AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons033_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246913
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0219	127	H. pylori predicted coding region HP0219
#1	HP0220	173	synthesis of [Fe-S] cluster (nifS)
#2	HP0221	21	nifU-like protein
#3	HP0222	146	H. pylori predicted coding region HP0222
#4	HP0223	100	ATP-dependent protease (sms)
#5	HP0551	263	ribosomal protein L31 (rpl31)
#6	HP0552	24	conserved hypothetical protein
#7	HP0885	167	virulence factor mviN protein (mviN)
#8	HP1010	300	polyphosphate kinase (ppk)
#9	HP1011	36	dihydroorotate dehydrogenase (pyrD)
#10	HP1015	111	H. pylori predicted coding region HP1015
#11	HP1017	97	amino acid permease (rocE)
#12	HP1018	47	H. pylori predicted coding region HP1018
#13	HP1020	21	conserved hypothetical protein
#14	HP1460	147	DNA polymerase III alpha-subunit (dnaE)

Motif 1
AAAAAAAATATTTTTAACCAACAGCTTAGGG	7	107	1
CAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCA	8	78	1
AACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTTAA	8	269	1
CAACAAGCATTTTTTAATGAATTGCAACTCT	10	51	0
TTTTAAGGTTTTTTTAAAGAACGCTAAAAAC	11	23	0
AGAATAATCATTTTTAATGATTAAATAGCTA	0	96	1
          TTTTTAAAGATTAAATAGTAA	11	86	0
AAGCGATAGTTTTTTAAGCGTTTTAAGGTTT	11	43	0
TATCATAATTTTTTTAACAAAGTCAAATTTT	5	163	1
CGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGA	8	211	1
AGTTTAGCAAATTTTAAGGAAGTAACCATG 	12	27	1
TTACACTAATTTTTTAAGAATGCTTTAGCTT	5	70	0
AATATGCTATTTTTGAAGCGATTTGCGATGA	3	109	1
CGCTAAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGG	8	13	1
TAAAAATATTTTTTTTAGCATACTGGTTGTA	7	92	0
AAACTTCATTTTTTGAATAAAACTTCATTTA	8	45	0
ATACATCTTAATTTGAAGCATGGTATTAGAA	0	69	1
CGCTTAAAATTTTTTTAGCGTTT        	8	2	0
ATCTTTTATGATTTGAACGATAACCC     	9	5	0
         TATTTTAAAAGAAGTTTTTAGC	11	1	1
TAATATAAGAATTTGAAAAAAGAAATATGCT	7	30	1
ATTAAGATGTATTTTTATGATCATGCTACAA	0	50	0
TAATAAAGAGTTTTTTAAAGAGCGATAGGTA	14	94	1
          TTTTTAATCCTTAAATGGTAT	7	0	1
AAATATCTTGTATTTAATCATAATTTAGACT	1	108	1
GTGGAGGCCTTTTTTGAGCGAAGCGCTAATA	3	22	1
GTTTTTATTATTTTTAATGCTATTTTAGGAG	14	16	0
          ******* ***
MAP Score: 36.1981

Motif 2
TATTACCTAATTTTCAGTGTTTTTTTGTTAGCATA	7	55	0
TTTTTAAGCGTTTTAAGGTTTTTTTAAAGAACGCT	11	29	0
AGCCCTTTTTTTTTGAAATCGTTTTGCGTTCTCTT	0	14	1
TAAGATGAATTTTTGAAAACATTTTGAGAAATGCG	1	54	0
ACTTGATAACTTTTTAACTTGTTTTTAGTTTAGCT	4	16	1
CATGGGCCACTTATTAGCATCTTTTGGTTACACTA	5	93	0
TTTTTATTATTTTTAATGCTATTTTAGGAGTTCAT	14	11	0
CAAAACCCCGTTTTTATCCAGTTTTTATCTGT   	4	78	1
AATATGCTATTTTTGAAGCGATTTGCGATGATGAT	3	109	1
TTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAAAACT	8	71	0
       TATTTTAAAAGAAGTTTTTAGCGTTCTT	11	3	1
TCCTCAAAAATTTTACATAGATTTTCTTATCTAAG	1	137	0
TACACTAATTTTTTAAGAATGCTTTAGCTTTTTGT	5	65	0
GCTAAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGGTTAAA	8	14	1
GTTGGGCTATTTTTTCGCCCCTTTGTGTGGGGCTA	10	78	1
AAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCATACT	7	99	0
AAAAAACTCTTTATTAGATTATTTAGTGGTGAATT	14	75	0
ATGCTTCAAATTAAGATGTATTTTTATGATCATGC	0	55	0
TTATTATGACTTATGCTATAATTTTAAGTTTAAAT	5	218	1
GATTTTTGGCTTTTTACGGGATTTG          	7	152	1
TTTATTTAACTTTAGAGTGGTTTTAATTTATTATG	5	191	1
ATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTTTGGTGTGA	8	261	0
ATGGTGGTTATAATAAGAAAGTTTTTATTATTTTT	14	32	0
TCTCTTTTTGTTAAAAGGAAATTTA          	5	0	0
          **** **    ****
MAP Score: 26.8346

