AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions001_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251399
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0267	56	putative
#1	jhp0274	67	putative vacuolating cytotoxin (VacA) paralog
#2	lysA	47	DIAMINOPIMELATE DECARBOXYLASE
#3	jhp0973	179	putative
#4	jhp0974	103	putative S/N-oxide reductase
#5	jhp0975	25	putative
#6	jhp0977	81	HIT FAMILY PROTEIN
#7	trpE	228	ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT I
#8	jhp1204	67	putative
#9	jhp1205	122	putative

Motif 1
TGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA  	0	36	1
CTAACCATAAAATTTGAACGAAGCATTATAGC	2	17	0
ACAGAATGCAAGTTTGAAGGAGAACC      	4	87	1
 GCTAAAACTATTTTTAAGGAAAAAT      	5	9	1
CTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACA	6	18	1
GGAAATTAGAAATTTTAATGAGAATGCGAAAA	7	72	0
TGAGGGATTCAATTTGAATTTAAGCTAGATTA	7	119	1
ATACGAGTTTATTTTTAATGTAAAGAAATTG 	7	207	1
TCCTCGCTTCATTTTGAATTAAAAACGCCAAC	9	14	1
GATTTTTTGTATTATGAAATAAAACGACGATT	9	80	0
          * ****** ***
MAP Score: 10.6776

Motif 2
      TCCCTTTGATTTAATCAAATGAGAGAGTT	1	4	1
TAATTCTCAATTTTATATTATAATACTTTCCAATG	3	104	1
TTAGCGATAATTTTAGGTGAATACATGTTAGAATT	4	40	1
        ATTTTTCCTTAAAAATAGTTTTAGC  	5	8	0
ATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGT	6	12	0
CTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTAT	6	42	0
AGGGATTCAATTTGAATTTAAGCTAGATTAGCTCT	7	121	1
   CAATTTCTTTACATTAAAAATAAACTCGTATT	7	206	0
AAGAACGATTTTTGCTAACATGACAAAAAATTTGA	8	26	1
TAGTTGGCGTTTTTAATTCAAAATGAAGCGAGGAA	9	13	0
TTAGGAGTATTTTACCATTAACCAATTTGTTGTAT	9	47	0
CTAATCGTCGTTTTATTTCATAATACAAAAAATCC	9	78	1
          *** * ** ** * *
MAP Score: 10.4829

Motif 3
AGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAATCA	0	16	1
      TCCCTTTGATTTAATCAAATGAGAG	1	4	1
GAGAGAGTTTTTGGCTACCATCTGGGAAATG	1	30	1
      CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTCA	2	4	1
TAATTCTCAATTTTATATTATAATACTTTCC	3	104	1
TGGGATTTTATTAGCGATAATTTTAGGTGAA	4	30	1
 TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAG	6	9	1
CTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTA	6	46	0
GCTATAAGATTTTGCGTTCATTTATCTATTT	7	168	1
AAGAACGATTTTTGCTAACATGACAAAAAAT	8	26	1
CTAATCGTCGTTTTATTTCATAATACAAAAA	9	78	1
          ******** **
MAP Score: 8.57469

Motif 4
       CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTCAAA	2	3	1
ATTCTCAATTTTATATTATAATACTTTCCAATGC	3	106	1
TTAGCGATAATTTTAGGTGAATACATGTTAGAAT	4	40	1
ATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAAGTTTGAAG	4	72	1
AATTAGAAATTTTAATGAGAATGCGAAAAACCGC	7	67	0
CTAGCTTAAATTCAAATTGAATCCCTCAAGGCTC	7	113	0
ATTTATCTATTTCTTGTAGAATACGAGTTTATTT	7	187	1
AATCGTCGTTTTATTTCATAATACAAAAAATCCC	9	80	1
          ** *   *******
MAP Score: 8.35899

Motif 5
ATAAACTCGTATTCTACAAGAAATAGATAAATGA	7	185	0
GTTTTATTTCATAATACAAAAAATCCCCATTAGG	9	87	1
AAAAACGCCAACTATACAACAAATTGGTTAATGG	9	34	1
ATTTTTTGTCATGTTAGCAAAAATCGTTCTTATG	8	23	0
TGAACGAAGCATTATAGCAAAAAAG         	2	1	0
    GGAAAAACCTAACCATAAAATTTGAACGAA	2	27	0
TGCGAGAGCTAATCTAGCTTAAATTCAAATTGAA	7	126	0
GTGGAAGCGGATACTACCATGAAAGCGTCTTTAC	3	15	1
CATTTCCCAGATGGTAGCCAAAAACTCTCTCATT	1	27	0
      TTCCAAACTTCCTAAAAAATGATTACGC	0	38	0
          ATTTTTCCTTAAAAATAGTTTTAG	5	11	0
          *   ***** ****
MAP Score: 8.03265

