AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons037_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247052
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0230	107	CTP:CMP-3-deoxy-D-manno-octulosonate-cytidylyl-transferase (kdsB)
#1	HP0349	259	CTP synthetase (pyrG)
#2	HP0600	163	multidrug resistance protein (spaB)
#3	HP0890	217	conserved hypothetical protein
#4	HP1082	91	multidrug resistance protein (msbA)
#5	HP1083	254	H. pylori predicted coding region HP1083
#6	HP1084	66	aspartate transcarbamoylase (pyrB)
#7	HP1206	300	multidrug resistance protein (hetA)

Motif 1
ACCCATTTTTTAAAAAAACGCCAAAAAGCATTTTTTA	5	20	0
AGAGCATGGTTAAAATTTTAGCTATAATCTAGCTCAA	7	212	1
TTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAAAATTAAAGCGAT	1	180	0
GAAGCAAAAATTAAAGGAACGCAATAACTT       	1	239	1
TCTCCTTAATTAAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTG	3	14	1
CAACGAATTTTAAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGAC	1	59	1
AATGGGCGAGAAAAAAGAAAGCCAAAAGGTGGCGGTT	3	148	1
TTAGCTAAAATAAAATCTATATTATAACTAAAAGGGG	6	34	1
ATTAAAGCGTTAAAAATCCCTTAATAAAAACACTATA	4	30	1
AAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAAAATGGGCTATAA	2	107	1
AGGGCAAAAATTAAAGCGATTTCAAAAAAAAAAAAAA	1	163	0
GGGTTTGGTTATAAAACGGCACAAAAACCCTAATTTG	5	53	1
TTAAGTGTCCATAAATTCTTTCAATAATGTAATGAGT	7	270	0
ATGAAACTAAAAAAAATTTCGTTATAATCTAAAATAA	5	123	1
TATATATTAGTAAAAATTAAGTAATATTGAGTGAATA	3	70	1
TTATTATTTTTAAAATTCCTCTAATATTCACTCAATA	3	94	0
GTTCAATAGCCTAAATCCTTACAATAATAAGAAATAA	0	23	1
TTCATTTTAATCAAACCTAGCTAATAAGAAACTGAAA	1	122	1
AAATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAG	1	200	0
TGAACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA         	1	1	0
   ATCTCACCAAAAACTTCGCAAAATAACATTTCAA	7	7	1
ATTGGGTTAATTAAAAGTAAATAAATAGCTTGATTAT	5	159	1
ATAAAGTAAATCAAAACTTAATCAAATTAGGGTTTTT	5	75	0
   TCCTTGCTAAAACCCATGCCATTTTTAGCTAAAA	6	7	1
TGTTTTTTGTAAAAAACATTCCAAGAACTATATATTA	3	42	1
TGCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTT	2	76	0
AAGATTTGGTATAAATTTTCTTTATTATAGCCCATTT	2	131	0
GATTTCAAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGTTTCTTA	1	146	0
GTTTAAACACATAAAAGCTTTTCATTTTAATCAAACC	1	102	1
          *****      * ****
MAP Score: 31.2128

Motif 2
GGTTTGGTTATAAAACGGCACAAAAACCCTAATT	5	54	1
          TAAAACTCCTAAAGTTCAATAGCC	0	0	1
AAGTCAAGTATAAAACTGCTATAATCCCAAGTCT	7	136	0
CATTTTTTAAAAAAACGCCAAAAAGCATTTTTTA	5	20	0
  ATCTCACCAAAAACTTCGCAAAATAACATTTC	7	8	1
CTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTGC	2	18	1
ACAATGAAGTTTAAACACATAAAAGCTTTTCATT	1	94	1
AATCCCTTAATAAAAACACTATAATACAAGTTTA	4	44	1
ATTAAAGCGTTAAAAATCCCTTAATAAAAACACT	4	30	1
TTAACTGATCTAAAAACAAAGAAGCATAATCAAG	5	187	0
TATTTTGGCTTAAAAAGGTTTAAAG         	0	92	1
TAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAA	1	192	0
TATATATTAGTAAAAATTAAGTAATATTGAGTGA	3	70	1
GTATTGGCTATTAAAAGGAAAAAA          	5	240	1
       TTGTCAAACTTAAAAAATGCTTTTTGG	5	3	1
TAACGCTTTAATAAACAGCTTAAAGCGATTGG  	4	8	0
AGCGATTTCAAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGT	1	152	0
CAATTTGGCTTAACACAGCTCAAAACTCATTACA	7	246	1
CATTTTATGATGAAACTAAAAAAAATTTCGTTAT	5	114	1
TAGAGGAATTTTAAAAATAATAAGAGAGTTGGCG	3	108	1
ATTGGGTTAATTAAAAGTAAATAAATAGCTTGAT	5	159	1
GTTTTTTGTAAAAAACATTCCAAGAACTATATAT	3	43	1
TTCATTTTAATCAAACCTAGCTAATAAGAAACTG	1	122	1
GTTTTTTACAAAAAACATTTTTAACACCAATTTT	3	25	0
AAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAGT	1	70	1
TAGTTTCATCATAAAATGAGATAAAGTAAATCAA	5	98	0
          ******  *  ***
MAP Score: 27.1412

