AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons035_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246980 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0399 120 ribosomal protein S1 (rps1) #1 HP0403 80 phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit (pheS) #2 HP0866 40 transcription elongation factor GreA (greA) #3 HP0869 58 hydrogenase expression/formation protein (hypA) #4 HP0870 207 flagellar hook (flgE) #5 HP0871 300 CDP-diglyceride hydrolase (cdh) #6 HP1010 300 polyphosphate kinase (ppk) #7 HP1011 36 dihydroorotate dehydrogenase (pyrD) #8 HP1040 140 ribosomal protein S15 (rps15) #9 HP1215 35 H. pylori predicted coding region HP1215 #10 HP1217 48 H. pylori predicted coding region HP1217 #11 HP1218 119 glycinamide ribonucleotide synthetase (purD) Motif 1 TGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAA 1 50 1 TCAAAAATCTCTTTTTAAAAATAGGTTACTA 5 157 1 CCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATG 6 210 1 CCCCATAACGCTTTTTAAAGGTTATCGCTCA 4 31 0 ACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGC 6 77 1 CTAATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAG 0 41 1 ATTCTTTTAGCTTTTTTAATGTTATCAATTT 5 106 1 AAACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTTA 6 268 1 TTAAAAAGAGATTTTTGAATACTAACTAGAA 5 144 0 TTTGGTCGATCTTTTTGATTAACAAAACTTT 4 94 1 AATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAA 0 16 0 AGCTATTTAATTTTTTAAAAAATTCTTTTAG 5 85 1 TACAATCTCCCTTTTTGATTGCGGAGTATGG 6 118 1 TAAAACTTCATTTTTTGAATAAAACTTCATT 6 47 0 TTTGCTCCTTGTTTTTAATGAGAGTTTTTGC 5 275 0 CAATGTGGTTGTTTTTAAACCCAGATGACCG 11 88 0 CACATTTTGAAAATTTTCTTTAA 0 2 1 TTTAATGAGAGTTTTTGCAAACCCTCTTGTT 5 262 0 ********* * MAP Score: 28.1858 Motif 2 CACATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCG 0 4 1 AGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTT 1 29 1 TGGGGTGGTGTTGCAAAACCCCCTATTTTCTTATGAA 4 57 1 TCTTTTTGATTAACAAAACTTTAAAATCCGCAACCAA 4 103 1 CAACCAATCATTCTAAAAAGCTATTTAGGAACAACTT 4 133 1 TTATAAAACGCTTTATTTTGACAAGTA 5 0 1 CTATTTAATTTTTTAAAAAATTCTTTTAGCTTTTTTA 5 87 1 GAATACTAACTAGAAAAAAATTAAATTGATAACATTA 5 122 0 TTCTAGTTAGTATTCAAAAATCTCTTTTTAAAAATAG 5 144 1 TAAAAATAGGTTACTAAAAGTTACTAATAAGTTAAAA 5 172 1 TCTACAATAGTGGTTAAAATCTTTAATCATTATGATT 5 220 0 ACAAGAGGGTTTGCAAAAACTCTCATTAAAAACAAGG 5 263 1 CCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTTAGCGTTT 6 7 0 CTTCATTTTTTGAATAAAACTTCATTTAACCCTAAAA 6 36 0 AAACTCTTTTTTGTAAAACTTCATTTTTTGAATAAAA 6 54 0 GCTTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAAAACT 6 71 0 ACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGATTATCATT 6 213 1 TAAATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTTTGGTGTG 6 262 0 AAGCGTATGATACAAAAAAGCTTATTTTACGCTATAA 8 77 1 * **** ** *** MAP Score: 24.5071 Motif 3 TAGGGGCTAATTTAAAGATTAAGGTTTAGT 3 38 1 ACATGATGATTTAAAGGATTTCTA 6 286 1 GCTAAAAGATTACTCTAATAC 3 1 1 TTTCTTTAAATTAAAGGATAACC 4 194 1 TCATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAATT 6 22 0 CCAATCATTCTAAAAAGCTATTTAGGAACA 