AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons037_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944247034 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0230 107 CTP:CMP-3-deoxy-D-manno-octulosonate-cytidylyl-transferase (kdsB) #1 HP0349 259 CTP synthetase (pyrG) #2 HP0600 163 multidrug resistance protein (spaB) #3 HP0890 217 conserved hypothetical protein #4 HP1082 91 multidrug resistance protein (msbA) #5 HP1083 254 H. pylori predicted coding region HP1083 #6 HP1206 300 multidrug resistance protein (hetA) Motif 1 AATAATAAGAAATAAGCTTTTAATGGGTATAAT 0 45 1 ATTTTGGCTTAAAAAGGTTTAAAG 0 93 1 ACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA 1 2 0 ATTATACGCCAACGAATTTTAAAATTGCTCTTA 1 50 1 GTTTTAAGACAATGAAGTTTAAACACATAAAAG 1 86 1 AAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGTTTCTTATTA 1 143 0 GGCAAAAATTAAAGCGATTTCAAAAAAAAAAAA 1 165 0 AAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAA 1 192 0 CTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACT 2 78 0 TTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAA 2 99 1 GGCTATAATAAAGAAAATTTATACCAAATCTTA 2 136 1 TTTTTTACAAAAAACATTTTTAACACCAATTTT 3 25 0 AGTGAATATTAGAGGAATTTTAAAAATAATAAG 3 99 1 TGTTTTTATTAAGGGATTTTTAACGCTTTAATA 4 29 0 AAAACACTATAATACAAGTTTAATCAAATCCCA 4 56 1 AAAACGCCAAAAAGCATTTTTTAAGTTTGACAA 5 10 0 TTTAATAGCCAATACATCTTAAAGACTACAATT 5 222 0 AACTTCGCAAAATAACATTTCAACTGGAGCTGG 6 21 1 TCAATAATGTAATGAGTTTTGAGCTGTGTTAAG 6 254 0 ** *** *** ** MAP Score: 24.2633 Motif 2 GAACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA 1 2 0 ATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAG 1 200 0 TAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAAAATTAAAGCGA 1 181 0 AAGCTGTTTATTAAAGCGTTAAAAATCCCTTAATA 4 21 1 ATGGGCGAGAAAAAAGAAAGCCAAAAGGTGGCGGT 3 149 1 CCATTTTTTAAAAAAACGCCAAAAAGCATTTTTTA 5 20 0 GGGTTTGGTTATAAAACGGCACAAAAACCCTAATT 5 53 1 ATAAAATGAGATAAAGTAAATCAAAACTTAATCAA 5 87 0 CTATTTTGGCTTAAAAAGGTTTAAAG 0 91 1 AAGCGATTTCAAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGT 1 152 0 AAACCTAGCTAATAAGAAACTGAAATTGTTTTTTT 1 134 1 TGTATTGGCTATTAAAAGGAAAAAA 5 239 1 TAGACTACAATTTAAGAAGCAAAAATTAAAGGAAC 1 224 1 AACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTG 2 16 1 GACAATGAAGTTTAAACACATAAAAGCTTTTCATT 1 93 1 AAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAAAATGGGCTATA 2 108 1 TGTTTTTTACAAAAAACATTTTTAACACCAATTTT 3 25 0 AATTTAAGTGTCCATAAATTCTTTCAA 6 283 0 AATTGGGTTAATTAAAAGTAAATAAATAGCTTGAT 5 158 1 ****** * *** MAP Score: 20.7931 Motif 3 TTATACCCATTAAAAGCTTATTTCTTATTATT 0 45 0 CTATTTTGGCTTAAAAAGGTTTAAAG 0 91 1 TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGT 1 3 1 TTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAAAATTCGT 1 61 0 GTTTAAACACATAAAAGCTTTTCATTTTAATC 1 102 1 AGGGCAAAAATTAAAGCGATTTCAAAAAAAAA 1 168 0 TTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTT 1 193 1 GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAG 