AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons034_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246925 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0506 203 conserved hypothetical secreted protein #1 HP0510 21 dihydrodipicolinate reductase (dapB) #2 HP0820 173 H. pylori predicted coding region HP0820 #3 HP1010 300 polyphosphate kinase (ppk) #4 HP1011 36 dihydroorotate dehydrogenase (pyrD) #5 HP1050 53 homoserine kinase (thrB) #6 HP1051 72 H. pylori predicted coding region HP1051 #7 HP1054 63 H. pylori predicted coding region HP1054 #8 HP1057 148 H. pylori predicted coding region HP1057 #9 HP1190 61 histidyl-tRNA synthetase (hisS) #10 HP1228 150 invasion protein (invA) Motif 1 TTTTATCTCGTCTTATAGCGTTGGGTATTT 0 35 0 CTGGCCTTGTTTTTATAGCTTTATGAAGCG 0 100 0 ACGATACAAGTTTAAAGCCTGGCCTTGTTT 0 118 0 ATCGTTTTTCTTTAATGGCTTATGTTATAC 0 143 1 GCAGTTGTTTAATGCCTTCAATCAAAT 0 186 0 TTTTAAGGCTGATTTAAAAA 2 0 1 TGTTTGAAGTTTTTTTAGCGGGTTTTTCAT 2 77 1 ATGGAGGGGCTTTATAACCGCAAGCTTGAA 2 110 1 CGCTTAAAATTTTTTTAGCGTTT 3 3 0 TTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTA 3 76 0 ATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTCATGGTCGG 3 210 0 ACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTTAA 3 270 1 AACATGATGATTTAAAGGATTTCTA 3 285 1 ACCCTTTCATTTTTAAAACTAGCATTATAC 5 11 0 ATTTTAAACCCCTATTGTTGA 5 42 0 AGCGCTTATCTCTTTAGGCGAGGGGGTCTT 6 45 1 AACGCTAAAATTTTAAACCTTAACTCCAAG 7 18 0 AATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAA 9 11 1 CCCTCTCCGTTTTAATAGCGTTATTTGGGC 10 11 1 TGAAACTCATTTTAATAGCGCCCAAATAAC 10 30 0 AATTTTTGATTTTAATGGCATTCTTAAAGC 10 74 1 TTAATGGCATTCTTAAAGCTAGTATACACT 10 85 1 ********** MAP Score: 24.0164 Motif 2 CAATGATACGGATTGATTAAAAAGAAAATACC 0 5 1 TTAAAGAAAAACGATACAAGTTTAAAGCCTGGCCTTG 0 121 0 ACTAATAAAATACAGATTTGATTGAAGGCATTAAACA 0 171 1 TTTTAAGGCTGATTTAAAAATTCTGGCG 2 1 1 GCATAGAAGAATTAGAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAGC 2 59 1 CATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTTAGC 3 14 0 TTAGGGTTAAATGAAGTTTTATTCAAAAAATGAAGTT 3 38 1 GAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAA 3 69 1 CTCCGCAATCAAAAAGGGAGATTGTAGCGCGAGTTTG 3 107 0 CGCTACTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAAT 3 203 1 AAATCCTTTAAATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGT 3 270 0 TGTATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGG 5 3 1 AAAGGGTATCAACAATAGGGGTTTAAAAT 5 34 1 GGCTTGATCTTGGAGTTAAGGTTTAAAATTTTAGCGT 7 10 1 GCATGACTTTATTAGGGTGGGTAAAAATTTTACTCCA 8 45 1 TAAAATAATTAAAATGACCGGTTAAAATGGAGTAAAA 8 72 0 CCAAATCCCTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCA 8 116 0 TTTGTATGCTAAAATTTTAGCTTAAAATCTTTAAAAA 9 20 0 TTGGGCGCTATTAAAATGAGTTTCAAGCCCTTTTTTC 10 35 1 CCCTTTTTTCTTAATTTTTGATTTTAATGGCATTCTT 10 62 1 GGTATTATAGTGTATACTAGCTTTAAGAATGCCATTA 10 86 0 * *** * ** *** MAP Score: 19.3822 Motif 3 GCGCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCCA 