AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons035_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246964
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0399	120	ribosomal protein S1 (rps1)
#1	HP0866	40	transcription elongation factor GreA (greA)
#2	HP0869	58	hydrogenase expression/formation protein (hypA)
#3	HP0870	207	flagellar hook (flgE)
#4	HP1010	300	polyphosphate kinase (ppk)
#5	HP1011	36	dihydroorotate dehydrogenase (pyrD)
#6	HP1040	140	ribosomal protein S15 (rps15)
#7	HP1215	35	H. pylori predicted coding region HP1215
#8	HP1217	48	H. pylori predicted coding region HP1217
#9	HP1218	119	glycinamide ribonucleotide synthetase (purD)

Motif 1
TACAATACCCTTAAGGATTTTATATTTATTT	0	83	1
ATAACGCTTTTTAAAGGTTATCGCTCAAGCT	3	27	0
ATGATAATCATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTC	4	218	0
AGGGGCTAATTTAAAGATTAAGGTTTAGT  	2	39	1
       AGGTTAAAGTTTAAGACAAACCAA	8	3	1
ACATGATGATTTAAAGGATTTCTA       	4	286	1
GTTGCGGATTTTAAAGTTTTGTTAATCAAAA	3	106	0
TATCATACGCTTAAACTTTATATTATAATAA	6	58	0
TTTCTTTAAATTAAAGGATAACC        	3	194	1
ATCATAAAAGATAAGGATTTAA         	5	24	1
TTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCCAA	0	45	1
TTAGGGTTAAATGAAGTTTTATTCAAAAAAT	4	38	1
TATTCAAAAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAG	4	57	1
AAAAGATCGCTTAAAATTTTTTTAGCGTTT 	4	9	0
ACCTACCAGATTAAGGCATTGATTTTAGATT	6	10	0
GGTTTGTCTTTTTAGGCTTATTATAATATAA	6	41	1
ATAGCGTAAAATAAGCTTTTTTGTATCATAC	6	81	0
    CACATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAA	0	6	1
TAAGCGATCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTTT	4	27	1
CTTTTATGATTTGAACGATAACCC       	5	3	0
          ****** ****
MAP Score: 17.4591

Motif 2
ATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAATGTG     	0	5	0
TTACAAAATCGTTTAAAAACTAACAATTAGCGGTTTTTTTA	0	30	0
CCCTATTATATTGTATTAGAGTAATCTTTTAGC        	2	2	0
TAAACCTTAATCTTTAAATTAGCCCCTATTATATTGTATTA	2	25	0
CCCATAACGCTTTTTAAAGGTTATCGCTCAAGCTTAAGAAT	3	20	0
GTCGATCTTTTTGATTAACAAAACTTTAAAATCCGCAACCA	3	98	1
CAACCAATCATTCTAAAAAGCTATTTAGGAACAACTTTTGC	3	133	1
AGATTGAATTTCTTTAAATTAAAGGATAACC          	3	186	1
AAACTCTTTTTTGTAAAACTTCATTTTTTGAATAAAACTTC	4	50	0
CAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCAAACTCGCGCT	4	78	1
ATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTCATGGTCGGAGTAGCGGGAT	4	199	0
TTTGGTGTGATTATATAATGAAATGATAATCATTGAAGCTT	4	230	0
AACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTTAAAGGATTTCTA	4	269	1
ATCGTTCAAATCATAAAAGATAAGGATTTAA          	5	15	1
CTTTTTAGGCTTATTATAATATAAAGTTTAAGCGTATGATA	6	48	1
ACAAAAAAGCTTATTTTACGCTATAATGCGAACTTTATTAA	6	88	1
AATGCGAACTTTATTAAATTACCAATTAGGAGGTCGTT   	6	112	1
          TTTTTAAATCTGCCCCTAAGAAAATCCTCCT	9	0	1
GTCATCTGGGTTTAAAAACAACCACATTGCAGGAAAGAC  	9	90	1
          ** *****    *   *   *
MAP Score: 16.5285