2 79 1 ATTTTCTTTATTATAGCCCATTTTCATGCTCC 2 122 0 AAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAA 3 25 1 TGAGTGAATATTAGAGGAATTTTAAAAATAAT 3 97 1 AATAAACAGCTTAAAGCGATTGG 4 1 0 AGTGTTTTTATTAAGGGATTTTTAACGCTTTA 4 32 0 TAAACTTGTATTATAGTGTTTTTATTAAGGGA 4 46 0 AAAAAACGCCAAAAAGCATTTTTTAAGTTTGA 5 13 0 ATGATGAAACTAAAAAAAATTTCGTTATAATC 5 120 1 AGACTTGGGATTATAGCAGTTTTATACTTGAC 6 136 1 CATTACATTATTGAAAGAATTTATGGACACTT 6 273 1 ******* *** MAP Score: 15.6206 Motif 4 CTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAGTTTAA 1 77 1 TAAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAA 2 89 0 CAAACCCATTTTTTAAAAAAACGCCAAAAAG 5 29 0 CTTTAAACCTTTTTAAGCCAAAATAGGGGAT 0 86 0 AAGCTTTTCATTTTAATCAAACCTAGCTAAT 1 116 1 CAAAAAACATTTTTAACACCAATTTTAATTA 3 20 0 ATTAGAGGAATTTTAAAAATAATAAGAGAGT 3 106 1 TTGGAATGTTTTTTACAAAAAACATTTTTAA 3 35 0 TATAATACAAGTTTAATCAAATCCCAAAGGT 4 63 1 CCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTTACAA 2 12 0 ATTAAAGCGATTTCAAAAAAAAAAAAAAACA 1 160 0 TTGTGCCGTTTTATAACCAAACCCATTTTTT 5 46 0 ATTACTTAATTTTTACTAATATATAGTTCTT 3 64 0 AGACAATGAAGTTTAAACACATAAAAGCTTT 1 92 1 AAAACGGATATTATACGCCAACGAATTTTAA 1 41 1 TTTTTAACCCTTTTTAGACTACAATTTAAGA 1 210 1 CTTTTAATGGGTATAATACCATAAAATCCCC 0 61 1 TTTTGAGCTGTGTTAAGCCAAATTGAGCTAG 6 240 0 GTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAAAAT 1 65 0 ****** **** MAP Score: 15.5751 Motif 5 TAAAACTCCTAAAGTTCAATAGC 0 3 1 ATACGCCAACGAATTTTAAAATTGCTCTTA 1 53 1 ATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAG 1 73 1 TTAAGACAATGAAGTTTAAACACATAAAAG 1 89 1 ATTAAAATGAAAAGCTTTTATGTGTTTAAA 1 103 0 TAGCTAATAAGAAACTGAAATTGTTTTTTT 1 139 1 AAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAA 1 193 0 TTTAAGAAGCAAAAATTAAAGGAACGCAAT 1 234 1 CTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTG 2 21 1 GTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGT 2 73 1 TTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAA 2 102 1 AATATTAGAGGAATTTTAAAAATAATAAGA 3 103 1 GAGAAAAAAGAAAGCCAAAAGGTGGCGGTT 3 155 1 GCTTTAATAAACAGCTTAAAGCGATTGG 4 8 0 AGGGATTTTTAACGCTTTAATAAACAGCTT 4 21 0 CCTTAATAAAAACACTATAATACAAGTTTA 4 48 1 AAGTTTAATCAAATCCCAAAGGTTAAGCAT 4 71 1 TTGTCAAACTTAAAAAATGCTTTT 5 4 1 TTTTTAAAAAAACGCCAAAAAGCATTTTTT 5 21 0 AAACGGCACAAAAACCCTAATTTGATTAAG 5 66 1 AAAGTAAATCAAAACTTAATCAAATTAGGG 5 80 0 ATTTTATGATGAAACTAAAAAAAATTTCGT 5 115 1 AATAGCCAATACATCTTAAAGACTACAATT 5 222 0 AGCTAAGCCAGCAACTAAAATAATCAAAGA 6 109 1 GATTATAGCTAAAATTTTAACCATGCTCTG 6 211 0 TTGGCTTAACACAGCTCAAAACTCATTACA 6 250 1 AGAATTTATGGACACTTAAATT 6 288 1 ********** MAP Score: 10.6085 Motif 6 TTTTGAAATCGCTTTAATTTTTGCCCTCTTT 1 173 1 CACATAAAAGCTTTTCATTTTAATCAAACCT 1 109 1 TTATTGCGTTCCTTTAATTTTTGCTTCTTAA 1 235 0 AACTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTTTGAAAT 1 151 1 CCACCTTTTGGCTTTCTTTTTTCTCGCCCAT 3 149 0 ATTTGATTAAGTTTTGATTTACTTTATCTCA 5 85 1 ATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAAT 2 86 1 