AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons033_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246909
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0223	100	ATP-dependent protease (sms)
#1	HP0551	263	ribosomal protein L31 (rpl31)
#2	HP0552	24	conserved hypothetical protein
#3	HP0885	167	virulence factor mviN protein (mviN)
#4	HP1015	111	H. pylori predicted coding region HP1015
#5	HP1017	97	amino acid permease (rocE)
#6	HP1018	47	H. pylori predicted coding region HP1018
#7	HP1020	21	conserved hypothetical protein
#8	HP1460	147	DNA polymerase III alpha-subunit (dnaE)

Motif 1
AACTAAAAACAAGTTAAAAAGTTATCAAGT	0	16	0
TCGTAAAGCTAAACTAAAAACAAGTTAAAA	0	27	0
AGATAAAAACTGGATAAAAACGGGGTTTTG	0	78	0
         ACAGATAAAAACTGGATAAAA	0	89	0
TGTTGCAATTAAGATAAAAATACAAAAAGC	1	44	1
AAGCTAAAGCATTCTTAAAAAATTAGTGTA	1	70	1
AAATTTGACTTTGTTAAAAAAATTATGATA	1	163	0
TAAGTCATAATAAATTAAAACCACTCTAAA	1	201	0
TTTTAAATTTAAACTTAAAATTATAGCATA	1	229	0
TTTTAAGTTTAAATTTAAAAATAAAGGATA	1	239	1
AAAAGCCACGCTCTTTAAAAGAG       	2	3	0
ATACCATTTAAGGATTAAAAA         	3	1	0
TACAACCAGTATGCTAAAAAAAATATTTTT	3	92	1
CCTAAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTT	3	107	0
AGAGTTGCAATTCATTAAAAAATGCTTGTT	4	51	1
          TATTTTAAAAGAAGTTTTTA	5	0	1
GTTTTTAGCGTTCTTTAAAAAAACCTTAAA	5	23	1
TCTTTAAAAAAACCTTAAAACGCTTAAAAA	5	34	1
AACCTTAAAACGCTTAAAAAACTATCGCTT	5	44	1
TTACTATTTAATCTTTAAAAA         	5	86	1
AAATTTGCTAAACTTCAAAATTAAGAAAAG	6	11	0
 CATGGTTACTTCCTTAAAATTTGCTAAAC	6	28	0
CTCCTAAAATAGCATTAAAAATAATAAAAA	8	16	1
AGCATTAAAAATAATAAAAACTTTCTTATT	8	26	1
TTATAACCACCATTTTAAAATAATTCACCA	8	54	1
ATACCTATCGCTCTTTAAAAAACTCTTTAT	8	96	0
          **********
MAP Score: 28.0985

Motif 2
AGCTAAACTAAAAACAAGTTAAAAAGTTATCAAGT	0	16	0
GGACAAAACCAAAACCCCGTTTTTATCCAGTTTTT	0	69	1
CCTTTTAACAAAAAGAGATTTCTAGTTTGTTGCAA	1	17	1
TGCAATTAAGATAAAAATACAAAAAGCTAAAGCAT	1	47	1
ACAAAAAGCTAAAGCATTCTTAAAAAATTAGTGTA	1	65	1
TAGTGTAACCAAAAGATGCTAATAAGTGGCCCATG	1	93	1
GACTTTGTTAAAAAAATTATGATAGCATAGCAAAG	1	152	0
ATTTAAACTTAAAATTATAGCATAAGTCATAATAA	1	218	0
ATGGTATAATATAAGAATTTGAAAAAAGAAATATG	3	24	1
TATGCTAACAAAAAAACACTGAAAATTAGGTAATA	3	55	1
CTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCATACTGGT	3	96	0
TATTTCTTGCAAAACATTATCCACATCCACCAAAA	4	13	1
AAAGGGGCGAAAAAATAGCCCAACAAGCATTTTTT	4	67	0
AAAGAACGCTAAAAACTTCTTTTAAAATA      	5	4	0
AGCGTTCTTTAAAAAAACCTTAAAACGCTTAAAAA	5	29	1
ATTAAATAGTAAAAGAGCTTGATCAAGCGATAGTT	5	63	0
ATGAACTCCTAAAATAGCATTAAAAATAATAAAAA	8	11	1
ATTAAAAATAATAAAAACTTTCTTATTATAACCAC	8	29	1
TCGCTCTTTAAAAAACTCTTTATTAGATTATTTAG	8	84	0
          **** *   * ****
MAP Score: 9.84963