AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions003_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251458
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0682	133	putative
#1	jhp0875	65	putative AMINO ACID ABC TRANSPORTER, BINDING PROTEIN PRECURSOR
#2	jhp0877	40	putative SODIUM/ALANINE SYMPORTER
#3	dadA	22	D-Amino acid dehydrogenase
#4	jhp0879	300	putative
#5	jhp1096	207	AMINO ACID ABC TRANSPORTER, PERMEASE PROTEIN
#6	jhp1359	133	putative

Motif 1
 TAGAACCCCTTTAAAAATGATTTGAGCCAC	0	9	1
TTTTTGCATTTTTAAAAACCATTATTCTACT	0	103	0
AAACTAGGGTTTAAAAAAGAAATTCC     	2	5	0
TTTTGATTGGTTTTAAAATCAGTTTTGAAAT	4	65	0
CCCCTTTTATTTAAAAAATGAACAATAATGT	4	105	1
CTAAATATGGTTAAAAAATATACAATACCCT	4	174	1
TTAAAAAGAAATAAAAAATGAGCGCAAAACG	4	227	0
ATACAATCAAATTAAAAAGAAATAAAAAATG	4	238	0
TCAGCTATTATTATACAATCAAATTAAAAAG	4	250	0
ACAACAATGATTAAACAATCATTAAATGGAG	5	15	0
ACTGGCTGAAATTAACAACAATGATTAAACA	5	29	0
TTGGATTATAATAAAAAAACTGGCTGAAATT	5	47	0
AACGCACCACATTAAAAAACAGCTCTCATTT	5	158	0
          TTTAAAAATAATTAATCCTTT	6	0	1
AACCAAAAAGTTAAACAATACTCTATTCAAT	6	31	0
TAACACAATGATAAACCAAAAAGTTAAACAA	6	44	0
AAAACGACTATTTTAACACAATGATAAACCA	6	57	0
AAATAGTCGTTTTAACAAACAAAATTTTGTT	6	75	1
GGTAAAATCTATTAACAAAATTTTGTTTGTT	6	88	0
          ******** **
MAP Score: 24.4665

Motif 2
ATAGCGTATTAAAATAATGAAATAGGATTTTTTTAAGGTT	0	60	1
AATGGTTTTTAAAAATGCAAAAAAGAGTTTGA        	0	111	1
CTTTTATTTAAAAAATGAACAATAATGTTTTGAGTTTCCA	4	108	1
TAGATTAGGTAAAATCTATTAACAAAATTTTGTTTGTTAA	6	86	0
AGGGCTTATGAAAAATTTCAAAACTGATTTTAAAACCAAT	4	51	1
AAAACCAATCAAAACAGCCAAAACCCCTTTTATTTAAAAA	4	82	1
AATATGGTTAAAAAATATACAATACCCTATAATAAGATGA	4	177	1
       TTTAAAAATAATTAATCCTTTATTGAATAGAGT	6	3	1
AACCATATTTAGAAATTCTTAAACGGGTTTTGTTTGAATG	4	146	0
GATAAACCAAAAAGTTAAACAATACTCTATTCAATAAAGG	6	26	0
         AAAAACTCCTCAATAAACTAGGGTTTAAAAA	2	19	0
ACACAAAATAAAAATTTTACATGATTTTATT         	1	1	0
ATTTTGTGTTAGAATGCTTGAAAAAATTAGGATTGATTAA	1	32	1
CAATCAAATTAAAAAGAAATAAAAAATGAGCGCAAAACGC	4	226	0
          ****      ** *   ***
MAP Score: 21.5494

Motif 3
GAACCCCTTTAAAAATGATTTGAGCCACAA	0	12	1
TAAAATAATGAAATAGGATTTTTTTAAGGT	0	69	1
TTTTGAGTAGAATAATGGTTTTTAAAAATG	0	98	1
TAAAAATGCAAAAAAGAGTTTGA       	0	120	1
TGCTTGAAAAAATTAGGATTGATTAAAGA 	1	46	1
CTCCTCAATAAACTAGGGTTTAAAAAAGAA	2	15	0
    TCTTATTAAAGGGGTTATCAGC    	3	6	1
GAAAAATTTCAAAACTGATTTTAAAACCAA	4	60	1
TTTTTTAAATAAAAGGGGTTTTGGCTGTTT	4	93	0
AAAAATGAACAATAATGTTTTGAGTTTCCA	4	118	1
TAGAAATTCTTAAACGGGTTTTGTTTGAAT	4	147	0
AAGAATTTCTAAATATGGTTAAAAAATATA	4	166	1
TGAAATTAACAACAATGATTAAACAATCAT	5	24	0
TTATAATAAAAAAACTGGCTGAAATTAACA	5	43	0
       TTTAAAAATAATTAATCCTTTAT	6	3	1
ACTCTATTCAATAAAGGATTAATTATTTTT	6	13	0
          **********
MAP Score: 16.3214

Motif 4
TTGTGGCTCAAATCATTTTTAAAGGGGTTCTA 	0	9	0
TAAAATAATGAAATAGGATTTTTTTAAGGTTTT	0	69	1
TTTTGAGTAGAATAATGGTTTTTAAAAATGCAA	0	98	1
TGCTTGAAAAAATTAGGATTGATTAAAGA    	1	46	1
CTCCTCAATAAACTAGGGTTTAAAAAAGAAATT	2	12	0
     AAGACAATTGTTATTGTATCTAAACTCA	4	5	1
TTGGTTTTAAAATCAGTTTTGAAATTTTTCATA	4	57	0
TGGAAACTCAAAACATTATTGTTCATTTTTTAA	4	115	0
GAAATTCTTAAACGGGTTTTGTTTGAATGGAAA	4	142	0
AAGAATTTCTAAATATGGTTAAAAAATATACAA	4	166	1
ACAATGATTAAACAATCATTAAATGGAGAGAAC	5	10	0
ATGATTGTTTAATCATTGTTGTTAATTTCAGCC	5	24	1
ATTCAAAGAAAATTTGGATTATAATAAAAAAAC	5	58	0
ATAAAGGATTAATTATTTTTAAA          	6	0	0
TGTTTGTTAAAACGACTATTTTAACACAATGAT	6	63	0
CTATTAACAAAATTTTGTTTGTTAAAACGACTA	6	78	0
          **  ****** **
MAP Score: 5.96281