AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251480
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	recA	98	RECA PROTEIN.
#1	jhp0267	56	putative
#2	pheS	81	PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN
#3	trpS	71	TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE
#4	jhp1175	132	putative

Motif 1
AAATCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAAAGGACT	0	35	0
AGATTTTAGGCTAGGATTTGATAGAATAAACAAATC	0	52	1
CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAATC	1	10	1
        TTCCAAACTTCCTAAAAAATGATTACGC	1	38	0
AAGAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAAAGAGC     	2	5	0
AAAGCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTT	2	29	0
TATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 	2	56	1
       AAACCAAGATAAATTAAAATATTAAAATT	3	3	1
CCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAAAATTAGGCTTA	4	21	1
AAAATTAGGCTTAATCTTATCTAAAATTTGCTAAGA	4	44	1
TAAAATTTGCTAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTA	4	65	1
CGCACTACCTTGAAAATTAAAACTAAATTTTAGTGT	4	82	0
          * *****    ** **
MAP Score: 13.6505

Motif 2
TTATTATAATAGATTTTAGGCTAGGATTTG	0	42	1
CATTATATCCAAGATTAAGGCTTAAACG  	1	8	0
TTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA   	2	64	1
ATTAAAATATTAAAATTAGGTGGTTACAAT	3	22	1
TGTTTCTCGTTGGTTTTAGTTAGTGTTATT	3	49	0
AATTTTTTCTAAATTTTAGGGATTTAAGGA	4	20	0
AAAATTTAGAAAAAATTAGGCTTAATCTTA	4	33	1
AATTTTAGATAAGATTAAGCCTAATTTTTT	4	42	0
TATTCTTAGCAAATTTTAGATAAGATTAAG	4	53	0
AATTAAAACTAAATTTTAGTGTATTCTTAG	4	74	0
          **********
MAP Score: 12.2088

Motif 3
TTTATTATAATAGATTTTAGGCTAGGATTT	0	41	1
GATTTTAGGCTAGGATTTGATAGAATAAAC	0	53	1
TAGGATTTGATAGAATAAACAAATCAAATT	0	63	1
TTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 	2	62	1
 AAACCAAGATAAATTAAAATATTAAAATT	3	9	1
ATTAAAATATTAAAATTAGGTGGTTACAAT	3	22	1
CTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAAAATTAG	4	22	1
AAAATTTAGAAAAAATTAGGCTTAATCTTA	4	33	1
AAATTTTAGATAAGATTAAGCCTAATTTTT	4	43	0
TAATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAATACA	4	55	1
AAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTT	4	76	1
          **********
MAP Score: 10.5121

Motif 4
ATAGGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGATTTTAG	0	27	1
TTTGATTTGTTTATTCTATCAAATCCTAGCCTAA	0	57	0
TATAATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGA	1	31	1
  GCTCTTTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTT	2	8	1
TTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATA	2	26	1
TAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATA	2	45	1
    TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAG	2	61	0
AACCACCTAATTTTAATATTTTAATTTATCTTGG	3	13	0
TGGTTTTAGTTAGTGTTATTGTAACCACCTAATT	3	35	0
AGATTAAGCCTAATTTTTTCTAAATTTTAGGGAT	4	27	0
AAATTAGGCTTAATCTTATCTAAAATTTGCTAAG	4	45	1
AACTAAATTTTAGTGTATTCTTAGCAAATTTTAG	4	64	0
TAAAATTTAGTTTTAATTTTCAAGGTAGTGCGTT	4	86	1
          ** *  **** ***
MAP Score: 9.71693