AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons036_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247001
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0246	188	flagellar basal-body P-ring protein (flgI)
#1	HP0690	281	acetyl coenzyme A acetyltransferase (thiolase) (fadA)
#2	HP0698	187	H. pylori predicted coding region HP0698
#3	HP0699	39	H. pylori predicted coding region HP0699

Motif 1
TTCATACCTCAATTTAATTTGAAACTTTATAAAAAGCTAAT	0	16	1
AACTTTATAAAAAGCTAATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTT	0	38	1
TGCTATACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATTT	0	72	0
TTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACCTAATTGAG	0	123	0
          AATTCTATTAAAACCCTGAAACTAGGCAAAG	1	0	1
TGCTTAGAAAGAAATTTTTTAAAGCGTTAGAGAAACATGAG	1	43	1
TATATTGTGCAATAATCATTGAACGATAAGAATAATATTTT	1	127	1
GATCGCCCTCAATCCAAAACAAAACCTAAAATAAAATCCAA	1	185	1
TATGAATAATAAATCAACTTAAAGGCAAAGAC         	1	259	1
TAACTCAAGCAAATTTTCTTCAATCCTAACAAATTTGGCTG	2	74	1
ATTAAATCAAAAAAAAAGAAAAAAGCTTAAATTTTTTAATT	2	117	0
          **   *  *  ** * * * *
MAP Score: 15.3517

Motif 2
TTCATACCTCAATTTAATTTGAAACTTTATAAAAAGCTAA	0	16	1
TAAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCTTTTATTAGCTTTTT	0	46	0
AATTGAGCGTATTTTTATGCTATACTCAAAAATCTTATAA	0	90	0
AATTCTAATTATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTT	0	136	0
         AATTCTATTAAAACCCTGAAACTAGGCAAAG	1	1	1
GCTTAGAAAGAAATTTTTTAAAGCGTTAGAGAAACATGAG	1	44	1
TATCTGCTTGATTTTAGATCCCCACTCAAAGCTATATTGT	1	95	1
TTTCACAAAAATATTATTCTTATCGTTCAATGATTATTGC	1	135	0
ACAAAACCTAAAATAAAATCCAACCTGTTAGGGTGTCAAT	1	203	1
CTTTAAGTTGATTTATTATTCATAGTATCACTTTTAGGTG	1	243	0
AACTCAAGCAAATTTTCTTCAATCCTAACAAATTTGGCTG	2	75	1
AATCCTAACAAATTTGGCTGCAAATTAAAAAATTTAAGCT	2	95	1
TACTAGGTATAATTTTAATTCCACCTAACAAGGAAAAGCT	2	157	1
          *****      * ***   *
MAP Score: 11.1448

Motif 3
CAATTTAATTTGAAACTTTATAAAAAGCTAAT	0	25	1
TAATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATTT	0	53	1
AATCTTTGATTTAAAGTTTATAAGATTTTTGA	0	73	1
TCAATTAGGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCTT	0	124	1
AAGGCTTATGCTAAAATAATTAGAATTTAGGG	0	149	1
CTGCTTAGAAAGAAATTTTTTAAAGCGTTAGA	1	42	1
AAACATGAGCCTAAAGTGCATATCTGCTTGAT	1	75	1
TGTCAATCACCTAAAAGTGATACTATGAATAA	1	236	1
TAATTTGCAGCCAAATTTGTTAGGATTGAAGA	2	90	0
AGAAAAAAGCTTAAATTTTTTAATTTGCAGCC	2	110	0
          ***** ** ***
MAP Score: 6.98605

Motif 4
TTTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTCAAATTAAATTGAGGTATGAA	0	16	0
TAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATTTAAAGTTTATAAGATTT	0	56	1
TGATTTAAAGTTTATAAGATTTTTGAGTATAGCATAAAAATACGC	0	79	1
ACGCTCAATTAGGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCTTATGCTAAAA	0	120	1
TATTCCCTAAATTCTAATTATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAA	0	140	0
TTGAACGATAAGAATAATATTTTTGTGAAAAAAATAAACGGATCG	1	145	1
GGTGATTGACACCCTAACAGGTTGGATTTTATTTTAGGTTTTGTT	1	202	0
ATTTTCTTCAATCCTAACAAATTTGGCTGCAAATTAAAAAATTTA	2	86	1
          *   *** *  ***      *   *
MAP Score: 4.37418

Motif 5
TACCTCAATTTAATTTGAAACTTTATAAAAAGCTA	0	20	1
AATTTTAGCCTTTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTC	0	36	0
AATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATTTAAAG	0	54	1
ATACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAATCAAAGAT	0	74	0
TACGCTCAATTAGGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGC	0	119	1
CTAATTATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTT	0	137	0
CTTATGCTAAAATAATTAGAATTTAGGGAATAAGA	0	153	1
AGTCTTTGCCTAGTTTCAGGGTTTTAATAGAATT 	1	9	0
AAAGACTGCTTAGAAAGAAATTTTTTAAAGCGTTA	1	37	1
CATTGAACGATAAGAATAATATTTTTGTGAAAAAA	1	143	1
AATCCTTTTTATGAAAGAGGCTTTATGCCTCTTGG	2	18	1
ATTTGGCTGCAAATTAAAAAATTTAAGCTTTTTTC	2	106	1
          **  ** **  ****
MAP Score: 3.76256