AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons039_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247095
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0282	50	H. pylori predicted coding region HP0282
#1	HP0728	41	conserved hypothetical protein
#2	HP0730	91	H. pylori predicted coding region HP0730
#3	HP0733	119	H. pylori predicted coding region HP0733
#4	HP1038	128	3-dehydroquinase type II (aroQ)
#5	HP1067	290	chemotaxis protein (cheY)
#6	HP1228	150	invasion protein (invA)

Motif 1
CAACCCATTCAGCATGCGTTTAACACAGATTTGATA    	1	15	1
CGTTGGCGCATTCGGTATTTTAACACAAAT          	2	0	0
TTGGCTAGTAAGCGGTGTTTTAAATCTTTTAAAGGAAAGG	2	59	1
GCCACGCTTTAGCCGTGCTTTTAGCCTTATGGCTAACTT 	3	9	0
CGTGGGGGTTTGCGTTTTTTTTTTTTTGTTAAAATGCGTC	3	65	1
TTTGCCCTCATGCCGAATTTTCTGACGCATTTTAACAAAA	3	88	0
ACATTAGTCAAGCGGTAGTTTCTTGTGATTCGTTCTTAGG	4	24	1
ACCACATTATAGCATAAGTTTTTATCTTACCCCTTAAATC	4	66	0
TCGCACTCAAAGAGTTATTTTATTACTTTTAAACGATTAT	5	62	1
ATAGCAAACAAACTGAATTTTTTTACAAATAAGAACGCTC	5	103	1
AATCAAAACATGCTATTATTTGGAACGATTTATTATTATA	5	191	1
CCGTTTTAATAGCGTTATTTGGGCGCTATTAAAATGAGTT	6	17	1
ATGAGTTTCAAGCCCTTTTTTCTTAATTTTTGATTTTAAT	6	50	1
          ***  *  ***    *  **
MAP Score: 13.9697

Motif 2
TAATCTTGGATATAATGGCGTAATCATTTT	0	21	1
TTTTAAATCTTTTAAAGGAAAGGCG     	2	76	1
TTTTTTTTTGTTAAAATGCGTCAGAAAATT	3	83	1
TAATCATTGGCTAAATGGAGCGTTCAATGA	5	141	0
CGATTTATTATTATAAGGCGTTAGAGACGC	5	216	1
CTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATTTAA	5	245	1
AAGAGCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAG	5	260	1
AAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGCACT   	5	273	1
CCCTCTCCGTTTTAATAGCGTTATTTGGGC	6	11	1
TGAAACTCATTTTAATAGCGCCCAAATAAC	6	30	0
AATTTTTGATTTTAATGGCATTCTTAAAGC	6	74	1
          **********
MAP Score: 12.7438

Motif 3
  TATCAAATCTGTGTTAAACGCATGCTGAA	1	22	0
        ATTTGTGTTAAAATACCGAATGC	2	2	1
     CGCCTTTCCTTTAAAAGATTTAAAAC	2	75	0
GTTTTTTTTTTTTTGTTAAAATGCGTCAGAA	3	78	1
         TTACTTGTAAAATCCTTGTCTT	5	1	1
GGTCATTGGATGGTTTGAAAAAAGAAAGACA	5	26	0
GTTATTTTATTACTTTTAAACGATTATCATA	5	75	1
TGAGCGTTCTTATTTGTAAAAAAATTCAGTT	5	113	0
TAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAGCG	5	243	0
  AGTGCTTCTCCTTTTAAGATTGCATTTAA	5	271	0
GCCCAAATAACGCTATTAAAACGGAGAGGGT	6	10	0
GTTATTTGGGCGCTATTAAAATGAGTTTCAA	6	30	1
GCTTTAAGAATGCCATTAAAATCAAAAATTA	6	73	0
TAGTGTATACTAGCTTTAAGAATGCCATTAA	6	85	0
          * *********
MAP Score: 10.7188