TGATTATGCTTCTTTGTTTTTAGATCAGTTA 5 189 1 CAAAAAGCATTTTTTAAGTTTGACAA 5 5 0 TAACGAAATTTTTTTTAGTTTCATCATAAAA 5 116 0 GTATTATAGTGTTTTTATTAAGGGATTTTTA 4 40 0 TAATCCCAAGTCTTTGATTATTTTAGTTGCT 6 118 0 TATTTATTTACTTTTAATTAACCCAATTATT 5 155 0 TTTTTTCCTTTTAATAGCCAAT 5 242 0 TTTCATGCTCCTTTAAATTTTGCTTTTAAAA 2 102 0 TGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAACATTCC 3 33 1 AACCCAATTATTTTAGATTATAACGAAATTT 5 136 0 ***** ***** MAP Score: 9.25901 Motif 7 AACGAATTTTAAAATTGCTCTTAAAAGTTTTA 1 60 1 ATAAGAAACTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTTT 1 145 1 AAAGGAGCATGAAAATGGGCTATAATAAAGAA 2 119 1 CTCCTTAATTAAAATTGGTGTTAAAAATGTTT 3 15 1 AATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAAC 3 27 1 GTCAAACTTAAAAAATGCTTTTTGGCGTTTTT 5 12 1 CGTTTTTTTAAAAAATGGGTTTGGTTATAAAA 5 37 1 GAAACTAAAAAAAATTTCGTTATAATCTAAAA 5 125 1 ATAATCTAAAATAATTGGGTTAATTAAAAGTA 5 146 1 AGCATGGTTAAAATTTTAGCTATAATCTAGCT 6 214 1 ******* * ** MAP Score: 3.44073 Motif 8 ATTGTAAGGATTTAGGCTATTGAACTTTAG 0 18 0 AATAATAAGAAATAAGCTTTTAATGGGTAT 0 45 1 AATAAGCTTTTAATGGGTATAATACCATAA 0 55 1 TTTAAGCCAAAATAGGGGATTTTATGGTAT 0 76 0 ATTTTGGCTTAAAAAGGTTTAAAG 0 93 1 AACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA 1 6 0 TGAAAAGCTTTTATGTGTTTAAACTTCATT 1 96 0 TTTTTTTTTGAAATCGCTTTAATTTTTGCC 1 168 1 TTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTT 1 193 1 TTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTA 1 204 0 AAGTTATTGCGTTCCTTTAATTT 1 246 0 GCAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAA 2 22 0 TTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAA 2 80 1 GCAATAAGATTTGGTATAAATT 2 151 0 AATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAA 3 27 1 AACCGCCACCTTTTGGCTTTCTTTTTTCTC 3 155 0 CCAATCGCTTTAAGCTGTTTA 4 1 1 AAGCTGTTTATTAAAGCGTTAAAAATCCCT 4 21 1 TAGTGTTTTTATTAAGGGATTTTTAACGCT 4 35 0 AAACTTGTATTATAGTGTTTTTATTAAGGG 4 47 0 AAAAAATGCTTTTTGGCGTTTTTTTAAAAA 5 21 1 TTTTTTTAAAAAATGGGTTTGGTTATAAAA 5 39 1 ACTTAATCAAATTAGGGTTTTTGTGCCGTT 5 67 0 AATCTAAAATAATTGGGTTAATTAAAAGTA 5 148 1 CTTTAAGATGTATTGGCTATTAAAAGGAAA 5 231 1 CATACGAATAATTTAGCTTTCCGTCATCAT 6 178 0 ATCTAGCTCAATTTGGCTTAACACAGCTCA 6 238 1 ********** MAP Score: 0.434113 Motif 9 TACCCATTAAAAGCTTATTTCTTATTATTG 0 44 0 AAACCTTTTTAAGCCAAAATAGGGGATTTT 0 83 0 AGTTTCTTATTAGCTAGGTTTGATTAAAAT 1 125 0 AAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGTTTCTTA 1 146 0 ACAATTTAAGAAGCAAAAATTAAAGGAACG 1 230 1 TTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCA 2 98 1 TTCTTTATTATAGCCCATTTTCATGCTCCT 2 121 0 AGAAAAAAGAAAGCCAAAAGGTGGCGGTTA 3 156 1 TTTTATAACCAAACCCATTTTTTAAAAAAA 5 39 0 TACTTTTAATTAACCCAATTATTTTAGATT 5 148 0 TCTTTGTTTTTAGATCAGTTAAGAATTGTA 5 199 1 TTCCTTTTAATAGCCAATACATCTTAAAGA 5 230 0 GTTGCTGGCTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAG 6 94 0 TGATGACGGAAAGCTAAATTATTCGTATGG 6 179 1 AGCTAGATTATAGCTAAAATTTTAACCATG 6 216 0 AGCTATAATCTAGCTCAATTTGGCTTAACA 6 231 1 ********** MAP Score: 0.244269