AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons038_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247078
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0122	186	H. pylori predicted coding region HP0122
#1	HP0123	39	threonyl-tRNA synthetase (thrS)
#2	HP0126	93	ribosomal protein L20 (rpl20)
#3	HP0243	205	neutrophil activating protein (napA) (bacterioferritin)
#4	HP0403	80	phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit (pheS)

Motif 1
CCTAAAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAAAG	2	71	1
TAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAAT	3	47	1
TATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACA	4	50	0
CCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG	3	185	1
GGGAAAGTCGTTTTAAAAACGCACCTAAAA	2	48	1
TTACTAAGCTTTTTAATAAGAGGGTGTATT	0	98	1
TATATTTTTGTTTTAAGAAACTTAATGATC	0	26	0
CGATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCCT	3	158	1
 ATTTTAAGGTTTGAAGAAAGGAAACATAA	1	9	1
AAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTAT	4	28	1
CAAAAAAATTTTTTATTAACTCTTTTGGTG	3	120	1
TTTATCAATATTTGACAAAAATAAGATCAA	3	93	1
GTTAGGTATTTTTGAATAGAAAGGGTGGTT	0	166	1
          **********
MAP Score: 24.4997

Motif 2
        AAAACTCCCTTAAAATGATCATTAAGTT	0	2	1
AATGATCATTAAGTTTCTTAAAACAAAAATATAACA	0	23	1
TTGTATTACTAAGCTTTTTAATAAGAGGGTGTATTC	0	93	1
GAAGAAAGGAAACATAAGTTTTAAAGA         	1	22	1
TTATTAAGGGAAAGTCGTTTTAAAAACGCACCTAAA	2	41	1
AAACGCACCTAAAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAAA	2	64	1
TTTTATAGTAAAACTCATTTTTAAGGGGGATAGTTA	3	16	0
AATCTTTTTAAAATTTTGTTTTATAGTAAAACTCAT	3	34	0
ATTTGACAAAAATAAGATCAAAAAAATTTTTTATTA	3	102	1
TCCTACACCAAAAGAGTTAATAAAAAATTTTTTTGA	3	119	0
GATAGCGATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCCTA	3	153	1
ATAAAAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTT	3	178	1
AAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAA	4	45	1
          **     **** ****
MAP Score: 6.93058

Motif 3
ATCATTAAGTTTCTTAAAACAAAAATATAA	0	27	1
ACACCCTCTTATTAAAAAGCTTAGTAATAC	0	95	0
AAATCATAAACCAAAAAGAATACACCCTCT	0	116	0
CGCCCATTATACAATAAAATCATAAACCAA	0	132	0
CTTTCTTCAAACCTTAAAAT          	1	0	0
          TCTTTAAAACTTATGTTTCC	1	29	0
GGGAAAGTCGTTTTAAAAACGCACCTAAAA	2	48	1
TTAAAAACGCACCTAAAAATATTTTAAAAA	2	60	1
ACCTAAAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAAA	2	70	1
ATAACTATCCCCCTTAAAAATGAGTTTTAC	3	15	1
AATGAGTTTTACTATAAAACAAAATTTTAA	3	33	1
TTATTTAATCTTTTTAAAATTTTGTTTTAT	3	46	0
CAAAAATAAGATCAAAAAAATTTTTTATTA	3	108	1
GCTATCCTACACCAAAAGAGTTAATAAAAA	3	129	0
GCTTTTATTTTCATAAAAACCTTGATCGCT	3	156	0
GCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTT	3	184	1
TAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAAAAA	4	13	0
ATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAA	4	25	0
TATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACA	4	50	0
          **********
MAP Score: 5.19337