AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons034_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246937 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0497 228 sodium- and chloride-dependent transporter #1 HP0500 57 DNA polymerase III beta-subunit (dnaN) #2 HP0502 45 H. pylori predicted coding region HP0502 #3 HP0503 88 H. pylori predicted coding region HP0503 #4 HP0505 140 H. pylori predicted coding region HP0505 #5 HP0506 203 conserved hypothetical secreted protein #6 HP0510 21 dihydrodipicolinate reductase (dapB) #7 HP0813 132 conserved hypothetical protein #8 HP0818 68 osmoprotection protein (proWX) #9 HP0820 173 H. pylori predicted coding region HP0820 #10 HP1010 300 polyphosphate kinase (ppk) #11 HP1011 36 dihydroorotate dehydrogenase (pyrD) #12 HP1050 53 homoserine kinase (thrB) #13 HP1051 72 H. pylori predicted coding region HP1051 #14 HP1054 63 H. pylori predicted coding region HP1054 #15 HP1057 148 H. pylori predicted coding region HP1057 #16 HP1190 61 histidyl-tRNA synthetase (hisS) #17 HP1227 73 cytochrome c553 #18 HP1228 150 invasion protein (invA) Motif 1 GCTAAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGGTTAAA 10 14 1 TTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTTTAGCATACA 16 20 1 TTCATTTTAAGCAAAACTTAAACTTGTAA 17 4 1 ATTTTAAACCCCTATTGTTGATACCC 12 37 0 AATTGTATCATTTTAAGATCATTTTGATAAGTAGA 17 37 1 GCCTTTAGCATTTTAAAACCCCTTTATCCAAATAA 8 32 1 TTCAAACTAGTTTTAAAAAGTCATTATTATTGAAA 7 94 0 CCCTTTCATTTTTAAAACTAGCATTATACA 12 5 0 TTTTACTCCATTTTAACCGGTCATTTTAATTATTT 15 72 1 TTTTAAGGCTGATTTAAAAATTCTG 9 0 1 GTTTGAAGTTTTTTTAGCGGGTTTTTCATTGAATG 9 78 1 TTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAAAACT 10 71 0 AATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTTTGGTGTG 10 262 0 TTTTAGGTATTTTTAAAGTGGGTTTTTTCTTAAAT 0 100 1 TGAAAGAAACTTTTAACAAACAATTCAAGGGATTT 15 116 1 TTAAAATGAGTTTCAAGCCCTTTTTTCTTAATTTT 18 45 1 AACGCTAAAATTTTAAACCTTAACTCCAAGATCAA 14 13 0 CTAAAAAGCATGTTAAGATCAGTTT 9 158 1 TCTTTAAAGATTTTAAAAACTAATACAGCAATAGT 0 142 1 CGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGATTAT 10 211 1 ACGATACAAGTTTAAAGCCTGGCCTTGTTTTTATA 5 113 0 TATTGTATAATTTTAAGAAAATTTCATTATTTAAG 0 22 0 AACTCTTTTTTGTAAAACTTCATTTTTTGAATAAA 10 55 0 CTTAACATGCTTTTTAGCGCTTGTAGCAATAACCA 9 140 0 GCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG 16 3 0 AAAAGCGTTCTTTTANGCTATAATTAAGACCAAAA 