Motif 6
ATTAGCGATAATTTTAGGTGAATACATGTTAGAATT	4	39	1
ATACGAGTTTATTTTTAATGTAAAGAAATTG     	7	207	1
TCAAGGCTCAATTTATGAGGAAATTAGAAATTTTAA	7	86	0
AATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAAGTTTGAAGG	4	71	1
GCCTTGAGGGATTCAATTTGAATTTAAGCTAGATTA	7	115	1
GGCGTTTTTAATTCAAAATGAAGCGAGGAAACA   	9	7	0
CGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATAC	6	13	1
GATTAGGAGTATTTTACCATTAACCAATTTGTTGTA	9	48	0
TGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA      	0	36	1
 GCTAAAACTATTTTTAAGGAAAAAT          	5	9	1
ACGCTCAAAAATTTAATCGGATTGAAGCGGTTTTTC	7	41	1
ATAAACTCGTATTCTACAAGAAATAGATAAATGAAC	7	183	0
CTTCGTTCAAATTTTATGGTTAGGTTTTTCC     	2	26	1
CTAATTCTCAATTTTATATTATAATACTTTCCAATG	3	103	1
CCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTA	6	43	0
          ******   ***   *
MAP Score: 6.24681

Motif 7
TAATCAAATGAGAGAGTTTTTGGCTACCATCTGGGAAATG	1	21	1
TACTACCATGAAAGCGTCTTTACCCAATAAAGACTTAATA	3	26	1
CTGGCTAGCTGTCAAGTCTTTAGTTATTAAGTCTTTATTG	3	50	0
TAATCTCAATAGTGGGATTTTATTAGCGATAATTTTAGGT	4	18	1
CCCAAATTCTAACATGTATTCACCTAAAATTATCGCTAAT	4	39	0
ATGTTAGAATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAAGTTTGA	4	64	1
TATGAGGAAATTAGAAATTTTAATGAGAATGCGAAAAACC	7	69	0
TGAGGGATTCAATTTGAATTTAAGCTAGATTAGCTCTCGC	7	119	1
TTTCTTGTAGAATACGAGTTTATTTTTAATGTAAAGAAAT	7	196	1
CCATCGCATAAGAACGATTTTTGCTAACATGACAAAAAAT	8	17	1
TGTTGTATAGTTGGCGTTTTTAATTCAAAATGAAGCGAGG	9	15	0
AAACGACGATTAGGAGTATTTTACCATTAACCAATTTGTT	9	51	0
CACCTACCTAATGGGGATTTTTTGTATTATGAAATAAAAC	9	87	0
          *  * ** ****      **
MAP Score: 3.65592

Motif 8
ATATCCAAGATTAAGGCTTAAACG        	0	2	0
ATCTTGGATATAATGGCGTAATCATTTTTTAG	0	23	1
CTTTACCCAATAAAGACTTAATAACTAAAGAC	3	43	1
AGATAATAAGTCAAGGATTAAAAG        	3	165	1
AAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAAAGAGC    	6	63	1
AAGCGGTCTTAAAACGCTCAAAAATTTAATCG	7	28	1
AGAATGCGAAAAACCGCTTCAATCCGATTAAA	7	52	0
ATTGAATCCCTCAAGGCTCAATTTATGAGGAA	7	100	0
AATTGAGCCTTGAGGGATTCAATTTGAATTTA	7	109	1
 GACTCCGCCTAAGAGATCAAATTTTTTGTCA	8	46	0
          * * ********
MAP Score: 2.98644

Motif 9
ATCCAAGATTAAGGCTTAAACG        	0	2	0
ATAATAAGTCAAGGATTAAAAG        	3	167	1
AAACCTTAAAAGGGAGTAAAAAGAGC    	6	65	1
GCGGTCTTAAAACGCTCAAAAATTTAATCG	7	30	1
TGAATCCCTCAAGGCTCAATTTATGAGGAA	7	100	0
TTGAGCCTTGAGGGATTCAATTTGAATTTA	7	111	1
ACTCCGCCTAAGAGATCAAATTTTTTGTCA	8	46	0
          **********
MAP Score: 2.32335

Motif 10
ACTCGTATTCTACAAGAAATAGATAAATGA	7	185	0
TTGCTAACATGACAAAAAATTTGATCTCTT	8	37	1
ACGCCAACTATACAACAAATTGGTTAATGG	9	38	1
TATTTCATAATACAAAAAATCCCCATTAGG	9	91	1
          **********
MAP Score: 2.29461