AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions002_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251415
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	lnt	235	APOLIPOPROTEIN N-ACYLTRANSFERASE
#1	dppD	300	DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM ATP-BINDING PROTEIN
#2	jhp0300	300	putative abc transporter, ATP-binding protein
#3	dnaX	66	DNA POLYMERASE III SUBUNITS GAMMA AND TAU
#4	jhp0656	267	putative
#5	jhp1096	207	AMINO ACID ABC TRANSPORTER, PERMEASE PROTEIN

Motif 1
AGGGTAGTTTTTTTGAAGTTGTGTTATTATTT	0	133	0
GATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTGAAG	0	147	0
AATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGG	0	162	0
CTTGAGATTGTTTTAGTGTATTATAGCTATAT	0	197	0
CGCGCTGAGCTTTTTAGGTCTTGGGGCGCAAC	1	100	1
ACGAGAGGATATTTAGGGTTTTGATAATGAAA	2	30	1
AGAAACGGGTTTTTTGATTTTTCATTATCAAA	2	49	0
TTCTTTAGCTTTTTAGGGTCTTTCTTATTTAA	2	77	1
GGTCTTTCTTATTTAAAGCCTTGACTTTGTCC	2	93	1
TCAGTAACGCTTTTGGCTCGTTTTAATAAAGA	2	181	1
TGATGGTTTTATTTAGCGTAGTGTTGCTAAAA	2	223	0
TAAAATCCTATTTAGGGTTATTATATTCAAAT	2	254	0
CTAAATAGGATTTTAAATCATTTCTAATAAGG	2	271	1
AAGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTGCATTACA	3	11	1
TTAAAACTCATTTAGGAGTATTGTAATGCAAA	3	32	0
ACCATGTTAATTTTAATTTATTCTCAAACGCC	4	68	1
AAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTAAAGGCGTT	4	94	0
AAATGGGGTTTTTAAATTTTGTGCAAGCCATT	4	115	1
TATTTTAAAATTTTAGGGTTTAAAACGACCTT	4	174	0
TGTTGGTAGTTTTTGGCTTATTTTGAGTGAAA	4	232	1
ATGCGGGAAGTTTATGAGCCGTTTTGCCACTA	5	90	0
GAGAGCTGTTTTTTAATGTGGTGCGTTAAGCG	5	162	1
          ****** ** **
MAP Score: 22.0179

Motif 2
TCGTAGCGTTTTAAAACAAACACCCATCATTC	0	60	1
AAAACTACCCTTAAAAAAATCAATCTAAAATT	0	154	1
CTCATGACCGTTAAAAAAATCATCACCCCAGG	1	209	0
GCAAAATGACTTAAAACTAGCCCCTTT     	3	5	0
CCAATCTTTATTAAAACGAGCCAAAAGCGTTA	2	185	0
ATTTTAGGGTTTAAAACGACCTTTATAATATT	4	165	0
CTATAATACACTAAAACAATCTCAAGGTTTCA	0	203	1
CAAAATAAGCCAAAAACTACCAACACCATACA	4	225	0
TAACTAAAAGCTAAATAAAACAACGGACAAAG	2	117	0
TGCACAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCG	4	108	0
CAACACTACGCTAAATAAAACCATCATTTGAA	2	229	1
GCCCCAAGACCTAAAAAGCTCAGCGCGGCCGC	1	95	0
CGCACCACATTAAAAAACAGCTCTCATTTGCC	5	155	0
TGAGAATAAATTAAAATTAACATGGTAGAATG	4	62	0
AACGCGCCTCTTAAAAGGAGCTTGC       	1	285	1
ACCCTAAAATTTTAAAATACCATTTTGAATGA	4	187	1
CTCAAGGTTTCAAAATCTAGCC          	0	223	1
ATTCTTAAATTAAAATATAGCTATAATACACT	0	183	1
ATAACACAACTTCAAAAAAACTACCCTTAAAA	0	138	1
          ******* * **
MAP Score: 21.7739