4 136 1 ATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACT 1 47 0 CGTTCAAATCATAAAAGATAAGGATTTAA 7 17 1 AATCATAATGATTAAAGATTTTAACCACTA 5 220 1 TTTTGTTAATCAAAAAGATCGACCAAATTC 4 91 0 CGTATGATACAAAAAAGCTTATTTTACGCT 8 80 1 ATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGATTAT 6 216 1 TGATAACATTAAAAAAGCTAAAAGAATTTT 5 103 0 ATACAATACCCTTAAGGATTTTATATTTAT 0 82 1 AAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 1 66 1 GGTTGCGGATTTTAAAGTTTTGTTAATCAA 4 108 0 ATAACGCTTTTTAAAGGTTATCGCTCAAGC 4 28 0 TTGTAAGCCAAAAAAGGATACAATACCCTT 0 65 1 AAATAGGTTACTAAAAGTTACTAATAAGTT 5 175 1 TTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATT 1 15 1 CTTATTATAATATAAAGTTTAAGCGTATGA 8 57 1 AACCTACACTAATAAGGCTAGGAGGATTTT 11 30 0 AAAGAATTTTTTAAAAAATTAAATAGCTTG 5 83 0 TAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAA 6 75 0 ACAAAATCGTTTAAAAACTAACAATTAGCG 0 39 0 AATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTTTG 6 267 0 AAAATCTCTTTTTAAAAATAGGTTACTAAA 5 160 1 AAACGCTAAAAAAATTTTAAGCGATC 6 6 1 TTGGTAATTTAATAAAGTTCGCATTATAGC 8 107 0 ATCGCTCAAGCTTAAGAATCTAACTCGCT 4 9 0 TCATTTTTTGAATAAAACTTCATTTAACCC 6 41 0 TACTAACTAGAAAAAAATTAAATTGATAAC 5 126 0 ********** MAP Score: 21.8092 Motif 4 TTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTA 1 15 1 GGTTGCGGATTTTAAAGTTTTGTTAATCAAA 4 107 0 TAGGGGCTAATTTAAAGATTAAGGTTTAGT 3 38 1 CATAACGCTTTTTAAAGGTTATCGCTCAAGC 4 28 0 TAAAAAATTCTTTTAGCTTTTTTAATGTTAT 5 100 1 CTTAAAATTTTTTTAGCGTTT 6 0 0 AATCCTTATCTTTTATGATTTGAACGATAAC 7 12 0 TTAAGCGATCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTT 6 26 1 TGGTTTGTCTTTTTAGGCTTATTATAATATA 8 40 1 GGTTAAAATCTTTAATCATTATGATTATTTT 5 215 0 ATACAATACCCTTAAGGATTTTATATTTATT 0 82 1 AACATGATGATTTAAAGGATTTCTA 6 285 1 ATGATAATCATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTC 6 218 0 GTGCAAGCTATTTAATTTTTTAAAAAATTCT 5 80 1 ATGTTATCAATTTAATTTTTTTCTAGTTAGT 5 124 1 TTATGATTATTTTAATGAATTTTAACTTATT 5 197 0 ATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCCA 0 44 1 GTATCATACGCTTAAACTTTATATTATAATA 8 59 0 TTTGGTTTGTCTTAAACTTTAACCT 10 4 0 CTTAAGGGTATTGTATCCTTTTTTGGCTTAC 0 67 0 GATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATA 1 55 0 ******* *** MAP Score: 21.4269 Motif 5 AACTAACAATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTT 0 19 0 AAACCGCTAATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTA 0 35 1 TACAATACCCTTAAGGATTTTATATTTATTTTATA 0 83 1 CCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTA 1 22 1 TAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATAT 1 44 1 CACCACCCCATAACGCTTTTTAAAGGTTATCGCTC 4 32 0 CATAAGAAAATAGGGGGTTTTGCAACACCACCCCA 4 57 0 GAATGATTGGTTGCGGATTTTAAAGTTTTGTTAAT 4 111 0 GTTGTTCCTAAATAGCTTTTTAGAATGATTGGTTG 4 133 0 CTTGTCAAAATAAAGCGTTTTATAA 5 0 0 TAGTGCAAGCTATTTAATTTTTTAAAAAATTCTTT 5 78 1 TAAAAAATTCTTTTAGCTTTTTTAATGTTATCAAT 5 100 1 CTATTTTTAAAAAGAGATTTTTGAATACTAACTAG 5 146 0 TTGTTTTTAATGAGAGTTTTTGCAAACCCTCTTGT 5 263 0 AAAAGATCGCTTAAAATTTTTTTAGCGTTT 6 5 0 AGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAA 6 71 1 TGATAATCATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTCATGGT 6 213 0 CACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGATT 6 262 1 GACCTCCTAATTGGTAATTTAATAAAGTTCGCATT 8 112 0 GCCTTATTAGTGTAGGTTTGTTGAACTTATGCGCA 11 42 1 * ** ***** ** MAP Score: 13.3483 Motif 6 ATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAATGTG 0 4 0 TTTTAAACGATTTTGTAAGCCAAAAAAGGATACAATACCCTT 0 53 1 ATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAA 1 16 0 TATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTTAATAAAA 1 38 0 CCCATAACGCTTTTTAAAGGTTATCGCTCAAGCTTAAGAATC 4 19 0 AAATAGGGGGTTTTGCAACACCACCCCATAACGCTTTTTAAA 4 43 0 TTGGTCGATCTTTTTGATTAACAAAACTTTAAAATCCGCAAC 4 95 1 CTAAATAGCTTTTTAGAATGATTGGTTGCGGATTTTAAAGTT 4 119 0 AGCTATTTAATTTTTTAAAAAATTCTTTTAGCTTTTTTAATG 5 85 1 TTCTTTTAGCTTTTTTAATGTTATCAATTTAATTTTTTTCTA 5 107 1 TCAATTTAATTTTTTTCTAGTTAGTATTCAAAAATCTCTTTT 5 130 1 TCAAAAATCTCTTTTTAAAAATAGGTTACTAAAAGTTACTAA 5 157 1 TTGCTCCTTGTTTTTAATGAGAGTTTTTGCAAACCCTCTTGT 5 263 0 AAACTTCATTTTTTGAATAAAACTTCATTTAACCCTAAAAGA 6 34 0 AAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAA 6 64 1 ATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTCATGGTCGGAGTAGCGGGATT 6 198 0 AACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTTAAAGGATTTCTA 6 269 1 TACGCTTAAACTTTATATTATAATAAGCCTAAAAAGACAAAC 8 42 0 TTTTTAAATCTGCCCCTAAGAAAATCCTCCTA 11 0 1 TGACCGCTACTTTTACATGCGCATAAGTTCAACAAACCTACA 11 52 0 **** ** * * ** MAP Score: 6.4225 Motif 7 ATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTAATTG 0 13 1 CTTAAGGATTTTATATTTATTTTATAGTAAGGCAG 0 92 1 CTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTAT 1 23 1 AAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAA 1 46 1 TGGTCGATCTTTTTGATTAACAAAACTTTAAAATC 4 96 1 TTTGCATAGATTGAATTTCTTTAAATTAAAGGATA 4 179 1 AGTGCAAGCTATTTAATTTTTTAAAAAATTCTTTT 5 79 1 AAAAAATTCTTTTAGCTTTTTTAATGTTATCAATT 5 101 1 GTATTCAAAAATCTCTTTTTAAAAATAGGTTACTA 5 153 1 TACTAATAAGTTAAAATTCATTAAAATAATCATAA 5 193 1 AACCCTCTTGTTATTTTTCTACAATAGTGGTTAAA 5 239 0 TACTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATG 6 206 1 AATGATTATCATTTCATTATATAATCACACCAAAC 6 237 1 GTTTGTCTTTTTAGGCTTATTATAATATAAAGTTT 8 42 1 AGACAAACTCTTTGGTTTGTCTTAAACTTTAACCT 10 10 0 ** *** * **** MAP Score: 1.32649 Motif 8 AATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCA 0 17 0 ATTTTATATTTATTTTATAGTAAGGCAGTC 0 99 1 TAATAGGGGCTAATTTAAAGATTAAGGTTT 3 35 1 TTGATTAACAAAACTTTAAAATCCGCAACC 4 108 1 GGTTATCCTTTAATTTAAAGAAATTCAATC 4 187 0 GCTAAAAGAATTTTTTAAAAAATTAAATAG 5 87 0 TTTAGTAACCTATTTTTAAAAAGAGATTTT 5 160 0 AAGTTACTAATAAGTTAAAATTCATTAAAA 5 189 1 TCATTATGATTATTTTAATGAATTTTAACT 5 201 0 AACGCTAAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTA 6 11 1 TCATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTCATGGTC 6 212 0 TTAAACATGATGATTTAAAGGATTTCTA 6 282 1 AGGCTTATTATAATATAAAGTTTAAGCGTA 8 54 1 ACAAAAAAGCTTATTTTACGCTATAATGCG 8 88 1 AGGTTAAAGTTTAAGACAAACCAAA 10 5 1 ********** MAP Score: 0.259423