AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons036_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247014
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0246	188	flagellar basal-body P-ring protein (flgI)
#1	HP0688	143	H. pylori predicted coding region HP0688
#2	HP0690	281	acetyl coenzyme A acetyltransferase (thiolase) (fadA)
#3	HP0695	300	hydantoin utilization protein A (hyuA)
#4	HP0698	187	H. pylori predicted coding region HP0698
#5	HP0699	39	H. pylori predicted coding region HP0699

Motif 1
TACGCTCAATTAGGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCTTATGCT	0	119	1
        GATTGCTCAATCCTTTTTATGAAAGAGGCTTTAT	4	2	1
AGTCTTTGCCTAGTTTCAGGGTTTTAATAGAATT        	2	2	0
TTGAGGGCGATCCGTTTATTTTTTTCACAAAAATATTATTCT	2	155	0
TTTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTCAAATTAAATTGAGGTAT	0	19	0
ACTTTAGAATTGAATTTCGCCTTTTGATTTAATATCAGTTTA	3	53	1
TTATAAACTTTAAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCTTTTATT	0	54	0
TTCTAATTTTTAGTTATATCGTTTTTAGATTAAAAGTCAGCA	1	38	1
TTAAGATGAATATCGGTAGCGTTTTGAATAAATTTGTTACTA	3	140	1
AATTTAAGCTTTTTTCTTTTTTTTTGATTTAATACTAGGTAT	4	125	1
TTTGAATAAATTTGTTACTACTTTTCACTTTATTACGCCAAA	3	162	1
AAACAACTTTGAAATAAATGATTTCCATTTAAAAATCAGCCT	3	218	1
      GTTCTATCACTATACTTTCAATAAAATAAGGGGTTT	5	4	1
TTGATTTAAAGTTTATAAGATTTTTGAGTATAGCATAAAAAT	0	78	1
          *   *  *   **** *   **
MAP Score: 17.855

Motif 2
TAGGTTTTGTTTTGGATTGAGGGCGATCCG	2	183	0
AATTTCGCCTTTTGATTTAATATCAGTTTA	3	65	1
TTTCTTTTTTTTTGATTTAATACTAGGTAT	4	137	1
AATTAAAATCTTTGATTTAAAGTTTATAAG	0	67	1
AATCGGCACTTTAGAATTGAATTTCGCCTT	3	46	1
GTGCTAAAAGCTTGGGTTGATTTAACTCAA	4	52	1
GCCAAATTTGTTAGGATTGAAGAAAATTTG	4	83	0
AGAAAATTTGCTTGAGTTAAATCAACCCAA	4	63	0
ATACGCTCAATTAGGTTTAAAGTTTTTATA	0	118	1
TTATATCGTTTTTAGATTAAAAGTCAGCAC	1	51	1
CATACCTCAATTTAATTTGAAACTTTATAA	0	18	1
TGCATATCTGCTTGATTTTAGATCCCCACT	2	91	1
GGTGCTTAGGCTGGGATTGAAAGGTTTTAC	3	12	0
 GTCTTTGCCTTTAAGTTGATTTATTATTC	2	262	0
GCTAAAATAATTAGAATTTAGGGAATAAGA	0	158	1
TCGGTAGCGTTTTGAATAAATTTGTTACTA	3	152	1
TACAAACAACTTTGAAATAAATGATTTCCA	3	215	1
  TTAGACTCCTTGTATTAAAGTGTTGCTC	3	282	0
TAATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGAT	0	53	1
CCCTAACAGGTTGGATTTTATTTTAGGTTT	2	206	0
          **********
MAP Score: 17.4355

