AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions002_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251436
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	lnt	235	APOLIPOPROTEIN N-ACYLTRANSFERASE
#1	dppD	300	DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM ATP-BINDING PROTEIN
#2	jhp0300	300	putative abc transporter, ATP-binding protein
#3	dnaX	66	DNA POLYMERASE III SUBUNITS GAMMA AND TAU
#4	jhp0656	267	putative
#5	jhp1096	207	AMINO ACID ABC TRANSPORTER, PERMEASE PROTEIN

Motif 1
AGGGTAGTTTTTTTGAAGTTGTGTTATTATTT	0	133	0
GATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTGAAG	0	147	0
AATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGG	0	162	0
CTTGAGATTGTTTTAGTGTATTATAGCTATAT	0	197	0
CGCGCTGAGCTTTTTAGGTCTTGGGGCGCAAC	1	100	1
ACGAGAGGATATTTAGGGTTTTGATAATGAAA	2	30	1
AGAAACGGGTTTTTTGATTTTTCATTATCAAA	2	49	0
TTCTTTAGCTTTTTAGGGTCTTTCTTATTTAA	2	77	1
GGTCTTTCTTATTTAAAGCCTTGACTTTGTCC	2	93	1
TCAGTAACGCTTTTGGCTCGTTTTAATAAAGA	2	181	1
TGATGGTTTTATTTAGCGTAGTGTTGCTAAAA	2	223	0
TAAAATCCTATTTAGGGTTATTATATTCAAAT	2	254	0
CTAAATAGGATTTTAAATCATTTCTAATAAGG	2	271	1
AAGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTGCATTACA	3	11	1
TTAAAACTCATTTAGGAGTATTGTAATGCAAA	3	32	0
ACCATGTTAATTTTAATTTATTCTCAAACGCC	4	68	1
AAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTAAAGGCGTT	4	94	0
AAATGGGGTTTTTAAATTTTGTGCAAGCCATT	4	115	1
TATTTTAAAATTTTAGGGTTTAAAACGACCTT	4	174	0
TGTTGGTAGTTTTTGGCTTATTTTGAGTGAAA	4	232	1
ATGCGGGAAGTTTATGAGCCGTTTTGCCACTA	5	90	0
GAGAGCTGTTTTTTAATGTGGTGCGTTAAGCG	5	162	1
          ****** ** **
MAP Score: 22.0179

Motif 2
TTATATTCAAATGATGGTTTTATTTAGCGTAG	2	234	0
AGAATGATGGGTGTTTGTTTTAAAACGCTACG	0	61	0
TAATATTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAA	4	164	1
CCCTGGGGTGATGATTTTTTTAACGGTCATGA	1	208	1
TTGAAACCTTGAGATTGTTTTAGTGTATTATA	0	204	0
      AAAGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTG	3	4	1
CGCTCCGTGGATGCTCGTTTTCCCTGGGGTGA	1	187	1
GTAACGCTTTTGGCTCGTTTTAATAAAGATTG	2	184	1
TCTCCATTTAATGATTGTTTAATCATTGTTGT	5	14	1
GCATTCTACCATGTTAATTTTAATTTATTCTC	4	61	1
GATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTGAAGTTGT	0	143	0
GAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTT	0	155	0
TTGTATGGTGTTGGTAGTTTTTGGCTTATTTT	4	224	1
        GCAAGCTCCTTTTAAGAGGCGCGT	1	286	0
ATCATTCAAAATGGTATTTTAAAATTTTAGGG	4	188	0
GCGCTAAAAAATGGGGTTTTTAAATTTTGTGC	4	107	1
GGGCAAATGAGAGCTGTTTTTTAATGTGGTGC	5	154	1
TTTGATGTGTAAGGTGATTTTCCCTAATTGCA	1	10	1
TAATAAAGATTGGTTAATTTTTTAGCAACACT	2	204	1
          *** * ******
MAP Score: 21.5117

Motif 3
GAGAAAGGTTTGGGTTTAGGGT        	0	2	0
GGATAGTCGTAGCGTTTTAAAACAAACACC	0	54	1
GTTTGCTTCCACGGTTTTAGAAGCGGCCGC	1	73	1
GGCCGCGCTGAGCTTTTTAGGTCTTGGGGC	1	97	1
GCTCCCCATTCGGGTTTAGGAGGTTGCGCC	1	124	0
GGCATCATGGACGCTTTAGATCCTAAACGC	1	260	1
TTTTAAGAGGCGCGTTTAGGATCTAAAGCG	1	271	0
GAGGATATTTAGGGTTTTGATAATGAAAAA	2	34	1
CCGTTTCTTTAGCTTTTTAGGGTCTTTCTT	2	73	1
GACAAAGTCAAGGCTTTAAATAAGAAAGAC	2	94	0
ACTGATAGACACGATTTAAGCGAGTGAAAC	2	156	0
TCTATCAGTAACGCTTTTGGCTCGTTTTAA	2	177	1
AACCCTAAATAGGATTTTAAATCATTTCTA	2	267	1
TATTCTCAAACGCCTTTAAGAGCGCTAAAA	4	86	1
TTAAAATTTTAGGGTTTAAAACGACCTTTA	4	172	0
ATTTTAAAATACCATTTTGAATGATTGGTT	4	195	1
TTTGAGTGAAAGGATTTAAGCAAG      	4	253	1
TGGAAACCCAAGCCTTTATGCGGGAAGTTT	5	109	0
          **********
MAP Score: 17.4909

