AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions001_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251394
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0267	56	putative
#1	jhp0274	67	putative vacuolating cytotoxin (VacA) paralog
#2	lysA	47	DIAMINOPIMELATE DECARBOXYLASE
#3	jhp0973	179	putative
#4	trpE	228	ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT I

Motif 1
          CGTTTAAGCCTTAATCTTGG	0	0	1
ATGATTACGCCATTATATCCAAGATTAAGG	0	18	0
TCTCTCATTTGATTAAATCAAAGGGA    	1	6	0
TCATTTCCCAGATGGTAGCCAAAAACTCTC	1	32	0
TGGGAAATGAGAAGGTAGCGTTTAA     	1	52	1
TTGAACGAAGCATTATAGCAAAAAAG    	2	6	0
      AAGGAGTGGAAGCGGATACTACCA	3	4	1
CGGATACTACCATGAAAGCGTCTTTACCCA	3	22	1
CAGCTAGCCAGATTAAAGCGTGGGCTAATT	3	79	1
AACGCTCAAAAATTTAATCGGATTGAAGCG	4	40	1
AATTTAATCGGATTGAAGCGGTTTTTCGCA	4	50	1
CTTAAATTCAAATTGAATCCCTCAAGGCTC	4	113	0
ATTCAATTTGAATTTAAGCTAGATTAGCTC	4	125	1
          **********
MAP Score: 9.95887

Motif 2
ATATCCAAGATTAAGGCTTAAACG       	0	3	0
ATCTTGGATATAATGGCGTAATCATTTTTTA	0	23	1
CTTTACCCAATAAAGACTTAATAACTAAAGA	3	43	1
ACTTAATAACTAAAGACTTGACAGCTAGCCA	3	58	1
AGATAATAAGTCAAGGATTAAAAG       	3	165	1
ATTGAATCCCTCAAGGCTCAATTTATGAGGA	4	101	0
          * *********
MAP Score: 7.24981

Motif 3
         CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAAT	0	1	1
CCTAAAAAATGATTACGCCATTATATCCAAGATTAA	0	20	0
TTGAGAATTAGCCCACGCTTTAATCTGGCTAGCTGT	3	78	0
TAGGCTATAAGATTTTGCGTTCATTTATCTATTTCT	4	165	1
ATTTCTTGTAGAATACGAGTTTATTTTTAATGTAAA	4	195	1
          *  ** ** ** ** *
MAP Score: 2.48939

Motif 4
       CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATAT	0	3	1
AAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAATC	0	15	1
TCCAAACTTCCTAAAAAATGATTACGCCATT	0	34	0
       TCCCTTTGATTTAATCAAATGAGA	1	3	1
       CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTC	2	3	1
   GGAAAAACCTAACCATAAAATTTGAACG	2	29	0
CTTTACCCAATAAAGACTTAATAACTAAAGA	3	43	1
ACTTAATAACTAAAGACTTGACAGCTAGCCA	3	58	1
GAGAATTAGCCCACGCTTTAATCTGGCTAGC	3	81	0
TTGGAAAGTATTATAATATAAAATTGAGAAT	3	106	0
TTAAAACGCTCAAAAATTTAATCGGATTGAA	4	36	1
CTCGCACCAACTAGGCTATAAGATTTTGCGT	4	154	1
    CAATTTCTTTACATTAAAAATAAACTC	4	211	0
          *** *******
MAP Score: 2.2622