0 99 1 AAACAAGGCCAGGCTTTAAACTTGTATCGT 0 118 1 ATTTGATTGAAGGCATTAAACAACTGC 0 186 1 ACCACGCCAGAATTTTTAAATCAGCCTTAA 2 12 0 CCCGCTAAAAAAACTTCAAACAGCTCTAAT 2 69 0 TTATTGCTACAAGCGCTAAAAAGCATGTTA 2 143 1 AAACGCTAAAAAAATTTTAA 3 0 1 AGCGATCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTTTA 3 29 1 TACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAA 3 76 1 TGTATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGG 5 10 1 CTAAAGAGATAAGCGCTAAATCCAATTCCA 6 32 0 TCTTGGAGTTAAGGTTTAAAATTTTAGCGT 7 17 1 TTAAAACGACTAACGCTAAAATTTTAAACC 7 29 0 TAAAAATCCTAAGTGTTAAATATAGTGGCA 8 10 1 AATCGCCAAATCCCTTGAAT 8 138 0 TTTAGCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTAT 9 12 0 TCAAACAAGAAAGAGCTAAAATAAAGACCT 10 130 1 ********** MAP Score: 13.0381 Motif 4 AAACGCTAAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGG 3 10 1 AGGGTGGGTAAAAATTTTACTCCATTTTAACCGG 8 58 1 AGGGTTAAATGAAGTTTTATTCAAAAAATGAAGT 3 40 1 TAATTGAAAGAAACTTTTAACAAACAATTCAAGG 8 112 1 ATTTTAAGCTAAAATTTTAGCATACAAATACAAG 9 29 1 TTCAAAAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTT 3 59 1 CTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGA 3 208 1 TTTTAGCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG 9 9 0 TTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCA 3 75 1 CACCACGCCAGAATTTTTAAATCAGCCTTAAAA 2 9 0 GACTAACGCTAAAATTTTAAACCTTAACTCCAAG 7 18 0 GACGAGATAAAACCATTTATGAGAAACCACCATG 0 53 1 TTTAGCGCTTATCTCTTTAGGCGAGGGGGTCTTG 6 42 1 *** ***** * * MAP Score: 11.4555 Motif 5 TTTTATCTCGTCTTATAGCGTTGGGTATTT 0 35 0 CTGGCCTTGTTTTTATAGCTTTATGAAGCG 0 100 0 GATTTAAAGCAAGGAAAGCGC 1 1 1 TTTTAAGGCTGATTTAAAAA 2 0 1 CTGATTTAAAAATTCTGGCGTGGTGCTGTT 2 18 1 TGCATAGAAGAATTAGAGCTGTTTGAAGTT 2 58 1 TGTTTGAAGTTTTTTTAGCGGGTTTTTCAT 2 77 1 TCTTAACATGCTTTTTAGCGCTTGTAGCAA 2 146 0 CGCTTAAAATTTTTTTAGCGTTT 3 3 0 CGCTAAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGG 3 13 1 TTTTAAGCGATCTTTTAGGGTTAAATGAAG 3 24 1 CAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGC 3 78 1 AACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTTA 3 269 1 AGCGCTTATCTCTTTAGGCGAGGGGGTCTT 6 45 1 TAAGGTTTAAAATTTTAGCGTTAGTCGTTT 7 26 1 TAGTCGTTTTAATTTTAGGGGGTTAT 7 47 1 GTAGCATGACTTTATTAGGGTGGGTAAAAA 8 42 1 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTA 9 10 1 TGTATGCTAAAATTTTAGCTTAAAATCTTT 9 25 0 CCCTCTCCGTTTTAATAGCGTTATTTGGGC 10 11 1 TTAATAGCGTTATTTGGGCGCTATTAAAAT 10 22 1 AGGTCTTTATTTTAGCTCTTTCTTGTT 10 133 0 ********** MAP Score: 9.49723 Motif 6 TTTTAAGGCTGATTTAAAAATTCTGGCGTG 2 9 1 AAATGAAGTTTTATTCAAAAAATGAAGTTTT 3 46 1 AAAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTA 3 63 1 TGCTTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTG 3 78 0 TCATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTCATGGTCG 3 211 0 TTAAATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTT 3 269 0 GTATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGGTA 5 11 1 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTA 9 9 1 ** ******** MAP Score: 7.50784 Motif 7 TGGGTATTTTCTTTTTAATCAATCCGTATCA 0 13 0 CAAAAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTT 3 61 1 ACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGC 3 77 1 TACAATCTCCCTTTTTGATTGCGGAGTATGG 3 118 1 CCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATG 3 210 1 GTATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGGTA 5 11 1 TAGCGTTAGTCGTTTTAATTTTAGGGGGTTA 7 41 1 TTTAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTATA 8 83 1 ACCCTCTCCGTTTTAATAGCGTTATTTGG 10 8 1 GCTTGAAACTCATTTTAATAGCGCCCAAATA 10 32 0 CTTAATTTTTGATTTTAATGGCATTCTTAAA 10 71 1 ACTATAATACCATCTTAATCAAACAAGAAAG 10 112 1 ********* * MAP Score: 3.77803 Motif 8 GGTTTCTCATAAATGGTTTTATCTCGTCTTAT 0 49 0 ACGCGCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCCA 0 97 1 CATTGAATGGAGGGGCTTTATAACCGCAAGCT 2 104 1 TAGGGTTAAATGAAGTTTTATTCAAAAAATGA 3 39 1 ATTCAAAAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTT 3 58 1 TTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTA 3 73 1 TGATAATCATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTCAT 3 216 0 TTTTTAAACATGATGATTTAAAGGATTTCTA 3 279 1 GTATCAACAATAGGGGTTTAAAAT 5 39 1 TCCTGAATTAGGGTTTATTTTTTGGAATT 6 7 1 GATCTTGGAGTTAAGGTTTAAAATTTTAGCGT 7 15 1 TATTTAACACTTAGGATTTTTA 8 0 0 AGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTT 9 14 1 * *** ****** MAP Score: 3.60123 Motif 9 ACGGATTGATTAAAAAGAAAATACCCAACGCT 0 17 1 TTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCCAGGCTTT 0 103 1 GCTTATGTTATACTAATAAAATACAGATTTGA 0 160 1 GGAGGGGCTTTATAACCGCAAGCTTGAATGGT 2 112 1 CTTGAATGGTTATTGCTACAAGCGCTAAAAAG 2 134 1 AAACTTCATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAA 3 25 0 AATGAAGTTTTATTCAAAAAATGAAGTTTTAC 3 47 1 AAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAA 3 64 1 TCATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTCATGGTCGG 3 210 0 ATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGGTATCAACA 5 16 1 CCCCCTCGCCTAAAGAGATAAGCGCTAAATCC 6 39 0 TTTCTTTCAATTATACTAAAATAATTAAAATG 8 93 0 AAAGAAACTTTTAACAAACAATTCAAGGGATT 8 118 1 TTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTTTAGCATAC 9 22 1 AATTTTAGCATACAAATACAAGGAAATGGA 9 41 1 AAATCAAAAATTAAGAAAAAAGGGCTTGAAAC 10 54 0 AATACCATCTTAATCAAACAAGAAAGAGCTAA 10 117 1 **** * ***** MAP Score: 2.56706 Motif 10 CATAAAGCTATAAAAACAAGGCCAGGCTTT 0 105 1 ACATAAGCCATTAAAGAAAAACGATACAAG 0 138 0 GTTATACTAATAAAATACAGATTTGATTGA 0 166 1 GTTTAATGCCTTCAATCAAATCTGTATTTT 0 177 0 AGCCCCTCCATTCAATGAAAAACCCGCTAA 2 91 0 TCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTTTATTCAA 3 34 1 GTTTTATTCAAAAAATGAAGTTTTACAAAA 3 53 1 AATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAA 3 66 1 GGTGTGATTATATAATGAAATGATAATCAT 3 238 0 AATGACCGGTTAAAATGGAGTAAAATTTTT 8 67 0 AGCATACAAATACAAGGAAATGGA 9 47 1 AGAATGCCATTAAAATCAAAAATTAAGAAA 10 68 0 AAGAAAGAGCTAAAATAAAGACCT 10 136 1 ********** MAP Score: 2.19312