Motif 3
TGAAACTTTATAAAAAGCTAATAAAAGGCT	0	35	1
AAAAAGCTAATAAAAGGCTAAAATTAAAAT	0	46	1
AAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATTTAAAG	0	59	1
AATCTTTGATTTAAAGTTTATAAGATTTTT	0	73	1
TCAATTAGGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGC	0	124	1
AAAGTTTTTATAAAAGGCTTATGCTAAAAT	0	136	1
          TCAAACCCTTTCTTATTCCC	0	178	0
ATGCTCCGCATTAAAGTTTTTCTAATTTTT	1	19	1
ACGATATAACTAAAAATTAGAAAAACTTTA	1	30	0
ACTTTTAATCTAAAAACGATATAACTAAAA	1	45	0
GTTTTTAGATTAAAAGTCAGCACTATAGCG	1	58	1
TGTTATATAATAAAAGCGAGACAAGAATGT	1	101	1
  AATTCTATTAAAACCCTGAAACTAGGCA	2	8	1
AAGAAATTTTTTAAAGCGTTAGAGAAACAT	2	51	1
AGATCCCCACTCAAAGCTATATTGTGCAAT	2	110	1
GTCAATCACCTAAAAGTGATACTATGAATA	2	237	1
ATAAATCAACTTAAAGGCAAAGAC      	2	267	1
       TAGTAAAACCTTTCAATCCCAGC	3	3	1
AAGAAAAATATTAAACTGATATTAAATCAA	3	76	0
GATTTCCATTTAAAAATCAGCCTTATACTT	3	237	1
ACTCCTTGTATTAAAGTGTTGCTCAAGGCA	3	276	0
GCCTCTTTCATAAAAAGGATTGAGCAATC 	4	9	0
CTCTTGGTGCTAAAAGCTTGGGTTGATTTA	4	46	1
TTAGGTGGAATTAAAATTATACCTAGTATT	4	155	0
          **********
MAP Score: 16.279

Motif 4
TACCTCAATTTAATTTGAAACTTTATAAAAAGCTAA	0	20	1
TCAAAGATTTTAATTTTAGCCTTTTATTAGCTTTTT	0	46	0
ATTAAAATCTTTGATTTAAAGTTTATAAGATTTTTG	0	68	1
TACGCTCAATTAGGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCT	0	119	1
CTAATTATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTT	0	136	0
TTCTAATTTTTAGTTATATCGTTTTTAGATTAAAAG	1	38	1
AGTCTTTGCCTAGTTTCAGGGTTTTAATAGAATT  	2	8	0
AAAGACTGCTTAGAAAGAAATTTTTTAAAGCGTTAG	2	37	1
ATTATTCTTATCGTTCAATGATTATTGCACAATATA	2	127	0
CATTGAACGATAAGAATAATATTTTTGTGAAAAAAA	2	143	1
TGATTTAATATCAGTTTAATATTTTTCTTCCTATAT	3	77	1
AAGTGAAAAGTAGTAACAAATTTATTCAAAACGCTA	3	156	0
        GATTGCTCAATCCTTTTTATGAAAGAGG	4	2	1
AAAAAGAAAAAAGCTTAAATTTTTTAATTTGCAGCC	4	110	0
GATTTAATACTAGGTATAATTTTAATTCCACCTAAC	4	150	1
          *** *  *   *****
MAP Score: 14.0158

Motif 5
CTAATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATTTAAAGTT	0	52	1
GTATTTTTATGCTATACTCAAAAATCTTATAAACTTTAA	0	83	0
AAATACGCTCAATTAGGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCT	0	116	1
TTTATAAAAGGCTTATGCTAAAATAATTAGAATTTAGGG	0	142	1
GGGTTTGAATGCTCCGCATTAAAGTTTTTCTAATTTTTA	1	11	1
GCACTATAGCGCTATAAGACTAATTGTTATATAATAAAA	1	77	1
GGCAAAGACTGCTTAGAAAGAAATTTTTTAAAGCGTTAG	2	34	1
ATCATTGAACGATAAGAATAATATTTTTGTGAAAAAAAT	2	141	1
TGGTGCTTAGGCTGGGATTGAAAGGTTTTACTA      	3	4	0
ATAAATATCATATAGGAAGAAAAATATTAAACTGATATT	3	83	0
ATTACAAACAACTTTGAAATAAATGATTTCCATTTAAAA	3	213	1
    TTAGACTCCTTGTATTAAAGTGTTGCTCAAGGCAA	3	275	0
GCATAAAGCCTCTTTCATAAAAAGGATTGAGCAATC   	4	7	0
GCTTTATGCCTCTTGGTGCTAAAAGCTTGGGTTGATTTA	4	37	1
AACAAATTTGGCTGCAAATTAAAAAATTTAAGCTTTTTT	4	101	1
          ***  *    ***   ***
MAP Score: 13.1295

Motif 6
TTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTCAAATTAAATTG	0	25	0
TATAAAAAGCTAATAAAAGGCTAAAATTAAAATCT	0	43	1
TACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATT	0	73	0
CATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACCTAATTGA	0	124	0
ATTTAGGGAATAAGAAAGGGTTTGA          	0	173	1
TAACTAAAAATTAGAAAAACTTTAATGCGGAGCAT	1	19	0
TAACAATTAGTCTTATAGCGCTATAGTGCTGACTT	1	71	0
     AATTCTATTAAAACCCTGAAACTAGGCAAA	2	5	1
GAAAGAAATTTTTTAAAGCGTTAGAGAAACATGAG	2	49	1
          TAGTAAAACCTTTCAATCCCAGCCT	3	0	1
AGACTCCTTGTATTAAAGTGTTGCTCAAGGCAACC	3	273	0
TGCCTCTTGGTGCTAAAAGCTTGGGTTGATTTAAC	4	43	1
          *  ***** ***  *
MAP Score: 11.9873

