTAGGCTTAATCTTTTATGTTAAAAT	17	32	1
GAAATTCAACTTAAGGATTAACCATTAGAC	12	212	1
CTTTTATTTCTTTATATTTTACATGGTGGG	2	217	0
CTTTTACTATTTAATCTTTAAAAA      	8	83	1
ATCCTTATCTTTTATGATTTGAACGATAAC	6	12	0
TCTCTCAAAATTTAGCGTATTTAATGAGAA	12	110	1
TTTTATATATTTTATATTTATCGTTAGGTT	17	69	1
AAAACTCTCTTTAAAATTTTACTTTAAGAT	18	15	1
AAAAGATCGCTTAAAATTTTTTTAGCGTTT	5	10	0
AGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTTCTC	19	11	1
AGGCTTGATTTTTAAAGTTAGGCTTAATCT	17	19	1
          **********
MAP Score: 21.7112

Motif 3
TGCTAACATGCTAGCTAAAAAATCTAAATT	0	24	0
ATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTA	1	53	1
    GCCAATCTCTCTAAAATTATCGTTTT	2	6	1
TGTCGTTATTCGCGCTTAATGAGAACAGAG	2	91	0
         AAACGCTAAAAAAATTTTAAG	5	1	1
ACCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTTAG	5	15	0
TAAGCAAACTCGCGCTACAATCTCCCTTTT	5	103	1
CCCAAGGGTGCGCGCTAATCAGGCTGCGCC	5	147	0
TTTTTTAAAGAACGCTAAAAACTTCTTTTA	8	15	0
AAAACCTTAAAACGCTTAAAAAACTATCGC	8	42	1
TGCAATCAAAAGAGCTAAAACAAGCGGTGA	12	80	1
TCTCATTAAATACGCTAAATTTTGAGAGAT	12	109	0
TAATGAGAATAGAGCTAATTATTATTAAAA	12	131	1
CACAAGCTAGCGCGCTTAAAACCCCTT   	13	7	0
          **********
MAP Score: 9.16712

Motif 4
TTTTAAAAAATGGGGTTTTTCGTTTTAAAA	2	129	1
ATATTTTACATGGTGGGAGTTAAGCAAAAA	2	204	0
CGCGCACCCTTGGGGTGGGTGAGGTCGTGG	5	163	1
TCAGTTTGTTTGGTGTGATTATATAATGAA	5	249	0
AAAATGCTTGTTGGGCTATTTTTTCGCCCC	7	69	1
CCCCTTTGTGTGGGGCTATTCTGTTA    	7	95	1
         TAGGGGTGGGTCGTTAGTCGC	10	1	1
CTGTTTTTTGTGGGGCGTTTGATCATAAAT	12	27	1
CGCTATTAAGTGGGGCGAGTTCAGATTGGG	14	32	1
CGAGTTCAGATTGGGGGATTTGTTTGAA  	14	47	1
          **********
MAP Score: 8.97624

Motif 5
   GCTTTTGTTACAATAATTTAGATTTTTTAG	0	7	1
GCTAGCATGTTAGCAATTCATTAAGGCATGGAT	0	39	1
CAAAATTAGATTACAATATTATAGTTATTTAAA	1	33	1
ATGAAGTTTTATTCAAAAAATGAAGTTTTACAA	5	48	1
CTTCAATGATTATCATTTCATTATATAATCACA	5	233	1
 AGATATTTCTTGCAAAACATTATCCACATCCA	7	9	1
AAACAAAGAGTTGCAATTCATTAAAAAATGCTT	7	45	1
TTTTGAAGTTTAGCAAATTTTAAGGAAGTAACC	9	21	1
TTTGGCATTCTTGCAATTTATGATCAAACGCCC	12	39	0
AATGAGAATAGAGCTAATTATTATTAAAATAAC	12	132	1
AGTAAATATATAGCAAATAATAAGTTATTTTAA	12	155	0
GAATTTCTCTTTTCAAAAGTTAAACTATTATAG	12	186	0
GACAAGCGTTTAACAAAACAAGATTC       	12	239	1
  GGGTATCCTTTTAAAAAATAAAATTATAAC 	15	9	0
TACTTTAAGATACCATATAATGAGCCATTTTTA	18	34	1
CCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTA	19	161	1
          ** ***** ** *
MAP Score: 3.1663

Motif 6
     CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAATT	1	5	1
TTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTAGCG	1	51	1
CTCTCTAAAATTATCGTTTTTATTTAATTGTAGCG	2	16	1
AAAAACACCTTTAGCATTTTTAGATTTGATCACGC	2	155	1
GCTTCAATGATTATCATTTCATTATATAATCACAC	5	232	1
TCAAGCTCTTTTACTATTTAATCTTTAAAAA    	8	76	1
ATAGAGCTAATTATTATTAAAATAACTTATTATTT	12	139	1
         GTTATAATTTTATTTTTTAAAAGGAT	15	1	1
TTTTGAAGGCTTGATTTTTAAAGTTAGGCTTAATC	17	13	1
AAAGTTAGGCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTGA	17	32	1
TTTTATATATTTTATATTTATCGTTAGGTTTTAGG	17	69	1
AAAACTCTCTTTAAAATTTTACTTTAAGATACCAT	18	15	1
CCATGCTCATTTGATTCTTAATTTTCTTAAGAACA	19	46	1
AAAGACAAAATTAGAATTTTAGGATAGATCTCA  	19	225	1
          ***   *** * ***
MAP Score: 0.270475