AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions003_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251469
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0682	133	putative
#1	jhp0875	65	putative AMINO ACID ABC TRANSPORTER, BINDING PROTEIN PRECURSOR
#2	jhp0877	40	putative SODIUM/ALANINE SYMPORTER
#3	dadA	22	D-Amino acid dehydrogenase
#4	jhp0879	300	putative
#5	jhp1096	207	AMINO ACID ABC TRANSPORTER, PERMEASE PROTEIN
#6	jhp1359	133	putative

Motif 1
AGTAGAATAATGGTTTTTAAAAATGCAAAAA	0	103	1
AACAAAATTTTGTTTGTTAAAACGACTATTT	6	75	0
AAAGGATTAATTATTTTTAAA          	6	0	0
CTCCATTTAATGATTGTTTAATCATTGTTGT	5	15	1
AAATGAGAGCTGTTTTTTAATGTGGTGCGTT	5	158	1
     GGAATTTCTTTTTTAAACCCTAGTTT	2	5	1
CATTTTTTATTTCTTTTTAATTTGATTGTAT	4	238	1
GTGGCTCAAATCATTTTTAAAGGGGTTCTA 	0	9	0
TGTTTAATCATTGTTGTTAATTTCAGCCAGT	5	29	1
ACATTATTGTTCATTTTTTAAATAAAAGGGG	4	105	0
CGTTTTGCGCTCATTTTTTATTTCTTTTTAA	4	227	1
ATTTCAAAACTGATTTTAAAACCAATCAAAA	4	65	1
CTTTTTAATTTGATTGTATAATAATAGCTGA	4	250	1
AGGGTATTGTATATTTTTTAACCATATTTAG	4	174	0
AATTTCAGCCAGTTTTTTTATTATAATCCAA	5	47	1
AACAAACAAAATTTTGTTAATAGATTTTACC	6	88	1
TTGTTTAACTTTTTGGTTTATCATTGTGTTA	6	44	1
TGGTTTATCATTGTGTTAAAATAGTCGTTTT	6	57	1
ATTGAATAGAGTATTGTTTAACTTTTTGGTT	6	31	1
          ** ********
MAP Score: 24.4665

Motif 2
         TAGAACCCCTTTAAAAATGATTTGAGC	0	1	1
TTAATACGCTATAATCGGTGCGACAACATTTTGTGG	0	36	0
AACCTTAAAAAAATCCTATTTCATTATTTTAATACG	0	64	0
TTTGAGTAGAATAATGGTTTTTAAAAATGCAAAAAA	0	99	1
        TCAAACTCTTTTTTGCATTTTTAAAAAC	0	115	0
      GCTGATAACCCCTTTAATAAGA        	3	2	0
GATTGGTTTTAAAATCAGTTTTGAAATTTTTCATAA	4	56	0
CAAAACAGCCAAAACCCCTTTTATTTAAAAAATGAA	4	91	1
CCATTCAAACAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATA	4	145	1
CTATTATTATACAATCAAATTAAAAAGAAATAAAAA	4	241	0
ATTATAATCCAAATTTTCTTTGAATAGTGGCAAAAC	5	66	1
AAGTTAAACAATACTCTATTCAATAAAGGATTAATT	6	19	0
TTGTGTTAAAATAGTCGTTTTAACAAACAAAATTTT	6	67	1
    TAAAATACATTCTCTCTTAGATTAGGTAAAAT	6	111	0
          * * **  *** * **
MAP Score: 17.1752

Motif 3
TTTTAAAAATGCAAAAAAGAGTTTGA    	0	117	1
TGTTATTGTATCTAAACTCAATAATAAAAG	4	18	1
ATGAAAAATTTCAAAACTGATTTTAAAACC	4	58	1
TTAAAACCAATCAAAACAGCCAAAACCCCT	4	80	1
GAATGGAAACTCAAAACATTATTGTTCATT	4	121	0
AAAAATGAGCGCAAAACGCCATGAATTTTC	4	215	0
TTGAATAGTGGCAAAACGGCTCATAAACTT	5	85	1
TAAACTTCCCGCATAAAGGCTTGGGTTTCC	5	108	1
AATTGATGGCGCTTAACGCACCACATTAAA	5	173	0
          **********
MAP Score: 2.26473