Motif 4
GCTAAATGGAGCGTTCAATGAGCGTTCTTATTTGTA	5	126	0
CGTTTTAATAGCGTTATTTGGGCGCTATTAAAATGA	6	18	1
CTTTAGCCACGCTTTAGCCGTGCTTTTAGCCTTATG	3	18	0
TTATTATAAGGCGTTAGAGACGCTTTGGCTGTTTAA	5	223	1
GTGTATACTAGCTTTAAGAATGCCATTAAAATCAAA	6	78	0
 AAGCGCAACCCATTCAGCATGCGTTTAACACAGAT	1	9	1
AAGGGGTTTGACATTAGTCAAGCGGTAGTTTCTTGT	4	14	1
TTCTTGTGATTCGTTCTTAGGGGGATTTAAGGGGTA	4	43	1
       AGGTCTTTATTTTAGCTCTTTCTTGTTTG	6	131	0
ACCCTTTATCGCACTCAAAGAGTTATTTTATTACTT	5	54	1
AAACCCCCACGCTCCAGCCACGCTTTAGCCACGCTT	3	40	0
          ** ***   * *** *
MAP Score: 8.60721

Motif 5
TGCGCCAACGCTAAAACGCTTGCTAGTTTTTGGCT	2	30	1
 CGCCTTTCCTTTAAAAGATTTAAAACACCGCTTA	2	67	0
TTTTTTTTTGTTAAAATGCGTCAGAAAATTCGGCA	3	83	1
TAAATCCCCCTAAGAACGAATCACAAGAAACTACC	4	37	0
ATTCCATATTAAACAAGGAGAAATAAATA      	4	109	1
TTTTATTACTTTTAAACGATTATCATAGCAAACAA	5	79	1
CGCCTTATAATAATAAATCGTTCCAAATAATAGCA	5	201	0
CGATTTATTATTATAAGGCGTTAGAGACGCTTTGG	5	216	1
CTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATTTAAATGCA	5	245	1
AAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGCACT        	5	273	1
TTGGGCGCTATTAAAATGAGTTTCAAGCCCTTTTT	6	35	1
CTTAATCAAACAAGAAAGAGCTAAAATAAAGACCT	6	125	1
          *** ** ****   *
MAP Score: 6.65685

Motif 6
TATCCAAGATTAAGGCTTAAACG       	0	3	0
CCGAATGCGCCAACGCTAAAACGCTTGCTA	2	25	1
AGATTTAAAACACCGCTTACTAGCCAAAAA	2	56	0
AAGTTAGCCATAAGGCTAAAAGCACGGCTA	3	10	1
AGGCTAAAAGCACGGCTAAAGCGTGGCTAA	3	22	1
CACGCTCCAGCCACGCTTTAGCCACGCTTT	3	39	0
CACAAGAAACTACCGCTTGACTAATGTCAA	4	21	0
GTTTTTATCTTACCCCTTAAATCCCCCTAA	4	59	0
AGCGCCCAAATAACGCTATTAAAACGGAGA	6	14	0
          **********
MAP Score: 4.81222

Motif 7
GTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAATCA	0	11	1
CGCAACCCATTCAGCATGCGTTTAACACAGATTTGA	1	13	1
AGCCACGCTTTAGCCGTGCTTTTAGCCTTATGGCTA	3	14	0
AAGCGTGGCTAAAGCGTGGCTGGAGCGTGGGGGTTT	3	40	1
ATCAAGGGGTTTGACATTAGTCAAGCGGTAGTTTCT	4	11	1
TTTACAAATAAGAACGCTCATTGAACGCTCCATTTA	5	124	1
GCATTTAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAGCG	5	243	0
TAGCGCCCAAATAACGCTATTAAAACGGAGAGGGT 	6	9	0
TAGCGTTATTTGGGCGCTATTAAAATGAGTTTCAAG	6	26	1
TTTGATTTTAATGGCATTCTTAAAGCTAGTATACAC	6	78	1
          AGGTCTTTATTTTAGCTCTTTCTTGT	6	134	0
          * * ****  *  ***
MAP Score: 4.68209

Motif 8
TATCCAAGATTAAGGCTTAAACG       	0	3	0
CCGAATGCGCCAACGCTAAAACGCTTGCTA	2	25	1
AAGTTAGCCATAAGGCTAAAAGCACGGCTA	3	10	1
AGGCTAAAAGCACGGCTAAAGCGTGGCTAA	3	22	1
TAGGGGGATTTAAGGGGTAAGATAAAAACT	4	60	1
CCATATTAAACAAGGAGAAATAAATA    	4	112	1
TTTATTATTATAAGGCGTTAGAGACGCTTT	5	219	1
          **********
MAP Score: 4.3654