1 10 1 AACATGATGATTTAAAGGATTTCTA 10 285 1 ******** ** MAP Score: 32.291 Motif 2 CTAAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGGTTAA 10 15 1 TTTGAAGTTTTTTTAGCGGGTTTTTCATTGAAT 9 79 1 TAAAACTAGTTTGAAGGGAGTTTGGAGT 7 114 1 TTAACATGCTTTTTAGCGCTTGTAGCAATAACC 9 141 0 AGGTTTAAAATTTTAGCGTTAGTCGTTTTAATT 14 28 1 AAAAGGGAGATTGTAGCGCGAGTTTGCTTAGTT 10 100 0 TTATAGCTTTATGAAGCGCGTTTTATTGATGCA 5 85 0 TAACAAACAATTCAAGGGATTTGGCGATT 15 129 1 ACTTATTTGGATAAAGGGGTTTTAAAATGCTAA 8 36 0 TTATCTCGTCTTATAGCGTTGGGTATTTTCTTT 5 30 0 CCAACAATAATAGAAGCGCTATTCTAGTCAAAA 7 38 1 ATGATAATCATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTCAT 10 216 0 TAGCGCAAAAATAAGGCGATTTTGACTAGAATA 7 57 0 TAAAATGAGTTTCAAGCCCTTTTTTCTTAATTT 18 46 1 CGCTTATCTCTTTAGGCGAGGGGGTCTTGCTCG 13 47 1 GATTTAAAAATTCTGGCGTGGTGCTGTTGGTGG 9 20 1 CTCTCCGTTTTAATAGCGTTATTTGGGCGCTAT 18 13 1 TTTTAAGGCTGATTTAAAAATTCT 9 1 1 AATATCATTTTTTAGGGGCTAATGATAAAGTAA 4 94 1 TCGTTTTAATTTTAGGGGGTTAT 14 50 1 ATGATTAAAATTAAAGAGCGATGTCCTTAATCG 0 181 0 TTGGAATTGGATTTAGCGCTTATCTCTTTAGGC 13 31 1 GCAATAACCATTCAAGCTTGCGGTTATAAAGCC 9 117 0 GCTCTGTATTTTTTAGGTATTTTTAAAGTGGGT 0 90 1 AATGGCATTCTTAAAGCTAGTATACACTATAAT 18 87 1 CACTCAATTCATAAAGAGTTTTTACTTTATCAT 4 115 0 AAAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG 16 1 0 AGCATGACTTTATTAGGGTGGGTAAAAATTTTA 15 44 1 ** ***** * ** MAP Score: 25.6582 Motif 3 ATTTTAAGAAAATTTCATTATTTAAGTAAGGGGAA 0 13 0 GGTATTTTTAAAGTGGGTTTTTTCTTAAATCTTAA 0 105 1 AAAAGCGTTCTTTTANGCTATAATT 1 0 1 CCAAAAATTCAAGGGGATTATTTTAACT 1 39 1 CTTTAATAATAAACGCTTTAGTTAATCCTAAAAGA 3 24 1 AAAGATGAAAAATATCATTTTTTAGGGGCTAATGA 4 84 1 GATAAAGTAAAAACTCTTTATGAATTGAGTGAA 4 117 1 TAGCTTTATGAAGCGCGTTTTATTGATGCATGGTG 5 80 0 TTCTAGTCAAAATCGCCTTATTTTTGCGCTATGAT 7 59 1 CTAGTTTTAAAAAGTCATTATTATTGAAAATCATA 7 88 0 TTAAAATGCTAAAGGCATTCTTTAATGTTGGTTGC 8 13 0 TTATTTGGATAAAGGGGTTTTAAAATGCTAAAGGC 8 32 0 TTTTTTGTAAAACTTCATTTTTTGAATAAAACTTC 10 50 0 TGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAAAACTTCATT 10 66 0 CTCGCGCTACAATCTCCCTTTTTGATTGCGGAGTA 10 111 1 CACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGATT 10 262 1 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAA 16 1 1 GTATCATTTTAAGATCATTTTGATAAGTAGAGGAG 17 41 1 TCTCCGTTTTAATAGCGTTATTTGGGCGCTATTAA 18 14 1 AAAGGGCTTGAAACTCATTTTAATAGCGCCCAAAT 18 33 0 TTTTGATTTTAATGGCATTCTTAAAGCTAGTATAC 18 77 1 ** ** ** *** * MAP Score: 23.9142 