Motif 4
AGGATAGTCGTAGCGTTTTAAAACAAACACCCA	0	53	1
TTTTTTGAAGTTGTGTTATTATTTTCGAATTTC	0	124	0
TCGTTTTCCCTGGGGTGATGATTTTTTTAACGG	1	201	1
AGAGGATATTTAGGGTTTTGATAATGAAAAATC	2	33	1
TTATTTAGCGTAGTGTTGCTAAAAAATTAACCA	2	214	0
AAATCCTATTTAGGGTTATTATATTCAAATGAT	2	251	0
TAACCCTAAATAGGATTTTAAATCATTTCTAAT	2	266	1
TTAAGTCATTTTGCATTACAATACTCCTAAATG	3	23	1
CCCCATTTTTTAGCGCTCTTAAAGGCGTTTGAG	4	90	0
CGCTAAAAAATGGGGTTTTTAAATTTTGTGCAA	4	108	1
TCATTCAAAATGGTATTTTAAAATTTTAGGGTT	4	186	0
CAAAGAAAATTTGGATTATAATAAAAAAACTGG	5	55	0
GCATAAAGGCTTGGGTTTCCAAACTTCTAACAA	5	118	1
          * ***** * ***
MAP Score: 14.4477

Motif 5
GATTTAAGAATGATGGGTGTTTGTTTTAAAAC	0	67	0
TTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTGAAGTT	0	145	0
 TTTGATGTGTAAGGTGATTTTCCCTAATTGC	1	9	1
GTGCAAGTTACAATGGGGTTTGCTTCCACGGT	1	56	1
AAAGCTAAAGAAACGGGTTTTTTGATTTTTCA	2	57	0
TAAGCGAGTGAAACGACTTTTTAACTAAAAGC	2	138	0
TATTATATTCAAATGATGGTTTTATTTAGCGT	2	236	0
TAATAACCCTAAATAGGATTTTAAATCATTTC	2	263	1
TCATTTCTAATAAGGGGATTTT          	2	288	1
ACAATACTCCTAAATGAGTTTTAAGGATTAGG	3	40	1
TTAGCGCTCTTAAAGGCGTTTGAGAATAAATT	4	82	0
GAGCGCTAAAAAATGGGGTTTTTAAATTTTGT	4	105	1
ACTAATATTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAA	4	162	1
CAATCATTCAAAATGGTATTTTAAAATTTTAG	4	190	0
          *** *** ****
MAP Score: 10.6842

Motif 6
ATAAGGATAGTCGTAGCGTTTTAAAACAAACACCCA	0	50	1
GAGCGTGAATTGGCATGATTTAAGAATGATGGGTGT	0	79	0
ACTAAAACAATCTCAAGGTTTCAAAATCTAGCC   	0	212	1
TGGGGTTTGCTTCCACGGTTTTAGAAGCGGCCGCGC	1	69	1
CGAGAGGATATTTAGGGTTTTGATAATGAAAAATCA	2	31	1
GTAACGCTTTTGGCTCGTTTTAATAAAGATTGGTTA	2	184	1
CGCTAAATAAAACCATCATTTGAATATAATAACCCT	2	237	1
TTAGCGCTCTTAAAGGCGTTTGAGAATAAATTAAAA	4	78	0
AGCCATTGTGTATCATCATTTAACTAATATTATAAA	4	140	1
TTATTTTGAGTGAAAGGATTTAAGCAAG        	4	249	1
        GTTCTCTCCATTTAATGATTGTTTAATC	5	2	1
          *  ** ***** *  *
MAP Score: 3.60037

Motif 7
ATAATGAGAGAAAGGTTTGGGTTTAGGGT  	0	8	0
CTGAGCTTTTTAGGTCTTGGGGCGCAACCTC	1	104	1
CGCTCCCCATTCGGGTTTAGGAGGTTGCGCC	1	124	0
CTCGTTTTAATAAAGATTGGTTAATTTTTTA	2	197	1
AAATGAGTTTTAAGGATTAGGATCA      	3	51	1
TTTAGACAACAAGGAATTGGGA         	4	1	0
ATGGTATTTTAAAATTTTAGGGTTTAAAACG	4	179	0
CTTCCCGCATAAAGGCTTGGGTTTCCAAACT	5	112	1
TCCAAACTTCTAACAATTGGGGCAAATGAGA	5	135	1
          ***** *****
MAP Score: 3.54584

Motif 8
ATGAGAGAAAGGTTTGGGTTTAGGGT     	0	5	0
CAATTCACGCTCTTTAGGCTTGAAATTCGAA	0	103	1
CCTTGAGATTGTTTTAGTGTATTATAGCTAT	0	199	0
CGCGCTGAGCTTTTTAGGTCTTGGGGCGCAA	1	100	1
TTTTTTGCCCGCTATTGGTTT          	2	0	0
AACGAGAGGATATTTAGGGTTTTGATAATGA	2	29	1
AAGAAACGGGTTTTTTGATTTTTCATTATCA	2	51	0
AAAACCCGTTTCTTTAGCTTTTTAGGGTCTT	2	68	1
TCCGTTGTTTTATTTAGCTTTTAGTTAAAAA	2	122	1
TATCAGTAACGCTTTTGGCTCGTTTTAATAA	2	179	1
ATGATGGTTTTATTTAGCGTAGTGTTGCTAA	2	225	0
TTTAAAATCCTATTTAGGGTTATTATATTCA	2	257	0
CCTAAATGAGTTTTAAGGATTAGGATCA   	3	48	1
GACGACAGCAAATTTTGGCATTCTACCATGT	4	44	1
AAAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTAAAGGCG	4	96	0
TATTTTAAAATTTTAGGGTTTAAAACGACCT	4	175	0
GGTGTTGGTAGTTTTTGGCTTATTTTGAGTG	4	230	1
CCCGCATAAAGGCTTGGGTTTCCAAACTTCT	5	115	1
          * *********
MAP Score: 1.08806