Motif 3
GAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTAATTGTTAGTT	0	18	1
AACCTTAATCTTTAAATTAGCCCCTATTATATTGTA	2	28	0
TAACAAAACTTTAAAATCCGCAACCAATCATTCTAA	3	113	1
CAACCAATCATTCTAAAAAGCTATTTAGGAACAACT	3	133	1
ACTTCATTTTTTGAATAAAACTTCATTTAACCCTAA	4	38	0
AAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCAAACTCG	4	79	1
AGTAGCGGGATTCAAACCCACGACCTCACCCACCCC	4	174	0
ACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGATTATCAT	4	213	1
AAACTTTATATTATAATAAGCCTAAAAAGACAAACC	6	41	0
GCATTATAGCGTAAAATAAGCTTTTTTGTATCATAC	6	81	0
        TTTTTAAATCTGCCCCTAAGAAAATCCT	9	2	1
TTATGCGCATGTAAAAGTAGCGGTCATCTGGGTTTA	9	68	1
TCATCTGGGTTTAAAAACAACCACATTGCAGGAAAG	9	91	1
          ** ***  ***  * *
MAP Score: 13.7466

Motif 4
AACTAACAATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAA	0	23	0
AAACCGCTAATTGTTAGTTTTTAAACGATTT	0	35	1
AAAGCGTTATGGGGTGGTGTTGCAAAACCCC	3	48	1
CATAAGAAAATAGGGGGTTTTGCAACACCAC	3	61	0
GAATGATTGGTTGCGGATTTTAAAGTTTTGT	3	115	0
CGAGTTTGCTTAGTTGTTGTTTAAAAACTCT	4	84	0
GGAGATTGTAGCGCGAGTTTGCTTAGTTGTT	4	97	0
GTGGGTGAGGTCGTGGGTTTGAATCCCGCTA	4	177	1
AAAATCAGTTTGTTTGGTGTGATTATATAAT	4	252	0
CTTAATCTGGTAGGTGGTTTGTCTTTTTAGG	6	26	1
          AGGCGGGTTTTAGCAACGACT	7	0	1
GCAACGACTTTGGCTATTTTTCC        	7	22	1
CAAGACAAACTCTTTGGTTTGTCTTAAACTT	8	16	0
AGAGTTTGTCTTGTTTGTTTTTGA       	8	34	1
AGCCTTATTAGTGTAGGTTTGTTGAACTTAT	9	41	1
TCCTGCAATGTGGTTGTTTTTAAACCCAGAT	9	93	0
          * *********
MAP Score: 12.0621

Motif 5
TTGTAAGCCAAAAAAGGATACAATACCCTTAAGGA	0	65	1
ATCTCTACTGAATAAGCTTAGGAGATTAA      	1	21	1
        GCTAAAAGATTACTCTAATACAATATA	2	2	1
AGGGGCTAATTTAAAGATTAAGGTTTAGT      	2	39	1
 AAACGCTAAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGG	4	9	1
TAAGCGATCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTTTATTC	4	27	1
TGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGATTATCATTTC	4	217	1
GGTTTGTCTTTTTAGGCTTATTATAATATAAAGTT	6	41	1
TTATTATAATATAAAGTTTAAGCGTATGATACAAA	6	58	1
GTATGATACAAAAAAGCTTATTTTACGCTATAATG	6	81	1
       AGGTTAAAGTTTAAGACAAACCAAAGAG	8	3	1
          ****** ***    *
MAP Score: 3.56168

Motif 6
AAAACTAACAATTAGCGGTTTTTTTAAAGA	0	26	0
AATACAATATAATAGGGGCTAATTTAAAGA	2	26	1
TTTAAAAAGCGTTATGGGGTGGTGTTGCAA	3	43	1
TTCATAAGAAAATAGGGGGTTTTGCAACAC	3	64	0
TTGATTGCGGAGTATGGCGCAGCCTGATTA	4	132	1
GCGCAGCCTGATTAGCGCGCACCCTTGGGG	4	148	1
TCATGGTCGGAGTAGCGGGATTCAAACCCA	4	190	0
GCCTTAATCTGGTAGGTGGTTTGTCTTTTT	6	24	1
TAAATTACCAATTAGGAGGTCGTT      	6	126	1
CGCATGTAAAAGTAGCGGTCATCTGGGTTT	9	73	1
          **********
MAP Score: 3.37473