Motif 4 TGAAATTTTCTTAAAATTATACAATATGTAA 0 31 1 GAGTTAAGGTTTAAAATTTTAGCGTTAGTCG 14 22 1 TTAGGGTGGGTAAAAATTTTACTCCATTTTA 15 56 1 TAAAGGGGTTTTAAAATGCTAAAGGCATTCT 8 27 0 CAAAATGATCTTAAAATGATACAATTACAAG 17 32 0 TTGTCAATGATTAAAATTAAAGAGCGATGTC 0 189 0 AGATTTTAAGCTAAAATTTTAGCATACAAAT 16 27 1 AGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATT 16 14 1 TTAAGATCTTTAAAGATTTTAAAAACTAATA 0 136 1 ATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGGTATCAAC 12 16 1 TAAGCAAAACTTAAACTTGTAATTGTATCAT 17 17 1 AGGCCAGGCTTTAAACTTGTATCGTTTTTCT 5 123 1 AAGGCTGATTTAAAAATTCTGGCGTGGTGCT 9 14 1 ATAACCCCCTAAAATTAAAACGACTAACG 14 44 0 TCTTGTTTGATTAAGATGGTATTATAGTGTA 18 109 0 TAATTAAGACCAAAAATTCAAGGGGATTATT 1 30 1 TTTAAAGATCTTAAGATTTAAGAAAAAACCC 0 119 0 AAACGCTAAAAAAATTTTAAGCGATCTTT 10 8 1 ATTAGCCCCTAAAAAATGATATTTTTCATCT 4 86 0 TAAAAATCCTAAGTGTTAAAT 15 0 1 AAATGACCGGTTAAAATGGAGTAAAATTTTT 15 67 0 AAGAATGCCATTAAAATCAAAAATTAAGAAA 18 68 0 ******** ** MAP Score: 23.7972 Motif 5 TTTAATGGCATTCTTAAAGCTAGTATACAC 18 84 1 TACCCTTTCATTTTTAAAACTAGCATTATA 12 12 0 TAATAATGACTTTTTAAAACTAGTTTGAAG 7 100 1 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTA 16 10 1 CGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATG 10 211 1 TGCCTTTAGCATTTTAAAACCCCTTTATCC 8 31 1 CAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGC 10 78 1 AACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTTA 10 269 1 TAACGCTAAAATTTTAAACCTTAACTCCAA 14 19 0 ATTTTAAACCCCTATTGTTG 12 43 0 CACGCCAGAATTTTTAAATCAGCCTTAAAA 9 10 0 TTTTTAGGTATTTTTAAAGTGGGTTTTTTC 0 99 1 AGTGGGTTTTTTCTTAAATCTTAAGATCTT 0 116 1 GCTGTATTAGTTTTTAAAATCTTTAAAGAT 0 141 0 TAATGAAATTTTCTTAAAATTATACAATAT 0 28 1 TAAAACGCGCTTCATAAAGCTATAAAAACA 5 93 1 AAAGCGTTTATTATTAAAGCATCACACTTG 3 13 0 TATCAAAATGATCTTAAAATGATACAATTA 17 36 0 TTCACTCAATTCATAAAGAGTTTTTACTT 4 121 0 AAAACTCTTTTTTGTAAAACTTCATTTTTT 10 62 0 ********** MAP Score: 22.7173 Motif 6 ATTTCATTATTTAAGTAAGGGGAATTA 0 1 0 TAACTATAGTATAATCTAAGGGCGTTGCTCTGTATT 0 64 1 ATTAAGACCAAAAATTCAAGGGGATTATTTTAACT 1 32 1 ATCCTAAAAGAGAAAATTATGGCATTAGCCAAGATG 3 48 1 TTTTTAAAACTAGTTTGAAGGGAGTTTGGAGT 7 110 1 AGGGGTTTTAAAATGCTAAAGGCATTCTTTAATGTT 8 19 0 CAAACTTATTTGGATAAAGGGGTTTTAAAATGCTAA 8 36 0 GGTTTTTCATTGAATGGAGGGGCTTTATAACCGCAA 9 97 1 TTTAAACATGATGATTTAAAGGATTTCTA 10 281 1 GTTCAAATCATAAAAGATAAGGATTTAA 11 18 1 GCTAGTTTTAAAAATGAAAGGGTATCAACAATAGGG 12 18 1 