Motif 7
ATAAAAAGCTAATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGA	0	44	1
ACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATTTTAA	0	69	0
TTTTTATAAAAGGCTTATGCTAAAATAATTAGAATTTA	0	140	1
GCTGACTTTTAATCTAAAAACGATATAACTAAAAATTA	1	41	0
TAGCGCTATAAGACTAATTGTTATATAATAAAAGCGAG	1	83	1
    AATTCTATTAAAACCCTGAAACTAGGCAAAGACT	2	6	1
TAATCATTGAACGATAAGAATAATATTTTTGTGAAAAA	2	139	1
CCTCAATCCAAAACAAAACCTAAAATAAAATCCAACCT	2	191	1
GGGTGTCAATCACCTAAAAGTGATACTATGAATAATAA	2	233	1
TAGGAAGAAAAATATTAAACTGATATTAAATCAAAAGG	3	72	0
TCTTAAATTACCCAAAAATATCATATAAATATCATATA	3	108	0
TCCCTTATTACAAACAACTTTGAAATAAATGATTTCCA	3	207	1
TCAAAAAAAAAGAAAAAAGCTTAAATTTTTTAATTTGC	4	114	0
AATTAAAATTATACCTAGTATTAAATCAAAAAAAAAGA	4	139	0
          *  * **   * **** *
MAP Score: 11.6231

Motif 8
GAGATTCATACCTCAATTTAATTTGAAACTTTATAAAAAGCTAATAA	0	12	1
TTGAGCGTATTTTTATGCTATACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAAT	0	81	0
TTCCCTAAATTCTAATTATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTT	0	136	0
GCGCTATAGTGCTGACTTTTAATCTAAAAACGATATAACTAAAAATT	1	42	0
CTTGTCTCGCTTTTATTATATAACAATTAGTCTTATAGCGCTATAGT	1	79	0
CTATTAAAACCCTGAAACTAGGCAAAGACTGCTTAGAAAGAAATTTT	2	14	1
TGCACTTTAGGCTCATGTTTCTCTAACGCTTTAAAAAATTTCTTTCT	2	48	0
TGAGTGGGGATCTAAAATCAAGCAGATATGCACTTTAGGCTCATGTT	2	76	0
AACGGATCGCCCTCAATCCAAAACAAAACCTAAAATAAAATCCAACC	2	181	1
GTGTCAATCACCTAAAAGTGATACTATGAATAATAAATCAACTTAAA	2	235	1
TCAATCCCAGCCTAAGCACCATCAAATCGGCACTTTAGAATTGAATT	3	22	1
CCGATATTCATCTTAAATTACCCAAAAATATCATATAAATATCATAT	3	109	0
CCAAATTTTCCCTTATTACAAACAACTTTGAAATAAATGATTTCCAT	3	199	1
TAAAAATCAGCCTTATACTTCTAATAGGTTGCCTTGAGCAACACTTT	3	247	1
AGGCTTTATGCCTCTTGGTGCTAAAAGCTTGGGTTGATTTAACTCAA	4	35	1
          *** *   *   *  *       ** *
MAP Score: 6.20342

Motif 9
TATAAAAAGCTAATAAAAGGCTAAAATTAA	0	43	1
AAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATTTAA	0	57	1
TTTAAAGTTTTTATAAAAGGCTTATGCTAA	0	133	1
ATTTAGGGAATAAGAAAGGGTTTGA     	0	173	1
AATTGTTATATAATAAAAGCGAGACAAGAA	1	98	1
GAATGTTAAAAAATGAAAGGAGCGTGTA  	1	125	1
TTTGTGAAAAAAATAAACGGATCGCCCTCA	2	166	1
ACAAAACCTAAAATAAAATCCAACCTGTTA	2	203	1
ATAATAAATCAACTTAAAGGCAAAGAC   	2	264	1
AAATTTGGCGTAATAAAGTGAAAAGTAGTA	3	177	0
AGCAACACTTTAATACAAGGAGTCTAA   	3	283	1
TACTTTCAATAAAATAAGGGGTTTTTT   	5	22	1
          **********
MAP Score: 0.732958