Motif 3
TTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTTAATTTTTGCC	1	165	1
AAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAA	3	25	1
TAAGAGCAATTTTAAAATTCGTTGGCGTATAAT	1	50	0
CTTTTATGTGTTTAAACTTCATTGTCTTAAAAC	1	86	0
AGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAG	2	78	1
TTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTT	1	192	1
ATTATACCCATTAAAAGCTTATTTCTTATTATT	0	45	0
         CTTTAAACCTTTTTAAGCCAAAAT	0	93	0
        TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGT	1	2	1
CCAGCTCCAGTTGAAATGTTATTTTGCGAAGTT	7	21	0
TATTAAAGCGTTAAAAATCCCTTAATAAAAACA	4	29	1
TAATAAGAAACTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTT	1	143	1
CTTAACACAGCTCAAAACTCATTACATTATTGA	7	254	1
TTGTCAAACTTAAAAAATGCTTTTTGGCGTTTT	5	10	1
TTCATGCTCCTTTAAATTTTGCTTTTAAAACAA	2	99	0
TAAGATTTGGTATAAATTTTCTTTATTATAGCC	2	136	0
TATATTATAACTAAAAGGGGGTTTT        	6	51	1
TGGGATTTGATTAAACTTGTATTATAGTGTTTT	4	56	0
GGCGTTTTTTTAAAAAATGGGTTTGGTTATAAA	5	35	1
CTTATTATTTTTAAAATTCCTCTAATATTCACT	3	99	0
TAGTAGTTCATTCAAAACGGATATTATACGCCA	1	28	1
ACTTCATTGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTT	1	71	0
AATTGTAGTCTTTAAGATGTATTGGCTATTAAA	5	222	1
          ** *** *** **
MAP Score: 21.4202

Motif 4
GAACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA    	1	6	0
TATTATAACTAAAAGGGGGTTTT        	6	53	1
GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAA	2	79	1
AATAAACAGCTTAAAGCGATTGG        	4	2	0
AGGGCAAAAATTAAAGCGATTTCAAAAAAAA	1	169	0
ATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTA	1	204	0
TTTAAACACATAAAAGCTTTTCATTTTAATC	1	103	1
TAGTGTTTTTATTAAGGGATTTTTAACGCTT	4	34	0
GTTTTTTTAAAAAATGGGTTTGGTTATAAAA	5	38	1
TTTAAGCCAAAATAGGGGATTTTATGGTATT	0	75	0
TTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTT	1	193	1
AATAATAAGAAATAAGCTTTTAATGGGTATA	0	45	1
ATTTTGGCTTAAAAAGGTTTAAAG       	0	93	1
AAGCTGTTTATTAAAGCGTTAAAAATCCCTT	4	21	1
TCAAACTTAAAAAATGCTTTTTGGCGTTTTT	5	13	1
AATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAA	3	27	1
ACTTAATCAAATTAGGGTTTTTGTGCCGTTT	5	66	0
AAGGAGCATGAAAATGGGCTATAATAAAGAA	2	120	1
ATTGTAAGGATTTAGGCTATTGAACTTTAGG	0	17	0
TGGTTGGAACTATAATCGGTTAAAGTTTGAA	2	55	1
ATAATCTAAAATAATTGGGTTAATTAAAAGT	5	146	1
          ******** **
MAP Score: 20.9481