AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons038_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247086
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0122	186	H. pylori predicted coding region HP0122
#1	HP0123	39	threonyl-tRNA synthetase (thrS)
#2	HP0126	93	ribosomal protein L20 (rpl20)
#3	HP0243	205	neutrophil activating protein (napA) (bacterioferritin)
#4	HP0246	188	flagellar basal-body P-ring protein (flgI)
#5	HP0403	80	phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit (pheS)

Motif 1
CGCACCTAAAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAAA	2	67	1
AAAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTT	3	181	1
ACTATAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAA	3	43	1
GTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAA	5	48	1
GCCTTTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTCAAATT	4	31	0
ATTAGGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCTTATGC	4	127	1
TGTATTACTAAGCTTTTTAATAAGAGGGTGTAT	0	94	1
AGATCAAAAAAATTTTTTATTAACTCTTTTGGT	3	116	1
GCTATACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAATCA	4	79	0
ATAGCGATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCC	3	154	1
TTAAGGGAAAGTCGTTTTAAAAACGCACCTAAA	2	44	1
AAGCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACC	5	30	0
     ATTTTAAGGTTTGAAGAAAGGAAACATA	1	5	1
AGTGGAGTTAATCCCCTTATTAAGGGAAAGTCG	2	25	1
ATGATCATTAAGTTTCTTAAAACAAAAATATAA	0	24	1
TATTTTTGTCAAATATTGATAAACCCCATTCAA	3	83	0
          *   *********
MAP Score: 26.8279

Motif 2
        AAAACTCCCTTAAAATGATCATTAA	0	2	1
AATGATCATTAAGTTTCTTAAAACAAAAATATA	0	23	1
TTCTTAAAACAAAAATATAACAATGATAGCATG	0	37	1
TTGTATTACTAAGCTTTTTAATAAGAGGGTGTA	0	93	1
GAAAGGAAACATAAGTTTTAAAGA         	1	25	1
ACGCACCTAAAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAA	2	66	1
TTGGATAACTATCCCCCTTAAAAATGAGTTTTA	3	11	1
AAAAATGAGTTTTACTATAAAACAAAATTTTAA	3	30	1
ACTATAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAA	3	43	1
ATTTTTGTCAAATATTGATAAACCCCATTCAAT	3	82	0
TGACAAAAATAAGATCAAAAAAATTTTTTATTA	3	105	1
TTAGGCTTTTATTTTCATAAAAACCTTGATCGC	3	157	0
TTATGAAAATAAAAGCCTAAAACAATTTTAAAA	3	170	1
AGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG 	3	183	1
ATTTAATTTGAAACTTTATAAAAAGCTAATAAA	4	27	1
CTATACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAATCAA	4	78	0
GATTTTTGAGTATAGCATAAAAATACGCTCAAT	4	96	1
AGCCTTTTATAAAAACTTTAAACCTAATTGAGC	4	122	0
TTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAAAA	5	14	0
GCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTT	5	28	0
AGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATA	5	47	1
          ** * * ******
MAP Score: 17.6517

Motif 3
ATTAAGTTTCTTAAAACAAAAATATAACAATGATAGCAT	0	30	1
CATTATACAATAAAATCATAAACCAAAAAGAATACACCC	0	119	0
GAAAGTCGTTTTAAAAACGCACCTAAAAATATTTTAAAA	2	50	1
TAAAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAAAGAA         	2	73	1
AGTTTTACTATAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAA	3	37	1
CAATATTTGACAAAAATAAGATCAAAAAAATTTTTTATT	3	98	1
TATCCTACACCAAAAGAGTTAATAAAAAATTTTTTTGAT	3	118	0
AAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCCTAAAACAATTTTAAA	3	163	1
AAAAAGCTAATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATTT	4	46	1
CAAAAATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATTTTAATTTT	4	65	0
TGAGCGTATTTTTATGCTATACTCAAAAATCTTATAAAC	4	88	0
ATTATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACCT	4	130	0
AAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAAAAAAGC        	5	2	0
TAAAAAGCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTT	5	28	0
TTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA   	5	54	1
          * ***     *   *****
MAP Score: 13.1354

Motif 4
ATCATTGTTATATTTTTGTTTTAAGAAACTTAATG	0	29	0
AAAAAGAATACACCCTCTTATTAAAAAGCTTAGTA	0	99	0
GGCGGTTAGTTAGGTATTTTTGAATAGAAAGGGTG	0	158	1
         ATTTTAAGGTTTGAAGAAAGGAAACA	1	1	1
GAAGAAAGGAAACATAAGTTTTAAAGA        	1	22	1
AAGTGGAGTTAATCCCCTTATTAAGGGAAAGTCGT	2	24	1
TTATTAAGGGAAAGTCGTTTTAAAAACGCACCTAA	2	41	1
CCTTTCTTTTTAAAATATTTTTAGGTGCGTTTTTA	2	61	0
TTTTATAGTAAAACTCATTTTTAAGGGGGATAGTT	3	17	0
AATCTTTTTAAAATTTTGTTTTATAGTAAAACTCA	3	35	0
AGAGTTAATAAAAAATTTTTTTGATCTTATTTTTG	3	108	0
GATAGCGATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCCT	3	153	1
GTCCTTTTTTTAAAATTGTTTTAGGCTTTTATTTT	3	175	0
TTTCAAATTAAATTGAGGTATGAATCTCCC     	4	5	0
AGCCTTTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTCAAATTA	4	30	0
CTAAAATTAAAATCTTTGATTTAAAGTTTATAAGA	4	63	1
TGCTATACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAATCAA	4	78	0
AAAATACGCTCAATTAGGTTTAAAGTTTTTATAAA	4	115	1
ATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACC	4	131	0
TTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATA	5	24	1
TAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATAT	5	44	1
          **     ********
MAP Score: 0.105651