Motif 3
CGCTGCTTTTATGCTAATATGCTATTTTTG	3	94	1
AACTAAAAACAAGTTAAAAAGTTATCAAGT	4	16	0
TCGTAAAGCTAAACTAAAAACAAGTTAAAA	4	27	0
TGTTGCAATTAAGATAAAAATACAAAAAGC	5	44	1
AAGCTAAAGCATTCTTAAAAAATTAGTGTA	5	70	1
TAACCAAAAGATGCTAATAAGTGGCCCATG	5	98	1
AAAAAGAAATATGCTAACAAAAAAACACTG	7	46	1
TAACAAAAAAACACTGAAAATTAGGTAATA	7	60	1
TACAACCAGTATGCTAAAAAAAATATTTTT	7	92	1
        AAACGCTAAAAAAATTTTAAGC	8	2	1
TTTTTAAAGAACGCTAAAAACTTCTTTTAA	11	14	0
AAACCTTAAAACGCTTAAAAAACTATCGCT	11	43	1
ACCACTAAATAATCTAATAAAGAGTTTTTT	14	80	1
          **********
MAP Score: 8.77043

Motif 4
AAGATGTATTTTTATGATCATGCTACAATA	0	48	0
TGGTATTAGAATAATCATTTTTAATGATTA	0	89	1
ATAATCATTTTTAATGATTAAATAGCTATT	0	99	1
CTAAGTCTAAATTATGATTAAATACAAGAT	1	112	0
TTGTTTTTAGTTTAGCTTTACGAGTTTTGC	4	34	1
AAAAACGGGGTTTTGGTTTTGTCCTATAAG	4	63	0
TTAAGAATGCTTTAGCTTTTTGTATTTTTA	5	58	0
TGGGCCACTTATTAGCATCTTTTGGTTACA	5	96	0
ATTATACCATTTAAGGATTAAAAA      	7	4	0
GATTTTATGCTCTAGGATTTTTGGCTTTTT	7	137	1
TAAGCGATCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTT	8	27	1
TAAAAAAGCTTCAATGATTATCATTTCATT	8	225	1
ATCCTTATCTTTTATGATTTGAACGATAAC	9	12	0
ATCATAAAAGATAAGGATTTAA        	9	24	1
GTGGATGTGGATAATGTTTTGCAAGAAATA	10	13	0
GAATTGCAACTCTTTGTTTTGGTGGATGTG	10	34	0
AAATAGCCCAACAAGCATTTTTTAATGAAT	10	60	0
TTTAAGCGTTTTAAGGTTTTTTTAAAGAAC	11	32	0
CTTTTACTATTTAATCTTTAAAAA      	11	83	1
TAAGAAAGTTTTTATTATTTTTAATGCTAT	14	24	0
          **********
MAP Score: 1.71072

Motif 5
CTCTTATTGTAGCATGATCATAAAAATACATCTTAA	0	44	1
CGCATTTCTCAAAATGTTTTCAAAAATTCATCTTAT	1	54	1
TTATTTTAAGTTAAAATTAAGAAAATATCTTGTATT	1	86	1
TTGTATTTTTATCTTAATTGCAACAAACTAGAAATC	5	33	0
CTATGCTATCATAATTTTTTTAACAAAGTCAAATTT	5	157	1
TAATTTTAAGTTTAAATTTAAAAATAAAGGATACTT	5	236	1
ATGGTATAATATAAGAATTTGAAAAAAGAAATATGC	7	24	1
AATAAATACAACCAGTATGCTAAAAAAAATATTTTT	7	86	1
GGTTAAATGAAGTTTTATTCAAAAAATGAAGTTTTA	8	42	1
TTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCA	8	73	1
TACTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGA	8	206	1
ATCCTTATCTTTTATGATTTGAACGATAACCC    	9	6	0
GAACTCCTAAAATAGCATTAAAAATAATAAAAACTT	14	13	1
TCTTATTATAACCACCATTTTAAAATAATTCACCAC	14	49	1
TAATCTAATAAAGAGTTTTTTAAAGAGCGATAGGTA	14	89	1
          *  *  ***  *****
MAP Score: 0.175764