Motif 3
ATGAGAGAAAGGTTTGGGTTTAGGGT     	0	5	0
CAATTCACGCTCTTTAGGCTTGAAATTCGAA	0	103	1
AGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTGA	0	149	0
ACTAAAACAATCTCAAGGTTTCAAAATCTAG	0	212	1
CGCGCTGAGCTTTTTAGGTCTTGGGGCGCAA	1	100	1
AACGAGAGGATATTTAGGGTTTTGATAATGA	2	29	1
AAAACCCGTTTCTTTAGCTTTTTAGGGTCTT	2	68	1
TCCGTTGTTTTATTTAGCTTTTAGTTAAAAA	2	122	1
ATGATGGTTTTATTTAGCGTAGTGTTGCTAA	2	225	0
TTTAAAATCCTATTTAGGGTTATTATATTCA	2	257	0
CCTAAATGAGTTTTAAGGATTAGGATCA   	3	48	1
AAAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTAAAGGCG	4	96	0
TATTTTAAAATTTTAGGGTTTAAAACGACCT	4	175	0
GTGTTGGTAGTTTTTGGCTTATTTTGAGTGA	4	231	1
          * *********
MAP Score: 15.0961

Motif 4
AGAAAGGTTTGGGTTTAGGGT          	0	0	0
CCAATTCACGCTCTTTAGGCTTGAAATTCGA	0	102	1
AAACGAGAGGATATTTAGGGTTTTGATAATG	2	28	1
GTTTCTTTAGCTTTTTAGGGTCTTTCTTATT	2	75	1
CTGATAGACACGATTTAAGCGAGTGAAACGA	2	154	0
CTATCAGTAACGCTTTTGGCTCGTTTTAATA	2	178	1
AGATTGGTTAATTTTTTAGCAACACTACGCT	2	210	1
ATTTAAAATCCTATTTAGGGTTATTATATTC	2	258	0
CTCCTAAATGAGTTTTAAGGATTAGGATCA 	3	46	1
TGACGACAGCAAATTTTGGCATTCTACCATG	4	43	1
TAAAAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTAAAGG	4	98	0
GGTATTTTAAAATTTTAGGGTTTAAAACGAC	4	177	0
TGGTGTTGGTAGTTTTTGGCTTATTTTGAGT	4	229	1
TTGAGTGAAAGGATTTAAGCAAG        	4	254	1
AAGCGCCATCAATTTTAAGGTAAGCGTT   	5	189	1
          ** ********
MAP Score: 13.3856

Motif 5
TAACACAACTTCAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCA	0	139	1
TGATTTTCCCTAATTGCATTATCCCTTTGATCGTGCA	1	24	1
TGATAATGAAAAATCAAAAAACCCGTTTCTTTAGCTT	2	51	1
ATTTAGCTTTTAGTTAAAAAGTCGTTTCACTCGCTTA	2	133	1
AACACTACGCTAAATAAAACCATCATTTGAATATAAT	2	230	1
AATTTTAATTTATTCTCAAACGCCTTTAAGAGCGCTA	4	76	1
GCTTGCACAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCT	4	106	0
ATTTAACTAATATTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAA	4	157	1
TAAACCCTAAAATTTTAAAATACCATTTTGAATGATT	4	184	1
TTTTTTATTATAATCCAAATTTTCTTTGAATAGTGGC	5	60	1
          ** *  ***   ** **
MAP Score: 5.00148

Motif 6
GTGTTATTATTTTCGAATTTCAAGCCTAAAGAGCGTGAAT	0	105	0
ATAACACAACTTCAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCAAT	0	138	1
CCTTAAAAAAATCAATCTAAAATTCTTAAATTAAAATATA	0	162	1
TAAATTAAAATATAGCTATAATACACTAAAACAATCTCAA	0	188	1
TTTTTAGGTCTTGGGGCGCAACCTCCTAAACCCGAATGGG	1	110	1
GATGATTTTTTTAACGGTCATGAGTTTTAATCTGGTAGGC	1	217	1
ATTTAGGGTTTTGATAATGAAAAATCAAAAAACCCGTTTC	2	40	1
GTCAAGGCTTTAAATAAGAAAGACCCTAAAAAGCTAAAGA	2	78	0
TGGTTAATTTTTTAGCAACACTACGCTAAATAAAACCATC	2	214	1
AAACCATCATTTGAATATAATAACCCTAAATAGGATTTTA	2	246	1
TAAGTCATTTTGCATTACAATACTCCTAAATGAGTTTTAA	3	24	1
AAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAATTTTAAAATACCATTTT	4	173	1
ACCAACACCATACAAACCAATCATTCAAAATGGTATTTTA	4	199	0
     CTTGCTTAAATCCTTTCACTCAAAATAAGCCAAAA	4	242	0
ATGTGGTGCGTTAAGCGCCATCAATTTTAAGGTAAGCGTT	5	177	1
          ** *     *  *  *****
MAP Score: 3.63558