TGAAAGGGTATCAACAATAGGGGTTTAAAAT 12 32 1 GTTAGTCGTTTTAATTTTAGGGGGTTAT 14 45 1 TCCTAAGTGTTAAATATAGTGGCATTGTAGCATGAC 15 16 1 CTTTTAACAAACAATTCAAGGGATTTGGCGATT 15 125 1 TCTTAATTTTTGATTTTAATGGCATTCTTAAAGCTA 18 70 1 * ** ***** ** MAP Score: 20.1874 Motif 7 CCCTTACTTAAATAATGAAATTTTCTTAAAATTA 0 16 1 ATAGCGCAAAAATAAGGCGATTTTGACTAGAATA 7 57 0 GATTTTCAATAATAATGACTTTTTAAAACTAGTT 7 91 1 TGTATAATGCTAGTTTTAAAAATGAA 12 2 1 TTTAGGTATTTTTAAAGTGGGTTTTTTCTTAAAT 0 101 1 TTGAAGTTTTTTTAGCGGGTTTTTCATTGAATGG 9 80 1 TCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTTTATTCAAAAAA 10 34 1 TTAGCCCCTAAAAAATGATATTTTTCATCTTTTA 4 82 0 GTTTTATTCAAAAAATGAAGTTTTACAAAAAAGA 10 53 1 GAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAAC 10 69 1 AATGATAATCATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTCAT 10 216 0 TAAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGGTTAAAT 10 16 1 AAAAGCGTTCTTTTANGCTATAAT 1 0 1 TCACTCAATTCATAAAGAGTTTTTACTTTATCAT 4 115 0 AACTTATTTGGATAAAGGGGTTTTAAAATGCTAA 8 36 0 AACATGATGATTTAAAGGATTTCTA 10 285 1 AATTTTTGATTTTAATGGCATTCTTAAAGCTAGT 18 74 1 TTTATAGCTTTATGAAGCGCGTTTTATTGATGCA 5 85 0 TTAAAACTAGTTTGAAGGGAGTTTGGAGT 7 113 1 AAAGGCATTCTTTAATGTTGGTTGCAGG 8 4 0 TCTCCGTTTTAATAGCGTTATTTGGGCGCTATTA 18 14 1 GCATAGAAGAATTAGAGCTGTTTGAAGTTTTTTT 9 59 1 TTTTAAGGCTGATTTAAAAATTCTG 9 1 1 AAAGGGAGATTGTAGCGCGAGTTTGCTTAGTTGT 10 98 0 TCCTGAATTAGGGTTTATTTTTTGGAATTG 13 6 1 ***** * **** MAP Score: 19.002 Motif 8 AGGTATTTTTAAAGTGGGTTTTTTCTTAAATCTT 0 104 1 CAACTATTGCTGTATTAGTTTTTAAAATCTTTAA 0 145 0 TTAATCATTGACAAGGAGTTTGGTAGTTAAGA 0 206 1 TTAGGATTAACTAAAGCGTTTATTATTAAAGCAT 3 21 0 CACTCAATTCATAAAGAGTTTTTACTTTATCATT 4 114 0 ATAGCTTTATGAAGCGCGTTTTATTGATGCATGG 5 82 0 ATTTTCAATAATAATGACTTTTTAAAACTAGTTT 7 92 1 ATGACTTTTTAAAACTAGTTTGAAGGGAGTTTGG 7 105 1 AAACTAGTTTGAAGGGAGTTTGGAGT 7 116 1 CTTATTTGGATAAAGGGGTTTTAAAATGCTAAAG 8 34 0 TGGTGCTGTTGGTGGGCGTTTGCATAGAAGAATT 9 38 1 AAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACT 10 70 1 GGGAGATTGTAGCGCGAGTTTGCTTAGTTGTTGT 10 95 0 CCGCAATCAAAAAGGGAGATTGTAGCGCGAGTTT 10 108 0 GGTGGGTGAGGTCGTGGGTTTGAATCCCGCTACT 10 176 1 CGCTACTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTC 10 203 1 TGTATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGG 12 5 1 GGGTATCAACAATAGGGGTTTAAAAT 12 37 1 AAATTTTAGCGTTAGTCGTTTTAATTTTAGGGGG 14 35 1 GGGCGCTATTAAAATGAGTTTCAAGCCCTTTTTT 18 37 1 * ** ****** * MAP Score: 8.01608